Map Locations of contig_39586 (10812 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_39586

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_55026 1 521 bp MLOC_55026.1 Available Available None
MLOC_55027 2 3160 bp MLOC_55027.2 Available Available LOC_Os02g08100.1, FRAME:-1, EVALUE:0.0, 13102.m00932 protein AMP-binding domain containing protein, expressed
MLOC_55025 2 2867 bp MLOC_55025.1 Available Available LOC_Os01g12880.1, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13101.m01407 protein VHS and GAT domain containing protein, expressed





CDS Structure of MLOC_55026






CDS Structure of MLOC_55027






CDS Structure of MLOC_55025






Contig Sequence (10812 bp)

>contig_39586 10812 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GACTTATAGATCCTGTTTACACTCACAAACACATTAGATACNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGCACTAGATGCACTTACAGTACTCAAATATTGTTGCTTCC
ACTGAATCGGGCATTTCTCGAGCTTTTGTATTCGAGCCCTCGAGGCCCCTGGCTTGTAAC
TTGAAGCTTGTATGCTTTTATTTGTGNNNAGAGTTGTGTTGTGATATCTTTCTGTAAGTC
CTTGATCTTGGTCGTACGCATTGTGTGTATGATTAGCGTACGGTCAAATCAAACGCGCCA
CATGTGTCCATGCCTTTGACCTCTCGTTCCTTTTCTTGACAACACTGTCAGGGATAACAT
CATAATTTGTTGAGAGAGTTGTACGGAACCTTGACTGGTAACAGAACCACCACCAAGGAT
GACATTCTCGGACACCTGAAAAGATAAGCCACATAGTTTTCATCAGTATCAATGACCAAC
AACAAAACAAACACTCGAAAAAACAAAAGTTAGGACTCCCTCCGTTTCTAAATTTAAGAC
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TTACGTCTATATACATTCGTATATTGTCCATATTGAAATTTTTGAAAGGTATTATATTTA
GGAACAGAGGAAGTAGTAAACCAAATAGGAAATATCTATGTGTGTGTTTGCAACTACCAG
ATTAATTACCATCTCAAGTCATCATAGATGTTCAGATCCTCAACAATGGTGGCATGGTTT
GAAAATAATAGCTATCTCCACAGTAATCGCTTCAATCAAGGACGAAGCCCGCTCCCTGGC
ATTTGTCGGAGCCACGAGACTAGCTAGCCTTACGCATGTAACCTGAAACCATATTAGGGG
CTGAGCAACCCCACTTCTTCACCCCTCCTCACTCGATCGCCATGAACACGCCTTCTAGCG
CACACGTCCATGGCATCACCCTGTAACTTTCTCCCCTTCTATCAATGAAAAGATACGCTA
TCTAAGCGTATTCACCTTTTTTTTGTTATCGAACATCTATTCTATAGCATGAGATTGGGG
AGATGCTACTGCAAGTCATCATAACTATTCAGATCAAATACTGTAATTAATTGTTACTGA
ACAAGTACGAGCCTATGACAATGCTTAGCAATGCACAATACAGAACCGAAAGCTCTCTAG
ATCGAACGAAGTGGCTTACCATCCGGTGGTGGCAGCAACTCGTGTCTTTCTCAGGCTCCG
ACGATGGCTGTCGCTCGAAGTGAGTCCACGGGCCTTTGTTGTTGCTTCCCCAGTGTCGGT
AGGACGAAGCTTCACCTGCGACGGGGAGGAACAAGTCTTGATGGATGCGCTGGAATTTAA
CCTAGCTAGGGCGTCGTCCCATGCTCTGTTCTCTCCTCTGATCCTCTCCTCTGCGTGACT
GTGTGTGCTTGAGGTGTGTGTGTTTAAGGGGTTCCCCTCACTAGGATTGAACGGAATGAA
GGGGAAGGCCCAAAATATTCCAAAATATTTTATGTGGGCTGGGCTGGGGGAGGTGGAAAT
ATGGTGTGCAAGGTCTTTGTTTTGTTTTTTTTTAAGTGAAATAATTTGGTTTTAAACTGA
AAAGACCCAAAATGAACATGGCTTGCTGTTTTGCAAACTGACACCATATGAGAACATGAA
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CAAAAAGAAAATCATTTAAATTCTTATGATTTTCTTTGCACGGGTTCATCCACTGTCCCG
TTCAAAACCGAAGCCTACGTGAAGAAACGAATTAATTAGGCGAAACAAAAAATCACGCGC
TCCAAAGCGAGTGTCGGACAGCTCAGATCACGCAAAAACACACGCTGCCACCGCCAGATC
CCGTCACCTAACTGCCCCCCATCTATTATCACATCATCATCACCGTCGTCGTCGTCGCCG
CCGCCGAAGCATCGAACACCCACACAGTGCACACTGTACAGCTAATTTTCGCACGACCTA
TAAACAACCGGAACAAAAAAGAAGAGGGAAAAAAAGAGGAGCCAGGCCTAGCCAAGCCCT
GCCCGCCCACCGAGAAAGGAACGCGGCCAATCTGGTGGCCTCGTGCTCGCAGCCAATAGC
CCGCCTCCGATCCGCATCCGGCCGAGCGGCGCAGCCTCCGGGGCCAGGGCCGGTCGGGCG
GGCTCCCCTGTCACCGGCGGCGACGCGCCATGGCCGGCGCCATGGTGGACCGGGCCACCA
GCGACATGCTCATCGGCCCCGACTGGGCCAAGAACATGGAGATCTGCGACATCTGCAACC
GCGACCCCGGGTACGGTCCCCTCCCCCTCGCCCAGCCGATCCCTGCCGTGTCGCCCGAGA
TAGTAGGAGTGCGTTGCCATGCGTGCTACGTACGTCGGGTGGTTGGCTGGCCTGTCCGCC
CGTGGCGTCTTACGCGGGGGAGCTATGTCGTGGATGGAGTTGGCACGATCTGGGGTAGGA
TGGAGCGTGATTTTATGTTGTGGGGCGGCGTGATTGCTGGAAATGCTTCTAATCCCGACA
AATTCTTATGAGCGGTTAGTTTTGACCGGAACGAGACAAACGGCTCGAATTTGGATCTTC
CTGGAGTGCCCAAGTCAAATACGGAGATACAATTCTTGGAATTGCGATTTTGCGAGCCGT
GGATCTGGTTCCATCCATTTGCGTTCTGGTTTCTGGGGATACGATGTTCGATCGTATACT
GGTGTTTTTAAAAATTCTCATTCATTGTTGAATGGAGATTCGCTAGTGCATATAAATTCT
GTTTGTTGGTTATGCTAAGCTCAAGGACATTCTGCAGTTGACCCAATTATCAAGAGCGTG
CTAGTAGTCTACCCCTGTGGCATTGATCAGTATCGTTCGTTTTGCTGGATAGATAAATGA
ACCAAATGGCTATTTCACCCCGTGTAAATTTCTGTAGTGATAGCTTGCACATGACCCATA
CCGTGTTTGAATATTTTCCCCTCTAGTATGGACTGGATGCCTGATTTTCTCAAGGAGAAA
ATATATCTCTAGAGTCAGGTTTTTACAAGCTTCGATCAATCCACTCATTCAATAACCTGA
GAGTTACATAAGTTATGCCTCGTTCTTGGACCTTAAGGCAAAACATAGAAAGTAAAGAAA
TGGAAACAAAATGGCTGCTCCTGGAGGCACTTGCTTAGAGCTGCATGAACAATGCAGGTT
ATTTAGACCCTCACAAGGCACATGAAAGATGAGAAGGACTATGTTGTGAAGTTCCTTACA
ATCCTGAAGACAACTTTACAACTTTTTAATCTTCCGGTTGCAGTTTCTATGCTTCTTTTA
GAAGTAAGATTTTATTGCTTCTGGTCTCTGCACCCACATGTAGTTCATCTTTACGAAGTT
CAGCTAAAAAGAGCACCACAGCTTGCAAATATCCAGGACAAAAGAAAGCAACTAAGTCAT
GCCAACATCGCCTAGTTGCCAACAGTTTTTATGCTATGTGGCAACAACTTTGAACTAATA
ATAATTGGATTAGATCATAAACAAGAGAATTATACATGATGCTAAATAAGGTCTGAAAGA
TGTATATTAAAATGCTGCTTGAATGCTGAATTGCTTTTTCACCAAAGTGCACACTGACAC
CAGTGGAGCTGCCCAACAATCCTTCACCTAGTACAGTAGTTTTTATTAAGTGGGAATGGC
CAGGGTGCTCTTACACCATGTCGGGCTAGGTCACTGGCTGTCCATCGTTTTCCAGTAGTA
ACTGTTTACTGTAAGTTCTGCCGAAGAAGAGTCCATCAAGGTGAGCACCTAAGTTAATTC
TGAAGTAACTGACTATATCTTCTAAAGATACTAAATGAAAAGTCATTGTTGCTGTTGCCT
CGTAATTATCTAATCTTACCTTTAATTATTAGCTGTACTTGTACTTTCCCCGAACTTCCC
AAGATTATTTATTAGTCGAATACTTTGATGCATTGTTTTATCTGCATACGTGGTGTATGC
CTACTTAGCTTAGCACAATTCTGTTGACCACTTATTTTTTTACTACAGTTGACTACTTGT
TACTGCTAAGATTAGCATCGGAGGCCAGTCGGAGGCTGTTTATTATGTGTTGGTTTTGAG
CAACAATTAGTTTCTATTGCAATTTTTAAACATATCAATATAGTTTGCTTTCCTCGATTC
TTTTTCCAACTATTGTGATTTGATATGAAATAGCTGAGCTGACTCAGAAGAAGCATCTTA
AAATATAGTTACTGTTAATTTCCTTCGCTACATGATTTACTTGTTGTCAAATACTGATAG
TTGTTAGTCAACTGTTTGACGTGGTAACAGGCAATCCAAAGATGTCGTGAAGGCTCTCAG
AAAAAGGATTGCACACAAAAATCCAAAAGTTCAGCTTCTTGCACTAACTGTAAGTTTATT
TGCAGTTTGGACTGCTCTTTAATGTGGTGTCATTTATAGTTTTATAGTCATTGAGAGAAA
ATCATGCTGTGTGCCTTTTTTCAATAGAATTGAGCGTAACTATCTGGTGCTTAGCTTCAT
TTACATTTTTTGTCTGCATTTCTGAAGTTCGTGTTTGTGTGCATCTTTCTCCTATGCTTC
ATGAGTAGATGTTCATTTCATTATACCCATGCTGCTTGTAACAGCAGTGAACATCATGAT
GTTACTGAAAATAGGTGCAACGGTTATTCCAGTCTTTAAATCAGATGATCTTATGTAGTT
AACTTATATACTATTTGTTCTTATCTGGCTCAGTAAAAAAGAGTATAATCGATGAGGACA
TAGCTGATTTTTAATCAATTTATTCTTTTAGCTTTTATGTTTCATTAGTTTACGATTCAT
TATGGTTTGTGGGTGTAAGCAGGATTCAGTTACTGTCTTGATGATGAACTGATATTCTTC
TACTCCAGCTGTTGGAAACTGCAATCAAGAACTGTGGGGATATATTTCACATGCATGTTG
CAGAGAGGGACCTGCTGCATGAGATGGTCAAGCTAGTGAAGAAAAAGGTTTAACATTTGT
CATAATTCTGAGAACTACAATGGCTTTCTTTTAGTCTGCTGAATGCTGAGTGCTGAAGTA
TGATGGTCTATTCATTTCATCTTGCAGTCTGATCAACGCGTCAAAGACAAGATTCTGGTT
CTAATAGATACATGGCAAGAAGCTTTGGGGGGACCACGTTCAAGATATCCACAATTCTAT
GCAGCATACCATGAGTTAGTGGTATACTTTCAAGCCCAATTTGATTTATTAGGCTCTAAC
ATACTCCCTTCGTCCCGTAATATAAGACGTTTTTGGAAGCTATCTTAGCTTGCAAAAACG
TCTTATATTATGGGACGGAGGGAGTATCACTTAGCCAGTTGTCCTATTTTAAAATGTTAC
TACTAATATGATGTTGTCTCAACCTTATTGGTTTTCAGGATGAATACATGGAATGCTATT
TAATTCTAAAAAGTACCTTTCCGTTTCAAATAATAATTATGCTGTTGTTCCCCCTTACAG
CGTGCTGGAGCTCAATTCCCCAAGAGGTCTGAGAGACCTGCACCGCTGTTTAATGGGCAG
TCTGAAGCAGTGAAAAGTATGCGTAGTCCTGATCAACGGGATGAAGCGGAATCTTCTACT
GGAAATGACTTCCCTGCTCTGAGGTGTGATTTCTTTCTTTTTGTTTCTGTTTTCTGCTGT
GAGGTTTGAGGTGTGCTTTCCTTCCTTTTGTTTTTACTTTCTGCTCTGAGGTTGTACTTT
TCAATCGGCAGAATTTGCTTCTGGACCTACTAGGTTGACAATTACTGAAACAGACTGCAA
ACTCGATAATTTACTGATGAAGACTGGAAATCATGGTTATTTGCTAGAACTCATTAGAAA
TATCACTTAGGGCCTCTTTGATCTGCAGGATTTCTAAAATACAGTAATAGGAAAAACACA
GAAAAGGAGTGCATGCCATCTTCAATACTACAGAATTAGTGTGAGCGTTTGATTGTGCCA
ATGAAAAACATAGGATTCTTCACATGAGGTTGGAGTGGATGATTTTTTTCCCTATGAAAG
TTAGTAGTACAAATTAATCCTAAGGAAAATTTCCTATGTACTGTAATCCTACAAAGCAAG
CAACCCATGTAGGAAAAATTCCTAAGGATTAGAATCCCACAAAATTCCTTTACAAGTCCT
TTTAATCAAAGAAGCCCTAGACTTCAGAAAAGAGAAGAGGTGTGACTATGAGAAGTCCTG
TTTGTCCTTTGGATAGAAAGAAGATACAAGGTTGAGCAATGAGTCAATTTCGTGGTGGGA
GTTGACTTCCAAGGGCAATTAGGGCTCTTCTTACCGTTTATCTATGTATCATAAATTTCA
GAATAGTATACTATTTTAATTGGTCCAATGTGCTCCAGCGAATGACCAAAATTGTGTGGA
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TTTTGCCTTTATTTTTAGTCTTGTCACTTCCCTATAACTTTTGTATATTTTGTTATTGCG
TCTCACCATTGTAATGTGGTTCCCTCTCTGGTTTGTGATTTCAAATGTAAACTTGAGCAT
GGGATGTTGTATAAAGTTAGTTTCTGTTACTCCCTTTGTATCAGTCTAGAGATTCTACGT
AATATGAGGTAAAATGACATGGAACAATAGAATCACAGTGTGCAACGATTTTCGAATCTT
TTCCGTATAGCAGTCTAATTTTTTTATAACTTATTATCAACTTGTTTCAAGCACTGGCAT
GACATGAGTGTTCATGTAGTCCTCTGAGAAATGGTAAATTCAAGAATGAAGAGTGCTATT
CTGTTTTATGTCCAGATAATCTGGTTAGCCTCTTTAATGTAACAAGACACCAGGTCTTTT
CTTTTGTTGTGTCTCCAGTGGGCATCTTTGAACACAACACATATGTTAAATTTAGCTTAT
GTGCAGTCTTACCCCATTTTGTATTGCAACCTTATGTTAGTTTCAAGGATGGATTGAACT
GAATACTGCATATATTTTCAGCATGTCAGAGATTCAAAATGCTCGCGGTATCATGGATGT
ACTAGCTGAGATGTTGAATGCTTTAGACCCTGGAAACAGAGAGGTACCAAATTCCATCAG
AGTTTATTTCAATCTGCACAAAATGGACCTCTTATCTTTTATGAAGTTGCAGCCAACAGT
TGAACGTTGTATCCTGATTTGTCATTTTATGATTTATAAATCTTCTCTTTGGGAAATATG
TCCTGACCAGTTTTAGTTTCAGATATAATCTTGTTGTAATCACATGAAATTGATTGTACA
TTTGTACTTAAAAATAAAATATGTTTTTGTACAACTTGCTTACATTCCGTCAACATTATT
CAGTATTTGTGATGTCCAATCCGAGGTGTCTAAGATACTACCAAGGCTTCAAGGCCTACT
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ATAAATATAAAATGCATTTTTAATTAGAAATTCAAACCCATGGTGTTCTTGCTGTATTCA
TGTCATACATAATAGTAGAAAAAGCTCTACACTTACAACCTTTTCTGAAATTGCTGACGT
TTGCTGATCATGTTCTTGAAATGCTATGTACACAGGGACTAAGACAGGAAGTAATTGTGG
AGCTTGTTGATCAGTGCCGCACTTACAAGCAGAGAGTGGTCCAGCTAGTTAATACTGCTT
CGTGAGTGCACTTACTTTGAATCATCTAAATTTTGCATCGGTGGCAGGTATATCCAATGT
TAGTGGATGTTATTTTTGAAGATATAGGTAGCTCTGTGTGACTGAGGTTTCCTTCCTTAA
GCACTTTTTTGGATCGTCGGATAAGAGGACGACAGAAGATCTACTTTGTCATTCGTTTTC
TATTATCACTCAAGGGCCTATGAGATACTCCCTCCATCCCAAAGTTCTTGTCTTAGGTTT
GTCTAGAAATGGACGTATTTAAATACTAAAGCGTGACTAGATACATTCATATCTAGATAA
ATGTAAGACCAGTATTTTGGGACGGAGGGAGTAACTGTTAATGTATCTGGATACTTCAAA
AACATTGTTTGTCATTAAAAGCTGACACGAGTAGCTTGTGCTGTTTTGTTTAGCTAAATA
ATGTAATTTAGCTCCGTATTTGTTGTGTTGAATCTACTTATTACGTGACTATGTTCTTCT
TATTTACAGGGATGAGGAACTTCTATCACAAGGGCTTGCACTAAATGATGATTTGCAGCG
TGTTCTAGCAAAACATGACGCAATTGCTGCAGGCATTGCTGTTCGAGTGGAGAAAAGACC
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GCAAGCACTAGTAGATATTGATGACCCTACAAGCCAAGATTCTAAAACAGAGCCAAATCA
AAGGTTTTAGGCTTCTTCTATCACATTTATATATGCTTACTTCTACATAATGTTAAGGAA
TGATTTCAATACGTACTTCAAAGAGTCTCTGTTGATATTCATATGTATTGAATTGCACTT
TCTATACGACTCTTCTAATTAACCTCTGTTTGTGTGTGATCTGCCCTTGTACCAGCACCA
GTGGGCCGTCTCCTTTTGAGCAACTAGCGCTTCCAGCACCTCCGGTATCGAATGGCTCAG
CAAACGCTGCACCAAAACCTGATTCTGGCATTGATCTTCTTAGCTGGGATGATACCCCAT
CCACTGCAGAGAATTCACTGGCTCTTGTCCCGGTCACTGATCCATTGGCTGACTCTACTT
CAAATCAAAATGCACTGGCAATTGTCGACATATATTCTCAAAACAATACTGCTAATAGCA
ATGCCAAATCACTTGACCCCTTTGGTTTCGATTCAAGTCCCACTCTTGGATCACAGCCAT
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ATTCTAATGGAAGTGCTGTAAACCCTGGAACATCTTATGACCAGGCGTCACAATATAATC
ACACAAATTCCGGGTGGAATGGTCAAGTTGCCAACCATGCAGCACCCCCGCCACAGCAAG
TAAATTATGGTACACAATGCAAATTAGATTGTTACTTTTCCACATGTCTCTTTTATATCT
GTTGGAAGTATTTCATTATCAGTTCAATTGGTTTCACTTGCATGCCTTTTGCATATCTGA
ACACACTACATTCCTGCAGATCCGTTTGAAGAATATGTGATAGTCTTGTGTGAATTTTGT
AGATGATCAAAATGGAACCCTTCCGCCTCCGCCTTGGGAAGCTCCAGCAGTGCCGAGCAA
TGAAATGCCAAATGGCCAATTGGGTGGTATGCAACCTCTCCCAACTCCAGCAAGCCAATT
CGGTGCTATGCAGCCACTACAACCGCAGAACAACCACATGGCAGGTCTACAACCGCAGCC
AATGTATAACAACCAACCAGGAGCTATGCTACCTCAAGCAATGCAGTCCAACCAAACTGT
TGGAGGGCAGATGCAGCCAGGTTATGGAAACCAGTATGGACATTTGGCACCACAACCCAT
GCCAATGCCAGGCATGCAGTTCACTGGTATGCAACCATCGCCGATGCCCGGAGCGCAGCC
AGGCATGATGTATGCGCAACAAATGCCGGGGGCGCAGTTTGGAGGAATGCCACAACAGCA
GATGTACGGTGGTGGTCGGATGGCGACGCAGTACGGTTATGTGCAGCAACAAGCAGCACA
GTACTACAACCAGGGAAGGCCAACAATGTATGGGCACCCTGGTACCAACGGCCTCTCTCA
GAGTATGTATGGTCTCTCCATGCAAGACAACTCCTATATGGGGGGGATGAACTCGACCTA
TCAGGCGACATCCTCTTCATCCTCCATGGCGCAACCCATGAGGCCGTCGAAACCCGAGGA
CAAGCTCTTCGGTGACCTTCTCAGCATCGCCAAGACGAAGCAGAACAGAGCTTCGTGATA
TGACGGAGTGAAAGTGTAAGAGGTCCAATATATATTTTGTCTATTTTTTCTTACAAATTT
TCCACGTGGCTTGATCATATACACTTGTGTAGCAGCCTTCTCTTGCGTTGGATGTGTAAG
CTTCAGTTTTTGACGCTGCTTCCCCACATTGATTCCATTATTAAATTCCGTGTGTACTGG
TCACGCCAGAGAGGAAAACGTCAGTAAATGGTGATTTAATAAAGATTAGATTGTTGTGAG
GCATTTTTTTACTGATAACTACTTGCTTTGTTTTTAAATATAAGTCTTTTTTTAAGGTTG
CATTAGAAGACTACGGATGTATATAGACATATTTTAAAGTGCAAAGATTCATTCATTTTG
CTTCGTATGTACTCCCTCCGTTCCTAAATATATGACCTTTAGAGATTTTACTACGGACTA
CATACGGATGTATATAGACATACTTATTCATTTATTTTGCTTCATATGTAGTCTGTAGTG
TAATCTCTAAAA