| Morex x Barke POPSEQ 2013 | Oregon Wolfe POPSEQ 2013 | Morex Genome Release 2012 |
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No map location |
Predicted Genes from contig_38589
| Gene ID | # CDS Predicted | Max CDS Length | Probes in Cluster | FPKM by Treatment | FPKM by Replicate | Top Rice Hit |
|---|
| MLOC_53730 |
2 |
1349 bp |
AK357567 |
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1 |
930 bp |
MLOC_53731.1 |
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Available |
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| MLOC_53732 |
1 |
291 bp |
MLOC_53732.1 |
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Available |
LOC_Os05g17830.1, FRAME:-1, EVALUE:4e-12, 13105.m01882 protein retrotransposon protein, putative, unclassified |
| MLOC_53733 |
2 |
1253 bp |
MLOC_53733.2 |
Available |
Available |
None |
CDS Structure of MLOC_53730
CDS Structure of MLOC_53731
CDS Structure of MLOC_53732
CDS Structure of MLOC_53733
Contig Sequence (16013 bp)
>contig_38589 16013 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
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CTCTAACCCACCTGTTTGGATTTTTGAGGGTTAGATGAACCCAATCTAACCAACTCTAAC
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GTTCATGCGACCGGCATCGTTGTAGTCTGCACCATGCTGGCTCGCTCGGATGCAACAACC
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TCAATTATACGCAATGCTAGTTAACTAGCTGCTATACTTGTATCCCCAATTATCTCAACT
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GTTGTGATGAAGGGAGCAGCGCGGGACGCACGGGATCTCGGAAGCGTCAGCTCTAGCACT
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CGCCGCCGCCGCCACGACCACCACCAATCCACAATACTCCCCTGGTCTCTCCATCCAGTC
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CTCCGATTTCTCCTTCTTAACTGTCGGGATTTCATTCTGACAATATCTGCGTGTGCGTTG
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CGCACAGCGGTGCGGATGGGAGCGCAGCCACCACCTCCGGCGCAGCAGTCGTGGCCCCAG
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TTCAAGAGGATGGCGCCGAGGTTGCTGACGTTAGTGGGTCCGGTGGGAGTGGGAAATTCC
GGCCTGGTGGCGGCGGTGGTGGAGATGGGGATAATGGTGGGGGTGGCGATGGGGGGGATG
ACCACAATGAGCGGGATGATGAGCTTGGGCCGATCCTTAGCTTCGAACAGGTAGTCCAGG
AGGTGGAGAAGCAAGGGGTTAGCTTGTCCAGCTTGCCAGCCGATATGATCGAGGCGGCAA
AAAGCATGGGGATTCAGAAGCTGCTGCTGCTGAGATACTTGGACATGCAGGTGTTGAAGT
GCTCTTGTTCTTATGCGTCTTTTGGGATTGCTATGTGGCTGACTCGGGTTATTTTGCTGT
TTGCATGTTCTAGGCCTCAGCTTGGCCCATGGGTCCTGCCATTAGATCCTTTGGGTTTCT
CCGGAATAGGATGCTGGTTGATCCTACATTCCTCTTCAAAATTGGGACGGAGGTAGGTTC
AGTTCTTATCTTAGGTAGAATTGCACACTGGTAAGTGTTCATTGGTAGGATTGTTAATTG
ATTGTTTTGGTGGAACGTTTGGCAGATAGTTATTGACACATGTTGCGCGACTTTTGCGGA
GGTTCAGAAGAGGGGTGATGAGTTTTGGTCGGAATTTGAGTTGTATGCAGCAGATATGTT
GGTAGGCGTAGTTGTTAATGTTGCTTTAGTTGGCATGTTGGCACCATATGCTCGATTCCG
TGGGGGGTCCACATCAGCAGGTCTTCTTGGGCGTGTTAGGCATGCTTATGATGCTCTCCC
GAGCAGGTGAGTTATGAACTATGCTAACAATTCTGCGGGAGTAAAAAATGGAAGCAGTAT
TTTATGTTAATTGGAAGTGGCTTCTCGTTCTGTCTCTAGATGCATGTCATTTAACATTTC
TATGTACTTGTAGTTCTACGTGTAAGTTCTTTCGTAGGAACCAGGTGTATTACTGTCTTC
CTGTTCTGTTAAAGCTTTAGTCTAACTTTTCTGCAATCTAGGCTATTTGTCTTTTATCCA
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AGAAATCTTATTGAGTGAAAAACTGTAAAAAAGGCAAGGTTTGTTTGTATAAATCTTATC
CCGTTGAGTCACCAATGCTTAAACTCACTAATGATAAATAATCTGCAACAGTAAACTGTA
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TTACCCTTATTTCCCATTTCCTTTGCTTGTTGCATGTTAATCTCAGTGCACTTTGTGCTA
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TGTAACGCTGATGAGATCTGAACTCATGTAGTGTTTTTGAAGCTGAAAGGCCAGGATACA
GTTTTTCCATTCAACAACGGCTCGGATCATACCTTCTCAAGGTATTTTTTGTGTTCAATG
GGAAACTTATTGTGACCCAGAAATGTTACGAACGCTATTACCTCTTCTAATATCTGAAAT
ACCCTACGTTGGAACAGGGATTTTTATATGGTGCAGTTGGATTTTCTTGTGGTCTCGTTG
GCCAAGGCATTGCGAACTTGATAATGACTGCAAAGCGGTATTGTACTTCTTGTTATGTTA
AAGTCAATATTGTCACCAATATGTAGTCAGTTTATCGGCACATTTGATAATTTTTCTTCC
TATGATATACTTATATTCAGATAGGCCATCTAACAACAAATGATATTAGCATGAGATGTT
ACATCTCATTACGCAGCTTCTTAGAGAGCTCGGATACTTTTGGAATCCATTTTGATTCAT
GAATGATCAAGAAATGTTGAAGGAAACAAGGAAAATTACCGTACAACTTATGATTGTAAA
AATAAGCTTTGTTTGCTTGAGTGCCAATCTTGCACTAGTTTGCCACACAATTACCGCCGA
ATTGTGTAAGGTTAGATCAACAAATTCTTAGACACAGTTAAAATAGGAATGCACCAAGGG
TCAGCTTTGAGGCCTTATTTTTTTTGCTTTGGTGATGGATGAGGTCACAAGGGATATACA
AGGAGATATGCCATGGTGTATGCCCTTTGCAGATGATGTGGTGCTAGTTGACGATAGTCG
GAGGTGGGTTAATAGAGAAAGTTAGAGCCATGGAAACAGACTTTGGAATGGAAAGTTTTT
GGGCTTAGTACAACTAAAACTGAGCACGTCGTTTCAGTACTACTATGCACAAGGAGGTGG
AGGTTAGCCCACTAGCAGTCCACATACTACTAAAACTGCATCACATGTTTTGGTGCCTAC
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TAGTGTGATGGCAGCTTAAAAAAACATTTGCCATTTGTCCACTTATTAGTACCACGTCGC
CTGGTTTGGTAGCAGGGGACAAGGAACTTTGCTATATAAGCTCATTGGGTGTAAGTGGCG
TCACGGCCACAATCGGCCCGTTAGTTCGACATAGTTGGTATAAACCAAATACCATACCAA
ATTAACAGTTAACCGAACATTTAGTTTTCCTTTTTTTATGCTATTTTTGGTTGTCTTTTG
TGCTAACCGAAATTCTAAAAATACCGAAATTTATTAACCAAAACTTTGGTTAATATGGAA
TGCCCATGCCTAGTCTAGGGACCAAGGGGTGGGTGGAGAGAGATATATGGGTTGGTCTTC
CTTTGATAGTGCGCATGCACCTAGTCAGTCAATCCGACTTCGGATTGACTTCATTTAGCC
TGGATAGTTCAACCCTGTGCGCTAACTCGGGTTCGGGCAGGTGCGGGCGTCCGACCGCTG
GCACACTCGGGCAACAGGGCAGTCCGGTTGGCTGGTGGCTGGTAGAAGGCGAATCAGGTC
TCCAGAGCTCAGGCAGGTGCCAGATTGTCGAGCCAGTTGTTCCGGCGCGTTCAGTTTTTA
CTCGACAAGGTAGGTGCCAGATTATCCAGCCAGGTGTTCGGTGCGTTCGGGTTTTACCCG
ACAAGGTAGCGGACTGTCTGACTGCTATGTAGTTGCGCTCCCTTGGCCTTGGATTGTTCG
GCCTGAATCTTGCCAGATTGTCTGACCTCCTGAGTGGAGCAGCCTCTTCTTCTCTTCTCT
TGCTCCTTGTCCATGCATTGGCCTTCCTTGTTCCTTAGCACTTGGTGCCATTGTACCTAA
GTATGCAAAGGGTCTCCGATTGAGGCAGTAGCCATTTCCCCAGTGGAAGGGTCACCTCGG
TTTATATGGCTCGTGCATGTGTTCGTCATTGGTCTACTTGGTCTTGATGGGTATCCATGG
TGAGGTATGAGGGATGCTCCACATCATTCTCCTCCCTTCCACTGGGGAAGATCTGTCCTC
ATATCAAGGTCCTCATCACCATGAAAGGGGGCAAGGTTGGTGAAGTTGAAGGTAATTCTC
ACCGAGTACCTATCCATGGGTATGTCGACCTTATGGGCGATGTCGTTGATCCTTTGGATT
ACCTTGAATGGACCATCGGTTTGAGGAAGTAGTTGGAATGTTGGTGTTGACCTTGTCGGC
GTGTGATTGGACTTGGCGCTCAATGGTGAGCCTTGTTTTCTTGTGCACCCTCTTCATGAA
CTTGGCACTTGTGCATCCATGTTTGTTCGCTCTTTGGACATGTAGCAGAAGAATGTCTAA
TGGCGAAAGAGGATTGAAGCCATAGACGACTTCGATTGACACTTAGGTGTCGTCTAGTTT
GTGGGCGGTTGAAGCCATAGACGACTTCGATCGACACTTAAGTGTCCTCGAGTCTGTGTG
CGGTTGTAGGCAATCCTTCAACACTCGAAGATTCCTCTGTTCAACTCTTGAAGATTCCTC
TTGATGAGCACGTGAAGGAGGGTAGACAACGTGCGATTGACCACCTCCGTTTGTGGATGT
ATGCCGATGAGAAGAGCAACTTGATGCCGAGTTTGGCGCATAATATCTTCCAAAAATAGC
TTATGACCTTGATGCCGTGGTCGGAGATGACGGACTTGGGTACTCTATGTAGGCACAAGA
TTTCCCTACAAAACAATGTTGCAACATGTGAAGCATGTCTCTCTCGTTGCAAGGAATGAA
ATGCGCCAATTTTTAATGTAGACCACAAAGGTAGAATCCTTTCCATTTTGAGTTCTTGGT
AACCCGAACACAATGTCCATTCTAATGTCTTCCCAAGGTGCATGTGGAATAGGCCAAGGT
GTATAAATACCATGGGAAAGAATTTGCTGGCAAGCATAGCATAAGTCTTTCGCATCCGAA
ATGTCCCATGAGTCCACCACCATGCAATTCATGCAAAAGGAGCATGCATAAGATATCCAA
TGAGTGCCTTGTTGGCATGAGCAAAAGGGTTAGCAAAGAAAGGGTCAATGGCATACAAAT
CCTTAATGTGATCAAATCCCGTGACATTAATCTCAAGTTTTTGTAACATGATTTTTTGGG
AAAGAACATCCACTACCACATTTTCTTTGCCCTTCTTGCACATAATGACATAGGGAAAAG
GATCAATGTATCACTCCAGTTAGCATGTCCACGGTTTAGTTTGGCTTGGCTCTTAATGTA
CTTGAGCGATCCATGATTGGAATGGACAACAAATTCCTTCGGCCACCAATACGTTGCCAA
ATTTGCAAGACACAAACCAAAGCATACATTACATTTGTCATAAATGGGATAGTTTGATTG
TGCGTCAACTATTTTTTCTTTGAAGTAAGCTACTGGTCTACGCACTTGCATAAGCATGCC
TCCTATGTCGATACCACCAGCGCACACTCAAATCTTAAACGTTTTGCAAAATCCGGCAAA
ATAAGCAATGTGGCATGAACCAAGCGATGCTTATGTTTAAGAAAAGTTTTGTTTCGCGAA
GGAACCGAAGTAAAATGCATATCCTCTTTGGAAAGAGTATGCAATGGTGAAGCAATAGTG
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ATCAAATTCGTGGGTTGTGGTTAACTTTAAATCTTGTCGATCTTAGACTAATCTACTTCA
ATGCCATGAGAAGGCAACGAAATTGAAGAAAAATGAGTTGAATGGTGCAAAGTGTGCACT
TTTCAAGATTAACAGAAGTTTCTCATTTCTTAGCACTTCAAGGACTTCGGAAACATGAAT
GGGATGATCATCAATAGATTTTCTATATATCAACATGTCACCAAAGTAACCAACAACAAA
TTTGCCAATGTGATGCCTAAGCACATAATTTCATCAAATGCATGAGGTGCTAGGGCATTA
GACAATCCAAAGGGCATCACAAGCCATACATTAAGACCAAATTTGGTTTCCAAAGCAGTT
TTCCATTCGTCACCCACTTGCATACAGATTTGGTGGTAGCCATTTCTCAAATCAATTTTT
GAAAACATAGTGGCACCACCAAGTTCATCTAGCATATCATCTGAGTGCGGAGTGGGGTGT
TAACGATATTTTATAGATCCTAACAACATTACCGGATGTGTACCTCACGTTTTATAGATA
AACATGGACGTGTGCGTATAGTTGAGATTGTAACAACCTAATGTAATCTTCTCTTGATCG
GCAAGTTTGCCCGTATATATAAATCACAGCCGGTATCGCTCTAGATGCATGGAACCAATC
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GCCTCCACCTTCACCAGTAGCATGGCATCATCCTCTGTGTTGGTTCCCAACTTCGCCGAG
CTAGTCACCGTCAAGCTCGCCGGTGCCACGTACCTGCTATAGAGGGCGTAGATCGTTCCG
ATCTTGCGAGGCCACCATCTCTTCGGCTTTGTCGACGGGTCTTTGGTCGCTCCCCCATGC
GCATGCCGACATTGAGCGACGCCAATGCCAATCTTGTTGATATCCAGCCCATGCCGTCTG
CGTTGCAAAAGAGGCGCTCGTCCTCACGGGCCACCTTTCGACGCTTGATCATGAAGTGCT
AGCGTGGGTGGCGTTGCACACCTCACCGGCCACCGTTTGGGCGGCCCTGGAGAGGATGTT
TGCCTCACACTCCAAGGCGAGGATCATGCAGCTGTGCAAGCAAGTAGCTACTATCCAAAA
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CTTTGCTGGCCGCGCTGTCTTGGATGACGACCTCGTCACCTACCTGCTCACAAGGCTGGA
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TGGCCTCTTCGCACACATGCTCGACTATGAGCTCCGCCAGGAAGGTGCTGGAGGCAGCTA
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ACTGCCGCCCCCCCGGACAAATCAACGCGTTCTTGAACGCAGATTGGGCAGGTTCAATTG
ATGACAGGTGATCCACAAGTGGCTTCCTCGTGTTTCTTGTTTCCAACCTTGTCAGGTGGA
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GATAAGCATGGACGTGTGCGTATAGTTGAGATTGTAACTACATGATGTAATCTTCTTTTG
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AATCCATCTTCCACCCATTCTTCCATGGGGTGTCAATAGTGCACATTAATGTTGTTAATA
GCACGACAATTGACACACATTCGCCAAGATCCATCCTTCTTAGGTACAAGTACATCGGGA
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CGATGGGTTCTCATCCACTTCCTCAAATTAAATTTTGTGGCTAAGAGAACCATATCCTCA
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CACTCCTTTACTGGACTCAACAATATCATGATCATTCAAAGGTCTTGTTGGCGCTAGACT
TGTCGGCTATGCCTTGGTTTGGAGACATAGGGCGACACACATATATTCCTTTCCTTCCAC
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TGAGCCATTGGACCTCGTAGGGCTGAGCTGGCGCTTGTACATGACGTGGAACTTTGAGCA
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CTTCATTAATCACCATAGTGCGCTTGGTGTGGCACTCATGACTTGTGGCTGCGACCTTTG
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GGTCTAGGTCGGAGCCTTGTAGAGTTTGGAGGTGGGCGACTTGATGTAGTCACCGGTGCT
TTGGAGCTTGAAGGAACACCACTTGTAGATGTGTCTCATTGGTATGGCACCATACTTGAA
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ACGTTGTCTTGGACTTGTCTCTCCGCTTGCGTTGGTTGGTGGACCAACTCAGACAAGTAT
TAGGGTTGGAAATCCGCAACCCTCTTGATGGGATGGTTGAGCTCACCGAGAAAATGAGCC
ATTGTCTTGGAGCTTCTTGGATAGGTCATGAGTATAGTGTGTGGGTATGAATCTCACTCT
CATGACTTATTTCATTGCATCGCAAGTGGCAATGGGGGCCTCTTTGCTTTCTTGTCAAAG
TTGTTAACCTTGTTCCTACCACACAAGTGCGTACTCATCGGACTCAAGGGATGCCTTGTC
GATCTTCTTTGGGTCTTCAAAGTTGTGGACTTGGAAGATCTTGTACACTCTTTTTCGGGG
TCGATGTGGCCGAATAATTTGAGGTTGCCAAAGCGCCCTTCATGTCGATGAGGTGGTGGG
TTGTCTCGGTCTTCATTTCAGAGGTGGTGCTCAATGCGTGGTGTGGCTATGCAGTGCACT
TCATGTCATTGTTTAAGACGAGCCTCCTCCGCTTGTCGTGCTTCACAAGCTTGACGGGTT
TGCTCCGTGTATTGCCTTGCGCGCGTAGAGCTTGGTGCGCTTGGTTTGTTTGTTCCCCGT
GGCGAGCTTCTTCTTGTAGATGCAAATAGTGCTCTTGTAATTTTTTTTTTCGGCTTTTCA
ATTTTTTTGAATGTACACAGTAGGACAAAAGTCCCATTGTAATTTTTATATTATAAAAGA
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TGGGTTGCTCTTGAGCTTCACGTTTTCGATGTTCATGATCGAGAATGCGGTCTTGTAACC
AACTGCCATGATGAGGAGGTGAGGTTCAGTTGGGCTCTTAGTCTTCATGGTGGTGGTGGC
GCCGCGACCGGTGTGAACTTGGTGATGATGGGCACTTAGAGCGATGTACACTTGAGTTTT
GGCTTCCAGATAGTCCTTGTTACAAGTTTTGGCTTCTCGCATGTTGTGGAAGAGTACTTG
TGGTTGTGGAAGGTGTTGCGGAACTTGTCCATTTGCGCATTCAATTTGGTGTCCAGGTAG
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AAGATTGCATTGGCCTCGTGCATAGCTCGTTGAGACGGACGTAACACCTTGGAGACATAG
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GTGATTCTTTTGATCATCATAATACCAGATGAGATGTGCTTTTCCTAGTTGTGACGTGAC
ACTCGAGCAAGGTGTGAGAATCAAAGGCAAATGAACAACGCCAAGTTACCTCTTTCTCAT
GCCGTTGAAGAATCAAGTGATCTCAAGATTGTCAATGCAAAATGAGCGAGACTTGGAAGT
GTTCTTTATCAAGAAGTGTACACACCTGTACACAAGGCTTTATATGGAGCTTGGAGGGGT
TAGTGGCTCAATCATGCAGCAAGCAGATTAAGAACTGATAAAGTTGGGTAAGATCCAAAT
GATCGCAAATGAGATACATGTAGATCACAAATGTAGATGAATGAGCAAGAGAAACGCGAC
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ATCCTTTGCACAAGTATCAGCTGCTCGAACTCTTTTGGTTATAAGCTCTTTGTATCCTTT
TCTTCCTCTTTTTGTTTACTTTTTCTTCCTTCTCACCACCTCTTTGAGCCTCGACCAAAT
ATGTGAGACAACCATCATGGGAGATGCAGGGAGTAACTATAACATGTAATAATGTGCAAG
TGGTCACTACATTGCACAAGTTCATGAGGGCTGACAATTCTCAAATAGCTTGTCTCAATA
GGAGCAAAGTGTGCACAGATGGTTGAGTGGCTATCAAAGGTAATGGCAAGGGAAGAGCAA
GCTATGATGGAATGGATACCTCACGTCACCTTTACCCTTGATGAAGTCGGAAGTGTTCCG
GCCTTGCTTTCGCTGAAGGTTGTCAAAATGATGAAGTGGTCATCATTGTAGACGTAGTCG
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AGGGTCGGATGGTCCGAGTGGCCAAAAACTACACTTTTCAAGGAAAGTTTTTGGTGGGGA
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GGCTAGAAGATATAGCTAGGGACTCCAAATCATGGAAACCTGTCTCTTGATACCAAATGA
TCCGGGGCAAACTGTAGGGGTGGCCTGATCTTCATGATTGGGGGTGGATTCATGTATGAA
CACGAAGAACAAAGGGGAAATAAGAGAAATCATTAGGGGAAACACTGACAAATCGAAGAT
TCACCAACAAGTACTCACTCATATCACAAGTCAATACATGAGGTGCAACTTAGATTGAAT
AAGCAAACAAAGGCAAAAAGGAAACACAAGGCAGTTCATCCCAGATCCCGAAGAGAGATG
GAGGTCTTCAGAGGTAGTTCTTCCCCAGTCCGAGGAGAGGACGACTTGAAATCCGAAGGG
ATTCTTCTCCGCGTGGGAGGCCTTGTAATCCTGAAGGATTCTTTTCAAAGACGGAGGTCT
TTGATCCCCTTGAGTAGTTTATATTTTGCTAACCTTTGAGAAAGAGAGATACATGAGCCG
ATGGCCATTTGACTGCACAAAGCCCACCGGATAGCCAGATTCCATTTAGCTCGGATAGTC
TGCCCTCTGCGCTGATTAGGCTCTAGGCGAGTGCGGACGTCTGGTGGTTGGCGTGGTCGG
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GGGTGAAGTAGGTCTCTAGGGAATGGAAAGGTGTCGGACTATTCGGCCAGATGTCGGTTG
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TGGCTAGATTGTCCACCTCCTGGCTGGAGGAGCCTCTTCTTCTCTCCTTGTTCTTCTTGC
TCCTTGCGTATGGTTTGGCCTTCCTTGTTCTTTCGCACTAGTTACCCTTGTACCCGAGTA
TGCAAAGGGTAGATTGAGGTAGTAGCCATGTCTCACATGAGTGAATAGGGAGCTCGAAGA
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TTGATGGGGATCCATGGTGATGTTCGCGGTGCTCCGCATCACTTCTCCTCTCCTTCGTGT
AACATAACTAGCCCAACAAGGCCCATTTTGGAACCCTAGCTTGCCTTGTGATGGTCTCTA
AAACGTCTATATGCCCTAATTCGGAGCGTCCATCTGCTCCCCTCTATCCCTTTCGATGCC
AACAATGACAATATCGCGTTGCAGTTACACCTTCATAGCGGCATCTCCTTCCCCCCTCCG
CCCTCCTTCCCTGTTGCCGCCTCTCCTCTCCAGTTGTTCTCGCCACCAGAGTACCTTGCT
GGCTGCCTAACCCGCCCACCCAGGGCCAAAATGAGGTGTTTTGATACGGTGCGGACCCGT
GGGTGTCGTTCTTTCACGAATTGGAGGGGGGATTCCTCAAGAACACGAAGAACACGGGGA
TGAACGGGGAGAAATCACAAGAGAAAACACTTAAGAACAAGTCCAATCACACATCCACNN
NNNNNNNNNNNNNNNNGATCCACAAAGGTACATGAACAACAACGGGAAAGTAA
