Map Locations of contig_39884 (10640 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_39884

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_55352 3 4612 bp AK354832 Available Available None
MLOC_55351 5 2313 bp MLOC_55351.1 Available Available LOC_Os05g05130.1, FRAME:+3, EVALUE:5e-94, 13105.m00527 protein GA20663-PA, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_55352






CDS Structure of MLOC_55351






Contig Sequence (10640 bp)

>contig_39884 10640 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCCGGAGCCCGCCGGTGTCCTCATGGTTCCCACCACTCATGTTTAACCTACCCATGGCTG
ATGTCGTGAATAAACACCGACACATAACAACATCAATCTCAGAACATNNNGGATACTAGG
GATCAAGCCCAATCAAACTTAACTCGATTACATGATAAACCTCATCCAAACCCTATCACC
ATCCAGTTAGCCTACTAAGGAATTACTCACTCACGATGGTGAGCATCATGGAATGGTTGA
TGGAGAAGGGTTGATGATGACGACGACGAATCCCCCTCTCCGNAGCCCCAAACGGACTCC
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CATCTTCTCTCTGGGTTTTTCTCCACAAGCCATCATGGCACGCCCTGTTGGCTTGTGGCC
CACACGCAGCTCCTCTCCGGTGTATCTTCGCTCCAAAATTCATTATATATTCCAGAAATA
ATTCACAAAAAGTTTCGTCTAATTCTGAGAAATTTTATTTCTGCACACAAATAACACCAA
GGTAGTTGTGGTGAAAACACCGTTAGTGCAGGTTAGTTCCATTCAAATNNNNNNAATTAG
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CTTGGCAGTGCATCAAGGTTAACAATTCCCCTCCTGACTAAGCCTGTGCTGCTCCCGTGC
TTCTGGTTGCTGCTCCCTTCTTCATTCTCGTCGATGGCGGCGGTGGAGCTTTCGTTCACG
GCTGTGGCAACATATGTGGTGAGTGTATTCGGCACCCTAGACCTGTTATCCTCCGTCTTG
AGTCATATCTGACCAAGTGAGCTTGTGCTTTCCACAAGATCCAGATTGTGGAGGTGGGTG
GAATGCGGGAGCAGCGGCGGCGTTGGGCGGAATGAGAAGGAGCCACGAGAGACAATGTCG
AGCAGGTAATGATCATCCTTTCCAACCTATGTGATGTGTGCCTCCTGTGCTTCTAATGCC
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ACAATTGTGAAATGGGAGGTTGAATTTGCAGAGATTGATCCACATGAAATACATAGCATG
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AGCAAGAGGTAGCATTGTTACGGTTCGATAATTGGAAGGGTGAGTATGTGAGAATTGAGA
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TCTTTCATGCAGAGCTCGTTGATCTGAAAGCAGATTCTAGGGTTAGATATGCACCTACAA
AGTTGGCTTCGCACATGATAGATGATGATTGGGCTTCACACAGACAGATAACACCCATGT
GTACGGGTGAAGTGACAGTAATAGAGGGGGCTGATCAAGGTGCACAAGAGGGCTATCATG
GTGTTGTAAGGGTTGTTTGTGTTGATTAGATTTCAGTGTAATTAGAAGACACTACTAATT
TGGTCATTGCACCAATGGCTGACACTAGTACAATTAGAATACACTACTGACTTGGTCATT
GCACCAATGGTTGACACTGAGATGACCAATATTTTTGGCATTCCAGTAGATGATCAAGAT
AAGGAAGAGATGGGAGAATCAAGTTTGCCTAAATGATGCTAACATACATGCTTGTGAAGA
TGTGGATGGACAGTTGATGAAAAATGATGCAGATGATGTAGATGATGCGCATGATGATGA
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CATGCTGGAGTTTAGGATGTGTTTCAAGACTTATGCAGTCAAACATGAGTTTGATGCCAA
GACTATGTGGACTGATAGAAATAAATTTTATGTGAGGTGCAAAGGTTTTGATGGAAGTGT
CAAGACTTGCAAGTGGTACATATATGCTAGAATTCAACCTGATGGAAGTACCATCGGGGT
TAATCAACTTTGGATTGCAGAAAAGATCACTCCAATTTTAGCCAAGAAACCAAACACTGC
TGCAAAGAAACATAAAGTAAACTTGGAAAATCAGTACCTCATTAAGGTGAAGTATACCAC
AATGTGGAAAGCAAAACTAAGGGTAATGAAAGAATTATATGGTGATTGGTCAAATACTTT
TAGGATGCCTTATAACTTCAAAGCAGAGGTGGAGAACAGGTCACCTGGTAGTGTTGTGGA
GATAGATACTGAGGTAAGAGAGGAGCGTAGAGATCTTTTCTCCAAGTTCTTTATGGCTTT
AAAGCCTTGCATCGATGGCTTCAAAGTAGGGTGTTGTCCATATTTGATCATAGACTCATC
TTTCTTGACTGGCAAATGGAATGGTCAAATTGGCTGCATGCAATGCTTTAGATGGACACA
ACTGGATGTTCCATGTTGCTATTGGTTTGTTTCAGTCACACACATCAGCAACACGACGAT
GTTTCATCGCAGCATCAGGGGCCTCCGGCGATGCTTCAATACAACATCAGCGGTCTGACG
ACGCTCCATAGCAACACCGGTAGTCCCTGGAGACGCTCCATAACAACATTGACGTGTTGC
GTTGCAACTCCTCCGCCGGCACACATCATCACGCCCCTGTTGCACCGCAACTCCGTCGCT
CACCGATGTGTTGCATTGTAGCTCCGTCGACGTCGTACAACAACATGGTTGTTGCGTCGC
ATCTCCGCCGCCGATGCGCAACACCAATGGTCGTTGCACTGCAACTCCTCCGCCCGTCAC
CCATGATACAGCTCCGCCGTCACCGTCGCCGTACTCGTTGAACTGTAGCTCCATCAGCCA
CCAACGAAGCAGCCGACGCCCCCGGCTCACAGCCTCGAGCCCGCCTTGCAGCATGACAAC
GGCTTATGCTACGACGCAACATCAGATTTACAGCGCTGGTGGCCGGGAATGGGAAGCAGA
CATGCTTCATCCCCTTGCATCGTTGGTGGCTAGTGGTGTCTTGATGTTGCATCATCGATG
GGGGAATTGGCGGATACGAGAGTGAGGGAGCGGTTGCTGGGGAGATATGGTGGAGAGAGC
TCTGGTGGTCGTCGGCCTCCAATGGTCGTCGGCATAGAAAGGGAGCTGAGAGGGAAAAGG
ATGGGGATGACAGCAGCGATAGAGGTAGGCGATGAAGGAGATGAAAGAAAAATGAGTGAC
TGTTGAGGAGATAAGGTTGTGCGAGCGATGGATGGGTCCAACGGGACACTGATTTCGTGA
GAAATTAGTCGGTTGGAAACAATACTTTTTCTATAGAAAAACAATGCGTCTAGTAAAGAC
CACATGACAAAAACAGGAGGAGGTTTGCGTTTGGTTGTTTTCATCCTACTTAAATTAAAT
GTTTTCTAAAAAAAGAAAAAACTATTCCTGCTTAAAACCTTCCCTCAAAGAAACTCGTAT
TACAGTCGTACTCCTACCTAAAACCTTTCCTAAAAAAGGGCAAAAAGGTCAACCGCCGCC
GGCTACTGCTACTGCGCGCAGGCTTTTTCCCATCCGCACGGCTGGCGGCTCGCTTGCATC
ACACCCACGCCGCCTCCGAAAAGCGCCGCAAATCCGTCCCAGCTGCGCGGCGTCCATGGC
TGCCGCGACGGCTTCAGGGGACTCCGGCGAGCAGCCGTTGCTCCACCTCAAGCTCGCCTT
CCTGGCCCTGGAGCCCCCCGCCTGCGTCCTCACCCTCGCCAGGTACATCACACACTAATC
CCTTGTAGGTACCGCATCCTACTAGCACTATCAAACTTCCAGCGCCACTTATGCGTTAGT
AATCAGAGCCTCGATTGGCGATTGTCGCTACTGGTTCAGGGGCTTCCTGCTCCTAATTCG
GCCGTTTTGGCCATGCTCTGCATCTGTGCAGTAGACAGTAGGCTAGTAGCAGAGGTAACA
TTACACGGCAAACACATGCAACAGTGTGGGTTAATGCTCAGGAGAATGCATGTCAGAAAG
ATTTTCTGGCATGTTTTTTTGTCGGTTTCTTTTTATACAACTGTTCTGTGTTTATGCTTT
TTCTTCTGGAACACTAACATGTAGTTGTATGGTTTTCCTTTTTACTGTTAAAAAAATGTA
GTTTTATGGTTTTGGGGTTCTACTGAAATACGGAGTAGCTCTCTAGAACACGGGTTCAAT
TGAAATACCTAACAATGATATCCATGACAAGCACCTGTTAAATTTCACACAAAGATATGA
AAATGCGTCGAGTGATTCATATGGATTTAAATGTACAAATAAGTTCAAATGAGACATAGT
ACTTTATTTTTTCCTTTTTGTGTTTTTGTTTTAAAAAGTATGGTGATATTTATTTATATT
TTCATATTTGGTTTATGCAGAAAGGCTGGTGGAGGTTCTGTCACGCCACATGTTCAAAAA
TTTATTTTGGAGAACTGTATTGGCACTAATGTAAAACGCTTTTCGCTATTTCACACCACA
AAACTTATGCACTAAAATAACCATGATAAACATTAAAAATTTATATGAAAAAATAGAATT
AAAGTTTAATTCAGTTGAGGCTGCACTATAGTGCACTATAGTGATGCGGTGTAATGATTT
TGTGGTTATTGGTCAGTTTTTCTTCCTGTTGCTGGTCTAAAGCATTGCGTACTCACACAG
GTAGGGGGGGCAGATTGTACATATGTGAAAACTATTCTTAAAAAGGTTATAGCTGAGGCG
GAATCATCATCAGATATTGTGATTGATGAACTTTATGAGGAATTTGGCCGTTGTATGTCG
TCAAGAGCAGTATGTGGACCTCATTATGTAGAGCATTTCAGTAATCAAGTATTGACATGA
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CTCTTGCAGAGTTGCACAGGTACTTAATAATAACAGTTTAGTAATAAATTTGTTTATGTA
GATGGCAATGTGTCCTCGGATCCAGTAAGCTTGGTTGCTCGATTATTATGTTCTACTAAC
ATGCTCGAAGGGGATACAGGGTATGATGGCTCTACATCTTGAAATACATGTATTCATATA
TTCTGTTAAGCTACTTACTTCCATATTATATGATTCATTCATGTCAGTGGGTATTTTATT
CTTCCAGGTGTTGTCTTTGGCCGTCAAGTTTATTCTTATCTGAGTTCATTCTTTCATTCC
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TAAGATTTACATAAATAATTTAAAATCAAGCATATTTATGGAACATGTTATGCTCTTGCA
TGCCGGCCTTGCATTCTATTTTCTGCCATCAAATAGTATTGTATATTTATTACTGATATG
CATATTATGCAGAGGATTGGCAAGTTAAGGCTCTAAGCTCTTGCCCTTTGTACTCCCTCC
GTCCCATAATATAAGAGCGTTTTTTATACTAGTGTAGTGTCAAAACCGCTCTTATATTAG
GGGACGGAGGAAGTAGATAATAACTACTATCAAGGCTCGATTTGCACATTTTTAAGTATG
TTTTCTTGCATCCAAATATTGTTGCACTAAGTGTGCTTGTGGTTGTGCAAGTGGTGTTAC
TGCCTTTTGCACCCTCAAACAAATTTAAACATGTGTTAGTAGGTTGCATCTTCAACAAGT
CATCATTTTATTGCTTACATGTTTATGTTCTGTTTTTTTGGTTGAGCAATTAGATAGGCT
GCGGTGGGGGCTTTTCATTGTTAAAATTTAGCGTATGTTTATATGCCTGACATAGTGACA
TACTTAGATGTTCGACCGTCAAAAGTAAAACTCAAGAATGAGTGTTATTGACAAATTTAA
TATGTGATTGTTTTTCTTATGCTTTCATGATAAGCAGCTAGGTTCTGGTGTTGGTTTGGT
TGGTGTATGTCTTAACCGTGTTGGTGCTTCCAAGGTATGAGCCTATAATGACAGTCTCTG
TTCAAGTAAATGGTTATCTTTCTGCAAAACATGGTCGCTACAAAAATGTCTTGTCTTTCC
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GCAATTTGATAACCTAAGCTATGAGTGATTTATGCCATGAACTATCCATGCAACAAAGTT
CGTAAGCTTCTTCCAAGGTGAAACACTGATAGGAAAACAAACACATGTAATGCAAAATGT
GTGTGCTTATGCAGGTTATTCTTACCGATGGTGATGCATCCACACTAACAAACATGAAGG
CAAACATGGAAATGAATAACTTATACATTGGGGATTCTCAACTGGTAAAAGAAAGCAAGA
ATAAGGTTTGTTTGATTCCTTAAGTTAATATCAGATTCTATGCTTTCGTGATCACACATA
GATTGGTTTCAGTACGATTCTGTTTGTAAAAAATAATCTAATTTTAGCATTCTGGTTGGT
GTAGGATATAGATAGCGCTACCACAGATACATTTATTAGATAAGCATGCATGATTATATG
CATAATGTCTTCTGTTAATCAAGAGGAGTGGCACCATTATCCTGCTTGGTGGTACTTACC
CGCAAGACCACAGCTTTGGATGTGCAACTTTTGGCCAAACTTTAATCTTTCTATGTCCTG
GCATGTAGGTCGAGTGCAAATATCTTTCCTGGGAAGAAGCGTGTGAAAGCGATTTAAGAG
ACTACCAGAGAGACATAGTGTGAGTATTGTATATTCTTTTTGTATTGTTATATCCTTCTT
TTTCAGTCCTTTTGTTAAACCGTTAGTTTCTGAACTGATTTCAAATTTAAACACTACTCT
AAGAACCTTATTTACTATTGTGTCTGTTAGAGAATGAGTAGCCTAATTCCGAACTGGAGA
ACATCACATGTTCCTGCTGTTCATGCTTCTGCATATCATTTACCCTCTGTCTCTTGCCAG
TCTTGGTGCAGACATTATATACAACCCGTCTTGCGTGCCCCACCTGGTACGAGTACTTTG
TATGCTACTTAGAGGAGACGATGGACGACGTGAAATTGTCAATGAAGCAACCAATGGAGA
AATTGATGAAGTATCTGGCACCAGCGAAACTGGAGGTCCTGTGGCCTATATCGCCACAGT
TATTCGGAATGCGGACACTTTCAAATGCTTTGCCAGGGCAGCTGCTGATGCCAAGTTGTC
TGTTGTCAACATGACCAGCAGCGCAGCTCCGTCAAGTTTTCTTCCTTACATGATCTCATA
TGATAGATCGAGCGTGCAACTTCTTAAGATTACACCATTATCATAGGTTGCTGGTGAGTG
CAACTCCTGTCATTCTGTTTTGATGTTGGTTCTTAATGTTGCTTGTAGAGACATTGGTCT
TATTGGAATATCAAATGCAATTCGTTGTTCGTTTCTTGCCCTCCGTAAAGTATTTCGTCT
ATGTTTTTTTGCGCTTTGCGTTAGTGCGTCTGTCCATATATTCTGGATGAATCATGCATT
ATGCGCATATACTAGCTATCCAGGAAAAGTAGTTAAGAAGCATCTATTGCTTTATTGATG
ATCACTTTCGTTTTTTCCACATCGAGATTACTACTATTTGACTTCCATCCCTTTGTTTGT
TGTTAAGCCACCGTCACATTTGTGGTACGGCCTGGCATGGGCTTGCCCTGCAGGAATTGC
TGAAACAGTATGAGCGCTTGCCGCGGACGGTGCAGAGGAACCTCATGGCCCGCACCTCTG
ACGGACACCAGCGTAAGGCCCTTGTACACCTGGCTCCAGCCGCCGACCTAGTCAAGAAAT
CCATCACACAAGCACTAGTAAATTATGTGTGTAACATGGAGTACTAGCTACTTTAACACA
AACTAAATGTGACATCTAAATTTTTGCTGGCATGTTGCATTGTTGCAGTGTAATCTCCAT
TGGGCCATGTGAATGAAATTACCCAATCTAAGAAAATAATACAAATGTACTATATGGAGA
AGGTAGATAAGCGAATGTAGTGTTTAAAAAAAGGGGGGAATGTAGTCTATTTGTATACCC
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CTGACCTCCTGCAGGTCGTCATACCAAGGGTACCAACTGGTAGTAGTTGCAAGACCCAGA
GCGCCGATGGAGTATCTTGTTGCTGTCAAGGGGACTACCGCATCCGTGTCGCCGCTGCGA
AATAAACACAACAACATTGTGTTAACGCTAACTGAATTGTGCGGCGGGAAGCGGCTGACG
GATCGACAGCAACGCTCATCTCCCTCTATCTTTCTAAAGGAAAACTGCCTTCATATCCCA
TGGGCATCATCTTGTTGCATGACAGCAACCCGACAAGTTGCAAACTTGAGAGCTGAGCAC
AAGAAGAAAAGAGACGTCCGGGGTCCAGTTGTGGATCCTAATGTTGGGCTGACGGGTCAA
CAGAAGAATATTATGCATAAATGTCGATGGTTCATCGATGATTGTTGATTCGGATGGGTG
GCTTCCGAATGAGTGAATTCATTCAGTCAAAGCAGCGTATTATCTGCAGCTTCTCTTGTG
AACTGGCTGATGATGTCTGATAAAAGCTTATGCCCGACTTTATAGATAACGACATATGGC
AGAAACCAAAGAGTCATACAACCAACCAAACAACGGAGTCGTCAGTCGTCGGTGATGTAC
ATCGGTGTACCTATTGTCATTTAGTACTGTTTTCTTTTCGAAAAGGATGTGGGTGTTCTT
TCTGAAAAGGAGGTTTTGCCACAGCATGTGTTATTATCAATATCAAATTTATATGAAAAA
AATAATATGTCAACATCCACAATACCAAATCAATACCACTGGAATCATCATAAAACATGT
TTTTACAACATATATATCTGTTGTTGTAAAAATTCATATTATTTTTCCATGAACTTGGTC
AAAGCTAATATGCAGAGCAGGTGCCCTAAAATAGAAGAGAACAAAACGTCCTGAAATTCA
AGAAAAATCTAATCATTGGTTCAGATGCATTGCGATCAAACTGGTGCATACGGAATGACA
AGGGATGCAAACCGATAGATTCCTGATGAAATATATCGGCAAATTCGTCCAAAAAATGGT
TACCCTAGCGGAACATTTTATAAGAGAGTACCGAAGCAAACGTGTAGTATTATACAGTAC
GTAATAGTATAATTCAGTTAAGAAATGCTGGATTGCATTGTTAAGCTCAACTAAGGAATC
ATGATCTGACCTGAAGACCCAAATCCTTAGGCCAGCTGCAATCAGCTCCCTGTAGATGGG
AAGCATGGACCTCGGAGCATCATGCCAGTGGGTATTAATGGTGTCGCTGCAGGTCGCCCA
CGTGTAGTTCATGGCGCCGGTGACGTTGGCGTGGAGGGCCGTCTGCACGTCCCGCCGGTT
GTAGTACGCCGTCGAGTACCTCTCCGTGCACGGGTCGTACGACCCGGTCAGCCATGGCTG
CAGCACACGCACGGCGTTACATCATTTTTCACCTCAAAAAGTTAATGGACAACGACGCAG
GGAGTCTGTGCCCAGGATGCTCACGTAGCGCCCTCTGGTCCGCCGCCGGCTCAAGGACGA
CGACGACGACGACGAGATGTTGCAGACGGGGGTGTAGAGGCTGTACATGTCGATGTTGCC
CTGCTCCGCCGTGGCGACGTCCGTCGCGGCGTCGCACGCCGGCGAGGGGTGGATGAAGGA
GTCGTGGAGGCAGGCGTCCTTGAGGCGGCGGTAGGTGTCGTCGGAGACGATCCCGTGGTT
CCACCAGAACTCGAAGGTGCCGACGTAGTCGTGGTAGTCGTCGATGAGGCCGTTGCCGAC
CATGAAGCCCTTGAGGTTGATGACGGGGTTGCCGCTCCGGTGGACCAGCTGCGACAGCTC
CGGGACGTAGTGCCCGGCGTAGCTCTCGCCGGCGACGTAGAATTCGCGGTACTTGTAGTG
CGGGAACCTCTCGAACCATGCCGCCAGGAAGGCGTACGAGTCGTGCGCCGTCCTGTTGTC
GCCGGAGGTGTAGATGTCGGAGCTGGTGTTGGTGTAGGAGAACCCCACGCCGGCCGGCGA
ATCCAGGAACAGCACGTTGGCCACTGCAAACAGCAAAGTCAATCATTCTCCACCATTAGA
AGCTCGACAGACCGACCGTCGATCAAGCAAGCAATAGCGACCGGGTACCCACCTTTGTTC
CAGCGGTACTCGTTGAGGACGAGGCCGGCGCCGCGGGGCATGACGCGGAACGCGCCGAGC
TCCTCCGACGCGCCGTAGGCGACGGAGGAGCAGCCGGGGCCGCCGTTGAGCCACAGCACG
AGCGGCGCCGGCTGGGCCTCCTCGGGCGCCTCCTGCAGCAGGTAGAAGAGCGACCGTCCG
GCGGCCTCGTCCACCGTGATGTACCCGGAGTACATGTCGAAGTCCACCTCCGGCTGCCCC
GGCAGCCGGACCATGCGGTCCGCGGCATGGCCGCCCGCCGCCGCGCCGGGGGGCGGGCGG
CGGGGGGGGGAGCGGGGGGG