Map Locations of contig_40254 (11017 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_40254

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_55777 1 791 bp MLOC_55777.1 Available Available None
MLOC_55776 1 1361 bp AK249977.1 Available Available None
MLOC_55779 1 886 bp None Available Available None
MLOC_55778 1 231 bp MLOC_55778.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_55777






CDS Structure of MLOC_55776






CDS Structure of MLOC_55779






CDS Structure of MLOC_55778






Contig Sequence (11017 bp)

>contig_40254 11017 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
ATCGAAGAAAATTTACCCAAAAGGAATTTCCCCCTGGATGAAATTTTAAAAACCCCCTAG
TCACCCCCCCCCCCCTCTAGTCGATATAACGCACTTTCAATAACTTGGTGGCTGCTCAGA
GTTAGATAGGGATGTTGTCGTTTTGGAGCAACCCGCCTCGAAGAAATTGAGAGAGAGCTA
TCCTGGCTGGATAAACCCAAACACTTAGAGCCACAGAGTTTGAGCATCACCGAAGCCTTT
TGGTTCTAAGTGAACCGAAGACTTGTTACACTTGAAGATTGTGATCTTCCAGACGGTTAG
GTGTCGTGGTCTAGACCATCCAAGAGTCACTGTGGATTACCGGGTGGCCGAGTTTGTACG
GGTGTCATAAGTCTCCCATGAAGACTTACCTGAGTGATTGGGCGACGTCTAAGTAACCTT
GGCTCAAGGGGAACAAGGTGAAGACGAGGTCTTCTGAGTGGAATCTCAGCCTCCCTAATC
ACACGTACAGTTGTCATAACAACTAGAACTGGTCCAACAAATCCCAAGTCTTTGCCAAGC
AATTGTTTCTATCTTTCCACTCCTTACTTAAAACTATGCACTGTGAAGCCATTGCTTGAC
TGCTTGTGTGTGAAGACTTTCATCGAATGCATTCATCCAATCTTCATTTGTCGTCGTGCT
ACTCTAGTTTATCTTTGATACACTTCTATTTGTATGATGACTATGCTTTACTTGTCTGAT
TGTACTCATCACTCTACATGTCATGCCTAGATCCTTGATTGTTATCCCTATCTGATTATG
ATTGGCTTCCGCTTACTTCGAAGGCATTTACTGTTTCAAAGCTTTTCATTAAAGTCGTCT
ATTCACCGCCCTCCCCTCTAGTCGATAACTAACACTTTCAAGGATCGGCCGAGTAAACCT
GAGTGAAGTATATTTACTTCACTAAGTTTTGGCCAGACTTAGCCAAACCCCTAATTTTAG
TGGAGTTCGCTTACTTTTTGGTTTCACCGAACATTTGTTATGCATTTCACCGAACATTTG
TTATGCATGTCCGCGATGATGGTGACCATGCGAAAAACGTTGGCGTCCGCCGTTGCTCTC
GTGCTCGGCGACGACGAAGGGCGGTGTTGGGGTCGCTGTAGAGCCACCCGTGGAAGCCCT
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CGTTCCGCAAGCTATCGTTGGTCGTCTTCACGGATGGATGTTGTCGTCCTGCTGCTGTTG
ACGTCGTCGCCCTCATCCTACCGTCATGTTGTTCCTGCTGTTGTCCTCGGGTACCAACAA
TATCAGGAGAACCACGAACTACAACGAGGCGGCGTGCCTCGGCGAGGGCGGCTTCAGTTG
TGGCCTGTGGCGAGTCTCCTCACGTGTGCCTGTCCGGATCAAGAGCAGCACGGGCTTCCG
ACAGCGGCGACGACACACATGGTCTCATGGCGGCAACAACAACCCTGCTTGGTGAAGCAA
TGACTCGGGGAAGGAAGGGGACAGACGCATCGGCTCATGTGAAGAAGGAGACGAACGCAA
CGAGTTAGGGGAGGAAGGGCTACACAGCTGCGGTCAGAGGCGAGGCCTGCTGTGAGGATT
TCGTACGCCGATGAGATCGCCGACAAGGCCGGAGGTCTCCGCAGTCGACAAGGAAGCTTC
ACGCAAGTCATCGACCGGCCACAAGGAGGCCTTGCGTGAAGAAAATTTATCCTCGACCGC
CTCAACATGCAAGGACGTTGGACTTGCCGGTTCAATACTCTTATCTGGCCTGCACATGGA
TCAACAGCTTGACGTTTGAGCAAACCAAGATTGTTCATCGCCCTTTTTTGTTTTGTTTTA
TGTTTGCAGCCATCCCGGCATGTTGGCAAGTTTGAGGAGAACAAAATTATCTTTTGCCTG
TGTCGACTTGTTACAAGAGTTTTTTTTTTTTTTGCATGGTGCGAATTGTTGAAACGCTGA
GCCAAAAAGAAGTAGAACATCATCCTTGAACAGGACAATGCAACAGTGAAAGAAGGACAA
TGATCAATTCCTGGGCCCCGTTCAAGAATTTGATGTGCGTTGGATGGTTCACCTTTCGGG
CATCGAAAGGGTTATGGTCCATGGAATCCAATGGACACTAGCTAGCTGTATTTTCTGGAA
TCCAGGCTCACATGCACCCTTGAAAAAAAAAGGCTCACATGCATGATCATGTCCACTGCA
TTAGGTACATGCGTAAGGTCAAAAGTCACTTCAGAAAGTGTTCAAAGAATCTGAAAATAA
CAAGTCCATGAATATAGTACGGATCAATCTGCTCTGTCACTCCCTCTGTTTCAAAATAAG
TGTCGTTCATCTATTACAAAATTTATAATAACTTAGTACTAAATCTGCGACACTTATTTT
TAAGAAAGTATTCATTAATTTGGAACCATCACAAATATTCCTCCATGGGTAATATTTGTC
ATGTTACATGTGATTCTTCGTTTAATTATGATCACTTGTTTGCTGGACCGAATTAAACAC
CGACTAAGGGTATGTTTGGATGGTGGTCAAAATCTCACCTTAGCAATTTCGTGGTCATGA
AAAAAATTGGTCTACGTTTGGATAGCTACTAATTTCCCTATGACAAATGCATCTATGCCC
ACCCTGGTTCATTTTCTAGTCAATGTTGATAAATTCATGGGTAAGCAAAAAACTCCACCA
AAATTTTGCAAGTCAACTATTCCATAGGGGTCAAGGACAGGCTAAAACCCCAACTTATAC
CTAATTTCATTTTTGTCAGGCCTTCAGATGTCAGAACCAAAAAAATAAGCTTGTGAACGA
AGAATCCTATAGCTTAGTGGTAGTGACTGGGGAATGGAGAATGGCGAGAAAAATGGGCAG
CATGCGGAGGCATCCGTAAATGCACTGTGATTATATATGATTTGAGTGAATGGGCCTTAA
TTCTGCTACCCAAACAAACCAAACTAATAAATTTGTCTTGATAAGATTTGGTTTATACTT
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CAATCAAATTAACCATAAACTGATACTCAGGCAAGTGGGAGGTTAGGTTGAAATGAAGGT
TGGGTATTTCGTATCTTCACCCATTGCACCGAACTGTCGCTAAATGCACATGTGTGAGCT
TCATGGTCCAGCCGAAGGGTCTTCCGTTCCACAAACGCACCACCGTTCATCCTCCTTCGC
ACCATACAATCGGTGGCACATCTTTCGGCGATTGCGGGAGCAAAGCATTTGGGGCGCATT
CTGTTGGGAGAGTAGAGTTTTTTTGTTGGGTGGTGTGCTCCCTTTTTTTCTTTTTCTTTT
TTGCTGGGGTCTTTTCTTTGCTGCTATCTTTTCGGCAAACTCTGTTACTCATCCTTGCTT
CATTAATGAAAAGGGGCAAAGCTTCTGCCCTCCGTTTCAAAAAATGGCCCAGCCCAACTT
CGGAGCTTTGGAGCTTCGGAGTTGCGAGCGTAGCTAGTTTTACCATATTTTTTTATCGAG
TACTTTCCTTTCCTGTCTTTCCTCTGCCGACTTTGGCTGATTTTAATAAGATTTACCTAT
CATTTCATTTTCTAATCTTTTTCCTTATACATGAATAGTTTTATTCATAAGCTGTTCTAT
AATTCATATATTTTTTAAATATGATTATTAATAATTATTTTTCAAACTATGAAAAACCTT
AGTCTGTTTTTTTTTTGGAGATAGGAGCCACCGGTTTTCTCGCCCGGTTTCATTCCAGCA
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ATTTTAGCGAGTAAACTCCCCACGCAAAAAAACCGTCGCCAAATGGCCCCTCACGTTTCG
GCCTTCCAGGACACGACCCGGCCCACCGGTCTCTCAGAACGACGCCCATCCCTTTCCCCT
GCGCCCCGGCGGACTCCACGACTCCGCCCGCGCGCCCCGTACCACGGCGGACGGAAAGGG
AAGCTCGCCGTGCCGGAGCGCCCCTGGTTGATTGAAGAGCGAGCGACGTATTACCTCCAT
CTTCGCCCTCGGAGCGAGCGAGCAGTCCCCGCTCGGTCTCACCGCATCTCCGCAGCCACA
AGGTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTCCCTCCCTCCCCCCTCCACCTAGAAATCTAGAACC
GCGTCGGATCATAGTCCTTCCGCAGTTTCATCTTTTCTGTAATGCACCGTATTATTATTA
CCTTACGGATGTGAAGCGCCTTAGGACCCTAGAAAACCACATCTGTTCTGCTACTTCTGC
GACGAACCCTAGATACCCAAACCCCAAACCCTAGGATTTCATCCTGAACTCGATTCGTTC
GGATGGATGGTAGAACGTTCCGCGGGGACGCCGCACGTTTTCTTGGGTCTAGTAGGCTGC
CCGTCGCGGTTTCGGCATGAAATCCCCTGGCGATAGGATAGGTACATGGAGTTTGCGCAG
ACCCTTTTCCCCCCGCAAACTAAAATTATCGCAGAACCTTTCTGTCATCTAGTCCCTGGG
GCTCGGAACGCCTTCGCGGTTTTATTTGTTCCGACATTAGTTTGAAATGGCAATGGCACC
TTTTTTGTGGATTACTGGAGGTGGCGGGCAACACCCTTCAGGGTTGCTTTAGATTTTTCA
GTTCTGCTGGAATTTAGCTTGTACAAATGTGATGCTGGGCACTGACTGATCAATGAGTTC
ATTTAAACGCAGCCCTTCACTTGACGTTGTTTAGTTTCTTCCTGCTCTTTCGCATATTGT
TTGCCAGATATGATCAGGAATCCAGTATTATTTTGTGTTCTCTGAATGTAGCTTAAGATA
TTTATAAGTTTTTTTTGTTTGCTTTGCGTCCTGTACTCTCTCAGACTTGTCAGTACAATT
TGTCAATGACGGCAAATCTACAAATTTTGATTGGAAGTACATGATGTGGGAATTCTTGGC
AGGAGCTTTTGACTCAACTTAGAAAATGGTCTTCCAAATTCGAGTGACTCTTGGCACTTT
GTCACATTCAGGATACTATCAGATTTTGTGGTAGGCTGACCTCTTAGAGATTGTATGGGT
GTGATCCACCTTGTCTTGCTTTAATAAGAGTTACTGAAAAGTGAAAACTATCATTTGGTG
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TAATGTGCTCTATGGTAGCCACGCTTGACCATCTCAAAGAAAATACTTGATCACTAGTTT
GCTTCTCCGTTGAGAAGCTGATTATCACGATTTTACAGGAACAGCTACTTCCCTCCTTTG
TCTTTGTACTAGTTAAATATGATGACATTTTCCCTGGCTTCATCTTTTATGCTTTACATT
TGTATGATGTTTCTTATTCGTCATCTTATTAACCTTTAACTTACATATGTATGTTTGTGT
TGCCTCTTGTCTAGCCTTATGAACCAATTTCCCCATTGTCAATCATTTTTTCAGGTGCTG
TACACCCCTTGCTTGCTAAGGTGCTGCTCATTTCACTGCATGACCATGATTTCTGAAGAT
GGAGAAATCTCAGACCTCCTCTCTGAACCAAATCTACCTGAAGAGCAGGATGTGACTTCC
GGATCCGATGATTTCTTGGCTGCTATTTTGGAATCAATCAAATCAAATGAGAAGGAAGTT
GAACTTTCACCTGAGGAGGCAGCTTGGGCTGATTCGTGTTTTGTGCAGACCTCTGAACTG
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GATGAGCTGGTTTCGCCTGAAGTCGTTGAAGTCGTCGAGCAGGCAGAGTCGAGGGATTCT
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ATCAAGGACCTCAAGAAACTCCTCAGGGGCAACCCCCAGGAGGTCGCATATCCACCTCCT
GGTGACGCGGCCCAGACTCTGAGCAAGATAAACATTGATGAGCTTGTGGCAGGCTTGAGT
AACTTGTCACTGCAGCGAACCAGCGGGTAAAAGTTTATTCTGGGTTCTCATGATCCTCTG
CATTTCGGTCGTCCAATGGTGAATGTCGTGGCAGCAAACCAGTGGTTTATTAAAATGTAA
ACAGAGTGTTTTTTGGCAGGTGGTTCTCTGTGCATCTTGACCATCCCGGTGGTGATGTCA
GTTGCAGATTACTTCTTTAGACTTAAGACTTAGGTTGACTGTTTCGATATTGGTTTTGTA
TATTGTCTGGGCACCCTTAGAACATGCCGTATGAATTCAGTTCAAGCGGATCTTGGAGAG
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ATGCATAATTAAGCGTCTACCCTCTATAAATATGCATCGGAGCTTCGAAAAAAATGATTT
GTTTTTCTAAGCACCTTTCCTGAGCATCTTGTATTGTACAGAGGCTCCCTCTGCTGATTG
ACCTGGGGCAAGGTCCATTAATACTGCTTGTATGTTCTGGGTTGCTCGTTTTGACTGCAG
ACCGCCGACGATGACTTCTAAAAATTTCCAATTTCTTTGGGAAAAGTCATAAATATGAAA
AAGTTCATGGATTTGAAAATTTGTTCATGATTTTGAAAACAGTTCATAAATTTCTTTTTT
TCCATAAGTTTGAAAAGGTTCATGCATTTGCAAGGAATCTTCACAATTTTGAAAAAAGTT
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TGTTCGAAGAAAAGTTTGTCAATTTCACAAAAATAATAATGAAAAAAAAACACAAAACCA
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CTCCCAGCATCAAAAAACATTCGAAGCTTCCCCAAACATAACGGTCCTCCCAGCATCGAC
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TTTGAATCTGCTAAGTTTCATGCTTTCTTGTATACGTGCACAGGTATCATGCTTTCTTGT
TTACGTGCACACGTGACTACGTTACTTTGTTGTTGTGAGTTTCAGGCACGAGACGAAGTG
CACACGGACAATATTCCCCATTTGACGCTTATAACGCCATTTATACTGTCATCGGTAAAT
GCCGCACACCCACATTGTATGACGTGGGTAACGGGCTGACCTATCTAGAGGGTCGTGGTT
TGGTTTTGGGAAGGTTTCATTTGTGAATTTTTAATTGTTTCTTTTTCTTTCCTTCCATTT
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ATTCAATCTTATCAATGTTATTAAACATGGCAGTAAAAATTAATAATGAATATTGTATGA
TGGGCATTGTATAGTAAGAAACTACTTCAAATTTAGTGATAGTATACCCTGAATTAAATA
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TTAGTGTTGTCTTTAACTTTATAGGATAATTATCCTACTAAATACGGAAGCAACTCGCGA
CGACGATCTTCACGGGATTATAGGCATAGTAACAAAGTCGTATGGCACACCAATCCAGAG
GTGATGACCCACTTAAGAGATAAAGCATACTCTAAACTATGAGCTTCATGATTGATGTCG
TTCGTTCATGAACATATCGACACTTAGTGGATGCAATTGCGTGAGCGGAGATCTCCCTCG
TGACACAACCATGTTGTCCCCCTATTCCATCCTGGGTATCTGCAACTGGTTTATAGACAT
TTGAAACAATGAAGAGACAACGAATTGAAAAGCACTCAACGTCGAATCACATATACCATG
AAAGACCACTAGAGATCCCATAGAAAAAGAAGACCATCGCATGTGCCTATTTTACATTTG
AGTGGAAAGGAATTAACCTTCAATCAAAATCTGCAGCCTAAAACACATGGAAGATATATG
CATGAAACATAATCGACATCTGATCGAAAACAAATTCACCATAATTCAAAATGTCTAATT
ATTTCCAAAGATTGAGATTGAATCATCCATATTTTTACAGCAAGCATGCGATTATAGCAG
CACATCACGTCATATACAAAAAGATAAACCGCAGCTCTAGTTATTGGAAACTATAGAAAC
TAGTTAATAGTAATTCAATTTTATGGGGTAAAAGAGCTTGCATTATTAAATGTGCATCCG
GTTACAACCATGATGCATCAAACCCTTGAGTTATTGTGGTATGTTTGCCCATATCGTCTC
ATCTCCTTGCACTTTGGCTATAGCATCAAACTCATGTGCCAATAAATTTGTTTCTCATTG
ACAGTGGCAACAATGAAGGATTGGCACGGATTCAAGTGGTTGTTGATGTCCACAATGGTT
GGGAACATAGGAGACCAGTTGGGCATATCACGTTTGTTAGGGCATTTTCTTATATTAGTG
TTTTTGGTGATGATGACAACTCATTATGTGAACTAACCGTGTGTCAAGCTCTTCAGGGAC
ATCACTTTGGACACAAGATAATTGGGTTTCCCCTCCGGACGGAAAAGAACGAAGATGGTG
TTCTCTACGTGTTTATTCCCTTTGGTCATAGGAAACCCATTAAGAGGAGATTCATATAGG
AAGATAATGGGTGAATCAATACACGTACACATCTTTTATCTCTCACCCTCATTCCTTCCG
ATCCTTGGGAGAGGCCCTCTTTCCTTCTCCAAACAACTTTTTCTCTCGTAGTGGTTGTAC
CGCTGGCTCGGGCGGTTGTACCGCTGGGTGTTGGAATTATGCCCTAGNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTATCAAGATAATCGTTTATATCCATGCTATAATTGTA
TTGAATGAAGAATCATTTACATGTTTGGATACATAGA