Map Locations of contig_39939 (11902 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_39939

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_55408 11 2393 bp AK368419 Available Available None
MLOC_55407 21 2648 bp MLOC_55407.2 Available Available LOC_Os05g32590.1, FRAME:-3, EVALUE:2e-122, 13105.m03359 protein methyltransferase, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_55408






CDS Structure of MLOC_55407






Contig Sequence (11902 bp)

>contig_39939 11902 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AAGTCATCATCATCACCAACGTTTCCTCCTTCTTGGGAGGACAAATCTTCATCAACATCT
TCACGAGCACCATCTCACCTCCAACCCTAGTTCATCTCGTTTATTCAATCTTTGTCTCAA
AACCTCATATTGGTATATGTGATTTTGTTACACCTCTCATGTTGAACATGTTGATGATGT
GTGAGTAGTTAATATTGTTTCTGAGGACATGAAAGACGTGTGGTTATAAGTAATCATATA
AAGTTGGCATTCATTTGATATTTTGATGATATGTCTGTCGTTACTTCCTTTGGGAGTTAT
TGTGACGGTGGAAGTTGTAAGTAATCAACTTTATATATTTTGATGTTATATGTTATTGGG
AGTTATCGGGAATAAGGGAAACTTCAACCCGAATCACCAAAACGTCCTTAAATGTGTGGA
TTGGGTTGTTCGGAATTTTTTAGCCATCCAATGTGGATCATAAAATTGATCAGGGCCGGT
CTAGACGTCCAAAATCCCACAAACCGTGCCCAATTAGAAGGAGCTTTGGGGGAGTCTGGA
CGATCCGTCCAACCCACTATCAGTTGCATCATATCTCCCAATAACTCATATCTCCCACCC
TTTTTCTCCTCTCGGTCCACCTGGCCCAATGCAAGTCACAACTCACAACCCGGTCGGTTG
TCTCAAACATTTGATGGTGTCCGTCCTAAGTCCTTCTGTGATTCTAGCCTAGGATCATTT
TTTCCAAACTAGCATCACAAATACCTAAAAAATGCTAATGGAGCTCGAGCTCCAAGAGCC
CAAAATTTGAAGAAAAAAACTTTTTTAGCTTATGAAAAAATCTGAAAAAATACACATACT
TATTGATGTACGCTATTTTTATGAGAGCTACACAAAAATAACAAAATCATGTATTTCTAG
CATATCTACTATTCAGTATAGAAGTACATGATTTTGCTTTTTTGCAGCCCGCATCAAAAC
ATATTTCATAATGAAAATTTACATACATCTAGTATATATCTATAAGTACTTGTGTGTTTA
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TCCACGGACCCCGAGAGCCAAAAAGCCTAGCTCTACAAATGTGTACTATAATTCAAAATT
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TGTGAAGAAGGCTTATGATGCATATTGGCTGAAAACAATGCAAATATAATACTCCCTCCG
TTTCTAAATATAAGTATTTTTAAAGAGTCTAATATGGACTACATACGGAGCAAAATGAGT
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ATTTCTAAAGAGAGTTATATTTAGGGACTGTGGGGGTATCCATTAAGGCTTGCAGGCAAA
CAAAATTTACTAAATCCAAGCGAACTAAATAGAACTCGGCAGGTTCACCCTCTAAGTAAT
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CTCATCACTCTCACTCACGCCAGATAATGGCACAAAAGGGTATGCGTTTTCGTAATCAAT
GGTAACAATCTTTACCATTCAAACCAATGATCAGAAGCAAATCATTTTGGAGTCATGGCA
ATAATTAATTCGCGCATTGTGGTCGGGCTCTATTAAAACGAAGGCATGGCATCATCTTGA
CCAGCAACCATGGAATTATCTTCAGTCACTATATCTGTCTTGTAACAAACATAAATGAAA
TGTGACTCTGGATCCTTGAGAACGTAGTCAGGTGGTAATTGGCCATCCACTGTCAGTGCA
ACTTTCTCCATCATGGCGTGTGCAGCACCGTTGCTCCATTTCAGCTGGTATTCAGGTGTC
GCTGCTAGCACAAAGAACAGATACAATGTCAAGATCTATGCAATGCAACAAAATAAAGTG
GGGGGAAATACACAGTATATGCCACTCTGAGTTTGCAGAATGTTGGACCTGCCAGTTTAG
TCTGCGTGTTGTTGCATATGCCACCAGTGTTCAACGCCAATTCAATGGAATAGAAAAAAA
GGACCAAAATACCTTTTTTTAATGACGCGGCGTGATCGAGGGCACGAAGCACAGGCCAGT
CAGGCTTCTTCGGTCACCATTGCCACCGTCATTAAATCAAGTCAAGGTTGCCACTGAGGC
ACTGACTAACCATCAAACAAGGGTATTTTGGTCTTTGGCCATTGAAAGTGGCACAAAGCA
TTAGTGACATGTTTTCCCGAATGACACATACAACAATATGCAACCTTAGATAGATCCAAA
CATTTTGCAAACAGAGAGGGGCATATGAGTTCCCAATAAAATGGTGCTAATTTATTCCCT
TCTGAAATTTCCCAGTAACATTGTGTGCTATAATCAGTCTGTAGCAACCTTTATTCATAT
CTCTATTGTAGTTTTTAGCATCTTATGAGAATTGGGTAGTGGTGGAAGCAAAATTTTGCA
GTTTTGCATCCATAGTTCCTACAGAATGAAGCAAACCTTGCAGTTTTGGATCCATAGTTC
CCACATAATAAAGCAAATCATATGCACAAAATCATGCTACAATAGAGTAATATGGTAGAA
ATGGTACATGAGCGTGCTCTTCAGAGTGAAGAGAGGGCATTTCAAACTTACGCGTAATGT
AAAGCTCAACATCCCAATGGCATCGGACTTGGTTCAGAAGTGTCAGACGTTCCTTAGGAG
CACCATATGTTATCTGTCAAAGAAAATTATCTCTTCATAAAATCATCAAATATTCACTCA
TTCCAAAGTATCTTTTAGGATTGGTTGGAGGATGTACCAATATGTAAATCCCACCAGGCC
TCATAAGCCTGAAAAAATAGAGCAATTTAATTGAAAACAACTAAGGGCATCACTTGGGGA
TCAAATCACGTACAAAGAGTGAATACAATTTTTACCTTGCTACTTCTGTTAGCATTTTGT
AAGCACCATGAGGGGCATCATCGCCACACTAGAATATGTAAAATGAAAATCAGTACCATG
AGATCAGTTCATGCGTAATTATTTTAAGTTGATTTCTAGTTTGCTTAACGACACCTGCTT
ACCATCATAGCATCCAAGGTTCCTACAGAAAAAAGTTTAGTACCATAGTAAATAGAGTGG
CAAAGAAAAAAAGATGCATGGACTCATTTTCATAAACTTAATGAACAAAGTTTTCAAGAA
TACCAACTTATGAAACACATCAAGCGCTTTCGAAAAACATATGAAGCTTAAGGCTTATAC
CTTTGTCAATGATACAATCAAATGATCCATCCCCAAAGAAGCTCATATCTCTGACATCCA
ACTGCATATCTTCAAGCATAACATAAAACACCCAAGTAAATAGACTTAAACAGAGATCAT
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CCATGTGTTTCTCTTTCATATGCTCGATTACAACGGATGAGATGTCAATGTTTACTATGT
TCTGGTAACCATCCTTTACCATGTCCTCCGACAGAACTGCCCAAAACAAGGAATAGAACA
ATATCAAACATCAAACTGGGCTTTACATACACGATAAATCATAAATCTAACAACAGAGTC
ATATTAGAAGTAGCTTCAAAGTCAAATCTTGCACACACTGTCGATCCAAGTAACGCGTCG
TCTGGCAATCATGACAAAATTCACAGAACAGGTGTATCAGGGGAGCACTGAACATTCAAG
TTCCAAAATCCAAATCACGATGCACAGGGAGGACTGAACATGCAAGCTCCAATTCCCAAA
TCATAAATGCACCGGTGATTGTGGACGGACTAGAACCGGCCGCATCAGAACGCTAAAGTT
TCGAATTGGCGGCTAAATCGCGGCTAGCTGAAGGGGGGGCGTACGGGAGTTGCCGCAGCC
GAGCATGAGGACGCGGGAGGAGGCGGGCACGCAGGCGCGGAGGAGCGGCCGGAGCGCCGG
GTACGACTGGTACCAGTCGAAGAACCCGCCGACGCCGCCCTTGCCGCCGGTGGAGGGAGA
GGAGTAGCGGGCGTCCCAGTAGGCGGCGGCGCCGAAGTCCTTGGGGTTGCCGTTGCCGCC
GCCCATCCTTGGTCTCTCACCTCTCTCGCTCGTGAGGGGGGGAGAGAAGATCTTGAGATC
GTTCAGGGATGATTATGGCGTCGGGGGTCGCGGCTTTAGGAGCACGCAAGAGCCGCCGAT
GCAGGGCCAGCGGCGGAAGAGTGTTCTGAACCGATGCAGTATGCACTCAGGACTCAGGAA
CATGTGCCCCCTTTTCCAAAAAAGAAAAGGAAAAGACACTTGTTTTAAAAATCCAAAGAA
GATATCACATGTTGCAAAATCTCACACTTTCTCTTCGTTATTCCATTTCACTGAACTAAG
CAGCACTTTTTCACGTATTCACCCAAGATATTATAGAAACTGGTCATATTGATCCGTCGT
CTTGTTCTCGATAGGAACTCGGTGTTGTTTTGGTTGGTTTGGGAGCGGGCATTGTCTATA
TATCCAAAACCGGAGGAGAGTTTAAGTTTGGACAAGTTTATTCTCAAAGCCCGTGTTTTC
GTGAAAATCTCAATTCATTTGTAAGTCGTGTAAAAATAGTTACAAACCTAAGCACTTTGG
CAACCATGAAAAATGCTAAGTGGGTTATTGGGGGTGTCACTGTCCTTGATGCTATGGGTG
TGCTCTGATTTGCTCCTCATATGTTTGATATGTCTAATTGCCTGATGATGTCCACATCAG
GTATGTGAGCGTGTACGGTTGATGAAGCTTGACAGTTTGACTTGCAACGGTGACTCCATT
GAAAGTGGGCCGACGGTATATGGTGACTTCACCGTAACCTTGTTGGAGGCATTGCATGAA
CTTTTCTCAAGCTTCTTCTTTGAAGTGAAAACCAAAGATCGTGCTGGATCTATGATGACG
ATGCTTGCACATCGTTTCTTTTTGAAGTTGTCATTGTTGAAGCTCTTTTTCTAGAGTCAG
GATGTTGCCGTCGGTGGTGTTTGATGTTGATGCATGTTTGAGCTTGCTTCGAATGGACCT
TCGAAAGCCGCTTTGTGTGTGTGTGTTTTAGTTATATGCATCCAAGTCATACAGAGGTTC
ATTGTATGGTTCACGTTCTCTTGATGCGATATTATGAGTCAATAAAATTCATTCTTTATT
TTAAAAAGTCTAAAAAATACAACAATGAAACATAGGCCCACACATCAAGATAATAAAAGT
TCAAACAATAGCAAGATATCAAATCATTCTAAAATTTTAGGTTAAACAAACTTGCTCTCA
TGCTCTAGTCGCACGTGAAATTTCTCAAAGAAATGACTTGTTTGTATTCTTGGCGGAGAA
AATCAACCTCCAAGTTGCTTCAAACATTGTTTTTAGCATTGATTTTATCTTCTTCCCAAA
ATGCCACGAACGTCATTTGTTCACGAAACATTACATGTGAGCCAGACACTCGACCGTGTA
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TGCACATGGAGCCCTAACATAGACGCAAGGTTCTGCTGCAAGATTAAGATGTGCTAGATA
TAAAACATTTTAAGTTTCAAACACAGCAACACATGTTTCTGATGTGGAGGTGGTTGTAAT
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AGTTAACAGAACTCCAAAGGGTGTTCGGGACATGCACTATGGCATGACAACGTCTGTCTC
TAAAATTCACTCATCATTGGTAAATAAGTTACACATCGTTGGTGCCTTGCGTGATGAACC
GTTACAATGGTAGCGTAACTCTGCACTTCCCTAATTTATAACTTAGTAGAGCATTACAGA
AGAAATGCAGCTTTTCATGGCTTCAAAATCTCTTTGAACACTCAAAGAGCAAACCGTAAC
CCTAAATGCCCCCAGTTTCCGACCGACTATATAGTGACATCGTCAGTCTCTTATGCATCC
GCGTCAGCCCCACGAACCCAGTATAGCTCAAACCATTCTAAGTCGTTCTAAGCCGCGACG
CTGCTACATAAGGTCCATCAAAACTGTCCGTTTCTCAAAACAGCAGCTCCGGAGCTTTGC
TTAGGAACGGATCTAGCTTGTTGCACCGGTGAGCTGTTCCACATGCAGAGTTATTGGCTC
GGGGCAAGGAGACTGGGCTTTTAATAGTTCCAATCGATGGAACGGGTGTGCAAATTGCAG
AACGTAGTCTTCATCTGTAACAGATGGGGCAGACAATATCATGTGTGCAAAGAGACATAC
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CTTTCTTTGACAGTGCCATACAGCCAGCATAAAACCTCGTCCGCAAACGCCAAGCAGACA
CCACCCTGAATATATTGTTCCAAGAAACATATATTACAGTGAAAAGTGCAAGGAGGTAAT
TAAAAAACATATATTTAATTCAAATGAATCTAGTCTCATACGTTGCATAGCAAGTAATTT
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ACCAATTATTCAACTTTTATAGGTTATATATGCTCTTCAGTCCTAATATTACACTCATGT
TCTTCCTGAATATCATAAACTCCACTGTTGTGAATAAACAACACGGAATTAATTTAGTAT
TACCTGCCAGTAGTTCTTTGCTTTCACTTTTTGTGTGATATCTTTAGTTCTTAGTCTCTC
AGTTCGTACAAGTACACCAGCATCATTCCTGCAAGAAAAAGAAAGTGGAATTTAATCAAG
TTAAAAACCGATTTTGATCACCAAAATCCAACTACACATTTCAAACAACACTGAACAGAG
TCAGGTAAAAAAGGTAATTGTACTCTTTATCAACCATATAGCCAATGTTAGAGGATTGGA
ATTTGAATGCCTTATTATTAAGCACAAAACCACAGGTTTTGTACCATGCAGTGTGTTAAA
TGTGTACAACACAAGACCATGCTGAGTGAAATGTGTTCATACCACTAACATAAGCATAAA
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AAAGAAGTTATGTGCTAGCCATTAGGCCTGTTATATTAGATAATTTGATACATATCAAGA
GAAAATAGCTACTAAAGCTCTGATGTATGGTGCATTCAAATCGAGAGTACGGGGCTGATA
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ATTGACAGCCATAGTATAGCAATTACCCATACCATAATCCTTACATATGACAACCATAAA
GACTTTTGAAAACAGTTGCATGCAAGGACTTGGGATTTATTCTCTGGCAGGAAGCTCGAA
ATATTAGCTAAAAATGCTGTGATGGCTGAATACTACCTGAATCCCACGACAACATATGAT
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CTATATAGAAGGTATGACTTCTGAAGATAAAATACTAGGAGGTTGAAGTTGTGATGGCAG
AGAGAATCATAACAAGATCGACATGTAAAGTTGTTAGCATATATCCTTAGTCCCCGCATA
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AACGAAACTGTTCTAAGATCATATGGAGCACAGTTTCAATACAGAATTTCACGCTGTGGA
GAAGAACAGAACAAGAAGTTGCAAATGATAGCTATGATAAAACAAAATGTTGTCATGCAA
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ATTTTTCCACCGTATGATACTCCAGCTGTTAAAAAATTCAGAATGGTGACTAGATTGAAT
ATATGTGGTATCAGAACACTGAAAGCTCATGGAAAAGAAGAACGACCTCTCTGCTTGTTT
TCAACTCGACATAGAACCGCCTACCATCGTCGGTTGAATCACAGCAGTCCATCTCAGCAC
CCATGACAATGCGATGCGCGCCCAATTTCGTCTTTATTACAGAACAATACTCTACATTTG
CATCAATACCTCTTCCGTCCTCGTCAATGGAGTTCTCAGTGGCAAGATTTTCAAAAGAAT
AGCCCCAAAAACATCTGAGGATCAAACATATCACCAGCAAGAATTAAAGATTCATCCGCT
GTAATGATGACAATTCCGAATATGATTACAAACATCAAGGCACCAGCTAATTTAACAGGC
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TGCGCAGGTAGGATTACCATAACACTATTTCCTTTGTAGCTCTTCCTATTGCCAACAAGA
AAGGGGGAGGGAGGAGGGAGATTCACCTCCTGCGCTCAATTTCGCTCTGTGGTCTTTCAG
GGAGCTTATGGACATCAAGGTATACAACACCATTTCTTTTGTGCACACCCATTTTCCATG
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GTCAGCATACAAGTATAGTAAAAGAAATTACACACAAAAAATAGTTCATTACAGTGTCCT
GCCCAAATATATATGCATTTGTCAATCGATTAAATTAGATACAAAACAAACATGGTAAGT
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GGAAAAGAAAAAATGTTATGATTTAAATAGTCTGCAGTGGGAGGACCATACCTTGTTAAG
GTTGTTGCGATACGTCTGCAAGAGGAGCATACATGATCAGAAATTCCAAGCATAGCATAC
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AGGTAGATTTGAATTTCTTATGCATGCAAGAAGATCGCCAAATCCTTGAGAACCCAAATC
TGGCATTACACCACATTAACCATGAATGAATGCTCTCAGATAAAAACGAATTCAAGAGGA
AGAAAAACTTCCAAATAATTGATTATTATCTCCCTGGATCCTATTGTTCAAGAAAGAAAT
TTCGGAATTAACTTCAATAACTTCATTCCTTTCCCATTGTGTATCAGAAATAGATAGTCT
GTTAATTCTTGAAGATTTATTTCCTTTCATGTCCTTTCTTATATGAAAAATAAAATGTAT
CCAGTCTTACAAAAAACACAGATGCAACTCAGCGGAAATATAGTCCACTTAAGGTTTCAA
GACCCACCTGCAATACAAAACGGTTGGCTCTACCATATAGAGTAAGGGAAAGGTCCCATG
CTATCAAGATCTTCATTAAATGTGTGTAGGTTATTATGTGATAACTGAAACAGAGTTTGT
AGGGAATAATTTTCAGGCAATAACAATAACACAGATAATATACTCTACATTAATAACCTA
TAAACGTGTTGATAGTATTAGCTAGAATGTAGAAACAATAAACATAACTTCAGAAAGGAA
GTACCTCTTTTCTCTATAAACGTTTCAAATCCTTTATTGAGATCTTCACCGGCATAGTCA
CAAATATTACGTTTGAAAAGCCTCTACAAAAAAGGATGTTTAGTACAGCAGCCAACTTTA
GGGCAAACTTCGTTTGAAAACAAAACATGTGTTCAGAAATCAACGGTTCACACTCAATAG
AAAATGAAATTGATAATCAGCAACTCTGGGATCTTACCAAGCTGCGATCGTCAAAATATA
CATCCCCACCCTCAACACGGCTGTAGCATGCTATCTCACATGGCTGCATGAGGTAACAAA
GTATAGCCCTTTAGAGAACAAATACATCAATCAAAAATCAAAAGAATATTGTACTGTTAT
GCACCTCCTGAAAAGCAACAGCTTTCCTAGATAAAGTTTCTTCACTCTTATTAAGTTTCA
TTTCTGAAACAAAACCCTCAACGTTGCGCCCATTTCCATATGAATACCTCCCGCCGTGGC
CATAATTATTTCGTCCTCCTGGATGGCCTCCTGGCCTTGGAAGAAGAGGTGGGCCCCTGC
CACCTCGTCCTCCTCGAGAAAAATTGTTGGTATTCCGTATCGGGGGCAGCACTATAAAGA
GAGGCACAAAATATAAGAGGGTGCTAATGGCATATCTCCCAACCTAGATATACTAAACCT
TTTCAAAGCACTAGCTACCAAGTCCCCAGAATATCGAGTATCCAAGCAAGGGAAACAATT
CATTCATCACATTCTCTACCACAAAGCATGGGCTTTGTGTATCACTAATGGAATACATGT
AGGTTGAGTGGGTGCAGACCCATAGATTTCAGTTAGATACACACAAAACATGAGCATGAT
TTAGGCTAGATAGGCACAAAGCATAACAGTCTCATTTTCAGTGCAGGTCATTATGTTAGA
TTTTTAAACCATATCTATCAGTCTAGTGAGATGGTACTGTGAAAGAAACTGTGATCAAGT
TTGTCTGGGAAACAGAATCGGATTAGATTCAGCCTTATTCGTAGTTGCGATTTACTGCAG
AATTAATTCAAATTCTAGGTATTTACAGATTGCCGTTCCTTAGTATACTTGTCTAGTTTT
GACGGTTAAAGGAGATGAAGATAGTCATGTTTCCAACTCAGAGCTACCCAACTGAGCCAA
AACCCCTCCTATTATATGGTTTCATGGTTAGTTCATATACTCTCTTCAGTAGTTCTGTTT
GTCACTTTTGTAACTCAGTCTCTCTGAATCTACAAAAGCAAGCAAGAACCAGAAGATGCT
AGCAGATAATTCAATCCAACATTATGCTCGACTTAGCCTGACATAGTCTGCTGAAAGTTG
GAACAAGTGATTCAAACATAAGACTGCAGCAAGAAGAGTTGGTCGTGTACTGGACCCAAC
AGGTTAATTTTGCAACACATGATACGCTGGCTGCAGCTCCCAGAGCCCCACGAGCGGCAA
AACCAGCCAAATCACACATAAATTGGGTAGGGTTATGTATCAATCTCTTTAAGAAATTAT
GCTCGACAATCACTGGGGTGACAATTTGGCCCGGAAGAATCTACGTAGCTGCTAATTCGG
TAACGAGAGGCGGACCTGGAACTAGGTAGTTGCTACGGGCGGGGGTCTTCACGTACTCCT
CGTTGTCGGAGCCGAACAAATCTCTGGCCTCCTCTTCCTCCTCGTCCCCGTACCCGGCGG
CGGGCCTGACGGGCACGACGTCGAACGAGTCGTACTCCCCGTCGTCGGCGCCGTCGTCGT
CCCCGCCGCCGGCGGCGGGGCCGCCGCCGCGCGCCCGCCGACCGGGCGGGGGGGCGGCGC
GGGCGGGGGGGGGGGCGCGCGG