Map Locations of contig_37366 (14196 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_37366

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_52203 5 5501 bp MLOC_52203.1 Available Available LOC_Os03g22900.1, FRAME:+2, EVALUE:0.0, 13103.m02769 protein SNF2 family N-terminal domain containing protein, expressed





CDS Structure of MLOC_52203






Contig Sequence (14196 bp)

>contig_37366 14196 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AGCTGATGGAGCGCGAGGCCGAAGCTGAGGAGGAGGAGCGACGTGCTGCCCAGTGCGCGC
CGGTGCAACCACCGGCGGACGCCGCCGCCGCCGCCTGGGAGACGACCTTCCCCTGGCTGG
TTCGGCGCCGAGGCTCGTCGACCTCATCGGCCCCGACGACGACGACGAGGAGGACGCTTA
GGACAGCGTGCCTCTTCGTTTTTTAGTTTATTAGATTTTACATTTAATGTAATATGGACC
ATCGTCGGCCTTCCAAAGGCCGACATTAAATGTTTAACTAATGTTTTTTATATTTTAAAA
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CCACACGCGCGCGCGCGGGGGCGCCAGCTAGGGTTTCGCTATGGACCCGCGCCGCCCTTC
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GCTCTTTGTCACTGAACTCGGGGATTTCTCTCGCTGCCGGTTTCGGCTCAAGGTTTAGAT
GCTCGCTAGTTTGAAACTAATGCAGGTTATTTGTTGATGGTGTTGCAATCGTGCTTATTA
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TTTTGGTGATTCTGTAGTGGTATTTTTGCTGTCTGCTTTTTTATCTGTGTGGGTGTAGGT
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TCATCTGTCTTTAGAAAAAGGGGGGAATCTGCCTTTTGTTTTTGACTTGGTGAAGCAGAC
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ATGTTAGTTTTTTTACTGGACATTGTAGCCATTGCTAAACTTTAAGGTCCCTTTACCGGA
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CTCTGTCTCTCTCTCCCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGGCAATTGTCTAAAATCCAT
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AACTGATGAGAAGTGCTCCAGTACGTACAAGGAAGCTTGCTAGGGATATGTTGATATTTT
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CAGCAGCAGAGGCTCAACTTTCTGCTATCCCAAACTGAACTCTATAGTCACTTTATGCAG
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TTACACCCGTAAGTTATATCTGGAATTTTGTCTTATTTCGCCGCAAAAAAAAAAGCATGT
TAGAACCAAAGAAATAGTAGTACTCTCTAAAGCTGATTGCTTGCTTGGGAATATCTTGTT
TTCAGCTCAACAATGCCTGAGCAGTCATCTGTGCAGACCCCAGAGTTGTTTAAAGGTGTA
TTAAAAGAATATCAGCTAAAGGGCTTGCAGTGGCTGGTCAATTGCTATGAACAGGTAAAC
TCTTACAGAGCTATTGTGTTTTGGTCACTTGTGGTGACTACCATCGTTCGTATTTTGGAT
TTCTTGCAGGGGTTAAATGGCATTCTTGCCGACGAGATGGGTCTTGGCAAAACTGTGCAG
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CTCAGTTGTATCTAAACTTAATTTATCTCTTGCTCTTTTGTTTATTCCTTTTGGGGATGT
CATATCATGTAATTTATAGTTTAATATTGCATGTCAAGCATTTGATATGATACGTGTGTC
TCATGCAGGACAAGAACATATGGGGTCCCTTTCTTGTGGTTGCTCCTGCATCTGTTGTGA
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GCCCAGAAAGGGTGGTCCTTCGCAAGAACATCAATCCCAAGCGTCTCTACCGGAGGTGAT
TCTCATCGAAGCATTGCTATCTTCATGTGTTGTCTCTCTTATACCAGGGTCATAAACCAA
CCATGTGATATTGTTTTCTCATTTATAGAGATGCTAGCTTCCACATTCTCATCACAAATT
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TTTTCTTTTCTTATTGCATGGCCCTTGCTTGACAAATAATTACCATCTTTTTGCTCTATA
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TGGGACACCAATTCAGAATAACATGGCTGAGCTATGGGCGCTTCTTCATTTCATCATGCC
CACTCTGTTTGACAGCCATGAACAGTTTAATGAGTGGTTCTCAAAAGGGTACTGTTTTCC
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GGATTGAGGGCCATGCTGAACATGGAGGGACCTTGAATGAACATCAACTTAGTCGACTGG
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TCTTGTGCTTGTTTAGAAGATTTTTTAAGTTCTCAAATGGGTAAAGTTTGGCACAACCTT
GCTATCTCTTAAGATTATGACACGTTCTCTATTTCCACAGCATGCTATATTGAAGCCGTT
TATGCTCCGCCGTGTTAAGATTGATGTCATAGCAGAAATGACGGAAAAGAAAGAAGAAAT
TGTGCCCTGCAGATTGAGTTCTCGCCAGCAAATCTTCTATCAAGCCATAAAGAATAAGAT
CTCTCTTAATGAGTTGCTTGATGGAAGTCGTGGGAATCTAAATGATAAGAAGCTGCTTAG
CCTGATGAATATTGTCATGCAGCTACGTAAGGTACAGTTAGACCATTGATTTTTTTAGGT
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AGGTCTGCAATCATCCAGAGTTGTTTGAGCGCAATGAGGGAAGCTATTACTTCTATTTTG
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CGGGCAAGAGGAATCCTATAGTGTTCGAGGTATGATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAAC
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AATATTTTTTTGCCGAGCAATATCCATAATTCGGCAGTTCCAGAATCAACTTCACGAACC
ACATCTGTTCTGCCATCTGGTGCATTTGGTTTTACACGTTTGGCAAATCTTTCCCCAGTT
GAAGCTTCCTTCCTGGCCACGTGTTCATTATTTGAGAGACTAGTGTTTTCAGTGACACGT
TGCAAGAGGGAGTACGTTGATGAAATCATGGATCTATTCCTTGATTCAGAAGGTTCTGAT
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CCTAAAAGGACAGACTCCAGTTTGCTCAGAACAAAATTGGAAATAGGCCTGAGCGATAAC
CCGTGTGAAGCACCAGTGCTTTCTCATCATGACAGGCTTGTCTCAAACATACGGCTTCTT
CGTTCAACATATGGTTTTATCCCACCAGCTAGAGCACCGCCGGTAAGCTTATCTGTTTCA
TCTATATAGTGTAGAGATCTTTATTTGGTTATGCATGTTAGCCACTTACAACTATGGTCG
TATTGGTTAACCCCCCTTTCCCCTTCCCTCTTCTTCCAGATAAACGTCTGTTGTTCAGAT
CGGAATTTTGCCTACAAGTTAACAGATGAGATGCATGATCCCTGGATCAAGAAGCTGTTT
CTGGGATTTGCTCGCACTTCTGAGTTTAATGGTCCTAGAATACCGAATGGTCATAATACT
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TGGCTCCGCAATTATATTTTCCTTTTATAATTACAATTAAATCAGTTTTTAGTTACTTAG
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AAAAGTTGGTGTAATTTTGTTTTTATTGCACATATTTTATGACCCCTTATTAACTGTCAT
GAAATGCTTGATGACAGGATTCTGGGAAGCTCCATACGTTAGATAAACTACTGCGGCAAC
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TTCATTGCCACTAGCAACGATAGGGTGATAGTTTTGCAATTTCTTAGTTTGGAGTGATAG
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GTCTTCTTGCTAAGTACAAGAGCAGGGGGACTTGGAATTAATTTGACTGCTGCTGACACA
GTTATATTTTACGAAATTGACTGGAATCCGACACAAGACCAGCAGGCAATGGATAGAACA
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CATGGTTTCTTGAACTACTATTTGATCATTTTTTATTGGCTATGATATTCTGTATCAGTG
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GAAGATCTGTTTGCAAATGGGCCCGAACGTTTGCGTGAGAAGATGATTTGTTATCATTGT
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TTCATTCGTATCATGGACTCTTTATTATGAGAATCGTTGCTGCATAATTGACAATATTAA
CATAGGAGTGGTTCTGTTTCTTGTTATATAGGTCATGCTGCTATTGCTGCAGTCATTTAT
GTCTAGTTTTTATTTTGGGTTGAGTGACAAGGCAGCGAAAGTTACAAACATGGTTTCTAA
TCCTTTTTTTTATACCAGGCTAGGCAAGCTTTGAGACTAGCCAATCTTTCATCTTTCATG
GTTTCTGGCCAATTGTTTACTTGTATTAGTCTTTTTCAGATTTTTCTTGTGTTTTTCTTG
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CAAGTTCAGGATGATCATCTGATGAGACAGGAGGATGTTGTTTCATTACTTCTTGATGAT
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CCGTGAGGTGTGTTTGTTGTGCATGCATCATTTTATGTATAAGCACATATGTTACATTGT
GAACAGACTTGCATTAAAGATGACTTTCTACTCGAACACAAACATACTTCTGAAGAAATT
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CGTTCCTTTTTTCTAGCAAACATCGGGTAATTGGTACAGATAGCTTTTGTAATTCAGACC
TTTGTCAGCAACCACTTCGCTCAAACCGAAGCATTTTCTAAGAATTCTTGAGCTCATTTT
GAGGTGTTTACAGATGATTTTTAGTTAGTGGTAAAAGTCTGGCAAGAATATTCCTCATCT
GCATATTCACCCTTTTAGGCAAAGGATCGACTAAAGAAGAGGCGAGCAAAGGCCATCAAA
GTCGACAAAGAAGGAGATTTGAAGCTTGAAGACTTGGATGATCCAACTGAAGAACCTGTA
GAACAAGATCATACAACCAGCAAAAAGGTATACAGGGAAATGTTTATGAGTTATCGAGTC
ACTTCTTTTTTTGTGATAGGATAAATCACATCCTCAGTTGGGGCTTTGAAGTTTCTTTTT
CTGCATTTTCTTAGGAATTCATATCACCCTGTGCTTATACAAACCCAAAATCATTGAGGC
ATTATTTTAGTATGCAAGCTTAAAATTCCGATTGAAGCGGATATAAAAGAGTATTTACAC
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GTTGAGGCTTTGAATTGTCTTTTTCTGCATTTTCTTAGGAATTCATATCACCCTGTGCGT
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GGTTGGGTTTGACTTGCATTTTAGCCCAGATTCTACCAAAAAGTGCAATATATTTAAGGA
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GCAACAATTGTAATATGTAACTCTGAAATAATAGATAATAACAATGCACACTAACCAATC
ATTATAAATTGGTCCCCATGTTGTTTCCTTGAGGCTTTGTCGGATTAAGCTAACTTTCTC
AGCCTTGTTATGTGTGAGCTTCATTCGTTTAAGTAACTGCTAATATTTATTTCCAGAAAA
AAAGCTCGCACAAGAAACCTCCGAAGTCACAGGATAATGATGGTGCGGATGGTGATGTCC
CCGAGAGTGGTCCTGCCAAAGATGAGGAGCATATTGCTTCGTTGATGCCTAAAAGATCAA
AGAGACTAGTGAGGAGCATGGGTGAAGATAAGGAACCCGTTGCTGCTTCTGATGTTGAGA
AACCTGCAGATGCAGCTGAAAACAATGACAGCAATCATGCAGAAGAGTTGCAAGACCAGA
CTCCTCCAGCGTAGTTGACCTATGGGCTGACCTGATGAGAACATAAGATGCGAATGGCAA
GACTCTAATTTGTGGTGTCTAGTAGGAGCATCAAAGATGGCAGTTTATTGGCCCAGAGGA
GGAGCTCTGGATCTGCTCAAGGTCTTACGCAGTTAATAAGTATTTAACTGTGTTGTGCAG
CTTCTTTTGAGAAGCCTGAGACTGCAACCTCAGTGCAGTTGCAGCCCAATGATGGCTGTT
ACCGCCAGCCCTTATCCCTAATGTTGGCGATGTGTCTAGCCATTTTGTAAATAAGCATTA
GCAATGTTCCATCACATATAGGAATTATTTTACTGTGTAAAGAGAGTAGGGACGTAGAGT
TTTGTTAGGCCAAAAAGGAACATGGCAGGAAACATCTGCTGTGCTTCCGAGTTGGTAACA
TATATCACTTCATTCAAACAAGTGATTTCTTTACGCAAGTGAAACATCTGCCTGTTTCTT
GCCCGAACTGCTATGCAGGAAACATCTGCCTGATTCTTGTCCTTCGGAACTGAAGCGAGC
GAGTTCATGAGCCTGTTTCTTGTCCTTCGAAACTGAAGTGAGCAAGTTCTTGCCCGAACT
GCTATGCAGGAAACATCTGCCTGTTTTTTGTCCTTCGAAACTGAAGCGAGCGAGTTCATG
AGCCTGTTTCTTGTCCTTCGAAACTGAAGTGAGCGAGTTCATGAGCACACCCATTAGCTT
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CCCTATGTAATCTCTAGTGTGGTTGTTTTGGCAACCGTCACGATGCTTCCTCACGCCCCT
GCTAACGGACACATCTCTTTGCTCGCGTCCGTTCCCTTGTATATATATTGTGATTGCCCC
TGAAATAAGATAGTTTCAATCTCAAACACGTTATCAACACTGTCTCTACCAAGAGCAAAA
ATCGCCGGCAATCGCAGGAACGGGCAAGAAGGTAAGAACGATGCTTCGTTTCCTGCCCTT
GTACCATCGCTGCCTTCGCGTCCGTTTCCTTGTATATATATTGTGATTGCCCCTGAAATA
AGATAGTTTTAATCTCAAACACGTTATCAACACTGT