| Morex x Barke POPSEQ 2013 | Oregon Wolfe POPSEQ 2013 | Morex Genome Release 2012 |
|---|
| No map location | No map location |  |
Predicted Genes from contig_39162
| Gene ID | # CDS Predicted | Max CDS Length | Probes in Cluster | FPKM by Treatment | FPKM by Replicate | Top Rice Hit |
|---|
| MLOC_54480 |
2 |
3228 bp |
MLOC_54480.1 |
Available |
Available |
LOC_Os02g11780.1, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13102.m01273 protein transcription factor S-II, central domain containing protein, expressed |
CDS Structure of MLOC_54480
Contig Sequence (15714 bp)
>contig_39162 15714 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GATCAAAGTTCAGGGAATCACTTTCTGCTGCACTCGTAATGGATTCTGACCAGCAGGATA
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GAGATGAAGTGCATGATACAGTGATGACCACATCCAAGGATGCGAGTACAACCAATTCAG
AGGCAGACAATGCTGATGTTGCTAAGAAATGCGAGCGGGATGAGAAGTTAGGCTGTGGCA
TAGCATCAGACATGACCACAACCACAAATGGTGACACACAGCAACAACTGAAGCATCTTT
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ATTTGAAGAGGGACAGGACTTCTGATATTGAGTCTGGGGTTACGGGCAATTTCACAGAGT
CTGAATCAAAAAGAATAAAGTCTACAGATGAGGCAGCAGCAGATAAGGGTAGTATGATCC
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CAAATGCGGGAATTGGTTCAGAAGTATGGTAAAAGATCATCTGTTGAATCGCGTCCGTGG
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CTTCCCCAGGTTGCAATGCAGTACAGCCTCAGTAGCCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTCCCC
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AGTACCTGGTGGCCGGCGACGGCGCAGCAGGGCGGGGCGGCGGCCGTGGCCGGGGTCCCT
GCTGTTCCAGCGCCCCAGTATGGTGGCGTGATGATGCCCAATGGTAGCAGCGCCCAAGCT
GGGAATCTAGGTGGCGCCCCCTGGGGACCGAGATAGGAAGCAGCCTGTAAAATTTAGCTC
TCTTGTTTTCTTTGTAGCTGCCAGCGTCGGTTCTAGTTTCTTTTCCCTCTTTTAGCTTAC
AGATTCGTGTAAGTATGTGTACACCCCTCCTGTACCTCCCCGAGGATGTAACTCTTTTAG
TAGATGGCTGTGGGTTGTATTTTCGCAATAAACATCATCATAGGATCTGTCGCTCTGAAT
CCCTTCTGTTCGTCGGTCTGTCGCCGCCCCGTTTGAAAAATCTGGCAATAATGTCTGGAC
GCAGAAAAATAAGTTGTAAACGGTTTGAAACTCTTATAATTGACATTTTGGTGCGTTTGG
ATTAATAATAATATTAGTGAACTACAGCTCTGGTCTGTCCTCCCTTCAGTTAGTAGCTGC
TACGATGGTTGAGGCAAAAGTAGATGTGAGACGCGCTTCTATTTTTGTGCTATTGGTGTT
CCGTACGCTGGTTGGTGGATGGGAGCTGGCTGTTGGGACTATTCCTGATCTTTTGAAAAG
GCTGCAAAATATTCCCCCTCCCTTTTTTTTTCAGTAAGCTTATGAGCACCTTCTATCTGC
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GAGGAAGTATACTCCAAAATAGGTATGAGGTTATAGAAAATGCACCATTAAACCTTTTAT
TAGAAAATGTACGCGAACGTTTGGGCCAGCCAGTTTAATTATCGAATGATGGTACATAGA
GCAATGTGGCCAGGACATGTGTTGTATTTTCAAGGCAAACCCTGGAAAAAAGGGGATCTA
GTTCACGGATATTTTCTCAGCTCATTTTCTACCTAATTAGCTCATGCCTGTAACTACAAA
AGAGAACGGGACATTTATTACTTATTTATTTTTGCAGCACGGTCGCTTTCTGGACTTTGG
ACCATGAGTGCAGTGTTCAAGCTCCATGGAGCCCTTTTTCAAAACATTCACTGCAAAATA
TATTCATTGACACTTTTTACTAGACCTCATTTCAAAATTATTTTATTGTGGAATGCTATT
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TTTTTTTGAAACAAAGGCATATGATTTGCATCATCCATTAACTAAGAGAGGAGCATGTAA
TTTTGTTACACTTACACACATGCCATATTACAAAATGTCGTTACTCTCCCGACATGTATT
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AGATCAACCAACGAGCATGGTGTGGGAGGTCATTGCTTTTTTAGGATATTGCCCCACCAA
CGCTTCACGGATTGCTCTAAGGACTAAGTTGATGTGTCAATAGTATGGAGGCCTAGCCAA
TCTTTGACGAGGTTCCAAATCGGGATTGTGAAACGATATTTGAAAATAGATGAGCCCAGC
ATTCTTGAACTTGTTTGCAAAGTGGATAAATACAAAAAAAAGCCAACCACGCCAAGCAAG
CAAGTCGGCCATCCAAATACTAGATTGGACTGCAAACCAAGTGATCTTTTTGCATTTGGT
GGGGCCCAAGCACCCCAAATGGAACATCACAATATGTGCTTGTTGACCAAATAAATTGCG
TGTTATATGCCGAAGTCACTGAGTATTGCCCACTTGGTGAGCCCTTCCATATTGAGTCAT
CTTGAACATCATTGGGAAGGTGTGTAATAAATCCTGTAGGTGCTCCATGAAGGCGACCTC
GTCAAGGTTGATTTTGCAAACCCAAGCATTTTGCAAACCCAAGCATTGTTCGCCAAGACT
ATAACTTCCCATTTTTACGCGAGGAGGATGTGTAGATGAGAGGAGCGATGCCCTTTGGCT
TCTTCCGGTTGAGCTAAGGGAGTCCAGAAATGAGGCATGGTATCTTTGCCAATGATGATA
GTAGTAGAAGCGTAGAGAGTCCATCTTATAGCATGGATTCTCCAAACCCATCCATATCTT
GCCGAGATCTTTCCTCTCGTACCAAAGCCAACACAACCACAAGGCACAAGCGAATTTTCG
AGATCAAGCACATAAAATCCGCGGGAACTATCTTTCACTTATTGCAAGACATAGCTTCGG
CTTGCTGCAGGGACCATTGGGCCAACCCAGTCCTATAGCCGCCACGTGACTTTTATTCTC
CCTATGGTGTTATCGGGTTTTCGCTGTTTGCATCTTTTTTTTGGTGTTTTATCCATTTTC
TATTTTTTTGCCTTCTTACTTCTATTTATTTTAATTTTCTTTTTCTTCGGTTTTCATCAG
CTTCCTTTGATTTATTTCTTTCCCTCTTTTTATTTTTAACGCGTGCCTACATTTTTCATA
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AGTATGTTTTCTGATGTCTATTTGTTTTATACACATTGTATATATTTTTATTTTTCAATA
CATGCTTAACATTTTTGAGATACATGTTTTTGCACATTCGTTGAATACACATTAAACATT
TTTTGGAAAAGAGTGCACCACCACCGATCTTAGTCAACATCATCAAGACGGAGGTGGCGC
TATGGGTCGACGCCGGTGCCAAAAGGCTAGGGATAATAATTTTCGAACAATAATTTTTTT
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AATTCTGAATGTTATGAAACATTTTATTTATAATTTTACAGACCATTTTTTTACTTTTTT
AAAATATCACATACATTGCTATGAAACACGTGAACGATTTTTAAATGCCACAAACAATTT
TTGTAGTGGTACCAACATTTTCAAAAAACATGCTTACAAACTTTCCACGCTGCTTTCACA
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ATTTTTTAAAGGTTCGTTTTGGAATATATGCATTTAGAAGGTTTGAAAACACACACACAG
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AACACACACACACACACAAACTGGTTTCGTACCATAGCTGGTTTCTTCTTGTTATTTCTT
CCGGGTTTTTTCTCCCTTTCTTTTTCCATTTTATTTATCTTTATTTTTTTAATTTTTAAT
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GAAGCGCCACTTATGTAAGCTGATGCTCACAGCCTTGAGCTCGTGGGCCGGTTCAAGAAG
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TGAAAAAGAAGTTCATTGGATTTGAAACAGTTTATCAAATTTGGAAAAACGTGCTTCGAA
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TGTTTTTCTTGAAATTTCTGCAATTTGAAAAACAAAATCCTGATTACACAAAAATGCTCA
GAATTTCTGAAAATGGTCCACAAATCTTTTTTCAGCTCATTTTTTACCTAACCAGCTTAT
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CCAATCTTTTTTCCTTTGAAGTGGCCAAGCACCCCAAATAGAACATCACAATGTTGTATT
TGTTGACCGAGTAAATTATGAGCTAGATGCCGAGGGCAATGAGTATTTCCCACTTGGCGA
GCCTTTTCATACTAAGTCATCTTGGACATCCTCGGGAAGGTGTGTGCCCTCAATGCACCA
TCAAAAGTGTAATAAATCCCGCATGTGCTCCAACGAGGTGACCTCATCAAGGTTGATTTT
GCAAACACAAGCATCATCCGCAAAGACTTTAAATTTCCGATTTTTACGCAAGGAAGCTGT
GTATATGAGAGGAGCCATGTCCTTTGGCTTCTTCGAGTTGAGCCAATGGAGTCCCAAAAT
GAGGCACCAGACATTGATACCATTGCCAATGATGATAGTACTAGAAGCATAGAAGAATTC
CGAGTCCATCTTATCGCATGGATTCCCCTAACGTGCCAAAATCTTGTCGAGCTCTTTCCA
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ATCCGCGGAAGCTATGTCTCACTTATTACGAGATATAGCTTCAGCTTGCCCCTCGTGCAG
CACTATTGGGCCGACCAAGTAATGTAGTTGCTGCACGAGTTCCACTTATACCAAGTAATG
TAGCTTCAGCTTGACCCTTGTTAAGTTGAAATTGGTGCAACGTACCTCTATCTCTATAAG
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TATATAAGCGAGACAAAGACGCGTCGAACAAATATCCCAAGGCTGATTTGATTGGGCAGC
ACATGGTGGTCCAACTGGATTAGGACCTATTCCCTCTGTTCCTAAATACTTGTTGTTGGG
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GTCCTTCCATACCATGATATACTATGTTTTTACCGTTTAAATTAAACTGCTAAAATATTA
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GTGCACTAAGCCGGCCCAGTTACGTGATCCTTTTCCTTCGGTTTTGGAAACCTTCAAGCA
GTCCTGTCCAAAATTATTGTTTATGGGAACCTTCTAGAAGGTTCTGCGAACCACATTTTT
GCCGTTTTATTTTCTTTTAGGTTTTTTGTTCATTTTCTTAATTTCCTTTTAAAATTTTCT
TTTTCTCTTCTTTTTTGTTATCATATTTTTTCAAACTTGTTCCAAAATTTCAAATATTGT
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TTAGGAAATGTCTTTGTTTCCGAAATTTGTTCACGTGTCCAAAAAAGTTACTTTTTTCAA
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TGCCACCGATGAGGAGGCCACCAGTGCAATTCAGAATGGCAGCTCTAACTCGAAACGGGG
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TAGAGGAACAGTGATATTTCTAGTTCATCAGAATTTTAAGACCTGCTGCTCGCATCATTT
TAGGATTTATTTCAGAATTTTCGACGAGGCATATTCAATGGAAAGAAACGTCCCGTTGAC
GACGAGGCGCCTACAATGACTTCGTAAATCGTAAGATTGATATGCCAACTCAGTATTTTA
AAGGTTTGTACATATGTGTGTTTATAAGGATGAGTGTGTGCGTATTTATATAAGCACTTG
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ATCTTCTCGTAGTTGCCAAATGCTGTGATCAACACAGTAATGGTGGCTGGCAGAAAAACC
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GCAAGTTCCACGATACTAGGGAGGTCTTATAATGATATCCTAGACCGAGATGGGAAGGAC
GGTGGCTATGGGGATATGGTGGTGTGGCGGCTTAGGGTGTGTTTGGTTGAGGGACCAACT
GTCACGGAATGGAATGGTTTCATTCCGAAGGAATGGGTTCCTTCCATTCCTGTGTTCGGT
AGGAATAAAAAAGTTGAATGTACTGGTTCCGTTTTGGTGTTTGGTTGGAAGCACGGGTTG
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CAGCCGTCGCTCCGCCGCCAACCTCTGCCCCGTTGCAAGCCGCTGCCCAGCCGCAGCACT
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CCACTGCCCAGCCGCCAAGAGCCGCCCCGCGGCCAGCTGTCGCCCCGCAGCCAACTGTCG
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GCTGTGAGTGTGCGAGGGGGTGAGTGAGGCACTGATTCTGCATGGTCCGGCCGATTTCGA
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GGTTCGTGCGATGTTATGTTGTGAATGGGCCTCAGGCCTTTTATAAAGTCGGCTTGTGTG
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ATATGACTGTTGTGGGGCTGCTGGTCAAGCGGTGGCGTTGGACTACGACAAGGTTTAGCG
TCATGGTGGCTCGGCGTAGGGGTGGCGACGGGGGTGCCTGTTGGTGTCACGAGCAGCGTC
TGCGGTGCGGTGTCTACGGTGATCTTCAATCCTGGCGGTGGCATGCTTTATTGTCTTCAG
TCAGGTCCACTCGGATTTGACCTCGGGTGGATGGCGAGTGATGCGCGGAGGGGG
