Map Locations of contig_38742 (5857 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map locationNo map locationNo map location




Predicted Genes from contig_38742

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_53922 1 951 bp AK362112 Available Available None





CDS Structure of MLOC_53922






Contig Sequence (5857 bp)

>contig_38742 5857 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TTGCAATCATTATCACTATTCCCGCTCGTGTTTTGATCCTTGGCAAACTACAAGGCCAAA
GAGATTGANNNNNNNNNNNNACTCATTGGGAGCAAAGTTAGTTGTTGTGTGTGCAGGTCC
ACGTCTTCTGCTAACGCAAGAGCAGCGGACACCTACTTGNNNNNNNNNNNNGTCCTCCTG
GTTCGATAAATCTTACCATCCACGTGTAAGGGAAATCTGATCCTGACTACATCTCCACCT
TCACTTGAGGTAACCAACGAGGGGCGNNNAGTATATCCATAAACTCGTCATCATGGGGGC
GGCATGAGGGAGCCGATGTGGGGAGGGGGGCTGCGCGGGCTGGGGGCGATGTGGTGGTGG
GAGCCGTCGGGAGGGGGCGACGCGATGATGGTGGTGTGGCGACGCGGGGAGGAGAGGCAG
AGATGGAGATGAGGGTGGGGATCGGGGGAGAGGGAGAAAGAGTGGGGATCAGGTGATAGG
GTTGGGCCGAGGTGGGGAGGTGGGGCGTCGTTAGTGGAGAGGTGGGGAGTTGTCCCCTTT
GTCGTCCGCCTCGGGATGAGGCAAACGGCAAAAAGGATTTGGGCGAACGACAAAGAGGCC
GCAGATGGCAAAGGCGACAGCTCCAGCTGCGATAATTCTTTGTCGTTTGTATGGACCATC
TTTGCCATCATCTATTTCTTTGTCGTCTGCCGGGTCCATCTTTGCCATGTGTCAGCACAC
GGCAAAGAATGCACTGATGGTAAAGAGTATCTTTGCCATCAATCAGTTATTTGCCGTTTG
TTTTCCGATAGCTGACGGAAAAGAGTCGCTTTGCCATCAGTGAACAGACGATAAAGATCA
CACAGATGGCAAATTTTTTAATTACCGTAGTGATTCTAAGGAATCAATGATCCTTTGATC
TGGAGACTTATGCATGCCGTGAAGCTTTACCCCTCGCAAATGATCCAGTTGCGCAGAATA
TTTGTGTGACCTCAACACATCATCAAGTTATGAATGATATCATAAGGGGACAAGAGGTCC
AAATGCAACCATAGTTCATGAAATTAAAACCCGTTGTAATAGTTTCCTTTCTACAATAGT
TCTTTTATTCTTGAGCATAGGAACTTTAATTTGGAGGTTAATAAACTCGTCAAGCTTGCT
TGTGGGGCAATCCTCATGAGTCATGACCCCAACATTGTATCCATGACACTGATTCGAATG
AATAAAGTAGGTGAGGTTTTTTTCTTAAAAAAAAACTAATTTGGGCCACCCTGCCTCCAG
GAAAAAAAAGTTAATCTGGGCCGAGCCGTGGGGCCTACAACGCATCATTAAGCTGGTAAA
CTCCACAATAAGCGAGGGGCTTTCCTGCAAAATCGCGCGCTAAATAAGAATCTCGCGCAG
AGACGTATCCATGCTCTCCTCCCCCTCCACCTACTACGCCCTCCAATTCCACCGTTCCGA
GGCGGCGTCTGCGTCTCCTCCCCCACGCCCCGTCCATCTCGCTGCCTCCAGCCCGGTGAC
ACATCCGCCGCCGCGCCACCGTCGAATTCGCCTCCTCTGCCCGCCGCTACGATCGCGGGG
ACGAAGATGCTGGGCGCCGCGAGGAGGCAGCTCGGATCCGGCCATGTGAGCGCCGATTCC
CCCCCGCCTCGCATCTCCCTCCGACCATTTCGCCACGTTCAGTTGGGGTTCGATCTGCGA
TGTGGTTGCTGATGACGGGTTCGTTGTCCCGTTTGTTGCGTGCAGATGCTGGCGCAGGTG
CTGCGGAGGCTCCGCCCGACGGCGGCGGCGTCCACGGAGGCGGCAAGGGGGTACTCCTCC
GCGGCCAAGGAGGTGAGCGTGCGGCAGAACCCTAGTTTTCTCGATCGCGTGCGCCGCATT
GGCCTGTAATGGCGTGGTCTGCTTTCGCTCCATTGTGTCGTTTCGTTATTTGACGAGCTG
TTTTGACCGGAGATCGGCTGGTGCTTGGTTATATTGTATCGATGGCATTGGCGATTACGA
CTTTTGCTGTTGTTATTATAATGGTGGTGGTGACGCACGGCGATTTTTTTTGGTTTGGCG
TGGATGCGGGTGGTTGGTTATGATATTAATTCGTTATTTTATTATGTAAGTTTTGTCATG
ATGCGATGGACTTTGGTTTCGGAGGCTGTTTGATAAGTACTTTTTACTTGAACTATTGAT
GAGTACCTCTACTGTATTTCTTTTGGTTGGCAAAAAATGGCTGTTGTAATGTTTAGGTGG
TTAGTGGCTATCTTAGAATTGATGTCACCATGGTTTCCTACATATGGATTTGTGAGCTGT
GGGCCTTGTGACTACCTGCTGATGGGAGTTGTGTGGGCTGATGTCCTCTGGACTGTAGAG
TGTAAGCATCGGCTGGTTGCTTTATCCTTAGTGTTTGTGTGTTTGACAATTTATTGTTGC
AGAGCTCAGAAGATGAAGTGTGTTTGTTATAGTGAGGAAAGATGAATTACCTTTGTGGTT
TGTCTTGCAGTGAAGTGATATTTTCGTTACCTTCATCATGGTAGACTTTCTCATAGATTA
GAAACCGCCTATTTGACTTTAGTAGTTCTGCTTGGTAGTTCATTTGGCAGGACATTATCC
TATTTGCAAGATGAGATTTAGTTACAGAGTATTTACTTTGCTTATGAAGCAATGTCCTGT
CCATACACCTCTCATTTTTCTTGTTTGTTTCTTAAGATGTCATATTACCTAGTGACCATG
CGTCCATACCTATGTCAATGTATTGGCTCTACTTTGGAAAATAACCTGACCTCCTACTGA
TTAACATTATGCAAATGCATTTTACATAATATATTCCTTGCATTGTTCTTCACCTTTAAC
TGCCATTCTTCACTATTACTTGAGACATCAGAATGATTGGCAGTGAAATTGGGTAACAAT
GGTCATTGATGTGATTGGTTGTGTATGTTATTGCTCCTTTTTTCCTTTCGGCGCTGCGGG
GAACAAAGGATGGTTCCTGGATTAACCAGCACATATTTGTTCCATGTTCTGTGTGGTCAG
ATATGTTTGTTTTATGTTGAAAGTATATAGGGTTATATCGAGAGTTATCTTTTGAGAAGT
GTTTGTTGATTGGGAATAAGGGAAGGCTGCATTCAGTAGCTCTGTTCTACATTTTACAAG
GCTAGTGACATACAATATTGTTTTACCTGTTCAGATCACCGTACGTGACGCGTTGAACTC
CGCCCTAGATGAAGAAATGTCTGCCGATCCTTCTGTCTTTTTGATGGGCGAAGAGGTAGC
TTTTTGAATGATTACATTTTTTAGTTCTATCAGTAGCATCTTTTTTCTAACGCCTTTTCG
GTTGTGGTAGGTTGGAGAATATCAAGGTGCATACAAGGTGTGCAAAGAATTATTGTTTTT
GCTGTAGGCCCCTTGCCAGCTGATATCAAATTCTAAATTATATGGTTATTGATCTTCAAT
TGGTTTTCTGCAGATTACGAAGGGCTTGCTTGACAAGTATGGTCCTGATAGGGTTCTTGA
TACCCCAATCACTGAGGTTCCACTCTTACATTCTTCAAACTATCCATTTGCTGCTGTCCA
TCCGTACATTTTCAGACTGAAACAAGTCTGCTCAAGCATTTATCTGGTATTGTTATGTTT
GTCTAGGCTGGTTTTACAGGCATTGGTGTTGGTGCAGCCTATCAAGGTCTTCGGCCAGTC
ATAGAGTTCATGACATTTAATTTCTCAATGCAGGTCAGTTATAAGGACCCAATAAGTTTG
TTTTATGTGCTTAGTTTAAAGTCCTTGTGCGCATAGTTTTATGCTGCAATACTTGTTGGT
TCAAGATGCAAGAAGCACTCATGCTTCATGCTGTCACATCTTGAACCAACTTAACACATG
CTGCACTTCTGTGTTTCCACAGTATGAGAATGGCTCAGGCCTTAAAGCATTGCACAGTTT
AGGATAATCAATCAACTTAACACATGCATGTAATCACTTCTCAAGAAACATATGTTATGT
ATTCCCTCCGTTCCTAAATAGAAGACCTTTTAGAGATTCCACTATGGACTACGTACGAAG
CAAAATGAGTGAATATACACTCTAAAATAAGTCTATATACATCCGTATGTAGTCCATACT
GAAATCTCTAGAAGGTCTTATTTAGAAACGGAGGGAGTACATTAGTACATTACCACACTT
AGTATCCTTGATGTAAATGCAAGCTCTTATTAGTTACTGCCCTTTTTTCTTGCTAGTTTT
CTAAAGAAGCACTTTGCTGTATACCTTACTTCTGATTAGTATTTGATTTGTGTTTTTAGT
CTAGTAGTTATACATGTCTTGCCAAGATCCTAGTTTAATGGTGAAAGCTTCTGAAGATGA
TGTTAATTAGAGGTTTTCTCTGGAATAATTTACACAAGATATAGCTTTTATGGTTGACAT
TCACATATCTGCTTTTCTTGCCAGTTAACTTATTGGAAGAATACAGTGGATGTAGCTTTC
AACCTCTGGTCGTCTGAAATACAATGTATAACCTAGTACTCCCTCCATCCGGAAATACTT
GTCATAAGAATGGATGTATTTAGATGTATTTTAGTTCTAGATACATCCATTTTTATTCAT
TTGTGCGACAAGTAATTCCGGATGGAGGGAGTATTAACCATTAATGGTTATTTCCATGTA
CTAGAAAAATAAAGGAAATCATTATGCTTGCTTTACTCGTGTGGCTGACAGGCAGTTTGT
TGCTAGTTTTTACACTGCAACACAGGCCTACTTCTCTATCAGGTGTTCCTTTTCCCGTCA
AGAAAAATAATTAATAATTTGTAACATTCAGGCAATCGATCATATCATCAACTCAGCTGC
CAAGTCAAACTACATGTCAGCTGGTCAGATAAATGTCCCAATTGTTTTCAGAGGACCAAA
CGGAGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCTCAGCACTCACAGGTTTGTAAGAGGGAATCACTCAT
GTGTTAGTCCTTCTTAGTACTCAAATAATTTTGAAACAATTAGCTTTATTCCTTTGTTAT
GTTGTTGTCACCTGCTTGTGCTTGTTTCCAGAAGATATACTAGACATGCAGACCTCTTAG
CTATACTAGAATAGTAATACCATATATACTAAATGGTGAATATTTTTTGAAGTCGATAAC
TCCCTTGCCAAAACGGAGCAACACCATATATACTAAATGGTGAATATTTTTTGAAGTCGA
TATAACTCCCTTGCCAAAACGGTTATGCAAGGTTCAGGGAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTT
AGACTGTTAGTTAAAGCTCAGGTGGTTATGTAGAGTTTTCCTTGATTTTAAGCCAACAGA
CCTAAGTTATCAGTTTACGAGTTCTTTATCATTAGCTATGTAAGCAAAGTTAGTTTACTA
CCAGCTCCTAGGATATGCTCAATCTATCTTCAATACATTGTGATGACATCTTTTTGTAAA
CACTGAATGATTGTGATGTTTGCACTGTACTAATTGAACTGGTATACAGTGTTATGCAGC
TTGGTTTGCGCATGTTCCAGGACTAAAGGTTCTGGCTCCATATTCTTCAGAAGATGCCAG
AGGCTTGCTAAAAGCTGCAATTAGGGATCCTGATCCCGTTGTTTTTCTGGAAAATGAATT
ACTGTATGCAACATCTGACCTCGTTGAGCTATTTATACTTTACTAGCGGCTAGCTATCAT
TTCATTGATATGTTATGTTTTTTTCTACAGCTATGGAGAGTCATTCCCTGTTTCTGATGA
AGTGCTTGATTCTAGTTTCGCTCTGCCGATAGGCAAAGCTAAGGTAACATTCTTATGCAT
TCCTTGCTTTGAAGTGCTTGTCGATTGTCTGTTGTTGCTTTCAGTGAATAGAATTGAAAG
CAACAATAGAAAACTGAACTTCTATGCAGTATGCACT