Map Locations of contig_39379 (9657 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map locationNo map locationNo map location




Predicted Genes from contig_39379

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_54765 1 537 bp MLOC_54765.1 Available Available None
MLOC_54766 1 1725 bp AK355067 Available Available None





CDS Structure of MLOC_54765






CDS Structure of MLOC_54766






Contig Sequence (9657 bp)

>contig_39379 9657 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
ACGTTTTTGACTCACATCGTCGTAATTNNNNNNNNNNNTTGATCCCCTCAAACGGTTTAC
GACGATCTCAGATGAAATCGTCATAGATTTACGACGATTCATCAACGACATTTTAAAAAA
CGTCGTGTATGAGCATATTTCTTGTAGTGTTAGGGCCAACTATCTAAATTTATCACACAT
CACACATATACTACTTTAGGGCTCCTCATGTATCATGTTATTTGCATGCAAAACTAAAAA
CTTTACTCAAAACTAACTCTAGCACTATGTAATTCTTTACTGGCTAGATAAACATGTAGT
TTTGAAGCATTCAACTCACCCATTATCACATAGTACCAGAGTACATTAATTTTTGAATGT
TCACATGATGATGTAGAACTTTACATCGTCTCTAAACTTGCTTTGGAACAACCCTCTAAG
GCATCCCATTCAGAAGAAACAATAATGGTTGAGATGCAAATGTACAGAACTAAATGTCAT
ATAAATCGAGCCCATGCTACCCTTTTCTGAAAATATATTGTGCAAGCTAGTATGGATAAA
AAATAATATGAAGAGTTTTCAACACTCAAAAGTTCTCATGAAGCATTCAATTTGCTAAAA
AAATCATAATAATTGATTGTGGAATCGTCAAGTGGTGATATAATATTGTGGATCAATAGA
CAATCAGCAGCATATGCCAATTCAGAATAGAAGCATTCATTTTTGAATTGATGATAGTAA
TTACTAAAAATATATGTTAAATACATTCCTTTACAAAATTATTTACATAAGAAATGCCTT
CTATCAGGTCTAAATATAAAAGCAAACATGGAAATGTAAGAGAAAGGAACAACAATGGAA
TTTTTGTAGTTGTTGGAGTAGAACATCAAAGAATGCAAATCGTTTTATTCCTAGTTGGTT
AACATCGCTTCAACATTTTTAGAAGCACCATATATGTTTAATCGATGGATTGGCCATGAT
ATAATCTCAGAGAATCATAATTCATAGAGAGTAGATCTTAAAAGAAGATGAGCATTACAA
GCAATGACCAACTAGTACTTATGCTTCACTTTATCAAAAATAAGTTAGCGCCTTTGACTA
CCCTTAGAATAACTTGGTAACAACTTCTTAACTATTGAAATAGTAGATTATGAGAACCCT
TGACCATAATTCTATTTTGACACAAAAAAATCCCCAACACCATAACCACTACACATTTGC
TACTAGTACATATGAATGGTTGGGGCATCTTAAATATAAGTCCAATGGATGATGTGAACG
CCTCGGCCTAGTTTCTACTTGCGAAAATCATTAGAAAGATTGGACGGGCAATACAACCGC
AGTAGGAGTAGTATGAGTGAAAAAAAGATACAATCGTCGTCCGACATCAAGATTTCATGT
GATGAAAAGTGTTATAGTTTGTTCTATATTTAGACTATAGTTTTGACTGGAATATTAACA
AGGCATGTTTATGGACCTCAAGATGGGTCAACGACGAGGCCCCGAGTGACATAGTGCCTA
CCATATTTAGTCATGAAATCTTCCATCTCAATGACCATCTGCCTTAAAGCCAGTGACACT
TGACACCCTTTAATGACTTATGCAAAGGGGTCTAGTAGCCGACTATAGACTAGGAAGAGG
AGCCAAAGTTGCAACTAAAGTACAATTAAACACTAAGTTTCAGGTACATGTGGGCTCGAT
CACCTGCCTTCTTGATCCAGGAAAGCTAACATATGTGATATAATGCCACTAGCAGATTTG
GTCGAAACAAATCTGCTAAGTATCTAATAAAGAGGTAACATAAAGTATGATCAACCTTGT
TGTTTGGTAACTGTGGTGTTTATTAGTGAATAATGAGCAGGTCATGTGCATGTTAATTTT
AGTAATAAACTTCTCAGGTTGCTACGGTGCCCGACTGCGTGCTTCAAGGGTTATAATACT
TTATTTTCCACTTAAATTAATCAAGTACATTGGTAGTATAACCGAACAAATGAAAGATAC
CATAAGAAAAAACAAGCGAAAGGTGTGTGATAGAAAGCACTCGTCAATCAGATGTGGATC
GAGAGTAACCATGACAGGACCAGTGTGGCGCCTAACAAAAATGGTCCAATGCCAATGGAC
TATGATGATTTAGTTAACCATAGTGCAAACTGCAACATTATTTTGTCTTACTAGTGTAAT
TTTTTGTCACTCAATCATTATGCTAGTAAGTCAATTGCAACTATTGTAAAAGCACTTTAT
GACCTCATGTTTAGTTAGTAAGCTCCTAGGAATGTCAGCGTCTGACATAAACATGAAGAA
CTTGCAACACACACGAAAGTGCAAGAAAGTAGTAGGAACCAAGAGACGAGGAGCAAAGCT
AAGCACATGGAGTGAGGTTCTAGATGCGCCCACACATCTATTGAAGGAAAAGATCTCAAA
CCGCATCAAAAAAATCTAGAAAACTGTCCATGTATGCCTAATGGCACGCAATCCCCACGA
TCTAAGTGTCTAACATCATTTCCCCCATCAAAAGGTTAGGTCCTAAGCATATCAATTGAC
ATCCTAATCCATATTTCTTGCTTCCACTCTTCCACTTTACACAATCTATTGTATAGTTTT
GTTTTTTGTGTGCTTCACGACCTTTTATGACATGGTTTGGTGGATGCACTTTTGTGAGAT
TTATTGTATCATGAAAAGAAAGTTATTCATTACAAAGCTTGTGGTTCATATTGAGGATCA
CTTTACTGATGTAGGAGTGAAAAAGTTCTCATGCTTCGTATTTATTATGGTATTTATTAT
CAAGGAACAACACCTACCATGACATGGGCCATACACCGGCTTAGGCTACTAGTGTATTAT
AGTATTTGCATCACAATTAAATTACTCTATAGAATTTCACTCAAGGAAATAGATTGCAAC
CAATTAGCATAGCAAGCGCATGGGTGCCATCTTGTTATATTTTAGATTTGCATCCTCATT
TTTAAGATTGCTTGGACACGTGCATCCAGTAGGCCTAAGCTCATTTCTTGCAGTGTTAGT
TTTATCCCTCGAGTAATTCATGTTGGTGTGAACTTCACCTCAACTGCCAATAACATGGTA
TAATTCGTATGTGACAACACCCATCCTTGGTAAATCCTGGTTTTGAGCTGGTGTGACATG
ATGAATATGATCTTTGACCTAAGTGGCATAGTGGAGGTTGCATTTGTCCTCACATGGCGT
GTACCTTGAATCCTCTTCCTCTTCTTTCTCCACTACGCCTCCTCATCCTCCTCTAGACAT
CATTCCCTCCAACCAGAGCTCTAATTATGCCTCACAAAAGTCGAGTGGGATAGCTTCGTA
TGGCAAATGATATTGTGAAATAAATCACTGAGAATCCATACAAAAGAAAAGGATGCTACT
TCGGTTTCACGATGTTGTGGACCACTGTTAGGTCAACAACCCATCAACGCTTCATCATTC
TTTCAAGGATAATTTTTTATATGATTAAGGATGGCAATTTTATCTATGGACATGGGTACT
CGACATGCATGGGCAGAGTTTGCAAAGATATTTTAGCCCATGGACAACGGAGGAACACTA
CCTTACAAAATGAGATGTGGGGGCATAGTATTGTTCGTGTTCCTAAACTATTGAAGTCCT
ATAGTTCATTTGTGAGATGTGCACCTGTGTATGAAGTCCTTTGTTCAAAACTTCAAACTA
TTTTAATGCTATTGAAATCCTTTTTATTTGACCATGTCGTGAAACTGAATAATATTTAAC
TTTTTTGTCAAAAAATACTATTGGATTACATATACTTCAGTATGTGTATTGAAATGCTTG
TTGGGTACTGATTAGACATGCCACATGGGTATCCAGTGGGTATGATAATTGACAAGGTTT
TGTTCATGTGGGCTTTGGCAGACACTTGCGCCTATAAGCATGTCGGGTATAGGTACGAGA
TCGTTTGTTTCTTTGTGATATCATGAGATGGTTGATGCGAATATGGCCGTTGTAGTAGTT
TGTGTTATAGTGTTTCTATCACTTTTTCTTCGCTTAGGCAAATATTTAGTCTCGTATGAC
TTTGCTCTTTGTCAACGTGTTTATTTTTGTGTGTGCGCGCGCATGCATTGGGGTTGAATG
CGTGCATCCTAATTATGCAAAGGTGATGTGTGTGCTTATTTTGTTTGTATCCACTTGATA
TTTCATTCTGAGTCAATAAAGACCACTCTTTGTCAGAAAAAATAATCGTAAACCACTGAT
CTTATAATTTGAAAATTTCTTGTGCTAGGCTTGGTGGAGCCCCCCTCGTCCTGACACACA
TGTGATTTCAGTGAGTTGTGTGCGCTTTCTCAACAAGCAAAACGATCTATGCATAGTACT
GAAGTAGCATTCCGTGATGTGACACCGACTGCCTTTGAATGAATGGCATATGGGCCCACC
ACCACTCCTCACTGAATATGTGTGCCATTTTATTAGTGGAAACAACCCATGTCACCCTAC
CAATAAACATAGCACATTAGATTCAAGGATTTGAAGGGGAAAAACTGGATTCGAATCTTA
ATTTCGTGTACCGATTAAACACCGCATACATTCATTCATACATGTTTCTATATGAACAGT
TTGAAATCCATTCAGACATGTACATACACCAAGGTCATTTTAGGGTCACACTAGTATCAT
GTTGACTCTAGCACACATGGCAGGAAACACAGTTGATTGTCAATCTACAATCTTAGCAGG
TAGATTATCGAATCAATCTTATTTTAAATACTTCCTGTAAAAAGGATGCTGTTGAAATGC
ATGCTGATACTAGTAAGTTTGGTCCCGCTAATTGCAACTACTCCAACAATTATTTGGCCC
GAAGCGCAATCTATCTCCTTTTTTTATCCCTTTTAGCACCATGGGTCAATAAGTTTGTTC
ATTGAACGTGGAACGCTATCAAGGTTACCCTTTGGGTTTGGGTGTGGGGGAGCAACACCA
TGCAAGGAGCATGACAAAGCAAATGGAGAGAGGTGTACTTGATGCATCTTCGACGACAGC
TAAAGGAAAAGGCTTCATCGACGAGCAAATAAACTTGCAACTTATCCCTGTATACCTGAT
GTCTCTCAAGCCCACGATCTAGTTTCTAAAATTTAATTTAATTTCCTAACCAAAGGTCAG
ATCAGAAGCATGGCAACCAACTTCCTTATCCATATTTCTTCCTTCCACTTTTTAAAAGCT
ATTACTCTTACGTATCATGTTTTCTCTACTATACTCGACCTTTTATAACATGATTTGTCT
AGATGCATGCTCTTTAACTCTTTAATTGTCTCTCACTAAATGAAAGCTATTTATTACCAA
TCATATGGTTCATATGAGGATCACCTCTAGAAACATGCTTTTGACCTGCTTTATATATAA
AACAACATAACAAAGTACATGACCGTACGATATAATATGATGAAGATGCTCTCTTATAAA
GCAGAACAAAAGATACAACATGAACATGGACCAAGACTAACACCTCATCGGGGCTCGACC
GAAGAATCCTAAGGTCCACGAGGCCCTAGGAGGGTGACGGTCGTCGATGACATTGTCGCG
CCTTGCACATCATGCCCACACCACCGGCCGTGCAGCTTACTGCAACACCGTAGCAAGGCA
ATGCGTCATCGCGGCAAGCATCACGGCCGCCACCGGCAAGCGCGGAACTGGGGGACCAAC
GAAGCTCCATTGCAACGCGGAGCACTGCATCGCAGCTCCCGGGTCGTCGACAAGCGCCGC
ATCGCACATCGGAAGCTGTCGGCAAAGCTTCATTGCACCATCGAGGTTGCATCACGGCCT
CGGGCCGCTGGCGAGCGCTGCATCGCAACACCAGGAGCCGCCGACGAAGCTTCATTACCG
CACCAAGATTGCATCATAGCTCCAGGCACTGCCGTGCTGTAATCAGCCAACTTAAAACAA
ACGTTTTCACTAGTCCCCTACTAAACTCCCATTTCTTTTCACCATTGTACCTAAACACGC
TATAGATTGGAATGTAACGGGGTGCAAGACGAGACGTACAACTTTTCGGACGTAAACAGA
TGAACATGGTTGTGGTCTTTATGTTCCAGATTAATAAAGATACACTCCCTCTGTTGTAAA
CAGATGAACATGGTTGTGGTCTTTATGTTCCAGATTAATAAAGATACACTCCCTCTGTTT
CTAAATATATGACATTTTAGAGATTCTACTATAAACTACATACAGATGTATATATACATT
CGTTTTGCTTCCATTTTGCGCCGTATATAGTCTATAATGTTGCTTCCATTTTGCGCCGTA
TATAGTCTATAATGAAATCTCTACGAGGTCTTATATTTAGAAACGAAGGGAGTATAAACT
CACTGGAACTCTCCTCAAATTTGTTTAATGAGGCTAGATCAGATGTAAGGATTCCATTGG
ACATCTACCTACCCTACGAAAAACAAGTTTCTTTACAGCAATCCTACAACACAAACAAGT
TGGCCAGAATGTATTCATATTTTTCCTTGAAAATCACTTCATCGAGACAAAATTCCGGAA
TCCCTTGCCATTCATGATGATCAAAATGATGCCTGAGAACAGGCTGTGGCACAGCAGACA
AATCTTGCATAAAATTATCGGAGCGAAAAATGGAGAATTTTATTCAACAAACTCGTTATT
TGCACAACTACACTCAACCATAGGGGGACACCAACCCCACCAGCTACTTTGCAATATGGG
TTTAGTTCTCATACTAGTATGTACATTGTTTTTCCACGAAAAAGTAGCCAAGCCTCTCAA
TTAGCATGACATATTATATATCATATAAAATCCCACCTTAACACCAAATATCCTGCACAG
GAAAAGAATGGTGAGTAATCGGCCATTGCTATCACTGTGTCTTCATAAAGCAGCTACTAT
GTAAAAGGGGGACGCTTAGATTAGTTTGTTGAATAGAGCTTTCAACATTTTTGACTCGGA
AGTAGTTAAGAAACCATGCGGAGAGTTCTAGTGAGTTTACATCTAGATGTTGGATCATGA
TTCATGAATGTGCATGTACATAAAGTTTGCAAGTTCTAGTGCCACAGCTGCTTTCGTAGT
TCCATATCTAGTTAAAAGTGATCATGATCATGATCCAACATCTAGTTCCCCCTTCACAAG
TAGTTTATGTGCATACAAAGCAACAAAACCATTGGAGAAGGGGCATATAAACTTCCATAA
CCTAAACTGCACCATGACATCTCTGGTCCCCTTTCACGTGGGGCAGTCTTCATTACTATA
TTTATTTAGAGTGGTCATTCAAGGGCTAATTCAATATTGGGTGTGTTTCTCTGTTTCTAG
TTAAGAGTAATGAACAAGAAGAACAATTTAATCCTGCAAGGTAACACAGTTCAAAAACAG
ACTGCAGCGCTACACAGAATGAATACTCACCCTATGTTCTGCTAACTGACTCGGCAGCTG
CTGGCAAAGGTTGACGATCCTCCAAGAATGTTTGCGCTGAAGGAAGAGAAGAGAGGCTCA
TTCTAGCGGCCCCTTTATCTTGATGATCTTCTGTTTCTTTGCCATCTGAAATACCTGTTC
TAATGCCCCTAGAGGGTATAGAAAAACTGCGGGATATAGGACCAGGCGGTGTTGGTAGAG
GCGATGCAGTTTGTGGAGCACTTGGTGGTGTTTGCCTGGCCCTAAAATTAAAATGGTCCT
GCCCTGAGTGGCCTCTGGATGCCAACGGGGCAGAATTTGGTACCAACGGCGCGGAGTGAG
CGACTAAACTAGAAAATGCTGTATTTCTTGATGCACCAGTGGGCGGCCGCGGCAGCTCGT
GAAGCTCCTTAATTCTGGGTGAGGATATGGGTGGCGGGGAGGAACTGGGTGACACTCTCA
CATGAATTGTTGGCTGATGTGCAGAGCTGTGCCTTGCGGCGGCGGCATCAATATTCTCTG
TTGACCTTGATCGGAGAGGAATCGGACCAGAAAAGGACCCCCTCTTCACTTTTTTGTTGT
CAGAAGAAGCCTTCAAATTGTTATAGCCTGGTAAAGCCGGATCAACAGCTGGGAGCATTG
TCCTTATTTCTGCTGTATTGGTATTGCTTTCTTTCAGCACAGACTGTGCATTAGATAATC
TGGCGGGACTTGGTAGCTTATTGTCTCTTAAAGCTCCCATATGTGTACTTGGGTTGAGCG
GAGATGAATGGAATACACTTTTGCTCTCAATAGGAGAACCACTTGTAGGATTTCCTGCGA
TTGTCTGAGAGGTGGCTTGAACATCATTTGGAGTAGGCAAAACGTAAGTATGTAACTTCC
TCGTTGCAGAACGCCGCAACTCTTTTACTCTTTCTGCTGTTTCAAGCTTCTTCTCAGGAA
AAAGTGGAGCTGACTGGCTTACAGGTCTTTGTCTTTCACCAGGAAAAGAGGAATAATCTC
CTTTGTTTCTATCAAAAAATTCCTGCGAAAATAAGAAAGTCGACTCTCAAGATAGTGAAG
ACAGGAGAGGAACAGTTGATGAAACAAACCGCAATATGTTGGACAGGAGAAGTTAGACAA
AATTAAATGAAAATTTTAAGGTGTACAGAAACCAAATTCAGTTTACAGATGGCATTTATC
TATTTAGATCTTTTCGACACATGGAGTAACATACTGCATAACTATGTGCATTCCAATTTT
CAGTTTATAACAAAAAGCTAATCCTTTTTGAGAGAGTGCAGATAACTACCAAAGTAAATT
CTAGAAGCAGCACAGTTTTTCACAAGTGCAGTGAAACAGTTGTAAAAATTCCACATCAAG
CAACATAACAGCATATTCTCCAGTTTGACATTTAACTATGCTTATATACAAAGCTATAGT
AGTACCTCTGTAGGACTATGGGAAGCATGACCAGCTTCTGCAGTTTCCTTACTTTCTCCA
TAATCAAAAGAAAGTTCTCCATCATGACTGTCATTGTAATCGTCATCATTTTCATCTTCA
ACAGAGTAATCCTCATCTTCAAGTGCACTGAACTGATGATCGATGTGTTGTTGCTCAGCA
GCAAGCCTAACATGTGGCTCTACAGCCTCGAGAGACTTGACACCTTTTTTGAATAAATTT
AACTGGTCCACAAAAAATATGTACAATGAGTTTCTGAAGAGTGTAATAAACAAAATAAAA
GAGGAACATCTCCAAGTGATAAAGTGTGCACCTGAGCGGCATGGTGCCGAGCAGCTTGCG
TGAAAAGACTTCGAAACTGTCCTTGCTTCAATGACTTCAACCGAAAAAGAAAAAGAGTCG
CTTCCTCTTGATAATCTTCCTGAGCTTGTTTCAACTGCTCTGACGCAACAGGATCACCTT
TGGAATTCTTAGATCTCCCCTTTTCCTTCTGTGCATTTAGCAAGACTTCGAACAATTCTC
TGGAAGGAGCATAGAGTAATTAAAAAACATATCAGCAGGGTAAGAGTGTAAGCCACAATT
TGTATAAGCACCATACCTTTTTTCATCACACTGGCGCTTCATTTCCTGCAATGAAACAAT
CTTTGTTAGTTAAGTGTTTTTCCTCCTGGAACAGAGAATATTGAAGTTCTTTAAATAAAT
GATTGCTACATTAATGGTATGTTTGGTTTATGCCCAAGGTTGCCCCACCAAAACATTGGC
TAGGCAAAATTTTGGTTGTGGTTTTGGCTGCCCATGAGTTGGCCAACATTGGCACGAACA
ATGAACTAGGGTTGGCCACAGTGCATTAGCGTGCCAAAAAGTTGGCAAACATCCAAA