Map Locations of contig_340246 (5628 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_340246

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_49356 6 5366 bp AK364415 Available Available None
MLOC_49355 1 555 bp MLOC_49355.1 Available Available LOC_Os01g03750.1, FRAME:+1, EVALUE:2e-55, 13101.m00326 protein expressed protein





CDS Structure of MLOC_49356






CDS Structure of MLOC_49355






Contig Sequence (5628 bp)

>contig_340246 5628 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CAACATCGTAAGCCCACCATTGCTTCCGCAACATTCAGTGAGTATTCACCCACTACACGC
AGCGGCCGGACTCATGTCTTCTTCTTCCTGCTGCCGCCGCCGCAGACTAAGCGCACAGTG
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AGCCCTCACATTCTCTGAATGTTGAACACTTGCAGCAATACTAAAATCCAGTACTAGCAT
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GCCTGGATCCACCTCCTTGCCGTCGACCTCTTCGCCGCAAGGTCAGTCAGGCAATTTTTT
GTTTCCCTTTTCAGGTGTATGCGATTGTAAGGAGGTAGATGCTCATGTTTGTGTCTTTCC
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GTGCGGTAGCTACAATAATACCTTCCAGTCATCAGTATATCTATGTTTGTACAAGTATAG
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AGTTGCACGCCAGGTTTATGCTCTCGATCGCGTAGCTGCAAGGCGGATTCGATACCGGTA
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GTGTTTGGGGGTTATGGATCATACTCGTTTGCGCAGGTCGCCTTCTTGTTGGCGCAGCTC
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GGCTGGTGCACGTCCCCCACGAAGTGCGCCAGGAACATGAGGCTCTCCGTCAGGTTGTCT
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TGTGTGTTGGAGGGATGAAGCTGATGGCGCTTACATGAGCTCTTTGATGATGAGTCCCCG
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GACGACCACATGTAATATATCCAGTAGTGGTGGGCAGTATATGTACACTCCATTAATAAT
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GCTCTGTTCTGCTCTGCTCTCACGAAAACGACGATCGGTTTGGCAGAAGGAATCGTACGT
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CGTCTCGACACAACCTCTCGCCCTCTCCAACAAGCAACATCAAGATAGCATATGCGATCG
GCGTGTGCAAGCAAAGGATCCGCCGATATGCCTCCCTCACACCGGCAGCCAACCTTATCT
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TTTTCTTTGATTTTAGCTAACCCCCCCGTTGGCCGACCGGTCGTCTTTCTTTACCCTTTC
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CCTCCGCCTGCTATTCCATCGGTCGGTGGCGGGGAGGAGCATATTGGTGCATCGGCTCGT
AGATGACTTAGGGTTTTTCTCCTCACAGGCACGACATTCGGATGGATGGCGACGCTTCTT
CTTCGAGCCAGTCTTTCGGACTTCGATCCTCCTCCTGTTCGTCTGTCGGGATGGATTAGA
CTGAGCTTCTAATTCGTCTGTCGGCATGGATTAGACTGAGCTTCTAATTCGAGTTAGTCG
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TTCTTGTCAGTTATTCGGGGCCATAAGGTTAGGATTTCTCGTCATGCGTATGTGACGATA
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AGCCTGATCTAGTATGGGAGCGGCAAGAACGAAATGTTTATGAGTCGTTCTGACGGCGGC
AGTGGTCGTTCGATGGTCTAGGGATTTTGATATTTTTTTATCATGTTCGGGATGCTTTGT
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CCTCCCATGCCGGCGAGCCCATCCGCCTTCCGCTCTGCCTGCTATTCCATCGGTCGGTGG
CGGGGAGGAGAATATGGATCCCTCGGCTCGTAGCCAACTTAGAAGTTTTGTCCTCGGGGG
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CGATCCTTCTCCTGTTTGTGTGTCGGGATGGATTAGACCGAGCTTCTAATTCGAGTCAGT
CGCCTACACTTCAATCCTCCTATAGTTCGTTCGCCGGGACGGATTAGGAACTCTGGTGTA
GACTCTTGTCAGCTATTCGGGGCGATGAGGTTAGGATTTCTTGTCATGCGTATGCGACGA
CAAGATTTGATGTCAGTTTTTTTATACAAATTCAAGGGTTCAACAATAATGGTTGTGACT
CTAGCGTGCTGGTGCTGGTTCTCAGGGCACGTGCATGAAGACTTTCCGACTGTAGACAAT
GTCAAGCCTGGTCTAGTATGGAAGCGGCGAAGTGTCCGGGGCTCTCGTTCTGACGGCGGC
AGTGGCCGTTCAATGGTCCATGGACTTTGATATAATTTTTTAATTATGCTTGGGATGCTT
TGTATTTTTATGATATTTCTACGAAAAAAGGGTGGGTACATAGTAATTGACTTAGAATAA
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AAAATACTGGTGTATATGTGTTGTCAGAAAATAGAAAAGTAACATTTAGTTTAACATGCA
GTATTATAACTAGTAATGGCGCTATTAAACTCTGTTCGGTTTGCATCAGAAACCACAATT
AACTGAACTAGAAAGGTAGGGAAAGAGAGGGAGGGCTGGTGTATATAACATGCAGTATTA
TAACTAGTAATGGCGCTATTATACTTCTGTCCAACACATATAAACCACAATTAGTTCTAC
GCGACAAGATTTGATGTCAGGCTTTTCAGATCGATTCAAGGGTTCAACGACGACGACTAT
AGCCCGGAGGAGCAGGTCCTTAGGGCCAAGTGAACGAAAGCTTCCTGGCGGTCATCAACA
AAGTTAAGCCGACTACGGTACGGGAGCAGCGACAATGGAGTGTCGGTGGTCTAGGGACCT
CGACGTAGTTCTAATCATGTTTGGGGTGTTTTGTACTTTCGATGAAATTTTATAGTAATA
GATTTGAATTCTTTTTGGAAAAATAAGCTAGACGTCTTACAATACTAATGCATTTTCCTG
CTGTATTTGTTTGTAGTTTTGCTAATTCTGTGTCCCATAGTTTTCCTTTTTAAATCTCAA
CCCTCTAAAACTGCATATTTGATAGGCTTACAATAAGTTATAAGTACAATTTTAATATTC
TATGCCAAGAAGGGTAGTCAACAAATAATTCTAGACAATTGTTGGATGATATTTGTCAAT
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TTTAAAAGTAGTGGTGTGCTATATGTGTTGTCAGAAAACAAAATAAAAGTACTGGTGTAC
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GTTATAAGTGAAGTAGGAAGGCAGGGAAAGAGGGGGGGGGGGGGGGGG