Map Locations of contig_40403 (13940 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_40403

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_55940 3 841 bp None Available Available None
MLOC_55939 1 727 bp MLOC_55939.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_55940






CDS Structure of MLOC_55939






Contig Sequence (13940 bp)

>contig_40403 13940 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
ATGTGCATGAGAGAAAAAAATACACATTAATTTACACGGTAAATAAGAAGACAAGTTGTC
TTGCAACATTGACTTAGAAGGCATTAACTTTTGCCTTGCTACCTGTAATGTGGGATTGTG
GCCTTGTATATAAAAATGGAGGGAGTATTATTGATCAAGGAGCATACTTGGAGATTTTTT
TTGTCAGATTATCTTATTTCATTCCATAAAGATTATCTTGTATCATTCCGTAAAGATGAG
ACTGGAGCTTTCATATATCAGTGTTGTAATTGCTTTTCTTTCATAGTCTACTGTAGGGAT
GAATCAATATGTACAATGCGCACAACATCTGAACTACCACAGTTACCAATAACATTCGTC
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CAGTCAGTTGCCCCTGATCCTAGCCATATCTTGTTACTCCAGGCAGCATTTTGTTCCTAG
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GTGCATCTTTAACATATGGGTGGGTAATAACTTTTTGTGTGGTAAAGATCACCCCGCCTC
CTCCCGGGCAGGTTTCAACTCATATCATTGATTCGGTACTGAATCATGGGAAACAAGTGT
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GCTAATAAGTCAAAAAAAGCACTCATTCCGTTTCTACTCTATTTATTTTATTGCATACGT
CTCCACTTAGTCGTGTCAAATTTTGATCTGCAACGCTTTTGATAATTGACAGCTATTTAT
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TTTGCCTTTGTCAAGTAGCATATGGAGTGATTTAAGAGTTGTTTTATAAGTTACACATAT
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CAAAGCATGCAGCTGGACTGCAAAATATATCATATATCTCATAACAGCTATGGTGTCAAA
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TGTTGCATGCTTACTACGCTTGGCACGTGGTTCTCCCATTTTATACTTGACGTTTGCGTA
GCTTGTTTTATTGCAGGTGGTCAATGAGACACAATGTAGAAAAATTGAGCAGTTCTCTTG
ACTGGATGATTCGATTTTGACAAAGGTTGTCTAGAATCCTCATTTTTTTTTGAAACTGCG
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ACACAGCCACACTCAGAAGAGAGAAAGGATTACTCTTCCAACATTATGTTCCTCAATTTC
TTTGTACTGCAGCCACCCAAAGGGGAGCATCATCTTTAATGGAGTTCAGTAAAATCGTAG
GCGGAGCGTTCTTGTTGCGAAAGACCCTAGCATTCCCCTCATTCCAAATGGTCCAACCTA
TGAGCATTGTGAGGGACGCCATGGCCTTTCTGTTTGCCACTGATGAGTCTGACCTTCTTG
TCCACCATTCCTTGACGGAGGTCTCTTGATGCCAATCGTCAGTGTTAATGTTTTCTAGGT
GAAGCCAATCTTTTACCAAGTTCTAAAGACGCTTAGTGAATCAACACTTGTAAAAGAGGT
GTGTTCCGAAATCTTGTTCCCGCTTGCAAAGCGGACAAAGGCCACAATTTGGCCACCTTC
TCTTTGCCAATCTATCGGATGTTCAAAGTCTATCTTGCGTGGCCAACCAGGCGAAGAACT
TGACTCTAGGTGGAGCCCGCTTGCTCCAAGGGCGAGTAGAAAGTTCCCAAGAATTGTGCC
TTATACGCGGAGGATGCAGAATATTGACTATCACTTGTGTGCTTCCATATGATTTCATCT
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GCAATTATTGATCCATGGAGCATCCCAAAAAGGCGTCTTCGCACCATTCCCGATGGTTAT
GGTGGTCGACCCATAAAAGAGGTTAAGATCTTGCTCGTCACAAGGGGTGCCCATGGCCAC
CCATAGCTTTGAAGGCTCCTTCCACTCATACCATGACCATCTGAGACGTAAGGCTCTTCA
AATTTTGCGGTGTTAAGCACACCAAGGCCACCCCGCTCAAAGGGGCGACAAACCACCTTC
CAATTCACCTTGCACTTTTCCCTGGTCGTCTTGTCCGAGCCGGACCACAAGAAAGCACAC
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ACCTCCTGGGCGGATAGCACTGATTTGACGAGAGTCGCACGTCCAATAGTAGTGATGCCA
TTCCCTTCCCACGGAGGGATCTTGACAGCCACCTTGTCCACTAAAAACTGAAAATCAACT
TTCTTGAGCTTCCAAACCGAAAGGGGCAGCCCCAGATATCACATGGGGAAGGTAGCGGGT
TTAGCTGGCAAGCTTTGGAGAATGGTGCCCAGTTGCATGCCCCGGCATCTGATGGGCACC
ACCGAGCTTTTGTGGAAGTTAGTGTGGAGTCCCGTGGCCTCTCCAAACCCCTTAAGGACG
GTGGCGAGGTTGTCGATGTCTCTCTTAATGGGCTTCATGAACATGATCGCGTCATCTGCA
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GTGGCCACCTCAAGGAGATGCTGAAGCGGGTCAATGGAAATGATGAAGAGAAGGGGTGAG
AGCAGCTCCCCTTGTTGTAACCCCTTCGCATGTCTAATTGGCAGTCCATGCACCCCATTC
AGCAGGATCCGAGAGGTAGAAGTGGAGAACAGCGTGGAAATCCATCCTCTGAATTTGGTT
GGGAAGCCTCTGCGCTGTAGAAGATCAAGAATGTACTCCCATTTGACTGAGTCGAACACC
TTGCGGATGTCAAGCTTAAAAAGGAGGGCAGGGGACTTGCTCGTGTTTGACAGCTAGGAA
TCGAGTAGCTATCATTCCAGCGATTTTTTCTGAACGTTGTCATGTTTGTTTGAACTTGTC
AGTGCTTGTTAATTAATATAGTAGAATAATTATTCAAAGATTGGCAAACACCTACTTCTC
CGTATATCTGAACTGTAAATTGAGACATCATTTGTAAATTTCAGGTTACATATTCCTATG
ACAACAGCTTAAGTGAAATGTAGTTTGTACCACCAGAAATTTTGGAGCACTACTGCACAC
TTGGATTGGTGTTCTTTTTATACACAAATGAAGAGATATATTGTTTGGTCTTGCATGGTT
GCAAGTGTATTTGCTTCGAATTGAGCGTATCATTGTATCTTGACAGATTTCTAAAGTGTA
AACTGTATGAAGTTTTTTTTCTTTCTAAATCAAGAGTTTTTTTCCCTTCCTAAATGAAGC
CAATTCGTGGACCGTCCTTTTTTGCGGTTTGGTTTATGATCTTCTTAAGTATATGGGCAA
GACTTAAAAAAATAGCAACCACAACCAATAAATAACAAATTACCTCACAAATAAAATAAA
TAAGTAACATATTTGTAGGACAGGAGATTGTACAAACATAATATAGTATCCCATGTTTCA
AATTTAAAAGATAGAGATGAGAAGGCATACACCCTTCTCATGTACGAGTAACACATATAA
AGGTTTTGGTGCTTAACTACAAGACACAATGGACTTGTATTGTCACTTATTTTAATTGAA
ATGGCTAACACGCCAAGTCTTTGGAACTTTTATTCTGCAAGTATATAGACTTTTGTAACT
ATAGCAAATAAATTGCTCCCAGTTGACTACTCGCGCGGTTCATCTTGGCTCACTGCTTCA
CTTGGCTGGAGTGGCCCAGTTGCACTGCTATCCGCTGAAATCTGGGGTGCTGTAGAGGAA
AACCCAACCTCCGCTTCAGATTGTGCATCAGCTTCTAGAATTGCAGCAGCATTACGGAAC
GAGCGTGCAAGCTGCAGAAAACAGTACATGTAATAAGACTGATAACTTGAGCAAATATCT
AGCAAGAATGATCGTTATGACATGAAGTAAAGCCTTGATGTTTGCAAAATTGTGGTATCC
AATGTGAAGGAATCGAGGCAGCCATAACTAACAAAGCAGACCACATGAAACTAGATATTG
ATTCTAGAAACATGAATAAGTACAATAGTTTTTCTATCTCAAATATTTTGGATTGCAAGA
AAAATGTATTGGTTATTTACACTATACGCTCAATTAGGACCTGAAAGTTTGAAGATGTGG
ATAAGTTTTGTAGACAATAGAACATGCCATTAGATAGAGTGCATCTCAGCAGAAAATAAA
GAACTGAGTGTAGTTTGGACTGATCATGTTAATTAATTTGAAGAAAACCACACTTAGCAG
CATATTGGCAAATGGAGAGATGTGTCTCACGCTAGGTACAATAGGACTAGTTTTGGGTAA
AATTATCAGAACAAGTCAACATTGTAGCTCGGGGCACACACTAGTGGGTTTACTAAGCCA
CTTGGATGCACAAGGTGTTATCTCCAAATTTGTTTTCGTTGTCAAAATGTGACAACCCAA
TCCAATATGTTTTGGTAGCTAGAGAAGCCAAACCAACACGTGCTACCAAAATTTAAGATT
GGTCAAGTTGCCACAAATGCCTCACTATCTATGAGAACATCATCTCCCACCGAAAGAATA
TCCCCTCCTTAACGAGACACTTGATGTTAAACCTAGGGTTTAATCTCTTGTGGACCAGGA
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CATTAGGTAGTTGCATCTTTGACTTGACTTCCACGAAAAACCCCGTGGGGTAGGATAGTA
AAAAGTTGATTATAGGGAAAGCTAGGATTTCGCTTCTGATATTGACGCAATACCGATGAC
AATGACTGAATGACATTAATAGACGATGAGAATTGATCGATGCATATCCCTAGAAGTGTG
TCAAATTTATCCTGTTTGTGTTGTCATCTCATAAATGTTGGTGATGGTAGCTTGTCGATG
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AATTGGTGAAACAAGATCAAGATTTTGCCTCTGATTTCGAAAATACACATTCGTAATAAG
GTATATCCAGTTTTCTTTGTACTACATATTTCTCGAGGAAGGTACTTATTATGTTTTTGA
GTGCTCAATTATTTGTTGCCGACAACTATTTCAAAAATAGTAAAGTTATGGATTTCAGTC
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TCTTTGTTTTGGAAAATTTGATAATTAATGCCTAACTTCATTGCTTCAAGGAAATAAACG
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GCATGCTACACGCTAATAGCATATTCTAAGGGGTGATGCTATTTGTATAGCGTCCTATTT
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ATAGAATAATAAAAGTCTAAACTGATATGATGGGTTTGTCCTAAAAACATTGTGTTCTCA
AGCTTCAATTACTCATTTTCTTTATTTATGCATTGCTTATGTGCTGAATTTGAAGTGTCA
ATCTGACGCAACTCGTTAAACTTGTAAATACACATTATTGTTTTAATAATAGCAAATATT
AAAAATCATCTATGTTTATTGACTGGGCAGTTACTCAATTAGAGGCGACATCTACAACCA
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TATTGTTTTTTTGCAAGATATACACATACTTAATTATTAATATCTTTGGAATCATATTTT
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AGTTGCACATATTTGGTGGAACAAATTTAAATTTCTTATTTACCCTATGATCAATAGTCA
TAAATGGCATAGTCACACACTTGATTTATTCCAAAAATAGTTAGAACATACTACCGCCTC
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AAGTCAGTTTGCCTGTTATACAGGGTGCTACTTTTATTAAGTGTTGGCTATTTTCTAGAT
ATTTTTGGAAATACTTCTGATCCATGTAATGGTATGAGGGTAAGGCTTAATCCAAACCTT
AAATTTTATTCCTTGCCAAGAAAGGTCTAATGTGGTACATCCGAACATGTTCTAGGAACA
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TTAAAATGAGTGAGGTTACTTCATAAACCATCTAGATGCTAACATGGGTGCAATTTGTTT
AACCTGAATATGTAAATAAGACACACTTTTGCATTATATTTCAAATTCCATGTATCCATC
GTCATCATATTCAGCCATAAGAATTATATTCTCATGCTAAATTTCTTTCACATATTTTTG
TAATGTTTTTTTATTACAATGCAACAACTTCAACCATTTGGTGTTTAGCTATTAAATATG
ATATAAATATATTATTCAGTTGTCAATATTCTATATCTAGCAATAATATTCTCTAGTCTT
AATTTAGAAATAATGCATGACATAAGTGCTATAGTATATTGTTGTATGTCTTGGATCTAC
TTTGGCAAACCTTAGCTTTCAGGTAGGCATTTTCAGCCTTCAGGCAAGAAACACATCGGT
ATGTCCTCAACGCCTCACGCATTTTTTCGTTCTCAATCGCCAATACTTTGTTCTCAATCG
CTAGAAGCTCATTCTGTTGCTTGATGGAGGGCTTCTGTGATGAATACCATTGTTTAGTTT
AGTATATTTGTAGTATTATATTTAAATATGATAATATGGTAAATATTAATTTCCAATTAC
TGTAATCAAGACTACATAACAACAATAACATTGTGGCATGTCCAAACAAAATATTATACA
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GTTTTTGCATTGGTGTGAATATTTTAACAAAAAGTAGATATTTATTGCACAAAATATTAA
TCTATTGTCAAAGATAGCACAAATCATGGGAACAAATATGTTATGTATTCCAAAGCATTA
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AATATCTTCTACTTTAGTCAATCAAGTTAAAAAGATCTTCCACTTTACAAGAGGGAATGT
TTTTATTAAGTGAGTCATTTTAGGGTGATTTTCTTTAATCAAAGAGAAAAAAATCCAAAA
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GGTATCAATTTTTGGTCATTACAATATCCATGCCCCGCATTTAAGTAGGATTGGTGCCTA
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GATACATAAGATCCCAAGAAAGATAGAGTTGAAGTTATGCATATATTTTCCCCGACACAC
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TTTTCTGACACACTTTCGGCGCATAGATAGATGGTGCACTAATTTGATAAGTACCCCTCC
GTTCCTAAATATAGGATGTTTTGACAGTTCAAAACTGAACTGCCAAAACATCATATATTT
AGGAACAGAGGGAGTAATGCATAAAATGTAGGTCTATCTTTTGCTCTTTAGTCCTAGTAC
TACACCCATTGTACTCATCTAGTGATATGTGGCGTCGATGGGAGGATGTGGGCTACCAGT
TTGTGCAAGTCTAGAAGACGTAGTGTCGCGGCTAGGTCATCGTGGGTGGGCTCCTAGGAG
GTTTAATAGCTTCAAATAATGATGTGCAATGCTTCAATGTATTGGTGGTACGTCATGTAG
TATTGAGAGTATATCGACTAGAGGGTGGGTGAATAGGATATTTCAAATTTATTTTGAAAT
TTGAAAACTCTCGGTACATCACAACAGAAAATAAATCTAAGCACAAAAAATCTACAAAAT
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ATAGAATTGTGTTAAGGGGTCATATTTCAGCATCAAGAAATGAGGAGGGGCATCTTCCCA
CTCTCCTCTGATTGTGTCAGCATTCCTCTAGGGGCACGGTGATCATCGCCATCTCGACAA
CCATCTTCTTCCTTTGTATTGGGGCTCCTCCATCACAAAGCCTATTACTACTTAGGCACA
CATGATTGTGTTATGAATTATTTCCCAACTATTTATTTCATGTTTACCTCTATATATGTT
TGAGTAGTTATTTGTTTGATGGCATCGACGAAATAGTATGAAGGTTGGTTGCACATATTT
ACATTACTCCCTCTATTTGGTATAACGCACTTCAACGTTCATGTCAAACTTTGACTTATA
ATTTTGGTCAACAAAATATGGGTTATATGCCATATAAATATATCGTCGTAAAGTTCTTTG
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TTCTATGATATCATTTGTGGCTTTTGTATGAATGCACACATATATTAAGGGAACACATGC
GTTTTCTAATGCATTATGATGAAGGATGAAGGGGATCTTGTGGGAAATATGCCTTAGAGG
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ACATGAGTTGTCATTTGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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CTTGTGTTCTATCAAATGTCACTCTGTAACTGGGTGATCATAAAGGTTCTCTATAGGTAT
CTCCGAAGTTGTCTGTTGGATTCGCATGGATTGACACTGGGATTTTTCAGTCCATATGTC
GGAGACGTATCTCTGAGCCCTCTCGGCAATACAACATCTTAAAGAGCTTGCAAGCAATGT
GTCTAATGAGTTTAGTCATGGGATCTTGTACTAAGGAACGAGTGAAGCAACTTACTGGTA
GCGAGATTGAACTAGGATTTAGAACTAGGGGAATCAGTAAGTTTGCCGCCAGGCAATAAC
AGACAACAAATGTCTGTATACAGACGGCAAAGCTTTTATCGTCTACCAACAGACGACAAA
GCTTGACGACATCCTATGAATGGGGAAAGAGGTTCTTTGCCGCGAGCTTGCATCAGGCAG
ACGACAAAGATTTTGCCGTTAGTGTAACTAGTTTGTCGTAAGTGTAACTAGTTTTTTTTG
ATTGGAGTAAGTGTAACTAGTTTGCCGTCAGTTAAATTTCAACAAACGACAAAGAAAAGT
AGTTCACGGCTCTGTTGTTGATAACAGAGTTAACCTCTTTGCCGTTAGCCGCACTTTCTT
ACAGACGGTAAATATTTTATTTTTATTTTTACAAAGATACGCACAACACTTGAACATCAA
AACAAAAACGCATAGGTATGACATTGAGGTGATATTGGAGAGAAAACACATAGGTATAAC
ATTGTACTTTGCATTTCCATTAAAGCAATCTATAATAATGACAATCACTTTATCACAAAA
TAGTCAATTGCCTAGAACACTTGATCCCATTGGATATCATTAATTCCTTCACGACCATAA
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ACTTGCCTCTCAAACTAAATAACACATATTCACTTGAATATTTGTGAAGTAATCACTAAA
AATATTAGATAACATACATAACTTTAGAGATAGGGGACTACTGACTAGCTACTTTGGGAT
TTCAACACGAGATACATCCAAATCCATAATTGGAAAGTGCTATAATTATATTTACATTTT
ACAAAACATATAACTCATTATTTAGGGCAATTCATGTAGTTACATTTTACAAAACATATA
ATTCCACAAACTCCTAAAATCAACTAAGAAAGTTAATTGAAGTTGCCTTTTCAACCCCTC
TACTCAGCATGGTTCATCCTTCAATGTGTTTGGTAATGAGAGAGCAAGCGCTCCTCTTTT
CTATGTACATTCTTGAGACAAGGTAGTGCCCACGAGGGAGAAGGATGCCCTATGTTTCCA
TTCATGCCTACAAAGGACACGATGTCATACACATGGTCTCACATCATAGGTGGATGAGCA
TGTTAGCCACCTTATTAATGGCAACGCATTATGGTGATGTTAGCGCGAGTCATCATAGGG
TTCCATGATGTGGCATGCATTACAAGTTTTTTCGCCTATGTCGTCTTCTAGAAATTAATT
CAATATGGACGTGCTTCTCCCTCCCATAATACGATGCATATGCTTTTCACCCCTCGGGCA
CATCATCGCGTAGGGGTTTGTGGCAGCTAACATGGAGGGTCTTCAGAAGTATCTCACCAA
TCATATGACCGGCACATGATACTCTTGATGCATCTATCGATGCATGAGTTCCTTATTGTT
TCTTTTTTAACTACCAATGCATTTTCATGTTGTCGTCTCTGTAAAGGTTGCCATCGTGGT
CAATTCCTTGGTCGTCATGGTTGCCTATGGGGAGAAGCTCATGCCATCTAGGCTTAAGAG
GGGGGGGGGTGAGGAATGCTATGTAAACCGAGGTACGAGCCAATAGCTGCACTTTCATGT
CAAACCATTTTGGTTTCATGTTTCTTTAGATCTTATTATTGCTAATGCTAGATTGAATAG
ACAAATTACCTCATTTTATATCTATTGTTGTTTTCTACATGTTTGAATTGGCACAACATA
ATTCTCTACTTGATTTGAAAACAATAGATTACCCACAGGTGAGTGTTTGATGTAAGGTAG
ATATATATTGAGTAGCTGGTGGACTACTACACAACATTAGGTTAGAAGACACATCCAACT
ATGATAGCCATTGATGACATATGAGGATGAAAAAAAGATAGTGTCGGCAATTGAGGAGAT
TGTGGCAAGATACTAAGGTTAGCTTGGTGGGAAGAGGTTGAGGCAAATCTGCTGGCACCA
ATAGCTTTCTAAGATATGAGAATTAGTCAAGGACAACTGAGGAGGCATATGTAGAGCGAT
ATGTTTTTAGTTTGGTTTTATGAGTTGGGAGATGGAGAGAAGGTGGGGACTGTTGAGGAT
CGTAGTAATTTCAAAATTTTCCTNCGCCATACAAGGATCTATCTATGAGAAACCAACAAT
GAGTGAAGTAGTAGAGCATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNTGATGAAGTCGTACTCGCAGCGATTCTGATCTATGCACCGAACGACGGTGCNN
NNNCGTTCAACACACGTACAGCCCGGTGTTTTCTCCTCCTTCTTGATCCAGCAAGGAGAG
AGGAGAAGTTGAGGGAGAGCGCCGACCGCACGCCGGCGGGGGGGCGGGGGGGCGCGCGGG
GCCCGGCCGGGCGCGCACGC