Map Locations of contig_39996 (10161 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_39996

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_55468 2 2142 bp MLOC_55468.2 Available Available LOC_Os01g53680.1, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13101.m05624 protein 6-phosphofructokinase, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_55468






Contig Sequence (10161 bp)

>contig_39996 10161 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCCCGCCAGTGGATTTGCTGGTAGAGAGCTAGGGTGGTCGGTGGAAAATGGGTCGCCGAC
CTAGGGTTTGTGTGCCTGCAGACGGCGACAGGGGGGGGGGGGGGGAGGGGATAAGAAGGA
GAGACTGTGACGCCGACTAGCGGATCATGGGAAGGAGCACACGAACAAGGCGTGTGTCTG
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AGCCGCCGCGGTACCGGCACTTGCAGCCGGCCCAAAAGGCGCTCCCGTTCTCGGCCACCT
GCGTGCGGATCTCCCGCGACTCCTACCCCAACCTCCGCGCCCTCCGCAACGCCTCCGCCA
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TCTTATCGCCAAAAGTATACCTGTAGCAGATCAGCTAGATGCATCTGGAAATAAGCTGCT
TCTTGATGTTGGTCTCTGGTTGACTCACAAGATTAAGGTGAATACAATTTATTTTCTAAA
ACGAGTTTACATGGTATTGCTCCATTTCTAGTTCGCTTTCCGCCGATATGCTATTTTGCA
TGTATTTTGTTGATATACATTTCCTGTTGACACTAGACCTGCTAGGATGTGCACTAATGG
ATGTGTCACTTGAGGTCGCCTTTGGAACATGTATACCATAGGGACGGTTGAACCAGGCCT
TGGATAGGGAAAACACGTAAAATATATTGTGAGGTTATGCGACACTTGCGCTTTGCAAAT
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ATATCCACATACTATTTAAATCAAATATGGTATTAATATCTCTGTGAACCGTCATGTTTA
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TGATATCAAAACAGGCGTTTTTCTAGGACCTCACTTGAGAATTCTCTAATGTATACTTCG
TTATTTACTTGTAGGATTATTGCAAGAGCAAAAAGATGGAGATGACCATTAAATACATAG
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CCATTTCATGTAAGTATAACTTCCATATGCCCCTATTTAGCTACTTCTGATTATGGGGTA
GTATGGGACTCTCGCTTCACCATGGAGAGTGGAGGTATTTGCTTCAGGGCCGTCAACATT
TCATATGGCGAGTCATAGTTTCTGTCAAGGTTTAATTCTGGCATTCACAAATTGTGAAGC
GATGCGGCAAGTGGTGAATTGAGCGAGAGCTGCCCTGGAGCAGTGACCTTGAACCCTCAA
TCGTCATAGGTGGTATAGCATAGTGCAAAATACAAGAGTATAACTTGGTCGCAGTGCCTT
CCATTTAGCTGAAGTCTGCAACTTAGAAAACACTAGTCAAAGCCCACATGACGTGTCTTG
GTGTCCCTAAGGTAGTCGGGGACTCGGGTTGTGGTGGGATACGAGAGGAAAGTAAGGTTT
GGGGGAGTTCCACGCCTCCTAGAATTATTCTGAATGGAACATAATGATCTGAACATTCTT
CACCTCTGACGCACACTGAATATAACTCGATCAACTGGAATAACTTGAAAGTTTATTTGG
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GCTGCTGTCTTCAACAAACCAGCCGAGCTTCCTGAGCGAGGAGGATATCATCGAGGCAAG
AGAGGCCGAAAGGTTGGCCAATAGGCTATCTCTATCTGTTCCTGCGGGCAGCAGCGAGCA
CGGGGAGCATGCGAAGAAGTACTCTGGGTCGGTATTAGCAAATGGTGAGAAATAGTACCA
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AGCTGTGGCGGACGCCAAAATCTGCCCTTGCTAGTTTTCTCTTTCTTAAAGCAAATTCAT
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GTTTGCATTATACGGAGTACTAGTAGTTCCCAAGAAGCAACGATCGGCGCACGTTCCGTC
CCTGCATCTCTGACCTGTGACGGCGATGTTTTGCCGTTGTTCGAAATTCCACCTCAGGCC
GTGAGACCGTCGGCACTTGAACGGGACCTGGCCTCGGGCTCTCACGTGTTACCGGCGTCA
GCGGGTCCGTATGATTCAGTTGTCGATGGTTTATCCTGTTTGACACCTTTACGTTTTGCA
TGAAGGCTCCGGCGATGCGCAAGGAGCACCCACGTTGACGTTGTCACCGCCGCACCAACC
TCAGCCTGCCGCAGCCATTACGGTTGCCGCACCGTCGTCGTCCGCGGCAGCTGCCACGGA
CAGCGTGACGGTAATCGACTCCGATGAGGACGACAGCGACGCAACCGGGCCTCGGGAAGA
GGAGCTGGAACGAGAGACCGGAGCATGGCAAGAGGCCGAGGAAGCTGACCGGAAACGGGA
GGAGAGGCCTATGCAGCCGGAGACGCCGGAGCGTATGGCACCGCCGCCGGGAACCGCGTT
GCACGCGGGTGCTGACGGTGACGGGACGGCGGCCGAGGACGTGGACGCGTTCAAGCCCGA
CGACGGCTGCACCACGACCCCGCCACCGCAGCAGGACGACCGCGTGGCGGCGAGCACGGG
CGGCGAGCGGGCGGGCGTGGCCGCCGGCAGGTCGAGGCTGCTCGCGTTCCGGTCGTTCGC
GCGGGGCAAGAAGGGCAGCAAGTCAGGGGAACACCTGCCGGCGCACGGTAAGGCGTGGGA
GGAGGCCGGTGCGGACGACAAGGACAAGGGCCAGGCGAGGTGGACAAGGTTTTGGAAGTG
AACGTGCCGTGCTGTCTGCCGTCGTGCCGTACGTGCGGCGAGTCGGAGTCAGCGTCGCGC
GTCGCGGTGCGTTCAACCGTTGGGTGCGTTTTCATTGGTTTATAATAAACCCATGTTGTA
AGAGCATCTCCAATAACACGTGTATATTTAAATGTTTATATGTTTATATAGATAGTGATT
TTTTTTTTCATATACACGTCTAATTTTACAACAGAACGTTTATATATAAAATCTTTTTCC
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TCTATTCCAACGGCTCTGTTTCAATGGCTCTATTCCAGGTCTATATATAACACCTATTCT
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TCTTTCCTACAACACAATGAGTGAAACAGAATTCGTTTTGGATATGCTCATGAATTCGTC
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GAAGAGGAGGCGAATGCTCGACGTCACGGCGGTTCGACGCTGGGGCGGCGATATTTGTAT
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TTTTCCGAAAGTTATTTTCGTCGAAGGTTAGTATTACAACATTATTCTCTATCTGCCTAT
TTGTCATCTCCCTATTTCATATTTGTTTATTCACACAGGTATATAATGTCTCATAATTTG
TTTAATCACATAGCTGAAGCAGTACTTGAGCATGATAGTTATTTTAAGCAAAAAAGAAAT
TCTGCTGGAGCTCTTGGGTTGCATCTTGTACAAAAGATGACAGCCGCAATGCAACTACTA
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AGATCTCCAAATGAAGAAGATACTGCTAGATTACTTGAGTTAGGGGAGCAAAGAGGTTTT
CCTGGTATATTAGGATGTATAGATTGCATGCATTGGACTTGGAAAAATTGTCCTAAAAAA
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AATGTTCTTCAACATTCACCTGTGTTTGCAAAGCTAACCGAAGGTGAAGCTCCAAAAGTG
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GTTGTAGTTGGTGATGCCATGAAAGCTTGCATCATAATGCATAATATGATAGTTGAAGAT
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GCGTGCTGTAGTAATCATAAATCGTATCCTAATAAGAATTTGCAGATTGATCTGTCCCTA
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CCCCGCTGAGTTCGATCTTCAGTTATTTGTGATTTAGTAAAATAAAAGTTTAGTTCGATC
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTCACATAGAAGTTATATTTTTATAGATCCTCT
AACATGTGGTGCTTGCCCAATATATTTGCTAGCCAAAACTCTGCACTAAGTGGAGATACT
ACTTGTGCATGCAAGACTGTAAACCCAAATCCATGTTTTAAGAGNNCACCATACCTACCT
ATAGATTGAGTGAGATCCTTCAAGTAAGTTGTCATCGGTGCACAAGGCAATACAAATTGC
TTCTAAATGTGCTCGATCATTTAGTGTAAGGGAAATTANNNNTTGTACGAACTTGTGATG
GTGATAATAAAAGTGATAAAATGCATAATAAAGGATGTCATCATAAGGGACAATACACGT
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