Map Locations of contig_37041 (8767 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_37041

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_51726 2 568 bp MLOC_51726.1 Available Available LOC_Os03g47990.1, FRAME:+2, EVALUE:2e-12, 13103.m05176 protein OB-fold nucleic acid binding domain containing protein, putative, expressed
MLOC_51725 8 2869 bp MLOC_51725.1 Available Available LOC_Os03g47980.1, FRAME:+2, EVALUE:4e-137, 13103.m05175 protein expressed protein





CDS Structure of MLOC_51726






CDS Structure of MLOC_51725






Contig Sequence (8767 bp)

>contig_37041 8767 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
ACATAATATGATCAGCATCATTGGAGATTATAATTTTTTTTCTCTCGTTGCAATGCACGG
GTCCTTTTGCTAGTAATAATAATGTTTCATCGGTACAAGGTTTTGGTCACGGGGTATACC
CAACCAGATTGTAAGTTTTCTAGAAAAGAAAAAGGACCACCTAACAAAAAGGACTATCAA
AGCCAGGGCAAAACCCACTAGCAGCCCAAATGCCCTGCCGCAGCCCGGCCCTGCGAAAAG
CCCAAACGTTCTGCGCCTGGGGTGGGGTTTTTGTGCAGTTAAAACCAGACCTACGCCCCC
CTTCCGCATTGCGTGCGCACTCGCAGTCGAACGGCCTCACCACCCCGCTCCTCCCTCCTC
TCGCCCACGCCCGCCACCACCACCGAGGAAGCTGCGATGGCGGACGGCGACACGGGCGCA
CCCGCGGCGGGCGGGGCGGCGCAGGACGACGCGCCCGAGTCGCCGCAGGAGCCGGAGGCG
TCGGGCGAGCAGACCGCCCCCGATCACCACGCTCCGGTGGCTTCCGAAGAGGAGGAAGGA
AGCGCCACCGGAGCGGTCGAGGGGGGGCAGGACGACGCGACCGAGACGGAGGAGGACGGC
GACGCCATGGAGGACGACGTGGACGAGGAGGATGAGGAGGAAGGGGACGTGGAGGAGGAG
GAGGAAGACGAGGAGGACGCCCCGACGCACCTGCCGTTCGCGCCCGCGGAGGAAGAGGTA
CGCGGCCTCGCATCCCCACCCATCTCCCCCCGCCTCGCGTCCCCTCTGCTGCGGCGCGAC
GAGGGTTTTTGCGTCGCTCGCGTGGTTTCCATTTCCCTCGCTCTCGCGAGCATTCCGTCG
AGCAGTTGGTGCGCGCTTCGAGTGCGACCGCTGCGGTTAGGAAAACCAAGCGATTCCATG
TTGTGAGTGAGCGGGGACGTGCCATGTTGTGCTCGATGAACATACTAGATGCTGGTTGAT
TTTGTCCTCCATCCATGGGGCAGAGGGTGAATTCATGGGGAACATCCATCTCGCGTTTTC
TTTGCTATTGTGATTTGTGCAAATGGGCCACGGAATTTGCGTTTACTGCTGAGAAGTACT
GTTATGTTTACATGCCCAAATCTGCTACTGAGAATATGGCACTCGAATGTGCTCCCTACA
TGGTTATTACAACTGGAGTTTAATTACTAAGCAACTGCTTATCGTGAACATGATGCTTTA
ATGTACATAGTTTTCACAGTTGGTGTTCACTTACCCTGTTTAATTGCTTTGTCATCAATA
TTTTCATTTCGCTGCCTTGTCAGGGAGACATAAATAGTTGCCAAACATGCTCCCTTGGAA
TTATAGTAATATCGTGTTGTCTTAATGTTCAGTCTTCTGGTTGTAATTATCTGCAGTCAT
TTGAGGAGATAACTACAGTTGATCCAAGCTATACTATCTCTCTTGTAAGGCAGTTAATAC
CTAAGGGATCCAGTGTGGAGAAACAGTTCAGGTGAGTGGTACTTGCAGATTTTTTTCCCA
TCAAGTTTGTTTAGAGATGAAGGCTGTTAGTAAAACGACCTGGCTGTCCTAATAATGTCT
ACCTCATGCAAACAGTGACAAGCAAAGTGCCAATTCTGATGACGGGGATTCAACGCAACC
TGATACCGCGGATTCTTCTGAGAGAAGTGACAAGCAGGGTCTTCCAGAAGAAAAGAGTGT
CAGCCCTAAGGATCAGTTGGAAGAGTGTGGTTGTATTCTGTGGGATCTTGCGGCTAGTAA
ACCTCAAGCAAAACTTATGGTAATTATCTGCATCATTCTCTTGTATAATGATGTATTTCT
TCTATAGGTTTGTCATAATGGAAGGCGGACCGTTTTGCTATATGAAACTTGTTTATTGCT
GCTCAATTTTGTACTGAACAAGATACTAGCAAGCAGGAAGTGTGAGGGATTTTGATTGCC
TTATCTGCACTGGCTTTAGACATTGTTTGGATATCCTGGGTTTTAATACGATGTGGTTGG
CTTGTTAGATCAATTAGGAGTACATAAGCAAAATTGAAGGTGGATAATTGTAATTGTTTC
ATTCTTTTAGTTTTGTAGCTCCTTTGTGCTTATCTTTTATCTTCCTGGCCCTGAATTTTG
GTTCTGTATCAGTTTATTGTAGCAAATTCTTTAGTATAATTTGTGAACCATATAAATTTG
AGCTGGTGATAGATACCTGTAGTGTGAATGCTTATGTCATAATAACATGCTAATTCTAAC
AAACATTTTAAATGGAAGAATGGCCAGGTTGCAGTAAGTCAAAAGTATTTCTCCTAAATC
CTAATTGATCTAACAGCAAATCAAGTGTTCAAAGGGACTACAAAAGGAAATTAAGGATAA
TAATCAGAATTATCCACCTTCCTTTATACCTTAGTAATTGTGCATCTTCTGCTGCTAACA
ACATATATATATATATATATATATATTTAACCCTTGTAGATTAATAACCTTGTGATTGAA
GTGCTTTTGGAAAACCTTCATACGGCAAATTCTTCTAGGGTGAAGGTGAAATGAAATTTT
CCTCTACTCCTACCTTCTCTCTTTTTGCTAAGCATGTATTAAAGTATCTTGTTTCTTTGA
ATCTATTGTCCCTGCAGGAAATTTGTCTTGGAATCATGGGAAACTTATTGTGTCATGAAT
CTCTAGTACCTGCAATCTCTTTGAAAGAAGGTTTAATTGGAACTGTTGTGGAGCAACTGT
TTCTAGATGATAGCAATTGCCTTTCTGAAACATTCAGGTTCGGTATCTTTGGGATTAAGT
TTTTTTTTTGCCGGACTAAGTTATTATTTAGAACCAATTTCTTTATTTTTTATTTATCAA
CCGTTTGACAAGCTGTTTATTATTCTAGCATTGCAAGATATTTCATCCTGTGAAATTGGA
GTCTTATCATGTGAAATAGGTCTTGGCAGTTTAGCTCAGCACACACACGATTACCATGTT
GATATATTATTTATATTCTTGAATTTGTGCATTCTGTATTGGTCAGATACCCATTCGATT
TTACCACTTAACTATGCAAATGCCCACATGCAAAACTACACATCCTTACATCACATGTTA
GTATGTTACATGCATATATACCTACATTTGGACATACCCAATCAATCACAAGTTGTTGAA
CTTGTGGAAAAATGCTTGAACGTACATTACTTCTGCAAAAATATAACCATTTTCAAATGT
GTTAGTAGGTTATGTACTTATGTTATTAATCATTTGGGGGGATAGGAGCTAAGTAAATTT
AGGTTTTGTTTTTCTTGAAAATTTAATTTTCTATAGGCAATGTTCAGAACTTGGAGAAGC
TGCTTTCTAGTTGTTCTGAGTTGTAGACAATGAGAACTGAGAAGTTCCATCTATGGTCTG
TTTTTTTTTTTGTTGCTTATTTTGACTTGTGTTGCTGTCTGTAAATTTTTTTCTTACACC
CCGAAATAGTCGGAATGAGCATCATTGCTAAATTTCATCAGTGGTGCATCCTCACACGGT
TTATCTTTGACAGGTTGTTGGCTGCCGTTCTTCGGTCCAGAGCATTTGTTTCTTGGGCTC
AAGCTCTTTTACCTGATGAGATTCTTTCACGTATTCTGGGGATAGTTGGGAACACAAACA
ACTCTACATTACTTGAAATGGTATTGTACTGAATTTGTATGTGCAATTTGTTGTGACTAA
TCCGTAAAGTTGGTCCTCACAACTTTTGTGACTTCTGTTCTTTTTAAATTGAATTTTGAC
ATATATGGACACATTATATTTCTTTTCTAAGACTTGTATAATTTTTTTTGTTTTAACCCT
CTTAGCTCATTCTTCTATACGCGATGGTTAGGCATGTGTGTTTGCCTGCTTAATTCTTTT
ATCAGTTCACCATATCCTGAGGTAGTTTCAAGAAGGTCGATATCGAATAGTTTCTATGGA
CTGTTTTATCTTCCCACTTCTTAGTTGTATGGTCCAGTATTACTCATTGCTACCATATCC
AGGTTATTCGAACAATGTAGAATTATCCTTGTTCAGAATGAGGTCCTGTTTTTTTCCATG
GCAATTGCTTGGTTCTCTTCTGTGAAAATTCTTCTCTTAGGAGAATATCTGAAAATTTCT
TGACTGCATTTTGTTAACAGTGGATACTCTTGAGAAACATGTGACTGGAAATTGCAATTT
TATCAAACTTTTAGCTACTCTTATCGTCTTTGAACTAGCATTTATTTGCTTATCGTTCTA
CAATAACTTTTATAGCAGTGAAAGCCTTTATTTTCCTACAATTGTACTGTAAAACTATTG
TTGCCTATTGTTATATGTAATATGATTCGATTGAAATTGTCAGCCCAGCCGAACTATCAC
ATCTACTTTCGTCTTATTATACTATGGTTCAGCTGAAAAATCCCCATCCTTTATATTTGC
ATGTGTTCAACTGTTTGGTTATTTCTTATGTGAATTACTGGTTACAGATCATTGATTTCA
TGTCAACTGTCATTGATAATCGAGATGTGATTGCTATGCTTATCCAGCCCTTGCTTAAAC
TGGGTTTAGTTGACCGTGTTATTGGGTTACTAACAACTGAGATTAAAAGATCACCGGATG
AGAAGCTAGACAGGTATGTTGAACTAACTTGAAATTCGGCAAGATTTTCATTTTATATAA
GTTATCTGTTACAGATTTTGAACTATTGTCATTCAAGGTATCATGGAAGCTTCTCCTATG
TACTCCCTCCATTCCAAAATACAATGTGTATTAATTTTGGGAAAAGTCAAACTTATCTAG
GTTTGACCAAATTTATAGAGCAAATCATCTATAACTAAAATGCCTAAGCCATATCATTAG
ATTCATCATGAAATATATTTTTATTTGATACTATAGTTGTTGATTCAGTTTTCTATAAAC
TTGGTCAAACAGGAGTATTTGGTAAATTTTCTGTATTTTAAGAGTTAAGAATTGTCAATT
GTCAAATCTAATGAAGCTCATCAACCTTGATCCATTTGCCTCTGTAATCTGTTTAAGTTG
GGCCTCTTCGATTTACAGGATTCTGAAATGGCAGCAATAGGTAAAATAGATTTCAGTATT
GTTCCATCTTCAGTCATACTCCTTCTGTCCCAAAAAGCTTGTCTTAGATTTGTCTAGATA
CATCCGCATGTAAGATAATGTTAGATACATCCGTATGTAAGATAAATCTAAGATATGTTT
TTTGGGACGGAGGTAATATAGGATTGTATGTCTCATGAATTTGCACCCAAGGTTGTTTGG
TTACACCATAGGATCTTTACAAGAGGTTGGAGTCAATGGAAATTCTCCTACGAAATATAG
TGCAAAGAAATCCTTAGGAAATATTCCTCTGGATTGGTCAATCATACGTATAAAATCACA
GGAAAAACACCTAAGGTCCTGTTTGGATATGTCAGCCGCTGTGGATTGGTCAGTCATACG
TATAAAATATTTCTCTGGATTGGTCAGTCATACGTATAAAATATTTCTCTAGAGATTTAT
GGCATTCAGTTCGTTTATGGGCTGAATGCTGAAGCTTCCAAAACAGTTGTGTAAGCAACC
CTCAAGGATTTGAATCCTCCATAGTCCCGTTTAAAGCCGTTGTTTCAAAGAGATCCTTAA
AGCTTCATAGAATATTTGTAATATTTCATGCCTTCTAGGCAAAGTTAGGTCCTTAACCTG
TCTTCTGAGATGCGGTCATTTGTTGGTCTGAGCATTATATATTTCTTACATTCCCACTTC
CTAGTTTTAATTTAGTAGGACCGTAGCTGCATTTCTCTGTCACTGCGATAACCCTTCTTA
GTTTTTGAATTTTGAATTAACAACCTGTGACAGTAATGGATTCACCTTACCTTTTACTTA
ACACGTTTCAGATTGGAATCTCTTAAATCGATCCTTCACTTCATGGAAGAATTATCAGCC
ATACACTGTGTTTCAAAGGCAATGACTTCGAATGACCGGCTGATTAAAGTGCTAGTTAAC
ATGATCAAGTCGCCTGATAAAGTTGAGGTGAGCAATGTTGCCACAGCTACCATTTCATAT
ATTTGTTCATCAGCCCAGTCGAATTCTGGTTTCATACATTTTGGAAGAAATGCATTATGT
TGTTGCCTCCTTGGTACTGAATTGTTAGCATGACCAACTCATAACTCTTAACAAGCAAGC
AGTTCCGATTTTTCGGTTGTCAGTAAATCATGATTATTTTTTTCCGGAAATTTGGAGAAA
CATTCCTTGCCTCTTCCATTTGTACATTTGGCAAACTTCACTTGAAAGATCTGTAGATTC
AGATGTAGGTATGCAAGTCAAGCATGGTAATTGTATTCTTATTCACAAACTCTTCTTCAG
GTTGCAAGGTATTGTGCTTCGGTGGTGATCGTAATATCAAATATTTTGACAGATGGAAAG
CATTTGGTGCCTATGATATCCCATGGTAGGCACATTTTTTCTTAGCACTTATTGTATTTT
CTAAACAACTGTCGTATTTGCTAAGCAGTGCACTGCACGACTTGAAATCATGTTACCGTT
TAGTTTTAGTGCCATTACAGTGATCCAGTCTGTCAATTGTTTCAGATTTACCGTTCCTGG
AGGGCCTACTTGAAGTTCTACCAGAGGTCTCTGAGGATGACCAAGGTCGATATGCACTTT
GGAGTATCTTATCACGTATTCTGGCACAAGTGCAAGGAACCGAGTTGAACTCCTCGTCCC
TCGACCAGTTTGCGTCTCTGTTCTCAGGCAAGTTCAGCCTCATCGAAGATGACCTCGACA
GTCATGTGGTTGATGAAGAGAAGTTAACACCTGAGGATGCTCTCGTGAAGGGATGGACAT
CGAGATGTGTATCCTTTAAAACAGTATATACAATTTGTCCTTCATAGAAATCTAGATCTC
TTACAAACTAACATGGTGGGATACATCTCGGCAGCAGCAATCACATTGATTTTCCTATGC
TACAAAATATCTGCAACAGCTCGTGGCAATCTCCTTCTTCATGGAGAGATGGATCGAGGA
GAAGTCCTCCCAGGGCAACGAAGACGACGCTCCACCGACTGGAGACTCCATCGACAATGC
TCGGGAGGTGCTGAGCTACTGCCAGAAGGCGCTCTGCTAACCGGAAACTCCACTCCACTG
ACAAGCTTTGCTGTGGTTTGTAATCAACCAACGCTGCTGACCTGAGAGAATGCGGTATGT
TAGCCGCTGTGATTTTGGAACCGCGGGAGTCGGTTATAACCTACTGTTGTTTTAGACTAC
GGCAACCTGTAAAGAAAATCGACGAATGGAGATTAAGTAGGGGCATGGGTGGGGATATAA
TATACGAGTTTTGGGCGTGGATGGGGATACATTTTCTTTTGGGGATGTTCGATTGCCAAG
TTTGATAAATTGCAAATTTGGTCTGAAGTTTTTCCTTGTATGGGTGAGAAGTATTTCTGT
CATCCGAATTGATATGTAAGCCTGAGACATGGATGCAGATATGGTTTTCGTTGTTATGTT
TGAATGTTAGTTTTCTTACCTGCACTGGCTTTCACTGCAATGAAATCGCCCGCCATCGCT
ATTGTAAAGGCACAAGGGCAGCGACTATCATCATACCATGCAAAGTAAGCTAGACGATGA
ATTTCCCATGAACAACCAAAGGAGATTTCTGTCAGAAAGCAAGATTGTCATCTCAAAAGC
AACAAAGTAGAAGTTAGGGCTTGTTTCATTCAAAGGAATTCCATAGGATTTTAGAAGATT
AGGAATCCTATTTTTAGAGGATTAGAATCCTATAGGATTTTTTTCCTAACAAACCATTCG
TACAGCATCCACTCCAATCTTTTGCAAAAATCCTTTGTTTTTCCTGTGATATAATCGAAC
AAACTCAAATTCCATAGGATTCAAAGGAGCATGGCATTATAATACTGTTTTTTTAGGCAA
TTCAATGAAGTTTTATTAAGCCGTCACAACATTTACAGGGACGGAAGGAATGTTTCCGGG
ATGGGCTAACCAGATATGTCTGCCACCATCGAAATTAAGTGCATGCTTTACTAAATTATG
AGGTTCAAAATTTGAACTCCTACATTCGTGAACTATCTTACCAAAACCGAAAGAAAGAGA
ATGCTTGATGATCTCCTCGGTTATTGCACCATAGCCTTTCATATTGCGCTTATGTATGCC
GCCGACCACCACCCTACAATCCGACGCTACATGAATCCTCTGAATATAAACTATAAAGAT
CATCCACAAGAGCCAACGCTTCTCGTCGAGTGTCCTAGGGTCTGAGACAAACCTGTGAAT
CAAAGAGTCCCCTCGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTGCGGGGAAGCATTACTAGTTAGT
TTTTTAGCCCATGAAAGCCCGTACCACCGCAAACATTGTGGCCCAGCACCGTCTGAGCCC
AGCTTGGAAGCCTGCATCGGCCATGACAACTGCCAGCAGCAAGACGAGAGTCGCAACCGC
GAGCCCGAGAAAAAAAAACAGTGGAGGTAAAATGGAGGGACGCCCCCGCGGCGGCGGCGG
CGGCCGGACCGTCATGGACTACTCGCTGGCGGCGCTGAAGCTGTTCGCCTCGCAGCTGGC
GGGATCCACCACGGCCCCCTCCTCCGAGGGCTCCTCCCCGGCGCAGATGCTCTTCGGCAT
CCGCTTCCAGCGCGCCTGGATCCAGGTCCCGTCCTCTCTCCCGTTCCTTTCCTTTCCTTT
CCTTTCCTTTGCTCTGCCCTGACGGCTCGCCGCGGCAGGCAGGGCGTGGTGGTGCGCGCG
GACTACAGCGTCGGCGACGGGGGGCGGGTCGGGGATGGCGGCGCCGCGGGCACCCGGGCC
CACCCCC