Map Locations of contig_39058 (8439 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_39058

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_54333 3 2730 bp AK373983 Available Available None
MLOC_54334 2 2282 bp MLOC_54334.1 Available Available LOC_Os01g55570.1, FRAME:+3, EVALUE:9e-55, 13101.m05860 protein expressed protein





CDS Structure of MLOC_54333






CDS Structure of MLOC_54334






Contig Sequence (8439 bp)

>contig_39058 8439 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GCTGTTTTTGGAAAATGCCGTATCCCATGTCCCCGTATGCGTGTCGCCTTGTTCGTGTCC
CTGTATCCGTGCTTTTTAGGTTTCACCACTGAGACGGAACTGCCAGTTCCTTCCTTCCAC
CTAAAATTTGCATTATTTCTTATCTGAAACAAGAATTATGTTTCCCAGAGAAGTCAGAGG
CTCAAAGTGATTATTATTTTTGGTTTGTAAAAAGCTAAAATCTTATTCAAGAAATGTTGG
CTTAGACTATCATTAAATGTTTGCTGTCCTCAAAGGGGACGTCTTCATTATTGTATTTCT
CATCTAGGCCATTTATCTGATTTATGCTTCAATTATATGTGTAATTAATATTAGTCCCTT
TGCTAGGAGGTAGCTGGTGATCTCCCTTTAATAGGGAAGCATAATAAAGGGTGCCACTGC
AAGAAGTCAGGATGCCTCAAGAAATACTGCGAGTGCTTCCAAGCTAATATACTATGCTCT
GAAAATTGCAAGTGTAGGGATTGCAAGAACTTTGACGGGAGTGAAGACAGGAAACATCTT
AGTTTGGATCACAAAAATGTCGTTCACATGCAACAAGCAGCAAATGCAGCGGTAAATGGT
GCTATTGGAGCAACTGCATTCTCGTCGCCTTCCACATCTAAGAAGAGAAAGCACATTGAT
TCTTCACTTGACCTTTCGACCAAGGAACATTTAGCTATGAGGAATGGCCAACTATCTCAG
GTAACGACCATTTCTACTATTTAAGTGTGCTCTGCAGTGTTTGTAATCTCTTTAACTGTG
CATAGTGTGCTTTCAACTATTGACTTAAGAGGTAAGGTGAAGCAATCCATTCCTTCACTA
GGAAATTTCATATTATTATGTGCTTACCATGAAGTGACTTGATAATTCGTGCATGTGCAC
GTGTGACCTACCAATTGTTTATTTTCGTTATTGACATCCCAATCAGAGTGATGCACATTA
CCTTTATTATTGGCATCCCATGCTTTGCTACTTAAGTAGATCAACCTCACTCTAAAAAAA
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ATCTGAAAGGGATAACTATGAAAGTATAATAATTTCAGTAGCTGACCGCCTGTGCTTTCT
GTGAATAAAAGAAATCATGTCACCTCATTATCTGCCTGCTCCAGGCCATGCCCATGGCTG
TGCCATCACTCGTGCTTGGCCAACAGCTCCACAGCCATACCCTATCAAGCGCTGAGAGGT
GATTAAGTAATTTGCGAGGGAAACTTCAGTCATTTTAAGTTAGTTTTCTCGATAATGAAC
TTTAGGGATGGGTGAGGTGGGATGGGTTTGAAGCAATAGCACTACCATGAACTCAGGCTT
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GACTTTTAAACAATTTCTCTTGGAGTGGTTCAAATTCGTCTAGAATAGATTCCGGAATAA
AACCTGACTAACCAAAAGAGACGGTCAAATGCTACTTATAACACGAGTTATTATGGGATT
TTGAGAAGCTTGCTGTATGTAATTTATACTTTAATCAGGTTATTTATCAGAAGAACGCAA
TGGCTTCCGATGGTTCACTTCCTGTAGGCCAGTCGGTGCATCCTCATATGATGGGGCCCT
TTAAAGTCACCTACAGGTAACTGTCAGCTCTGAATTTCTACCTGCAGAAATTTTGCTTTT
CCTTGAGTAGGACAACCCATCTGTTTTGTATTGATCGGGTTGTCATCCTTACAGGCCTCT
TTTAGCGGATATTATTCAGCCAGGGGATGTAAAGGAGCTATGTAAACTTTTGGTGACAGT
ATCAGGACAGGCTGCTAAGGCATATACTGGTATTGCTCCTGGCATCGTATTTAGTTTCCC
CTTTTCCAGTGTGTTGCAGGAAATATTCCTGGTGATCTTGCACTGTGCATGACATACATT
TGTGATAGATATTCAATCAACTCCAACAGATCAGAGCCTCTCCATTTTAAATTTTACCTG
TTGCACGACTGCATCCAATTCCAGGTGTTCCTTCTGTTGCGCCCTGGATTTGGATGCTGC
TAGTGCTATGTAACCTCTTGGAACATCATATGCACATGCAGCTGTCATTTGATTCAGTGC
ATCTCATCTTCAGTATATAGTTATATAGTGTGGTAACACTGAACAGTGTGGTCAGGATCA
CTGTCTTGTTCCCGTCGAAATCTTACAGTACTTGGGGTCCATTTGTGAGTGATTGTCGCT
ATAAGGACACTTGGCACTTCTCAAATTAAGCACCAAGTCTTTGCAGCTGTTCTATGATTA
TCTTCAGTTTGCTACCTTCTTATTTTGTAATTTAAGCTAACCAAATTAATGTGTAGCATA
AATTTGACGATGATACTGTCTCATTGGAAAACATTGAAAATTAGGTCGGAAAATCCAGGA
AGAGAAGGTTGCAGAGAAGGAAGATGGAACGGGAGGTTCCCTAGCATCCACAAACCATGA
TAGAGAAGGCAAAACTCAAGATCAAAATCATCGAAAAACATCAATTGATGATCGTTCAAG
TGTAGGAACTGATATGGGCAAGGCATCACTAGATGATTCCAGACCTGATTGCAATGATGA
CCAGAAGTCCAGTAGACCAATGTCTCCTGGAACACTAGCATTGATGTGTGATGAACAAGA
TGCTATGTTTGCAACTTCTCAAAATGCTGTTGCTCCGCCAGCAGTAGCTGCCGATCAGAA
CCGGTCAGAACTGTATGCAGAGCAGGAAAGGTGTGTGTTGACAGAATTCCGTGATTGCCT
GCGTAAGCTTGTGCAGTACGGTAGAATGAAAGGTACATCAGATATCCTAGCGCTATGCTT
TGCAAAACATGGATAGATTTGGCCCTGACCATTTTGAACCTGCAGAGGAGAAGTACTCCA
TGGCGATTAGATCTGAAGCGACCGGACATCCTGGGCAGGTAAACGGTGCCCCGCGAATAC
CGTATCCAAAAGTAGATGTACCTGTTGTAAAAACATTTCCTCAGAGTTCCAGCAAACATC
TTGTTGCTGGGAACCCTTCGAGTGGGCATTTAGACAAAAGACTGAAGCCTGAGAACACAT
AGCTGCCTCAGGTCTGTATTTGGGGTACAAGAGTCATGTTTGTGCACCTTCTAACAGGTT
GACCGGAGACATGTACCAGTCTTGATGATTTAATTTAGGTTAAAGAAGTTCCTATTTATT
CTCCTTGGTCAGAATAAGTGTAATCTTGGATAGTTAGTTTAGCCCTAGAGTCGCCTTAGC
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CTTCTCTCCAATCGTCATGCTAATAAGCTTGGATGAAACTGTGCCTTGTAACATCATATG
TTTCCTTTCCCCGTTAGCAAGACATGCTACACTTCTTATGAGTGACCAACTCCCATCTGG
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AACAAGCACTCAAGTTTTGCCACCAGAAGAATGCTCGATTTCACTCTAACCTGTACAGGA
GATAGCGTATTACATCTATAGAACGAACAACGGTGACGCAGATGCCTCACATGAGCCCAC
AGCTAAATGTTTCTGACAGGCCCCAAGAAAATGTACGTCTTAGGCAGGATGTACTTCGTC
TTCGCGGTGAAGTTACTGCCCCAAGATTCGAGATACTGAGCTTTTGATGTTCTCCAGGAA
CCTTGCTCTGTGAAGAATCAACATACATGTTAGTAAATCCGTAAAGTACAATAGTAGTAT
CTTTTTTCGAGAATACGGGTACGATAGTATCTTGAGCTGTAGTAATGGTGCATAGAATCA
TAATTACACGTATGCCAAGCTGTTCCTTCAGAATAAGGTGCCACAAGCCAAAATGAGAGT
GGTACACTAGTTGTGGAAATCCAGCATGAAACTTCCTCTGAAAGTGTCTCTCATAGAACT
ACATGGTAAGCTACCTATCAGTTTCTTCTCATCAGGGAATATAAAATGGTTCTATCTTAA
AAATGCCATATAGGATAAATGATGAGGTGGAGGAGACAGAAATCATAAGAAAAAGACTAA
GAGAAGACAAGAGATGATTCCTTAGCACAATATGTCTCACCATGTTTTTAGGAATATCTA
GTTATTGAAGATAAGCTTAAGAAATGACCCATTGTAGACATATTTTTTTGACATCTCTAA
ATTACATGCAAGACTTAAGATAAGACTGTCTTATCAATCATTGTACATGCCCTCAGTTAT
TCAAAATAGACAGTATTTTCAGACTGAACTCCTATTATTTTTGCCATTTTCTGTGCACTA
TTTTCTCAAAAAGGATAGTTATATGTCTTCAAAACTTCGGGAGGTATGGCAATAGACAAT
GGAGGTTTATTGAAATTCAAGAAAGAAACAATTGAGGTTTTACCTGTCCGGCTTGAAGAG
GAGGTTCCCATAGATAAACCACTGAAAAATGTCGGCAAGAGTTATAGAGTGAGACTAGGG
ACATGTGGACTTGTGGTAATACAAAGATAACAACTTCACTTCAAAATAGCAATGTTACAG
TTGAGGGTCTTGGGTAAAACTCACCCATGCAACTGCTATTCCGATTAGTTCAAAGAAAAG
AGGGAGAACAGGGAGCTTGTCGATGACCTGAAGTTGAGATAATTAGATTATTAGATTGAT
TTTGTTTATCTTGTTGCACAGTTGAAGATTGAGCATCTGCAATTTACCCCAACAAGCATC
ATGGAAGCCCAGAATGCCGCAATTGATGCAAAGCCGATACCCGCTAGAGCAAATATGTCT
TCAGTAGTGTTGAACTGTTTCAGAACCCATGTTTGTCAGTTTCCTTCATTTTGTAAGAAA
GAAGCCTAAATGGAACTACAATTCAAAATAACTATTTGATTTGTATCTTCCATTCGACAT
AAAAACAACAAGAAAATCCATTTATGAGCCCAGGCTCATCTGCATTCAGTGAAGAGAAAA
TTCACAAAAAATATTCGAACAATTTTATTTTTTGCATGAAAAATAATTTGGTGCTTGAGG
TGCGCTCTAAATTTCAGATCATTTGGACATATGAATAGCTCTCAGATCACAAAAAACTGA
AAGTAATGCTTAAATCTTTTAAGTAATAAAGCGCCCCTTTTCGAAAAAAGCAAAAAACTC
AAATTGAGTCAGAATAATACATGAACAATAAACTTTTTTACACATCCCAAATTTGTCTTT
TTTGCCGAGATCTACACATGTCCAAATGATCTGAAATTTTGAGCTAACCTCACGCACCAA
ATTATCTTCCATGCATTTTTTTCCTTATTTATTTATTTTGCTAGTATTGTTTAAAAAAAA
ATGTTCATTGCAGGAGCAGCTGAGCCTAGACACCGAATCGCCTCGTCCCAGTTCATAGAA
ACACTGCTGACAGTCTTTTTGTCCCTGCAAGACTTGCAACAATTTCTCAGGAAATTTAAA
ACATATAAAACAAGGCCATGCGCTATGATCTGGCAGTATATTGTCCTAACCTTTTGGTGA
CTTAATATGGTATCGGCACTAAAAGATTCTAAATTCAAAACCTAAGGAGGCCAATATCGT
AACACAAATAATTGCGGTCCACTTCAAGCCCAAGCCTTAGACCAGTGAACTTTGGATGGA
GCAAGAGGGTTATATTGCCAACTGATCCTCTTTGCTAAACTTCATTGGTATGCGAAACTC
ACATTTAACTTTTAGGAACTCACTTCTATGTCGGTATCCCAATCCATCACCGCAAGGTCC
TGAATAAGGGGTGGAAGTGCATCGAGAACCGATTAAAAAAATCAGTTGGAAGGGCGTTAC
TATCCTATGAGGGTAGTCTTGTACTCCCTCCGTTTCATAATGTAAGAATTTTTTTGACAC
TAGTTTAGTGTCAAAAAATGTCTTGCTTTATGACACATTTTCTCGCTTTGGTTTTAGGCG
AGGTCCAACTGAATATTGCATTCCGGCGAGCTTTCACCGGAGACAAATGGACATGACGAC
ATGGCATCATTTGGATAATGGATTGATGGTGTTCAACTTATCTCAAGAAAAGATGCTTTC
AATCGGAAATCACATACTATGGGTGTCTAATCTCTTAACTATATGTACGCAGATCTCATC
AATGATGATCATGTCTTCCATCGGAACTGCATTTGGAAACTAACACTCCTGGCTAAAATC
AAAGAATTTATGCGGTACTTGGACAAAGGAGTGATCTTAACAAAACAAAAAAAAAAAACT
AGCCAAACGCAGCTCGCAAAGGCCTAAAATGTGTTGTTTTTGTAACAAACTAGCAATGAT
AACTAGTAGCAATGATAAAAAACTACACCACCTTATCTGTTTGCTACTCTTCTCTGCTGT
TCTCTTCATGCAGCGTATAATTTACCCCACCTTCGGATATAACGCATGAGTAACTAGTTC
TTGCGGATTCATCCTAAGCTAAATGCTCTAATCCATGTGTGGTCTGAAATTGATAGAATG
ATAGTGTTATCTTCTTTTTGCAGGTTATCTTCAGAGCTATCAATTGGATTTGTGCATGAT
CCTATCTATATCGTGTGAAGGTGCAGGAGTGCTGATCCCTGCCAATGGGAGACAGTAGCA
TAGCATGTGATATGTTAACCGATATGAATGACGGTCTAGTAATAAGATCAATGCACCATG
AGGACATCACATACAAAACCAAGCATTTTGGGCTGATGTACTGGAAATCAGGAAGTAATA
ATGCCGCTCTACAGCACAAAGTTACAACCTTATTTTCCTTTCTCAACGGGAGTAAATAAA
ATTTAGGACCCCATTGGCCAGCGAACGTTTGCTAGGAGGGATGGCATTTGTGAACGTTTT
TATGGAAAATTCTTCGGAACAGCCATGGCAATTTCTTCAGAAACACATGGCAATTTGTGG
CAACAAAGGATTTTGCTCCAAGAATTGCCGTTAGTTTGAAGGAACTGCCATGTTCCGGCA
ACATAAATTGCCGCGAAAAACGTTCGTTTTGCCATGCACCTGCAGCGAGCGTTGGTTGGA
TAGCATTTGATAAATCATTGATGCGAAATCAGAATTTTGCTAGGGAACCTACTGGCAAAT
TGCAACGTCATACTGTATCATACTATCATAGCGACAGTCGGGAGGAGACTCACGGAACTC
TTGACGTATTTCACGACACTCCTGGTGGAGGCTCCTGAACTGTCCTGCGCAGCCCTGGCA
ACGACAGCGCGACTTCCCATCCTGCCTGCGCGTGGCACATTGCAGAGCACGCAGTGAACC
ACGACGACGCGATGAATTTCGCATCGGGAGCACGGTGGTTGCTACAAATGAATTACCTGA
AACCGTGGGGCTTCGCAGCTTCGGGAGACCCCTGGGGACGCTCTGGCTGCTGCTGCCGCC
GCCGCCGCACCGCGCGAGGGCTGTGGGCTGGGCGATGGAGAGGGCACATGCCATCATGGC
TGGCTAGATCCCCCGCCTTGGGATTGTTGGCGATGGAGCTGCGAGGCGTGTCCGGCGGAC
GATGCGTGGAGAAACTACTGTTTGGCCGTCGTCTGCAGCAGCGGATGTGAGCGCGAGCTC
GCTTGTCCACTAACACTCCATCAGATGGCAGGTTTGCAGATTGCCCCTTTTTTCTGTCTT
TTTTTCATGGTCAGCAGTGCTGCTGCTGTACTACTCCATTTTCCATTCAGAAAGAAGTTG
TACTGCTCAAAGTCTTTGCAGGAAGTTGTTGTTGCTGAGTAAATATGTAAGTTTTGATTA
AATTAATTGAGGAAATAATCATGATCATGAATTAACAAGATTACTAACAACATACATGAA
TGAGACTAATGTAGTACACATATAGTAGAAACATCTATGCATATAGCTAGTACCGTTAAA
ACAAAAATTAACAGAAGCAGGATAAACGTGTTATACCCTTCAATAGGCCACTTGCCCGTA
GCCGCGACAGCCTCCTTGGCCATCTTCTTGTCGGCTTCGAGCTTCTTGGTGGCGACACGG
TCAACGTCGGTTAGCGAAGACATGATAATGACGAAGGCAACACACACGTAAAGGAAGTAG
TTGAAGGAAGGGAAGCAGTCGTGTAGTCGCTCCGAGAAACCTAATCACCTCTCTTCTGTA
TAGGATCCAGAGAGAAGGGGTTTCAGAGGCCCGCTCTCTCGTCAACGGTGTACGCGTTGA
ACGGAACAGAGTCGCCGACAACAACAACAACAAAAGTAACGACATAGGCAGTTCGCATGA
AGCAGATGTGAGGGCTAGTTATATGATCCAATNNNGTTATCATTGTTGAGAGAACTTCCA
CCAGTGAAAGTATGAACCCTAGGCCTTCTTTCCACGCAT