Map Locations of contig_2549699 (10470 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_2549699

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_38100 5 4353 bp MLOC_38100.2 Available Available LOC_Os10g40780.1, FRAME:+2, EVALUE:0.0, 13110.m03782 protein CCR4-Not complex component, Not1domain containing protein, expressed





CDS Structure of MLOC_38100






Contig Sequence (10470 bp)

>contig_2549699 10470 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TTGGTCTTGCCTTGACCTTCTAGAGGTTTTATGCCAGCTTGCTGAAGTTGGACACACTGT
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TCTTGGACACATTAATGTATGGCTTCTAGTCCTGCTTAACAAACTACATCCAATTTTAAT
CATTTTACTATTGTTAACTCTCATGCTCTGCTATGCAGACTGCCTATAATCTCCTCCAAT
TTGAAGTGCTATCATGTGCTTTTCCTGCTCTTCTGAAGGATGCCACAAAGAGAAATGTGT
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CTGATCCAAGCTGTCTTCTGAGAATTGTTGGTGTGTGTCACGACCTGAAGGTCTGTATAG
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TCATTTTATTCCTGGAAGTTAGGGGTAATGTTAGGCTCTTTACAACTACAACAAATAGTA
AGCTTTTCCTGAAGGAAGGAACAATAAATGTTGCTGGTGTACCTTGCACAACAATCACCC
CGTACACTTCTGATATAGAATATTTGGTTACTGGCACCATTTGAAACTATAATGTTGTAA
TGTTATCTCAATATTTTGTCATTTTGTGTTTCATCCATTCAAATTTCATTTCCAATTGAA
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TGTTTTCTTAACATGAGTATAATGAGACTGTTGATGTCCAAAGTTTTAGTTTCCCCTATT
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TATTGGGAGGCTTGTCCTCCCGTTATAAAGGTTCGTGTCATTCTTGGTTATTGTGCTTCT
GCAATTTGTTATTGGCTCTTTCTGTCAGTCGTCAATATTGTCACTTGCATTTGCAGGTTC
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ATCTGGCTTTCTAGAAATTATTGTTATTTTAACTTGTTCAGTTCAGCTTCGGTTAGACTG
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GCGCTTATAGTTGTTCCGTTGTTGACAAATTGATTACATGAATGTTATGGATTTCCAGGG
AGCAATCGATTTTTAATTGTATGATCTCAAATCTGTTTGAGGAATACAAGTTCTTTACGA
AGTATCCAGATAAGCAGCTTAAACTAGCTGCCGTGCTATTTGGTAAGTATATCTCCACTT
TGCTACACCTTCATAAGCCATTTATTATATTTCTCATTAAAGCACTGTTTTCTGGTTCTA
TGTCTTGTTGCTTAAACTGCTCGTGGCTTAGCAGGACTTAATTTACAGAATCTTTTTCCA
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ATCTTACTTTGCCAAGTTTGGGTTGCATTGTGTTTTTATGGGGGTTATGATAACTCCCTG
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TTTGAATTAAGATTATAATAGTCCATTAGTAGTCTATATGCCTTAAATCAAGGGCTTGGC
TGCTTGCATGGAACATATTCAGCTGAGGGGCAAAAGTCATCATCTGCTCCACTCAATTGT
GCTGTTGTCTAATCCAATTCCATCTTCTAAAACAGGATCCCTTATTAAACATCAACTTGT
GGCTCACCTTGGACTTGGGATTGCTCTACGTGCTGTTCTTGATGCCTTGCGCAAGTCTGT
TGATTCAAAGGTAGCTCAAATCTGTTTTTGGTGTCCACATATATTTCACTGATCTGTGCA
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TCTGGATCGTCATCTATTGAAACCATGGAGGTAACTCATCACAAAAACTTAAAAGAACAG
GGTAACTAATCTTTGGGGCAACTGTTGAATTGGAACTGGTGGTGGATTGGCCATAAGGAA
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GTTTTACTGCAACCTAATCCCTTTTCCTCATTGACATGGTTGGATTTATTTAGGCATCTG
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TGCAGCAAAGGCAACCGAGTGTCCTTGGGGACAGATCCAAGGTCTCCATCGGCACCTCTC
AGACTAAGAGCATTTTACCTAGTCAACCTTCAGTTCCGCCGGCATCTGCTGATTCAGCCG
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CTGTTACCTTGCCTGTTCATATTTCCACAAGTGAGATACGATGCAGTGCTGGTTTCTGAT
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AGCAAAGAGATAGTCCTATTGAGGTTAGTACTACTATTGTTTTCCTTGGCGTGTGCTCTT
CTGGGAGAATACACAATGTGGTTGGGCTAATTGATTTACTTCTCTATTTAGACTCCTCCA
TCTGAAGTTCAGGACAAGATCTTGTTTATGATTAACAATATATCCACCTCTAATATGGAA
GCCAAGGCGAAAGAATTTAGTGAAGTGCTTCAGGAACAATATTATCCATGGTTTGCCCAA
TACATGGTCATGAAAAGGTACCATACCCATTTGTTTCCTCTCTTTTCTGCACCAGTTTTT
CTAATGTTGAAGCACTAATTGCATGTCCATTTTTGCAGGGCAAGCATCGAGCCGAATTTT
CATGATTTGTACTTGAAATTCTTTGACAAACTTAACTCAAGATCCTTGAGTAAGGAGATG
CTGAAAGCTACGTATGAAAACTGCAAGGTCGTGTTTACTCTAATTTGTCTACTTTTTGGC
CTTGATAATGAAAACAAGTTTGTTGAACCTTAAGATTTTTTTTTATGCAGGTTTTGTTAA
GATCAGATCTTATCAAATCTAGTTCTGAGGAACGCTCCTTGCTAAAAAATTTGGGTAGTT
GGTTGGGAAAATTTACCATCGGAAGGAACCAGACATTAAGAGCTAAGGAAATTGACCCGA
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CTGCATGCTTCTTCTGCCAAAATATTCTTTGCTGAGTTCAATTTCTGAGTTCTCTTCCTT
CTACAGACCGTTCGGCCAATTTTGGGTCTCATTTGTTTCTATAGAACTTGCATTTTACCT
ATGTATGCGTGCATGTATTGGTGGAGTGATTCTGCCACGTGGTATTAAGCAATTCTGCTT
GACAATCTTTTGAAACTATTATTTCAGGCTTATGAGAGAGGACTTATGATTGCTGTAATT
CCATTCACTTCAAAGGTATGTACTTGCAGCACTCTCATTTGTATAAAACGAGCTGCCTGA
TGTCATGACCGGTGCTTGCTCTGCAGATTCTCGAACCTTGCCATTCAAGTATAGCATATC
GTCCTCCAAATCCGTGGACGATGGGAATTCTTAGTCTACTTGCTGAGATCTATAATCTGC
CAAACCTGAAGATGAATCTAAAATTTGACATTGAGGTTGTCAACTTTTTTGGTTGGACTG
TCTTGTTGACTCTGTAGCTTTTGTTCTACTGTTACACTGTATAACTGTTATTATGTGGGA
TTTTAGGTCCTGTTTAAGAACCTCGGCGTCGACATGAAAGATGTAAAACCAACTTCCCTT
CTTAAAGATCGAGGACGTGAAGTTGAGGGAAACCCAGATTTTTCAAACAAAGATGTTGCT
TCATCTCAAACCCAAGTGTCTGCAGAGGTCTCTTCAGGCATCAACCCCACAGTAAAACAT
GTAGACCTGCAACCTGAGGTCAATAGCACTTCTCGTACCCTCAGCCTTCCACCTATGCTA
AATCAGGTTGGCTTGGACAAGCATTATCAATTCAATAACGTTGGAGGGTGCATTCTTGTT
TTATTATATTTTAAACATTTTTTATGCATGCAGTATACTGCTCCTGTTCGCCTCCCTCCT
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CCACTCTCTCTCACTCAGGTTTGCCATGCTACCATTTTCTCCCATCTTTTGCTGGATTAC
TAGATATTATATGTTATTCTGCAATTTCTCATCTGTTGTTTGCAGCTTTTGTCGCTGATT
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CAGTTCAGCAAGTATGTTTGATGCTTCTAAACATAAATATCTGATGCTATTTGGATTTTA
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AGAAATTATTCTGAAGGTTCCCTTTCTTGTATTCATTCTGAAAGTTTTGTGTCATAGTGA
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ATCTGATTACAGTGCCGCAAATCGTTCTGCTCGTTTGATGGTTGGGACATTAGCTGGAAG
TCTAGCCCATGTTACTTGCAAGGTACCTCTTGCTTGTTTTTAAGCCCTATAAGCACTGAT
GTTCGTCTGTGGTTTTGTCTTGTGGTTGTTTGTTCTTTATTGTTTTAATCTTTTGTGCAA
CCTATTATATTATTTCCTTTTCCCTCCGGTGTAGGAACCGCTCCGTGTTGCACTAAAATC
TCATCTTCGAAGCCTTATTCAAAACCTTACCAGCAACAGTGAAACTGGTGATCAAGTAAT
CCATATTCTGATCAACGACAATTTGGATCTTGGTTGTGCAAGTATCGAGTCGGTAGCTAC
GCGCAAGGTACCTCCTTGACATGCTATCATGTCCATTGTCCTACTCAGCAAGACAGCAAC
ACATATCCATGCATTATGTGATCTTCTATAGTCTAGTTCAGCAATTTGCATCCCAACATC
TACCAATGATTTGCTTTCAAACTGTAGAACTGCCTGTTCTCTTTTTCTAATCACCCTTGA
GCATGTCCCATTTAGCATTTTGCCAACATTGAACTACATTGGCGGAGTTGGTGAAGTTCA
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ACTCTTTTACTTATGCTCAAGGTCCATTTGCCCCTGTACCTGAAGTGCTCCATACTAAGG
CAGAGTCTCCTGCCCAACAACGAGTATATGAGGTGTAGCACCAGGACTTCAAATTGTCAT
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GATTTCAGGAGTTTGTTCATGTATGGCAGAGCCATGGCCAAAGTGTTGGTGCTGCAGGTT
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TCTATGAATATCTTGTGCCTTGTAGTGATTCTCCTGCTCAAGTTGGGACCAGTGACTCTT
CTGGCTGGCTTGGTGGAACCATTGGCGATGCATCGACATCTCCTCCATTGATGTCTAATG
ACCTTCCTGTGGGAGGAATAACGGTCACGACCGACATAACTTATCCTCTTCATTTCATGC
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TTTACCGGCTGCTATCTATCAGAATGAATACTAATTTTATATTTAACATATGTGTGGGTA
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TTATATGTTTAAAACATTTTAGCCATGTGTGTCAGTTACTTTATTGAGTTTTAGGACTTG
TCATCATATGTTCTGTATTAATTTATTATCATCATAAGTTTTTGTTGAATATACATCTGA
TTGTATATCTTAGTTTCTAACCAAAGTAGCCCTGTTCTTTGCTACGGATACATACAAGTA
TATAATGGATCAAGTTAATCCATTTCTACCGGCTCACTAGTCCGGTTCTGCCTAGGTAGG
TGTCATGTCTACACTTCGTGCTTCTTTGTCACCTGTGTCATGCTTTATTTTAGTTGGAGA
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TAGTTACTGTGTAATTTTTTTTAGAGATTTTTTACAAAGTTGAAAAGGGAGGTGGGTGCG
GAGCCACCTCCAACACCCATTTATTTAACATTAGAGATAAATATTTAGGATAGTTACGTT
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ACATTGTTTGCATGTCTTTGTGATTATGCAGAGCTGTCTGCAGTCATATTTAGCCAACTC
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ATGTGGAAATCCAGGTCAGTAAACCGTCATTACTTCTACTACACATGCTAAGCTTCCTCT
GTAGGAATTTAGTGCTTCTGTTTTAGGCAAAGTGTGGCCTCTGCCACTGGTACTGTAGTC
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TCCAATGTAGCAACTAATAAGTGTAAACTAATGAGTGTGGTGCACCACTGTGTTTTTGGG
CAATATCTGCTGTGAACCGAACAGCTCATTGATCTAAGTTATCACACTCTGCTTTGGTTC
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ATTGTCTTGTTCAGTCTGTTATTGCGGAAGTTCCTGATATATTACTCAAATGTGTTAACC
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TGTTATGCTTCCTTTATTTAGTTGCATTTGCGTGCAATATGTCGGGTAAAGTTGCAGCTT
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TTTCATTGAGTGTGAATTGTCCTTTTGCCAATAATATTCAGTGTTACAAACAACGTACCA
ACAATACAGATTACGACCCTTATTTCCATTTTGATATTAGCACTTGCACAGAGGTTTATG
CCACGTACTTGAATCCTCGTTGTGTTGGAGAGATCACCTCATTGATATTTCTTCTTTGGA
ATGGAGTTTATCAACTGTGCTCTTGGTTTGCTGTGATCGTTCTGTAGTTCTGAGGTTGGG
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CCAACGCAACCAAAAGTCCGAACTGATGGA