Map Locations of contig_368585 (7808 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_368585

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_51144 2 1891 bp AK360961 Available Available None
MLOC_51145 1 207 bp MLOC_51145.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_51144






CDS Structure of MLOC_51145






Contig Sequence (7808 bp)

>contig_368585 7808 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AGCTGCTAATAAAAATACGATAAGTGAGCCTAAGCCCCTAACTGCTATTGTGCCTAACTG
CCCGTAGACCGCCGGCAGCTATAATGCGCGCCGGTCATAACAACAGCGCTGGTTGCTTAG
ATGTTATAAAGTTTCAAAGTGTTCTACTGATATTTATTTCCTACTCGCTCCGTTCTTTTG
TAAGGCATATTTTGATTTCAGATAATGCTTGTAATAATTACTCCATTAATAGGTGGTGCA
TGTGAATATGCGATACAAAATCACAATCATGAGTAATTACGTTAGAATTAGAATGTGATG
ACACCTTATGTTACATAAATTGCATACTGGTAGAGTAATTGATGGTGTGTCTCAAAATAA
ACCCTAAATAAAGCAACCTGGGGGGGGGGTATTATTTACTGTCGGTATAGTTTATATTTA
TATGTTCCATTGCTTATCACACCAATATTCTTATAGGTTCTTCCAGTTATGATTGATGTG
GGAACTAACAATGAGAAACTCCTCAAGGATCCTCTTTGTAAGTTCTTCTTTGAACATTTT
GTTAGTTGCGCATATTTTTCTCTAAAACATTTGATCACCCTTATTCTCTAAAGGAAAAAT
AAATAAATAGATGTAGACATTAGATTCACCTACTCACCATTATGGTTGTATTTTAGATTG
ATTCAGATTCCAGGAAAGATGCATATGTATTATATTGTAATCTTTACTAGCCTGTGAGAA
TCGATGACCTTTTCTGTTCTTTGTTACTCTCAAGCAATATTTTAGAATTTTCCTTACAAT
ATGATGCAGACAATGGCACCTTTTCACTAAGCGAACAAGAGACTGAATAGTCTTTTCTGC
TATTATTTTTGTAAATTTTGTGCTGTACAGATCTTGGGCTACAAGAACACCGTCTTGAGG
GAGAAGAATATGTTGAAATTATTGATGAATTCATGGAAGCTGTTTTCTCTCGTTGGCCCA
ATGTGATTGTACAGGTGCTCTTTTGGTGTTTGGTGCTGTCTCGACTTTTCTCTGCATGTG
CTTTAGCTGTGACATTTTCAATTACTCTTTTTTATGTTCTCTAGTTTGAAGATTTCCAAA
GTAAATGGGCCTTCAGGTTGTTGCAGCGTTACAGGAAGACTTATCGTATGTTTAATGATG
ATGTGCAGGTAACTATTTTGACGTATGGCAGTTATGTTTTTCCATTATGTGTTGTCTTGT
GCTATGATATCTACATGTTTCCTTCTGGCACACCAACACTTTTCATGGTTAAGAACGTTT
TGCATCCTTCTCGTTTGTAGTCGTTGTTAACTTCTGTATTTAACAGACATTTTCTGTTAC
AAATGTTGATTACAGTAATTCATCCATTCCAAAAATGTAAGGATTATCTTTTTTTTTCGC
AATCTTTTTTCGAAGATCTGTGCATGTAGAAATGACTCTTGCCCTCATTTATCTTTCATC
TCTCTTCATCATTTTCATTTATGGTTAAACGAACACTAGCAACTATTTTCTCTCCTATTC
CCAAGATTAACATGTCTACCCCGGTCATTTCCTCTACTATTTAATCCTTGTGCTATAATG
AAATACACCATGAAATAAAATGGAGGAAGTACCGTCTATGCTGGTGGAAAATACGCCTGC
TGTGCCTTTCAGTAATACCAGTTCAATTGTACTTGTAGTATTTATCAATATATCTTATGT
TCAATTACTTACAGACTTACAGTCAAAATCAAGTCTGTTAATCTGAGGTTTTGACATCTG
AGCATTAATATTTGAGAATGTGCAGTCTAGTTCCCCTAGTTGGAAAGTCCTTCTCAAGGG
ATATCACTCTTATTGCCCATAGAATACCTGCCCACAAAAGTCAACCTCTAGTTGATTGGA
TAGTCCTTTGTTGTAAACTAAATAACGCCCCGCCCGTTGCTGTGGATTTTTTTAGCAATG
AACTTAACAAAAATAAAATTAGAATATATGAGAACAGTACCGCATCATATTCAACCTAGA
GGTAAATGGAGAGTGGATGCATGTTATATTTTCTTGTGACATTCAAGTTCAGTTATTTAT
TGTTGAAAAACAAAATACCTACTCACAAAAGGCATCCTCTAGTTGATTGGCTAATCCTTT
GTTGTAAACTAGATAATGCTACACGTGTTGCGGTAATTTTTTGAGCAATGAGCTAATCAA
AAATAAAATTAGAATACATGAGAACAGTATCGCGTCACATTCAATAGAGGTAAATGGAGT
GGATGCATGTTATATTGTGTTGTGACATTCAAGTTCAATTATGGTTATTCTTGAAAATGA
AAATAAAAATTAATGATCTGGAAGGCTTTCGTGTTCTTTGATGATGTGGAGGGCTTGCAT
GTGGTAGAAAGTGGAAAGTCGAATGGTTGCATGGGCGCTTGATGATTGTGGAGGGCCTGC
ATGTGATGAGAAGTGAAAAGTTGTTTGATTGCATACACTTGATGATGTGGATGGCTTGCA
TGTGCATTTAAATGAGAGGCGGCATGTGTGGGACATGTGTGATGAGGTGGATAGGTTGCA
TGTTAAGATAAATAAGATAGTGACGATGAACTTCTTAGGTATGTAGGATATTGGTGATCT
CCCCCCTCTCACGTACGTGTGTTTATTTCTTTTCTAATATAATTTAAAATACTGTGGGGC
ATCCCAATGGTCTCCTGGATCAAAAGAAGATGCAGATTTTTTTTTCTTCTATTTATTGCA
TATTTACTTCATTAATAATCTGAAATAGTACTTCATCTGTTGGTTTTTATAAGATCTATG
GTTTTTTGCATTTCCTGTCAGAAATTGATGCATGCACGTGTTTTTTTTCCAGAAGGTTTA
TTGCTATTTTTACTTTCTTGGCATCGTTTATCACATCTTCCTTTATAAGATAGAACCACA
AACTGTCCCCTCTTCCATATGCAAGATATTTAAATAAGAATAACATGGTAATTTCTTTTG
ATATATTTGTTGGTTTATATATACTTAATCATTTTCACTCACAATGCGCCATATATTTGA
AAATTCGCGGAGTAAAATTATCACACTTGAGATGACTATTATTTATGTACAAAGGGAACT
GCTGGTGTTGCAATAGCTGGTCTTCTAGGAGCTGTAAGGGCACAAGGAAGGCCAATGATA
GACTTTCCAAAGCAAAAGATTGTTGTCGCAGGTGCTGGCAGGTTCGGATCATAACCAATG
TTTCAGAACTTGTTATAAAACTAGAGTATAAAGGGTTCATAATTAATGACTGAATTGATC
CTATGTACTAACTGTGATGTTACTGAAATTTGATTACATTAATACAGGTAAAAAATTATC
GTAACCTTTGATCAGGTGCATTTCAGAAGTATGATGTTTATTACGTTTCACCTTTTGCAG
TGCTGGGATTGGTGTTGTGAATGCTGCAAGCAGGACCATGGCAAGGATGCTGGGAAACAA
CGAGGTTGCTTTTGAGAGTGCTAGGAGTCAATTCTGGATAGTCGATGCTCATGTGAGTCG
GATCCCTAAGAATTTTTCTTATGCCTGCTGGAGTTTTCTTGTATTTGTATGATAATTGTT
TCAATAAGGATTACACTACTCTGTTGTTCTATGAATATTAATTGCATGTTCTATCAAAGT
CGGCTCCACTATCACATTGCTTGTGAGTGATGATCATGCGTATCAGCTAATCGTAAGCTG
AATAATTTGGCAATGTGTTTGACAGAGTCTGGAATTTTATCTTCACTATTGATCTTCCTT
GCATGCACTTATATAAATCTTACTACATCATCTCTGTTCTATTTTGGCCAGGGCTTAATA
ACAGAGGAACGTGTAGAAATCGACCCAGATGCACTTCCCTTTGCTAGGAGAAAGAGTGAG
CTAACTCACCAAGGCCTAAATGAGGGCGCAAGCTTGATTGAAGTGGTATTTATCTGAAGT
TCCTATTTATATTAGATTAATATAGATGGTTCTTCTCACAACATATGTACTATTAGGCAA
CATCTTATTGACTACCAAGGTCCATGTATCGTAATATGTGCATGCCAGAGTTATTCACTA
TTATCAAGATTATTTTTTCCAGTTTATTTGCTAAGTACTCCCTCCGTCCGCAAATACAAA
TGGATGTATCTAGAACTANNNNNCATCTAGATACATCCATTCTTATGACAANNATTTCCG
GACGGAGGGAGTATATTTCAATATTTTAGAAGTGCTCTTTTGAATGAGTTTTAAAATGAA
CGTAGATACAAAATGTGCAGAAATAAACTCACTCCCCAAATACTACTATCTCTAGCAATC
TCGCCCTACAGCCAATGCTTATGTTATCTGGTATTGGCTGTTGTAATGTGATTCACTCAG
AAAATAGATGGTGAATTTTGTGTGGCCTAGAACTAATGTTATTCACAAAGTCCATATTTC
ATGTGGGAGTATAACTCAGATGGCAAAAAAAAAAAAAAACTGTTACTCTTTCAGTCTGGC
GCCACCATGAATTGTATTGTGTGTTTCTTTTACATTTTCTCTGAACTTTATTTACGAGAT
ATTCCATTTGTCAAGTTATATCAGTATAAGCTTTCCATCGAAAAGCCATCCTTAAGTCTA
TTTAAAATTCACATTTACCTTACCAAAATAGATTCAGTTCATGAAAGAATAAGACCTGTG
GAGTTTAAGACTGATGCATAGGAATAGTAGCAGTAGATATGTGGAGTTTAAGAGTGATGC
ATGCGAATAAGATATGTAGAGTTTAAGACTGATTAAGCTCCAAATGACCCCATTTAGAAT
TCAAGATTGTCCAGCTCATGCATTATTAAGTGTTGATCCTCTAATAGTTTTGAGTTCAAG
TTCTGGTGCTGCTGATGCTCAACTATTTGTACTGTACCATGTTTATTGAACAGGTTAAAA
AGGTGAAGCCTGATGTCATACTTGGACTATCTGCTGTTGGTGGTTTGTTCTCAAAGGAGG
TATAATATCTTACAATATAACTGCATGCCAAGTTTGTTCAGCATTGGTTTCAAGCCAGTT
TCACCGAAGCTAAAGCCATAAGCTAATTCACGATCTGTCCTCTATTGTTGTTACCGCCAC
TAGTTTCAGTGACTAGTTATGTGACAGGACATTTAATATATTGCAGATGACAGAGCCATT
AACTTCCCAGTTATATTGGGATTGTTGTTAGTTAAATAATGAAATTCGTTGTATTTATTA
GTACCCTTAGATTGTACTCCCTCTTTAAAGAAAATAAGAAACATAAGAGCGTTTAGATCA
CTACTTCAGTGATCTAAATGCTCTTATATTTCTTTAAATGGGGAGTAGATCTTTTTTTCT
TTCTGTGTAGTGGTAATTCTGTCTATAGCCCCCCTGCAAATCCTAGCATGTTTATCTGAA
GTTATGGATCTTGCATCAGGACCAGTTTGGCACTTGTTGATTAGATTAAATCATTAGTTG
CATGATGTCTGCTATTTTGACTTTTTGATAATGGTGGTGGGTTCTTTGTACCTTCAGGTT
TTGGAAGCACTAAAAGATTCATCCTCTTCCAGACCAGCAATTTTTGCGATGTCAAATCCA
ACTAAGAATGGTTCGTGATATGAAAGTTTACTAGTATAATGTTTTCTTTGCAGCTGCCAT
CTAATTCTGTGTTGGTTACATATTATAGCTGAATGTACACCTGAAGAAGCCTTCTCAATT
ATTGGTGAAAAGGTCATATTTTCCAGTGGAAGCCCATTTGACGATGTGGATCTTGGTATG
CCTGTCCAGTCTTGGGTCCTTCCTTTTGTGGCCCTCCTTCTGAAGTCAGCTGAGCATCGC
TATGTCGTAATGTGTCAGTTATATCTTGATATCTGCTTGGCATCAACTAATGCAACGGAT
CAAGCATATTGCATAACCAAAACTTTGGTGATTTGATGAATTGTGGATACTCAATCTGTA
AGATGTTACTCTGAGTGTAGCTTATACTGATTCTCTTTTGCAGGTGATGGAAAGATCGGC
CACTCTAATCAAGGGAATAACATGTATCTCTTTCCTGGGTTAGTCCTGTTACTATTATAA
ACTATATGTATGCAACGAGACTTGGTTCTTGTGGAAATTATGATTCATTTGCCTTGCTTG
ACTACTGTGCAGAATAGGACTTGGAACCCTGTTATCTGGTGCACGGATTGTCTCTGATGG
AATGCTTCAGGCGGCAGCAGAGCGGTGATTTCCTTGACTTGTCACCTTTTAACACAAGCT
GATTATTTAATCTAGTCTATTTTATTAACCATGAAAATTGTTTAGCTTGGCTTCGTACAT
GAAAGAGGAGGAGGTTCTCCAAGGGATAATTTACCCTCCAACCTCCAGGTTATATACTTG
TACAATCAATGATCCAGTTTTCCGTGTTGTTATGGCTATTGATTATATATGGTTACGCTC
AGAATACGTGACATCACTAAGGAGGTGGCGGCAGCAGTGGTGAGGGAAGCTGTTGCAGAG
GACCTAGCTGAGGGATACCGTGACATGGATGCACGTGAGCTTGCAAGACTAAGCGAGGTA
GGAAATCACCTTAGTGCTCATCCAAGATTCATGATTATGTTTAGTTGATTAACTTTGAAC
AAAATTTTGTGTTACAGGAAGAAACAGTTGATTATGTCAAGAACAACATGTGGAATCCAG
TTTATCCAACAGTAGTGTACAAGAAAGACTAGAATTCTACTCATGCTGTAAAATACATGT
TCATTCATCATGCGCAATTTTCCTTAGGCTATTCTTTCGATCTTTGGAAATATAGCCACC
TCCGATATGAGTATGGAGTCTCGATTGTTTAATGTGATCGTCACGTGATAGAACACGAGA
CTGACCCCAGTTTTTAGTTGTCTAATGCTGTGAGAGGTGCACCAGGTAGTGCGAGATAGG
CTCCCAGCTCCCTGTCTGTCGCATTTGAAGTTGAGGTACTTGCAATAATAACTGGGACTT
GCATTCCAGTTTTCTCCAGATGTCCATATCTTGTGTCGTGTGTGTTTCGAACTAAGATTA
ACTAACTGAAGCAGCAACGTGACCAGATTTCAGGGGCGACAGTTCTGGCTGTCTGGCTGG
CCGCTTGGCTAACATTGTATGATCGTTGCCCCTTAGTATTTCATTTAGTTCTTTTATTAT
AAATTTTGTACGTTCCCATTTTCTTTTGGTTGAGAGCCACCCAACGTACTGGTCCTGATC
CTGATGTGAGACGGCGGAAGTGCTTTGTCAGAAGCGATGAAATGAAATAGTCTAATTGGA
AGATAATTGCAAAGTCCTCACCACGATCCTAACGATGCTAGGGCCATCAGGGCGCGCTGA
CCCCCTGGCCGTGTTGTTTTGTGCTTCTCTCGTGTGGTCTTTGGTTTTCTCCTAAGGCTT
TCAGGTTTTCTTTTGGTCTAAGAAAAGTTTTGACGTAATTGAACTTTGGTTGGTAATATC
CTAAGAAGTAAAACACACATTTCTCTTATAAATGTCGCTAGGCTCCTTGTCAGGACGAAG
CCATCCACGTCGCCCCAATAACGTTATGAATAGTGTTGTCGTGCTCTCATGCCACCGCCT
GTGAATTCCTTACCCTGTCGGGGCATTTTAGTAATTTCACATATAGGAGTATAAAAGTCA
GCCGCTCCCGTGGAGGAACCCATTGCCCGCTCCCGCACTCTCCTTCCCCTGCTGCCCACT
CTTCTTTTCCCTGCCCCCTCTCGTGAAAACCCTAGCCGCCGCCATCGCGGACGTCTCTCC
CACCCCCCTTGTCATCCCCACCGACAGGTCGGAGTTCGTGGCCGGCCGTCGCACGACGTC
AGGCTGTGGCGCGGTTGGTCGAGGCGGAGATGCCATCGCGCGGGGTCGTCGTCGAGCGGG
CCGTGAGG