Map Locations of contig_39323 (8455 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_39323

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_54701 2 2077 bp MLOC_54701.1 Available Available LOC_Os11g07910.1, FRAME:+1, EVALUE:0.0, 13111.m00826 protein transmembrane 9 superfamily member, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_54701






Contig Sequence (8455 bp)

>contig_39323 8455 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CGCTTCTTCGTGGATCCCTTGTGGGGCGGAGCCCTCCGTGGACTCTAGTAGTCGTTATCC
TCCGTGGGTTGAAGTCTTCACTAACATGGACGTACGATAGTGCCACCTATTGGAACCATG
CCAAAAAAACCGCCGTGTCACATTCTTCGCGCTTGATCTTACTAAACTCTACTCCTTACT
ACATGTACAAAGTCTTTACTTTCCGCTGTCATATTTGTTGACTAGCATGTGGAGGGTGCA
CTAGACTTGTTAGAATCGATAAAAGCTGCCAACCAGTAAATTGAGAAAAGGCTAGGATTT
TANNNNNNNNNNNNAGTCTATTCACCCCCTCTAGACATCTTTTCTATCGATCTCACAGTA
AGATGGAATTCCCACCGCCTCTCGCTGTGGCTTCTCGCCGCCGCCTCCTTCAATCCATTA
TAGTAGACTCGCTACGGATGGTCGGGGGCTCGGACTATGGCCAACCTAGAAAGAAAGGGC
GTCGCGTGGTCATGGGGAGAGGAGAGTGTCGGGTGGTTCGAGCTCGTGCGAAAGAGACGT
GGAGATGCATAGGCCGGGGAGAAGGTGGGAAGTGTGGGTTATCTCGTTTTTTTCGCTATC
ATGGAATGTGAGGTTCTGTTTCCCGTGATATTTTTTTTGAACGAGGCAGGAAGATTGAAC
CATCACGACAACGTTCGACTGCCTTTAATAGTAGAGATTCCCGCAAAAAGATAAAAATAC
CATGCACTATGTGTTTTGGAAGAAAAAAGATGAGACACTTTGATTTTATCAAATGGAAGA
GAAAAACAACAAATACTGCATTCCCCAGGCACCTCCCCGCAAAACCGTAGCCCCAAATTC
TCGTTCCTATGGGGAGGCAGCTCCTGCTCGGGCAGGACTGAGACGAGACCAACCGCGCAG
GCAGGCTCGGAAGGGCGACGCAAACCCCCCAACCCGCGTCCACCCTCCACTCAGATCTCG
CGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGAGATGCTCCTCCTCCGCGGCCTCCTCCTCGCCGCGC
TCCTCGCCGTCGCGCGTCCGCCCCTGGCGTCCGCCTCCGAGTCCGATCACAAGGTGCGCA
CCGCGGTCCCACCACCATAGCCCCTCGTACTCCCATACCCTAGATCCGAGCCTCCTATGC
GCATGTCGTCGGGATCCCTCGAGGCGCCGTGCCGGATCTGGACGCAGACGTGCTTTGTTA
TATGTTAATGTTGCCTGGTTGTTGCATGGTGAGTTCGAGGTTGCGGCGTGATCTGTCGCT
CTGTGTTGTGATGGGTTTCGCCCCTGGGATATTGGTAGTTACCTACTTGCGAGAGGAGGG
TCTTCGCGGCGTGCTTTGAGGGACTACCTGATCTTCTTTGCCACAAGAGAACATCAGGGA
GCCGCATTAGGACAAAACATGTTTTGGAGCCTTGGTGTATACTCCCTCTGTAAAGAAATA
TAAGAGCGTTTAGATCACTATAAGCTCTTATATTTCTCTACGGAGGGAGTACTTGGTAGT
GTGTTCTCATTCACTCGAGTAGTTAGAGAAACTTGTTATGCCCTTGGATAGGGCTCTACC
TGGCATTGTGTTGTCCATTTAAATGAATGTTATGCATTGTCAGCTTTTGGATAAATTTCA
GTACAATTTTTTTAGAACCATTTCATCAGACGTGATGGCATACCTTAGGTCATAGGTGCA
TAAGTCTGTTGCATATCATGGAAACTGAATAAAATATCCCAAGGCTCTCTTTGGTTGTAT
TCTGTTGTGCTGCACAGCGCACACTGAATCATGTGATAGTTTAGTTATGGAGTATTTTTT
TTGTGAGGGTGGTTGTGGAGCAAGTTTGCTGGTATTATTCCAAGACGAAATTTATCAAGT
AATATACCGAGACAATATTTTGGAATCCACTCTGCAACCAAACAGACGTCATGGTGTACT
GTTTGTCTCTTATTTTCCAGCTAAGGTTTTGTCTAATTTGTAATGTCGCTCAATTATCAA
AATATGTAGGCATATGCTGATTAGTGACAAAAAATGTTGGAACACACGGTAATTAACTGC
AAGAGTTAAGCACCTGGATAATTTATTCGACCCTAAGAAGGCAATATTTTTGGTGCCTTC
AAATTTCTGAGTAATATATTTAAGTTGACGTTTGCTGCCATAACATTGGCATGAGAAAGT
GCACCTTTTATTTTCATTATGGTCGATACTTTAACTGGTGAACAATCCCAAATGTTTTTG
AACGGTGAAGTGCTCTTCACAATCAAGAAGTCAGCCATGGAATTTAAATTTTCGCAAATG
TTTTTGAATGGTGAAGTGCTCTTTTTCTTCATAATGAGCAAGTCAGCCATGGACCTTAAA
TTTTAAAGTTTCTCTTTTTTTTTCTGTGTCTTGTTTTGGGTCTGTTTGTCATCATGGTGA
CCAGTTTGTCGAAAGCATCTTTTTATCTTCTTCTTTATGCTGATATGCAATCATACTGAG
AACATGTTTTGCCATTACTAAAGTATTGCAGCTTCTTATATGTCTCTGTGCAGTACAAAA
TTTCAGAACCAGTTAAGCTCTGGGTAAACAAGGTTGGCCCGTACAATAATCCTCAGGAAA
CATACAACTATTACAGCCTTCCGTTTTGTCAACCAGCTGAAAACCCTGCACATAAATGGG
GTGGACTTGGAGAGGTTCTGGGTGGAAATGAGCTGATTGATAGTCAGATTGATATACAGT
TTTTGAGTATGTTGATCTTGTTTACACAACCTTGTTTTTTTAAACTTCTGATTGGGAATT
GCTTACATGCATGCTTTTCGTACTAAGTGATGATTAATCTTTTTTGTTTCAGAAAATGTG
GACAAGGGCCCCGTTTGCACAATTGAACTTGATGCTAAAAAGGTTCAGCAATTTACTGAT
GCCATTGAAAGCTCATACTGGTTTGAGCTTTTCATAGGTATGAAGATCCGTATTTGGTTA
ATTGTTCTCTGTTACTGCACACATTTTTCTTGTTTTGGATGTGACTTTTGGTTCTGACAT
TCTTTGTGCGCAAATTTCTTCCTTTGCATGTGAAACCACCTAGATGATCTGCCATTGTGG
GGTAGGTAATTCTAAACTGAAATTGCCCATCTTCCTTTAACATTTTCTAGCCTTTACATC
ATTTCGATAATCAAGTGAGTTTTCATCCGAGCAGGTTTTGTTGGGGAGACTGACAAAAAC
AATGAAAACAAGCACTATCTTTACACACACAAGAATATTGTTGTTAAATACAACGGTAAC
AGGGTACGTGTTGCACTTATTTGTTATCTTAAAAATTAGCGAAAATCTATATATACTGGT
TAATTCAAGTTTCCTTGTAGGTAATTCATGTCAATCTCACACAAGAGTCACCTAAGCTTC
TTGAAGCTGGAAGAAAATTGGACATGACATATTCAGTGAAGTGGGTGCAAACAAATGTGG
CATTTGCACGACGTTTTGAAGTTTACTTGGACTACCCGTTCTTCGAACACCAGGTAATTC
TTGTTCACATTGGTGGCCAGTCTTCAGTTTTTTAGGAAGGATTTTGGTGGTGTCATTTCA
GCACTGTCATGTTGATTCTAACAAACAGGTAGACTATGCTTTCTGTCCAAACAAATCACA
AGAACACTAAACTGAGTTCCATCTTTTCATTTTCAGATTCATTGGTTCTCCATCTTCAAT
TCTTTCATGATGGTCATTTTCTTAACTGGTTTAGTATCGATGATATTGATGAGGACCCTG
AGAAATGATTATGCAAAATATGCTCGTGAAGATGATGATCTTGAGTCGCTTGTAAGTAAT
AAATCTTGGCACTTCTGTTAAATCATGTACTCTGCTGGACTCCTGTAACATAACCTGCCT
CTTTTCACTCTCATGACTTCTTGTGATAGTTTGACCATGGGTCTTATCATATCATGCGCC
ACTATTGTAAACGTCACAGAAGTATAACATTACAAGAGTATTGAGAAGATGAATCTATCC
ATCATTTCCATGCAAAGGGGTTAAATATCCAGGAATACATAATTAGTTAAAGTAGTGGTG
CAGAGCTAGTGAATTTTGTAGCCTGGCGAAGCCACAAGCCTAAGAGTATAATCTGTGGCT
AATAAGCCGCATCGATGCGTTGCGCTGCTGTTAAACATCAATCGGTTTGATTCCCACACT
GGCTTTTGATTGTGACTGGCATAAATATTTGAATACACGCAACGAATCAGTTGCCATGAT
TCTCATCGATTTCACTTGATCAGCATGTTAATCTATGATTTACTTTCAGGAAAGGGATGT
TAGTGAGGAATCTGGATGGAAGCTTGTTCATGGAGATGTATTTCGGCCTCCACGCAACCT
AATGTTTCTGTCTGCCGTTGTTGGCATTGGCACTCAGATGGCAGCTCTTATCCTGCTTGT
TATTGTACTTGCCATTGTTGGTATGCTTTATGTAGGGTAAGCTCAAGACCAGCTTTCATG
TCTTCTTTTTTCTGCAGTTCTTTTGCAGAATGTAGCAGGTACATAGTTGGTAGTAGTTTT
GGATCCATGGATATTTTATCTGTAAATCACTTGATACACATTTCAAAAGGTGCTGAAGAT
TACATTATAAATGAATGAACATATATAGTGTCTTATCTGCTGCATTCACACTAAGGTGGA
GACTAGGGATATTTGGATTTGGTATAGAAGTTAAACATGCCATTATCTTTGGTATGCAGA
TTTACCAATGCGCAAGGTAGCAGCAAGCTAAGGCATAGCCAGTTAAGAATAAGATAAATA
AGTTGTGTTTCTTTTTAAATAGGAATAGGAGATTTGGCTCTCAGATTTGTAAAATGCATG
AATAGAGAATTGTAATTTCATGCCATCTCACAATTCTCCAGAAATCTCTTGAATCAAAGA
GCCCCAGATTGATTTACCTAGAGACAAGACTTGTTTAAATTTGGTTGTTAGGATCCCGAC
CTATAAAGCTGCCTATGCAGTATGCACATAGTTGGATTAAGCAAGAAAATGAAGTTTTTT
TTAGTTATTCTTCCTGCCTTTATTCCATGTGGGTTGAGTGCTGATCACTTCCCTAACACA
AGTCTTAGATCTGTAATATTCATTTCTCGCCAAGGTAGGATACCTGGATAAAATTGCTGG
GTTTGCATTATCCAGCAATCATTGTTTTTAAGGCGTCCTGCCTTAGACGCTTAGGCGATA
AGGCGCCCTGGCAGCGCCTTACAAATATATGCCCGCCTCAGGCGCTTAGGCGGGTGGTGC
TCGCCTTATTGCCTTATAAACAATGCCAGCAATAACATTTGTTAAAGTAGCTCTGTGGAC
TTCTGGTGCAGTGGTCTTATTACTGGGAATGCACAACTTTATGTACCATAGCATGGTGTT
CAGAAATCTGACATTCTGAAGTTAGAAAAAAGGCGCATTTATCATTCAGCCTAGAGAGCA
TGAAAATCAGTAAAGATAAAAAGTTCACTTCTTTAATCATGTGTAGTAACTGAATATAAA
ACTTATCTTGGATTTTGTAATAATCTTCAGCTAGTATCAGTTTCCATTAGCTTTTTCACA
TAACTGAAATATTATTATACTCTGTTTACCAGAGAAGGAGCAAACATCACAAACTTACTG
TGTTCTGATGACCTGACATCTTTTATTTTGTTATATAAAAAATGATCGTTCAGCTAGTAT
GAGTTTCCGTTAGTGTTTCCCCCCCTTACTGATACATTGTACTCTATTTGTCAGACGAGG
AGCTATTATCACAACCTTTATCGTGTGCTACGCACTTACATCTTTCATTTCTGGATATGT
TAGTGGTGGCCTCTACTCAAGGAATGGTGGTATGGTCCTGCACATGTTTTTGTTCTTATG
TCCTCGGTAGAATTTCCCTATGTTATTCTGCTATCCTGAGTATATTCCTGAGTTTCAGAA
TTGCCAGTTCCTGTGTTCTTTATCTAAACTGTGGATTCCTTGATTCGGCAGGCAAAAACT
GGATAAAATCTATGGTCCTTACTGCGTCCCTTTTTCCGTTCTTGTGCTTTTCAATTGGAT
TAGTGTTGAACACGATTGCTATCTTCTACCATTCATTAGCGGCTATCCCATTTGGCACAA
TGGTTGTCATATTTGTCCTCTGGGCTTTTATCTCTTTCCCACTGGTGCTATTGGGAACAG
TAGTTGGTAGAAACTGGAGTGGTGCTCCCAATAACCCATGCCGTGTGAAGACAATCCCAC
GTCCTATTCCTGAGAAGAAGTGGTACCTAACACCTTCTGTTATCTCATTGATGGGCGGGC
TTCTTCCCTTCGGCAGCATTTTCATCGAGATGTACTTTGTGTTTACTTCATTCTGGAACT
ACAAGGTAAAAAAGGAGTATGTTGGTGAACTTTGCTGTGAAGTAAATATGTTTATGCACT
TCTATTTAAGTTTCGTTTCGTTTAAATTGATGGATAATTGACGGCTTCTTTTGCCCTTTG
CAGGTGTACTATGTTTATGGCTTCATGTTGCTAGTCTTTGTCATTCTCCTAATCGTAACA
GTATGTGTCACTATTGTGGGCACTTATTTCTTGTTGAATGCTGAGAACTATCATTGGCAA
TGGACATCGTTCTTCTCGGCTGCATCAACCGCCTTGTATGTATATCTATACGCTATATAC
TATTATCACGTGAAGACAAAGATGTCGGGCTTTTTCCAGACTAGCTTCTACTTCGGCTAC
ACGTTGATGTTCTGTCTTGGGCTAGGCATACTTTGTGGTGAGCCTTGAAACTTACCTGTG
GTTATTATTCTATTTCAAATCAGTATCTTTTGGCTGTCATTTGACATCTGTTTTTATTTA
GGTGCTATTGGCTATCTGGGGTCAACTTTGTTTGTCAGGAGAATCTACAGAAACATCAAA
TGCGACTAAACTGCTTCTCCGATTCTGTAGGCTATTAGCACTTAGCAGATCATGTGTTGT
TGAGTAACGCTTCTAAGATTCTAATTAACTTTTGGAAACTATACAGGAGGTGGTTCTCCC
TTCGTTTACTTAATACTTTGATTTTTGGTCTATATCTACCTCCGTCATCAAACTGGTCCC
ATAAATGTATACCTATATTAGTTCAGGAATTAGTCTCAATACTGGGATTTACATCTTGCT
TATCATTCTATGGCATCATTGATGCAGTGCAGATTCGGGTGGACTAGATGTGCCCCTACC
GTGGGTTGCAACATCGAGATTCTGTTTTAGTATATGTAAAAGCAAACTACTACGCCTTGG
GTGAACTAGATGTGCCCCTACCATGGGTGGCAAACAGTCTGAATGAGAAGCGTCCGTCTA
ACGAGCGTTTGCTTGTCTGTTAGCCAACCAGGTCAGACGAGATAACCTTTAGCTTGCTGG
CCAGTTCTTTTGGCCGATTTTACCAGAATCGCCCCTCTCCCCAGCTTCTCCCAGAATAGT
CACTTCATACCATTTTTATAATTCTATCTAGTTAAGGTCTAATTAGCTATGATTGTAAAA
AATATATGGAGTGATGATTCTCGAAGAAGCTGGGGAGGGGGGCGGGAGGGCTGAAGAATC
TCGCCCAAAAGAACTGGCGAGTAAGCTATATAGGTATATTTATTATTTCAGTTAGCTGTG
ACTGCACTCTGCAGTGACGTGAATTTGTTTTTCTAATACCGGTGTATGCTATGTGATTTT
CGTTAGACCACTCCTACTAATCGACTGGCTGATAACTTCCGGTTATCAGCTGCCTTATCT
ACCGTTCGATGCATGCAAGCCAGTCCATATCCCTCACATCGCAGTACACCCATCGCTCCT
GCATTATCTTTTGGTACCTAGACAGACTGCTCCACAACATAGGCCCTCGATCTAACGAGC
AACAGACTGCTCCACAACATAGGCCCTCGATCTAACGAGCAACAGACTGCTCCACAACAT
AGGCCCTCGATCTAACGAGCAACGGTTGTCGGCGGTCACATGAAGCATCGCAGGTGTCAC
GGTGGAGCTTCAATGGAACATTGCCGATGGTCGTCATTGTTGCAATGGAGAATCACTTGT
TCGCTGGTGCCAAGGCGGAGATACAATGGAACATCGTCGGTGGTCGTGAGTCTTGAATTG
GAGAATCGCTTGCTTGTTCGTGCCGAGGCAAAGCTGCAATGGAACATTGTCGGAGTAGTC
GTTGCTGCCATCAGCGTCGTTGGGCTGTCGGTGCCGTGGCGCTGCGATGAAGCTTTTGTG
TTGTCGGCGGTGAAGTTGCATTGCAGCCGTCACTAGCCCACTGCCACACACCGATGGAAG
TTGCGTTGCAGAGGTGGCTGCGGGCGTAGATAACATGATCGGCCGCCATGTTGTGTTGCG
GCAAGTGCTCCATTGCAGACGCCGTTGCCATGATCAATGACGGTGCCGCAGGGAAGAAGG
CACCCAGGGTGTTGCAAAGGCCGGGCCCGTGCTGGCAAAATTGACAAAAATGACCCCTGG
GACGAAAGAACTCACGGATTGACCCCTCGGGGGAAATAATTCACCGGCCTGACCC