Map Locations of contig_40289 (7623 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map locationNo map location




Predicted Genes from contig_40289

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_55817 2 3045 bp AK365864 Available Available None





CDS Structure of MLOC_55817






Contig Sequence (7623 bp)

>contig_40289 7623 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TTTTCACTACAACCAAAGGAGGGAACAAGAAGGCTCCTTCTACACGGGAGAATGATGAGA
GACGCGGGTGATGGACCTTAACCTCGACACGTTCTGCACGCCGAAGTGTCAAAGTTAATT
TCATCACATAATCTGATTAGTTACTAGTTTACCACTTACCATGTAACGCATGTTTGGTTG
ACATTGGCATGTAATTAGTTACCACGTAATCAGATGCAACTCAATTCATTATATATCGTA
ATGGAAGTGATATTGCAGCTTCCTCCCTAGGATTTCCCCTCAGCCACAATTTGCTCCAGA
TCTTTCTTGTGCATCGACCACCATGGTCATCCCAATCAATCTATCCTCCATGTAGCAGTG
TGGCCTCCGACAAGAAGGTTAGAATGAGTTGAGATCAGCTCGGGTTTCCCCTACGAGATG
GCACTCGGTTTGGTTTCAAGAAAGAAAGTAATGCAGCGAACATTTGGTAGAATATATTGT
GAATATTATTCTTAAATACACGATGAAAAAAATTTAAATACTTGAAGACATTTTTGAAAT
GCACTATGAATTTATTTCAAACACACCATGACATTGCCTAGCTAGTTACGCGATGATACT
ATGAACAATTTTTCTTATACATGATGACCATTTTTAACTACATGAATAAAATTTTGGGAA
TGCATGACATAAATTATTTAGAAAGATGGACTATCATAAAATGCATGGTAAACCTTTTTT
AAAACACGATGAATATATTTAATATAAATGATGGACAAATTCAGAAAAATATGGACATTT
TCCATAATATATGATGAACATCTTTTAAAATATGATGACAATTTAAAACATTATGCAATT
TTGAAAAAATTAATAACGAAAAATGTTCCCATTTTTAAATTTTTGGGAATTTGCAAATGT
TCCCATTTTAAAAAAACACACATTTTTTAAAAAGCATGTTTAAAAACTTTCTTGCATATT
CAAAAAATGTTCGGGAATTTCAGAAAATGTTCAATATTATATAACTTTTTTACGAATTTA
ATTTTTGTTCATGTTTTGAAAATATATTCTGAAATTCAAAAAAAATGATTGCATTTTTAT
TTTTGGTCACAAATTTAAAAATATGTTTTGGTTTGAAATAATGTTCTACCCATACAAATT
TGTTCAGAAATTCAAAATATGTCAGGTTTTAAAATTTTGTTCGCAAATTCATAAAATGTT
TGAATTTTGAAATAACTGTTGACAATTTTGAGAAATATTTCTTGTATTTTTGCTGAGAAA
GCGAGAAGATCACAGAGGCCGATGAAAGCGTTGTTGGGGAAATGCCCAGCCTTTCTCATG
TTTTGCTTTGTATTTGTGATATTGGCACAAGTCATTTGTTTCAAAGTGGATTGTGCAAAG
AATCATTTAATAAACTGTGTGAAGTATCTCGATGCCGTATGTTCTACTGTGGTTGTTTCA
TTCGGCTCAATGTCAATTTTAACATGACTTTTTTCTTCAGATATTTCAACATGATTTTGC
TGCTGCTTCAGATGTTTGGAACCAAGGAATGCAAAGACCTGTGACAATGTTTCACCTAGC
AAGGCTTCTTTGTCTTGCAATTTTTCAAAAGTGATCTCCTCGCTTCTCTTTTCTTTTCTT
TCGGGGCGCCATGCGCCCCTTTCCTTCGCACTTATTGGTTTCAATACTTTACCACGGTTT
TACGCTTGAAAAAAAGATAAGAGGGAGGGTACACGACAATACGATAATACAGTACAGTAA
CTAATAAGATAGGTTAGGTACACCTTATACAGACGGTTGTAAGCTTTTAGAATACAAGCC
ACATACAGATATCATTGTCAAGTTTCTTTCTTCCTACATATGTATATATAAATAACAAAA
GAAGAGAATGTTGTTGGCCATGCATGAACGCTAGCCACTAGGGGTGGGTATCAGCGCCAG
CATCTGGTTCTTGATGATACCCATGCACATCTCGATCTCCCTGAAGATGGGCACGTTCTG
CGAGCTGCACGGTTGCAGCCGCGACAGCGCTGAGTCGAGGATGTGCGCCACTTCCGCGGG
GTGATACTGCTTCTCCGTGCAGTTCTGATGGCATTGAAAAGATGGACGACCCATCACGTT
ACAACTCGTAAGAAAGAACTTGTAAGATCTCATAAGATCTCTGATGATATGATTGATTTG
CTTACCTGTATCATTAGGATGGTCGCTACGCACGACGAAATCAACTCTGACGGGAACTGG
GCTTCGGAGTCGCTGCCGTTGGGCAATACTCTTGGGCTGGAAATGTTATTGGTCGCTGCT
GCGGCAGGATCGAAGCGGCCAGAGGCGCTGTTATCTGAATTTGCCTGTCCGGAATCAGGT
GGTATCCGCCTTATGCCTAGTATGCTGGAACCAGAGCCGGTGCCACGGAGGTTCAGATTG
TCTAGTGCTTCCCCTATTTTGGCAAATGCGTTCTCTCCTTCACTTACTTTGCACATTGCC
TGGTTCGACAGAAAAAAAGGCACAAAGCAAACGTGTATATATACTTTAGTAACACCAAAA
TTTGCAAAGACAGGGACTGAACTTGACGTATATGATTGTCACAAGAGGGGAAAAAAATGT
TCTCTTTGCTATGCAAGTATTCAACATTTACTCTTCAATTCCTGAACTGGTTGAAAAGAG
TTTACTTTTCTGCATGCCATGCGGTGAAACTGGTTTTTATAGGATGCTGATAGTTATCAT
TCAAATTCAAAATACTCCCTCCCTTCCTAAATATAAGTCTTTGTAGAGATTCCACTATGG
ATTACATACGGATGTATATAGTCATACTTTAGAGTGTAGATTCACTCATTTTGCCCCATA
TGTAGTCTGTAGTGGAATCTTTAAAAAGACTTATTTTTAGAAACGGAGGGAGTATATATT
AAGAACATCAAGGACTGGATAGCATGACATGATACTGACAGAAAATGCAAGTGTGACCGT
CTAACCTGAATAGCGACATCAACCATCGTTTTAGCTTTGGACCTTGAAGTGTCGATAATT
TCCATCACTTGAGATCCAGACTCCTGATTAATATAACCAAAAAGGTTACTAGATGGGTCT
GGTGTTCTGTTAAAAGCTCCACCATTTTCCGTTGATTTAGTAGGATATGGCTGTGCTGGA
TGCCCATGAAATGTGTTCCGTTGCCGCAGACAAAGCAAGGCCGAAGCCACCTGAGTAGGA
AAATATGTTGCTTGATCCTGTAAGTGCATGAAATTCACAAATAGAACTACCGTTAAGTGT
AAAACTGGGAATTACGTGATCATTTGAATCTCTCAGCTGTACGAGCACCATGGCGTATTG
CTTCCTGAAGTGCTCCAAATCTCTAATGGTTTCCCCGTCCTTTTGCTTTCCAGACACTTC
TTCATTCATGTGCCTCAACTCTACCAGCAAGGCTTCCTACAAAAGATTACATAGTTCAAA
ACGTAAATACAGCTGGGCACTTGAGTCGAGTTAAAATCCCAAAGAATCAGAGAAAATTCC
ACAAACACAAGGTCGAAGCCTGTTGCACTTGCCTTTTTATCGAGAGCACGTGACAGTTCC
GCAAGAGCCCTTATATCTGCTTCTCTCTCCTGAATCTGTGACAGTGTACATGGCTGGCCG
TACATTGCCTGTTGTGCTGCGGCTGCAGCCTCGTTTGCTGTAGTTTTGGCCTGTGCAATC
GAATCAAATGTGTCCCCCTGCAAGGGTAACAGTTTAACATTGGGTATACAGATTACAGTA
GCTAGCTTCATTGAAATACTAATGGGGTGACCAGAAAGTGCAACTTGAATTGCATCAGCA
CTGTCGAAACTCACATTTGGTAAGAACCTTGCTGCGCCTCCACCACCATACTCTTTGGGT
CGATCCTCAAATTTTACTTCTGAGAAGCTGCTGTAGTATTTATTCACGATATTTTGGCGT
CTGAGAGACTCGGGGAAATTTTCCAGTGGGTGTAACGGCATACAATCAATATCCTGCAAA
GTAATAATTTCGTCAACAATAACCTTGTTTGGGTCAGTAACAGCAACCTATTTGGCATGA
CACATATTTCAGCTTTACAATGGTGTTTCTTATTACATGTTCCAACAGAAATAAAAAAGC
ATCATTTAGCACCAAGTCACTCAAATAGAAAATTCTTCCATAAGCATGTGCCTTCCCTGG
ATGCAACACAGATGAAAGCATAGTGTGCAAGGAATGCAAATCACATAGTAGCCAAAACAC
AGAATGTGTACTCCACCCATTGATAGGCATTGTCATAGAATGCACAGTCAAATTATTTAC
CTTGATCGATAATCCTTTTATGATAATTTGGATTGGACATAAGAATAAATATTGGTAGAT
TATTCTGTAGAAAGAATACGCTTGCCATACTATAAATTTTTTTCGATTTTACAAATATAA
TACAGTACCAGCTTGTGGTTAAAATTGTGTTCTGGACACAATGTCGGTGTCCAAAACAAA
ACTTCTTTGTGACTTTAGGACTAAGCAATTGCTACAGATCCCCGGCAAAATAAAATAAAA
TTGACAGCACAGAAAAGCAATGCCAAACAGTCTCTAAAGCAAAGTCAGGGATGTACTTGG
TCTAAGCATACTCAAATGTAAAGAGTGAACCATTACAAAAATGTATTCTCCTAGTTTCCC
AGTTCAGCATTAAATAATTACACTCCTAGCCTATTAGTTCATCCACACAACCATACTTCA
CTACCAAATTAAGAGAACAGGTCTACTGAAACCATGGGTTGCGGAACATATCCAAGAAAT
CAAAACATACAACAGGAAATGTTTTAAACCAGAAGACATAAAATAAAACATACCACCAAA
ATGATCTAAAAAGAAACTTGATAGACATTGGTTACCAACTTACCATCACAAATTCAACAC
CCAGCTCAGGCCGATCAAATTGAACCCGACAGCGAGTACGGTCGACAGTCAAAACACTCC
CATCATGAAGTTCTCTTGTTTTGGGATGACGGGCTATAACACGCTGCCCAACTGCTAAGG
GTCGAGCAAGATCAGTTGGTAGACCTTCTCGAACACCAGACTGAAGTTCAGCATAGTGTT
GTCTGACTGACTCGCGATACTGAGAAAGCTTTTCCCTCTCCTCTTGTAAAAACTGCTTTG
ACAATCGACGTGGCTTTCCAAGAGAACTGCAAAACAGTAGACTCAGAAAAACAAAGGAAG
CAAAAGCAAACAAAGCAATTGAAGATAACAGACCTCCTTATAACACCCCACTCGACACGA
GTCAGCCTTGGCACATGACCCAGCTTTACATGATTCAAGTACTCAACAAATTCACTCTTC
GCAAACCATGGATAATCAATTGCACTATAGAACCACTCAGACATGCACCACCTCCGGAGG
AAACGTGAAGATAAGCAGTGAGAGAGCTTGTCCTGCAACAGGTCAGGGTAAATTTAAGTT
TTAACTTCCACACCTTGCAAATGATGAGATGCATTGATCAGCAAGTTTATCTTGAGAAAA
CAATATCAAACCTTGAGTTCAATAACGTTATTCACTGGGTAGGAAACATTATCGCACGAA
TCATCAGCGCCCTCAGCAGGCTTACTCTCTGGAGCAAGTGCTTTCAAAATGCCTAACTTG
CGCCGGCTTTTAGACTTTGATGCCGAGTCCGATTGCTGAGTTATTGCGTTTTCTGCCGTG
TCCACCGTATCCATGGCTTCTTTTCCAAAATCAGCATGTGCTGGAGAACTTTCCTGTGCT
TTGGACTTGTTTTGTTTTGAAACTGGACTAGCATGAGCATGCCTGCCTTTACTAGAAGAT
ACCTTCCCTTCTTCAGCAGAAACCTAGCAAATACAGATGTACAAGCAAATTTATATTAAT
TTACACACACAGGAAAAAAAGAAAAGGTAAACTTGGCTATGTCAGGTTTAGAACAAATTT
CACAAAGCCTGAGGTTCTTAATTTGTTGGAATCACTGTAGTGGTAGTAGGTCACCCAGGG
AATATTTACAAAAAAGGCAGGATGTTTGGAAGGGCGATACTTTGTCAATAACAAAAGAGT
CACTTCGATTAAGGTACATCTTAGCATACCCCTTTTACTATATATCAATGTATTTACTTT
AAAACTATCTGCTACATGGACAAAAGAAGGAGAAAATTTCTTTAAAACAAAAGGTCATGC
AACAAAAAGTATCATTTCCTAAGGTGGAGAAGCTGTGTTTTTCCCAAGGTTAATGGAGGT
TTAGGGATTAAGGATCTGAGAACACCTAATTTTATTCTTCTTGCTGAATAGTGGTGGAAA
TTAGATTAAGGGGTCTGCAGCATGACATTGTCAAAAACATATTTTGGCAGCCTCTTACTG
TCACTGATGAAAAAACAGACAACAATCTCCTTGTTGGACTGATTTGTTGTCTGACTGAAA
CTATATATTTCCAAAAGATTAAAACAAATCTGCACAATGCAGCCTGGCTTTCAGAAGATG
TTTGGCATGGAGACAATTATTATGCTAATATATTCTGTGTGTTATATAATCTGATGGACA
AAACTGCAATTACTGAGGCTGCGGTATTAAATCCTCGCTTCAATGTGCAATTGTGCATTG
GACTTAAATGCAAAAGAGTCAACTGAAAGTTCGTAGTATTTAGATGAGAACTTCACAAGT
GATTATCAAGAACCAAAGGAAAAGACAAGACTACAAAAGGACAGCGCACCTCGGTCTTCT
CACTATCTTTTAGTGTATTCTTCTCATCTTTGGAGATCTGTACATAAAGCAGCAAAATAT
ATACACATCATAAGCAGCATATACTAACAATACTGTGGCTTGTGTCATATTGAACAGGTA
CAGTTTTGGAAATACCTTTACTGTGGAAGGCTTCCTTTTCTTTTTCTCCATTTTAACACC
ACATTTACAATCATCCTGCTTCACTTCAGAAGTACTCCCGTCATGATGGTGATCTTTAGA
AAGCTTAGCTTTTTTCCTAGTAACCATCTCGTTGCTTGCAATTTCTGACTGCCTTTTGAT
CTTTTTTGTTTTTCTGGGCTTATCTTTTTTGTCAAATAATGATACTGCCGCAGGCACACT
AGGCTTATCATCAGATTCATTGTCTTTGCTTTCATCCTTAAATTGTGCCGATGATTCTGG
AAAATAATTAGGAGCAGTATCAGTAGCACAATCAAACACAGAACATTAACATATCAATCA
GAAGTCAACTCTGCAATATCACTTTTTAGTTTTTATCCATATCTTTTGTGAGATTTTCAC
ATGAAAGTGTGACGGTTAGAATTTACAAGCAATCTACCTGTACACCTGGTTAATAATTTG
TTCACTTAGTAACAAAGCTTATTATTGAGCAGTATCCCCAGTATGTAAAAGTCTTGTGTC
ACAAATAGAAACCGGCAAATTGAGTGAAGTGTGTTGCACGTAAAACAGATCGAACGCAGC
ACAGCAAATCTTTGTGTATATCCAAGGCAGACAGTGTTGCCCAGAAACTAATCAACTGTA
TACAGGTGCTCAATAGCATTATAATGATTAATAAAACAAGAAACATTCATTGCATCCATT
TCTTCCAAAAGACATAAAGCAACAACAGTGGTGCAGGCATGTTTACAGCTGTAGGGTCTA
CAAACAGCCCTTGTACGGAAAGGAATTAACACAGAACTCTTAAACGATTAGAGCTCGTAG
AAT