Contig Data
morexGenes
Links



Map Locations of contig_2549580 (4286 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_2549580

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_38032 1 799 bp MLOC_38032.1 Available Available LOC_Os01g74330.1, FRAME:+1, EVALUE:7e-119, 13101.m08124 protein pectinacetylesterase domain containing protein, expressed





CDS Structure of MLOC_38032






Contig Sequence (4286 bp)

>contig_2549580 4286 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TATAAGCAAATAACAAATACTGCTGGCTCTGTTTGACTGGTCATTCCCTTCGGTTCATTA
CAGGGAAGACATTTCGGGGAGAAGATATATGCGTGGATTCTATAATGACGTTGCTCGTCT
ACAGGTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTAGTGCAGACAGTAGTGCTGTTCCCCCTCCAGC
TGACCATTTTTTGCATTAACTCTTACACATATGTGAAAGATTCATGTGTTCTCTGAATAT
TTGTTGCAGGATCTGCGGAAAAAGTTTCCTCATTGCAGTTCAGATATGGAGCCAGGACAG
GTTAGCATTTAATTTGTTTCGTGTCACGGTTATCGTATTAGTATCATTTGTGTAGCCTGT
ATTATCAAGCAGCATGCTAAGTACTGCTCCATTCTGTGCCTGCCAGTGCATTTTTCCACG
GGAAGTCGCAAAAGGCATCCGCACCCCAATGTTCATTCTCAATCCAGCATATGATGTTTG
GCAGGTGCAGTTATCGTCTGTATCTGTTGTATAACTTTTCAATGTTGTGTAACAGCCTGA
ATATGAACATGATACATTTGCCGCTGTTCTGTTTTCCAGGTTGAACACGTCTTGTCTCCA
GATGGGTCTGACCCTGAAAATTTGTGGCAAAATTGCAGATTAGATATTACTAAGTGTGAT
TCCAAACAGCTCAAAACTCTCCAAGGTAACAATGGAAGAGATTTTTGATATGTGCTCCTG
CCTTCTTCTCGATAACTTGTGTCGCACGTCTGCATGTCACTGGCTTAACAAGTATAAACT
TAGCAGGTTTCAGGAAAGAGTTGCTTGATGCTATAAGTGAATTCAAGAAGAAAAAGGAGT
GGGGCATGTTCATTAACTCCTGCTATATACACTGTCAATCAATGAACTCCTTGACTTGGC
ACTCTCCATCTGCCCCTAGAATTAACAACAAGGTAGGCTCCACCTCTCATTTGTACAGGG
ACTGTGTAAAGGATGCCATAGTTTGCATTCATAAGTATATGGGTCGTCTTGTAGTATCTA
GCATAATCTTGAGCGTCTAAATTTTTTTGTCTCAGAAATTAGCATTTTTTTCTTTTCTAA
AGGAGTCTTAGAAACTAATGATTTGGTTTATTGTAGTAACGTTAGTGTGAGCTACACGAG
TATCCTAGCATGCTAAACATATACAGTATTTCATAGAAGGAAAATTAATTGAAGTGCAAG
TACTGCATTTGTACCAATATTCCGAGAATAAGCAGTATCCATCCTTTAGAACCCTGGCAG
TTCAGTTATGTGATCACTGGCATATACTAACTCAATTTCAATCATGTTGAACAACAGACA
ATCGCTGAATCGGTGGGAGAATGGTTCTTTGACCGGAGAGAAGTGAAGAAAATCGACTGT
GAATACCCCTGCAACCCGACATGCCACAACGCAGTCCTCGACCAACCTTACAAGGAAGAA
TGATAGACTTTTTTCGCCAAGCATTTTGGTGATTTTCAGCACAATTTGCGCTACGTGTGC
TCAGAAATGCCAATAGTTACGTTTTTGTGTTTTGAGGGAACACCGAGCTCAGATTTGATT
CAAACATGTACTCGAGAAGTGTTGAAATATAAAACTGTAGATTTAAGAGAGAGAGAATTG
ATAACTGATGATATGATACCAGTATGTATGCATGCATGTCCTTGAGGAGAAGCATGAGCT
TGTCAGCTCACTGCCCATGCATTATTTTCATGCAACCGTAAAAGCCGGCTAGAGACTAAT
CGGATACGTGTAGCAAACAGATTTACATACTTCAACATACCATGGGATTCATGGAAGATA
TATTTTCATAAAGTTCTACATGAATAACAAATCAGAAGAGTAGGTGCTTGTTTGATATGA
TTATAGTGGATTGAGGAGGATTTTGACTCTTAAGTCCCTTTCAGACCCTCCAAATCTCAT
GCAAGCGAGCAAGCTCTAAGCGCATGAGGTTCTTAGAAGGAAAATGCTCCAACTTCTGCA
CTGAAACACACATTTAGCATCCTTTTAACTGCATCAGCAGCTCTCCATAAAAGATGCCGA
TACTCAATATGGTTGATTTTGCACGAAAGACAAAGTTGAAAGACAAATCACATAATTGAT
TCTGCACCGAAGAGAAAAATGAAAGAATGCAACATATGCATGACACAAGTTTTGGGAAGC
CGTAACCAAATGGAAGACATAGATGTATAAACTTAGGTTGATTACAGTACCGGTGACTTG
GAGTAACTTGGATAGACGGTTCAACAAAAAACACATATGTGCAACGCATAACTTGGTTCT
CTCGTACTATAGATAGATAGATGCAGGACATTGACTGAAACGAATCAATTGCTGTGAGTC
ATGAAGAAGGATTAAATGGTTGTTCATGTCCGAGCTTAATCCACCACTTGTCGCCTTCGA
GTCCAGTAAGGCCCTAGACCTTGTCCTTCTCCTCAGCAGCGATGAGATCTGGTGTGTTCT
TGAGGTAGAGCTCGGGGACGTCGATGTAGGCCTAGAAAAAACATCACGTAACGGATTAAG
AAAGAATCACATAAGAAAATGAGTTCCCACTCTCACCACAAAAAGAGTCCTCGTTACCCT
TGTCTATAAAGATTGCCATGTACAACTATTTTTTTCTAAGTAATAACGCCCACACGTATG
GTACGAAGCAACATGGTCCACACGCATCCGTAATCATTCATCTTGCCACATAAAACATAT
GACATCAGCATAATCTTTTTGATTTTTTAAACTTAAAAATGTTTTATCTCTTAAATAAAA
AATCTAATTAATAACCATTCCACCATTAAATCCGTCTCGACGAGATNNNCAAAACTAGAT
CCCATATTGATATGTGTCGAAAACTTTTTTTTGGGGCCAAAAGTTGACATTATGTTTAAA
TTGAAGTTGCCATAGTCTTTACAATAAATTTGCCACGACATGTTTCATCTAATTTTTGCT
TCTAGATTTGAAGCTATCATTATTTCAACTAATTTTCACGGTAATTTTAATAATTGACCA
CGGCAATTTTTAGTAATTAACCATGGCAAATTTAATTTATAGATCATGCCAATTTTTAGT
AATTCATCATGGCAAATTGAGTTTATAGATCATAACAATTTTAGTATTTTCACCATGAAA
ATTCTACTTTCTTGAACATCGAATGTATTTTTTGTATGAACCATGACAAATTTTAGTGCA
TTTATCATGGTAAATTTAAGTAATTCTTCATGTCAATTTCAATTTATGGTTAATGTCAAA
TTTGAGCCATTGACCTGCATTTTTAAAGTAATTGACGACATATTTATTTTTTTACTTATG
AACCATGTCTAAATTATTTCATGGATTATAACAAATTTTGTCATGGCAAGTTTAGTTTCT
TAACTCCTTTTATAACATATCAAAATTACTTTAAACATAAAATAAAAAGTAGTTAAAATA
TATCATGACAACTTAAGTTTAATCATGATGGCAATTTATGTGCAATAGACATGGCAACTT
TTCATCCTAAAAAAAGTCGTCGAAACATATCGATATGAGAGCTAGTTTCGAAGAACTCGT
CACGACGGATTTAATAATGAAAACGGTTTTCAATAGAATTTTTAATTAAGAGATAGAACA
TTTTAAAAAGTGAAAAGACAAAAGAACCTGCTGACATCATCAATTTCGTCACTTGTTCGT
GCATGCGGTGACATGAACCAATCTGTAGTCATGGGGCGTATGATCGGGTGTTGCTCCCAC
CACACGTGTGATGGTTATTGCTTCCTTTTTTTCATGCCCAAGCTACAAAACAAATCTTAT
ATCAATGAATCCTTCGGTTAGCTCCAAGGAGACATCACCTACAGCTTCAACTTCTGCTTG
GACACCATTTGCGACTTCAGTACTTTTTCTTTTTAGCACATGGTCCTCGTCGAACTGAAC
CCGTGTAAAGAGTTTGCAACATGAACAGTTGCACCTGAGTCAATCCACCAAGTAGATTTT
GAAAACTTTACATACAGAGATTCATTTACTAAGAAAACAATACAGTTACCTCTCTTTGCC
ATGAAGACCTTTAGCTAGGTAGCACAATCCTTCTTGTAGTGCCCTTTTTGTCTTGCAGTA
CATACAAGTGTCCTTGTCTACTGTTATTGGCTTTGGCTGATAATGAGCGGGAGCCTTGCC
TTGAAGTTTGCCCTCTGTCTTTGAGGAAGAACCTTTGTTAGGTGGGAAAACCTTTTTCTT
TTCCTTCACATAGTTAAGGGAGCCACCATGTGAAGCCTTGATCCTCTCCTCTTCTTGTGA
GCACATTGCGATGACCTTTTCTATAT