Map Locations of contig_39290 (11404 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_39290

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_54672 1 1891 bp MLOC_54672.1 Available Available LOC_Os04g54640.1, FRAME:-3, EVALUE:1e-173, 13104.m05654 protein peptidase, cysteine peptidase active site, putative, expressed
MLOC_54671 7 2789 bp AK360630 Available Available None





CDS Structure of MLOC_54672






CDS Structure of MLOC_54671






Contig Sequence (11404 bp)

>contig_39290 11404 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AGGCTAAAAATATGCGGCCCAGCATGTTAATCGGGCCAACATGCCGGCCCGTTTAATAAC
CGGGCCATGCCTGGACCTGGAGGCGCAGCCCACGGGCTGGCACGGCACGACCCGATTAGT
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TGTCGTACCGGCCTGTTTGGCCAGGTATGCTACCGAATACAGTCTATCTAGCATATTGAA
GGAATCGGGCGGACTAACATTCTCCCTTTAAGCTATCCATAATGAAAGTATCATAAATAA
TGTCATGCATGTCAATTTAACGAGATGTCATAAAATTAATTGAGAAAAAAGATGTTTAAG
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GTCACGGTTTAAAAGACATGCTTGGAAAATCTCTGAAATCTAGGTAGTTACCGATTGGCT
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TATACAATTTTATACTAGATCTAGTACAAAGTTGAGACACTTATTTTGGGACAGAGGGAG
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ATAAATTTAACTGTATCTTCTAAACCGCAACGGAGGGAGTAACGTAGTATGAGTAACATC
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TATATATATATATTACTTCACTATGAAAATAGTAATATAGACTAGTAACATATGAATGTT
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TTTAGTCTTCCGCTCACGGTTCTCCGTAACTGTATCTGTACAAACTTCAGTCAGCGTTGA
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TCTTGTTGCGAATAGGACGCCCAAGCTCATCACTAATCAGGAGGCGTTCTCTATCGCTTC
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GTCGTACTGCAGGCCTTCAGCAGCCAGTCCGGCCATGGAGATCACAGCCAACCTGGTGAC
ACATTACACATGTCAGTCAGTAGTTTATCCTATCTCTGACCATATTTCACAAAAATTGGA
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TGGCCGCTGTACAGCAGCTTCTGTAGCTGGTCATCAACCAGGTTAACATGCTCCTTACCA
ATGTCCAAAGAATATCCCAGGATAGGTAGGCCAGTTAAATAGGCAACTGATTCATAAGGA
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GAGCATATACCCAGAAAATGAGCAGCTTCATGCCTAGCAATCCTCTCTTGGTAGTCAGGG
AAAACCGCAGAGAAAGAACCTATTGCCACCTGCAGAAGACTGATGACGGGTGCGACATTA
GTACTTATTTTTCAGAAAGATGCAGAGGAAAAACAATCTATCTAAGCAGGCAAACTAGTA
CTCTGAGAGAAAATTGGTTATTTGCCATTTTCAACACCTGGCTTCGCAAAATTGCCACTT
CCAACGTTGGCTTCGCAAAATTGCCACTCTGATCGTTGGCTCCTTGATTACCATACCACT
TCCCTCCTTTTAGTGATTTTCTTTTATCTTTTCAGATAGTTTGGTCTTTTCTTATGCTTA
TAAATGTAAAAAAGAAAAAGGAAATCACTAAAAAGAGAGAAGTGGTATGGTAATCAAGGA
GCCAACGATCAGAGTGGCAATTTTGTGAAGCCAACGTTGAAAGTGGCAATTTTGCGAAGC
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CTTCCGGTCAAGTAGGGAACGAAGAAGCCCCAATCCTGAGACATAAAATGTTTTGAAGTT
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TGAGTGGTTCACTAGACTGTTTCATCACTTAGGGAGAGCCAGGGAGCAAATACCCCGGGG
AGCTGTCCCGCAAGGACGGCCAGGAATCCGGTGGTGCCGACGACCGTGAACAGAAACGCT
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CTCTTCCTCTGCACCTTGAGCAAACCAGACTAGCAGAGAACTCCTTTTCAGTTATGGAGC
GGGGGGTTGACGACTTACATCGTTCCTGACGCTGGGGATGGCGAGGTTCTCGGCGTTCTT
TATCCCGAGGTTGGTGAGCTCCCTCAGAGACGTCTGCTCGCACAGAATTCAGAAAAAACA
AGGAGAGGTTTATCAGCCCCAGCGCCACACCACCGCATGCATTGATCAAACACCTGCAAA
ATCCCAAATGTTTGATGCAAGGAGTGGCGCGTGGCGGCGACTGACCGTGCGGCGGGACAT
GTAGGGCTGCGAGCTCCACCGCTTGGCCCAGCCGAGCTCCTTGAGCCGGTCCAGCGCCCG
CCTGGCCTCGTCGCCGTCCTTCTGCACCGCCACAAGGCAAAACCCATCGTCAGCTCACCT
CGCCTCGCCGCCTTTCCTCCTGCTCAGCCTGCCTTTCTGCTACAGGTCCAGAAGCGAGGA
GCACTGCCGCGCGCGTTCCATTCACCTTATCGATGGCGGTCCCGAGCGCCTTGAGGTCCA
CCCCGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCAACTCTCCATCGTCCACGGTGCTGCCGCCGCGCGC
CGGCGAGCCCGAGAGGTTTCGCGGCCGGCGCAACGAGGCCCGCCACGACCGCCATGCCTT
TCTCTTCTCCTTCTGCTGCTGCCGCCGACCGCCAAGCAAAGGGGAGGATAACACAGTTTC
AGAATCCAGAGCCGGGCGAGCGACACGTCTCGCAGTTTTCTTCGGTTCGACCTTACGATC
GGAGTCGGCGTGTCGCGCCCTGCGCCGCCCGATTCCTCTCCGCGCGGCAGATCGGAGCCG
CGCGTTTGAAAACGCCGTCGCCGGAAAATCCTGCGCCGCAAATAAACCACGCCAGTTGGA
AACCACTCCCTCCTCCTCTCCTTGGCGCCCAATCCCCGACTCGAACCGCCGGTGAGCCCT
CCACGCGTCGATATGCTTCTCCTCCGGCCGCTCCCGCTCCCAGCTCCTGCGCTGCGGGCC
AGCCCCGCCGCGCGGAGGCAGCGGCCTCGGAGGCGGCCGCCGCGTCCTCGCGCCTCCGCC
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GGGTACCTGTTCGAGGAGGGGCTGGCGACCGAGGGGGATCTCCCCACCGCGTACGACATC
CCGGGCATCGCCAGAGTGTACGGCCGACGCCCGCTCCTCGTGCTCCGCCGCTCGCTGCAG
ATCGGGACCTCCTTCGGCCGATGGTTCGCGCTGCGCTACCTCGATAGCCTCAACGAGCGC
GCCGACGACATGTTCGAGGTACGCGTACGCCCCGCCTCACGTCACCATCGCCATTGTCCA
TGGCGCACGGTCACTGTTTGATTAAATGTCTTACTGCCCGCTTGGTTCACGGGATGGTTT
GGTGGTGTCCATGCAGATCAGAGCTGCTCAGCTCAGGAGGATCCTGCTGGAGCTTGGCCC
GGTATGCTTCCTCTTCCAATGCGTGCTTGTGCATGCCATCGTCCATGTGTGTAGAACTGT
AGATGATGGTGATTAACGGGTACGCATTGCCGCTCTTTTTGATAACAGGCATTTGTGAAG
ATTGCACAAGCAGTTTCGTCTCGGCCGGTGAGCCTCATAGTCAACTAGTCCTTCTATCTT
CCTCAGTTGTGACAGGACCTCAATTTTTAGCTGTTTGCTGGATGGCATGTCATGAACTGT
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GCTTGCTTATTCCCTTTAGTGTTCAAATCATTGTTGGCTGACGGGTCATGGATGTGACTA
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CTTGGGATGCCACTCGACATGATTTTCTCTGAAATGTCACCAGTGCCTGTTGCTGCTGCA
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CTCGTGACTTAATAACCAGACCTTCGTAAGTTTAGCTACAGAAACAGATCAATGTCCCGT
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TGACATGTTATATTCTTACTGTTGCAGGTTTACCAGGCTAGGTTACGTTCCAATGGGAAG
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ATCTTGAGGTTCCTCGCTGGTGTTGCCAGGAAGGCTGGCAAGCTCAACACAGACCTTCAG
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GCTTATATGGTATCTTTTCGTAAATTCATGTATGTACTTATTGTTCTTTTACTTGATTAC
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TTCCAAGCATTCCGGTCAGTTTTACCACTATGGGCTTCTGTCAAGTCTGATTCTGTCACT
TGCAAAACTACATTAGCAATTCTCGATGTTTCTTTAAAAAGTTATGCGCATATCCTTAGA
GCTTCACATTGAATACAGGTAAATCGCATTTAATGCAGGAGATGGATTATAGAGAAGAAG
CGAGAAATGGACTTAAGTTCAGGTTGCATTCTTCATTTACAGGCCAAAATCTTGTTCAAT
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ATTTACAAGCCAAAAGTTTCTTTAATTACTCCATCTAATATTATCACTATGTCAGTTAAT
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CCATTCCACTAAAAAGAAATGGGTGTACTCTGTTATACCCAAATTTATGAAGGACAACTG
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GCTTTCGTATTACTTTTAGTCAATACATTTTATAATGGACAAGAAACTGGCAAACTGATT
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TATGCTGCTGGTCTTACTTGTCCTCACATGAATAACAGTTCACTATTTGAAATTTGGGAC
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TTTATGGTCAAATGGTGGTTTGTTAAATTCCAAAATCTTTGTGCCGAGTCGTTGACTATT
TAGATTTTAGATGATTGGTTCGGCTAAATTCTGTAAAATGGGTAGAAATCAGCCAGTTTT
TGGCGAACTGTTGGGTCGTGCGAAGTATGTCCTTTCTGGTTTTATGTACTTTATTCTTAC
CTTCTTGACACATCACTGCTTTTGTTTTCTTGTTACAGTCGCTCCGGGCCAGAACAGAGC
AGACCTTGGTCAGAACTCAACAAGATGAAAGTGATAGTTCAAGATTTGCAATTAAACAAG
TGCTGTCATTTACACTCACTGAACAGGTAAAACTGAGATAAATTGGTAGTTATTTGATAC
TAGTATTGAATCCGTCAGATAATTAGCCGAGTCTGAACTCTTTCCAGGGTGCCTTTGTGA
AGGATTTACTTCTTCAGGAGATTGCTAAGGTCAGTTAGCTCAGTAGATGTACTTTCCATG
CCCCGTTTGCTCCGTGTGAGTTTCTGTTCCAATTGGCGAAATAGCTATCAGACCTATATT
CTTTGCTTTTGAATTAGAAAAATTGTGCAAGGAAATTCAACAAATTGTCATGTAGTTTTG
CAAATAAGGCATAAATGCAATTTGGCACCATATAATATAAAATTTTGATGCACTCCATGT
GGGTCATATTCCTGTGATTCCATGACGACTAAATTTATTTTTTTAGTAGATAAGGAATTA
TCTCTGGCATCATGCATTTTTGCTTGAAATGATTTTTTTTTGTTTGCTTGAGAAATGCTG
TAAACGAAGTTGGGACACCTTTTTATAGTAGGTAGTAATGTTTAAAGGATAGTAAAAAAA
TAATGTTTAAAGGGACTAGATGCACTTGGTGTAGCCACATTAAATTCTGTAACGATAATG
TTTGCAGGGACTAGATGCACTTGGAGTGGCCACATTAAGTTCTGTAACGTCTGCTGCAGC
CTCAAGATTGCCATTTGCACCATCCTCATCACCCTCACTGAACAACGAGGAGGCCACTAA
CTTGAGAAACCTCTACCGCCTTCTCCAACTTGTATCTAAGACTCCTCAGAAGGAAAACAC
ATCTCGGGTAAGTAAAATTCTCAACAGAACATCGATTCCCACTATGTTCCGATGGAATGC
ATAAAATGCTTCCAGATTATAGCAGAGTATGTTACATAACTAAGCAAGCTGCTGATAATT
AAAAAAACTTGTTCAGACAGAAATGAATTGTGGACTTAACTGAAAAGATAACTCTGGAGC
TTCTGATTGCAACATGCTAGTTAGATCTGGTAATCACATTAAGTGATGAACTGCAATGAT
TTATCTATGAAATTGTTCTCTTTGAGCTGAAACTAACTACAAGATGTAAAACTAATACTC
GGATTACACATTTTTTTAATTAAAATGAGCTAACGTAATATGTGAAAACAAATTTATCTT
GACAAAGTCAGTTCAGTCTAGGGTGCTCAAACAGGGTTTGTCAAATTAACAAAGCGCAAC
ACATTAGTACTAGTAAAACGATCATACTCCCTGAGTTTTAAATTTGGCTACAACCAGCAT
GAACACCCCTAGCTCAAATAAATATTTGGGGAAGCTTTCAGGGTTTCACTTTGTTTGACA
CTTTGACTAGTATATTGTGAAGTTCAGCAATGTTGTGTATGCATGTACTTGTGTTAAGCT
TCATGAACAAGCCAACGCAACCAAAAGTCCGAACTGATGGAAAGGGGCTAGTGCAATCCA
CATATACTGTAACACCCCATCTCACGTGTGACGGGAAAGACAAGTCAACACGTGCGAAAC
TCATGTATGACTCAAGAGGTCTCTACGTGGACACAAAGGGGGGCTACCAGCACTTTTTTA
AATA