Map Locations of contig_38184 (11954 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_38184

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_53260 2 5589 bp None Available Available LOC_Os10g42570.1, FRAME:-1, EVALUE:6e-23, 13110.m04001 protein retrotransposon protein, putative, unclassified
MLOC_53259 1 508 bp MLOC_53259.1 Available Available None
MLOC_53258 2 3309 bp MLOC_53258.1 Available Available LOC_Os12g23200.1, FRAME:+2, EVALUE:4e-117, 13112.m02357 protein photosystem I reaction center subunit XI, chloroplast precursor, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_53260






CDS Structure of MLOC_53259






CDS Structure of MLOC_53258






Contig Sequence (11954 bp)

>contig_38184 11954 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AAGGCGTGTTGTGTGGGGAGCTGCTCGCGTCTTGTAGTGAGGAAGAGTGTGTGATAGGCT
GAGGTGGGGCGGCGACGGGGGCGGAGCCCGCCGCGCCGCGCGTGCCGCGGCTCCCTTCTA
CCATCTTCCTTTAGCACCACCACGGCGGCCAGAGCCACCTACGATGGCGTCAGGCACCGG
CTCCCTCTGCTCCCCTTGCCGGTGCGTGCGAGCTCCCGAGGGAGAGCGCGCCGCCGTCAA
GTGGTGCGGTGGAGTGCCTTTTGCCCCTTTGCCCGTCTCCTATTCTGTTACAGAAAAAGG
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GCGGAAGCGCGCCACCATCGAACGACGTGGCTGCGATGCCTTGCGGTGGTGTTCTTTGCC
CCCGAAGGGGTGGGTTTCTTTGCATTTTTTTTGATTCGATCCGATTTATTCTTTTTCCGA
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GGCGCGGCCTTGCGGCAGTGCTCTCTGCCGGTAAGGCCCGAGGCCCTCTCCGGTTCACTT
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CCGGCGTCCAACGGTGAGGTGGTGACAGCGGCGGCGACAGAGAGATGTGGTGGCGGTAGT
GCTTTCCGTGAGCACTGCGCTAACCCTAGATCGAAAGGGTGTGCAGGTGGAAAAAGTGAC
GGCGACGAACCTCGTGTCTCGTGTCCCGACCCTCACTCCTGTTAATATAGCGCGGGTCAC
AGGGTCCACCAACTATAATGGGTTGAGCGCCCCTGATCAAGACGCATGGATTGGACCCAC
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CTCCGCGCCGAGCCCCTACGTCCATGTGCTGACCACCTATTACTCTGAGCGTGGGCGATC
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GTCCACACCGAGGTGGCCGGAAGACGTCGTTCAGGAACGCGCCGAGGTGTATTGAAAGCG
CCGAAGTGTATTGAACGGTGAAAATATTTTTTTCATTTACATATCTTGCTCATTTTCACC
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GCTCCGGACCATATCTCGTATGCAGGGTCCCGCCCAACAGGACCCAGATTCTCCCCTCTC
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GCTGTCAAGTCTGACAAGGTCAGTCGCAAACTTGCAATTGCATGCAAGAGAGAGCTAAAA
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ACCCTCACCGGACGCAAGAAGGAGGCCGACAAGCTCCAGACCGCCGAAGGGTGGTCGCAG
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TACGTGCTCGACCTCCCATACTTCTTCAAGTAGATTAATAGGTGGCATGCATGTACGATG
TCTCCAGATCATGCCATCTCTTCTCGGTGGTTGCCTGAACGAGTCTTCTATGTATAAATG
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TGGTGGTGGTTGTCGGCGCCGTCTCGTCGCTGCGCCGCCTTCTTCTACCTCCTAGCAACA
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AAGAACACAAAGGCTTTGTCGAGATGCTCTCTTCCTTGGCTATCACAATGGCTACATTTT
TCTCTTGCATTCCCCACAACGCAAATCAGCTGAGTACATGTGTTCAAGTACCAAACCTAC
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ACGGAGTTATACGGAGGGTTTACGGACTCCTTCATCAACTAATTTCCACCGCCCCCGATT
CTCAGGGGTGTGGCCCCCTCGCCCTTATTTCTTTCAATCATCTTAGCTCACCTAATCATT
CTCGTAAATTTCCCTAAATATTGTCCGTACGTGTAGGGTCGCTCGCAGACGCGCCAGCCA
AGCCAGCTGCTTGATCCGATTATTCCTGCAGATTGAGTCGAATCCAAGTTACAACAGACA
TGAGCTTACCCGCAACGGCACACTTGACGCACGCCCAACCAATTGCGTCCAGTTCTAGCT
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GCTAACCAACACATCCATGCAAACTGCATGTACGTGCATGGTACTGATCAGCTCATGCTA
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AGTAAAATCACTAGCGGCATTGCAGGATCGACCAACATATGCATGTACATGTGACTTTTG
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GACTGATGGGTGACGTGGCTAATATTCAAGACCGCACACATATGCAAGTACTTCTACATC
ATCATCTTAAAAAACCAACCGACTCCCTCGCTGCTTCTCCATTCTTCACTAACCTCCCCG
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ATCTTGGCCGCACGCTAGGAGTAGGAGGCATCAGCAAGTTAAGAAGATATGATGGCAGTG
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TTGAGCATTGGGATTTGGTGGCATGGGAGCCGTGTGCCCCTCGTCTGCAGATCGTCCGAT
GCTTGTCTCGATTTGGTAGTATGGGTCTAGGACGAATCAAGCTGAGGTGGTTATGTTGTC
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GCTCCTTATGAGATTGTTTGGAGCCGCAGGCTATTCTATTTCTTTCATTAATAAAGGGTC
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GCAGTGCATCGAGGAGTACCTCAGTCCCCATGAGGCGATAAGAGAGAATCATCATCGACT
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GGATCCAAGGTGTCGAGTTGTAGATAAGTTAAGTTTATGGTCTTGTGGTGGTGCGTTGTT
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GCATGCATGCGGAAGTTATTGTTTTTGACTCACGCGAAGTAACATGCATGTCGCGCGCGG
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AACAGGGTGAGTAAAATCAGGATCTATCGATAGATGCATGTGACTTTTATCCTTTCTGGT
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GGAAGGCTAGGCAGAAAACAAGCTATTCTTATCAGTCCTCCCAATTAAACGTTTCGCTGT
TCATCTTCGGCTGCCACCGAGCCACGCTGGGCATTCACCAAGTATTGACGCGGATTTCTG
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AAGACTTAGAAGGGAGTCTTTATTTATTATTCATTGATCAACCATACATACAATAGGTGC
TCTCCTCTTTATATAGCTAGATGTAGGGGACATGTACCTTCTTAACGTGGGGAAACATTC
GTTTAAAAGGTAGAAAAATCCAGTGAAAAAAATATGAAGAAAGATCGTACAATATATGTC
GTTGTATAGCACGAACTACATCATCAAAAACCACATGTGAGAAACATGACAAAAACTCAC
TCAAGGAAAAAGAGTACAATTCATTCAATCGTCAAGTTCAGTTCTCCGCCATCGTGACCG
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CATACCGACTACGGGCACACATCTCTAGAAGGATGTCGTCCGTAATGATTTAGTTAATAA
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CTTATGTGCATAGAATAACTTAGGACTAATATTCTTTGTGCGATTAATCTTCACATAACC
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CTGACTCCATATCAAAAAACCCATCACACTATACAGCGACCCAGCTCACTAGTGGTTTGG
GCCCAGCAAGTTGTATCTTAGGGTTTGGAGCCGTTCGGACTGGTGGCACATCAATGGGCA
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GCTTCTCCGTTCTTCACCAACCTCCCCAGCCCTCACACACGCACTCACTAACACACTATC
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AGAGCAGTCGATCGAGTCAACATTGTTGGTAGCATATATATCTTATATACTTTATTCTTG
GCCACACGATGCTAGGAGTAGGAGGCATCGAAAAGTTACCAAGATATGATGGCGGTTGTT
GGAATTTTGGGATGTCTAGGAAGGAACCTTCAGTCATCTATCATCCTAGTGAAGCAGATG
AAATTTGGGATTTGAAGTTTCTCCCTCGTCTGCTGGTAGTTATCTTGTCTCCTCTAATAG
TGATGTCCAGTCTTTTAAGGGCACCAATGGAGCTTACCCAAATACTACACGATACGTGCC
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GATCGTGTCACTTGTCCTTTTTCATACATTTTACTAAAATTAACAACATTGCTAACTATT
TTACTATTACGTTCTTCAGAAGAAGCTCCTAAGAGTTGTTGTGCATGCGGTAACGGATGT
GGAAGGTGAGATGGCAACCATTTGCTATGAGAAGACCAATTTCATAGATAGATACTCGAC
TGAAAGCCTATCAAATGGACGCATGAAAATTCAAGGATGGATGCAAATATTGAATGGGTG
CAGGCCCTAAATTGGAGACTGGTGGATGTTTGGGTTTTCCTATTCTTTTCAATTTTTCCT
AATAGAGAGTACTAGGCCCAAGTACTTGTGATGATCGGTAATACTAAATGTTGGATGTGT
GTATCGTCGATCATATTTATTACTATGTGATGGGTAGATACCTAGCTAAGATGATACAAC
CTAGTTGGTGCATTCCTAATCATGGTTGATAACAATTAGCTAGTGGTTAACGTATTCTTT
AATGTCGTAATATGTTTCACAGTCACTGTAATCTTGCCGCATATTGCAGTTTATGATATG
GGTTTTACGCAAAAGGCAACCACCGCAGCTCAAATGAGGCTGTGTGTGCAAAAAATATTA
TTTGCATGCCAAAGTTATCACTGGTGGTCGCCCACAGCTTGCCCACCACTAAAGAATTGT
ACTAGTGGCAGGGG