morexGenes - Barley RNA-seq Database

Contig contig_2549287
Source Contig contig_2549287
Contig Data
|Contig Location|
|Microarray Probes|
|Predicted Genes|
|CDS Structure|
|DNA Sequence|
morexGenes
Links
Map Locations of contig_2549287 (6999 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013	Oregon Wolfe POPSEQ 2013	Morex Genome Release 2012
	No map location	No map location
Predicted Genes from contig_2549287

Gene ID	# CDS Predicted	Max CDS Length	Probes in Cluster	FPKM by Treatment	FPKM by Replicate	Top Rice Hit
MLOC_37881	1	2425 bp	None	Available	Available	None
MLOC_37879	2	1839 bp	MLOC_37879.1	Available	Available	None
MLOC_37880	1	301 bp	None	Not available	Available	None
CDS Structure of MLOC_37881

CDS Structure of MLOC_37879

CDS Structure of MLOC_37880

Contig Sequence (6999 bp)

>contig_2549287 6999 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CACGATCAACATAGTCACCCAGAAACCAGTAGTTCGCCTCCGGTGGGAACCCACCATACT
CGAATAATCGAAGAATATCAGAATAATGGCCATGGATGTCCCCTGTCAGTGAGTAAATAG
CATATGAGTTAAATGCCAAATGTGCTTTTAAATCATCATATTATTGTAATAGCATATCAG
TTAAATGCCAAATGTGCCACCAGTAAGTGGATACCCCTTCATTTCTTTCCCCTCAACCAA
TCAAATAGATTCTTTCCATCAATTTTTCTATTCTTGAAGCTGAAGCTAGATAGAAGTCAA
ACATTCTTTTGATAGTGCTATAGATTCTGTATGAAACTGCTTCAAAGTGAATTTGATGAA
GAGAAGCTGATTTTGATGAATTGAACCAGTCCCAAACAGGCCCTAAGTACCAGTGGGTTA
CTTTTTATACTGGTATGGAAAGCTGGGCGAGCTGATTAGGGCCAGGTTCAACGCGCGACT
CGGCGCGCCTCGGTGGGTCTTTATTTTCAAAAATTGTTCATAAATAATTTTCTCCGGAGT
TAATGAAAATGTTCTTCATTTTCTAAAAGAGGTTTTCCTTTTTATAAAATGTACGTAAGT
TCAATAAAGTTCATTTTTCTAATATTTGTTCATAAATTAAGAAAATGTTCGCATATTAAT
AATTTTTTTCAGAGTTCAAAAATTTGTTCACAGACCCACAATTCTGTTTTTTTCCAAAAT
TATTAACTAATTTGAAAGTTACCGTTTTAAAATTTCATCGCACACTCAAAAAATTGTTCA
TCTGTTAAAAACTTTTTCATGTTTGTAAAAAATTGTTCGAAATTTAATAAATGTTCCTGT
TTTCAATATTTTTTAAAAAAATTGTTCGAGTATAAAATATATTTACGTTTTAAAGAAAAG
TTCAGACGTTGTATTTCTTATGGTGATTTTCAAAAAATGATCGTATTTTTCAGAAATAAA
CATAAATTTATTAAAGATTAGCAAACTACTTCTAATTTTTTTAATGAAAACTATATAATA
GTTTTCAAACAAATAAAACTCCTCAAATAAATGATGCTAGCTTTCAACACATGATACTTA
ATTTTTATTATCCTATGAGCATTTGTTCACACAAACAATGAACAATGTTTGTTATACATG
TTAAATACGCGGCGGACATTCTTTGATGCACGATAAACCTTTTATTTAATATCTACCAAA
CTTTTCTAAACATGTGATGAACATTTCTTAATACTCGATGAATATTGTAATTAAAATTCT
CCATGTTTTTAAAAATATGTTCCGTGATATTTTAGAAGAATGTTCATGAAATATAAAATT
TATTCGTGCAGGTTTAGAGAAATGTTTAACTGATACCTGACAGGCGGGCTCATACGGTCA
GAAAGCCAGTCAATACACAGAAAGCCAGTCAATACACTGTCAATACGTATAAACCCCGGT
TTTAGTCCTTTTCGTATCGCCTCAGATATGGTACTGATTCGGAAAAATTATCAATGTTGG
TGCCAATCTGCTTTCAATGATCCAGTTCTGGTACCTCCGTGTAATTTACTCCCGTGATAC
CAATCTCCACAATACTTAACCCATCTAGTAATGCGTGTTTACTAAAAAGAATCTAGTAAT
GGGTGTTTGTCTAAAAAAAATCTAGCTATGCGTGAAGTGCTCCTGCAGTTGGATCGGACC
GAGTTGTTCCGTGACTTGTTTTTGCCTTTTTTTCCACTTATGGTTTTTTTAGGAAATATC
CATGTGCTTATCTTTAACTGTTCATAGTTTAATAAGTTATAAAGGGTGACCATTCCTAGC
CGATCTTTATATTTAAGTACTCATAATTGTTCTCTTGATTCATTAGACCTTATCACATAC
ATTTCAAAATGTTGCACACTATTTCATCAATCATTCGAATGATTCAAAATCAAATATACA
ACAAATCAACCATAACCATGCATATAGTTCATCTAATTGTGAAATTCAAATTAATACATG
CATAGAGTTCATGGAAAAGGCACCACATCAATCAAGTTTACACCAGAACATAGCATGTCT
TGTCGTGGATCGAGCCCTACCAAATGCACACTACATGAACTCAAGCACTATTGCCAACAA
AGAAATCATCGCCACCTCCAAGGCCACCACCATCACCTCCTTGTCCACCACAATCCCCAC
GCCCACCACCACCATCACCTCCTTGACCAGCACCATCCCCAGAACCACAACCAACATCCT
CCATCTGGTTCATGATCTCTACACGAGTGGACTCCCAATATCATTTTTTCTTGGCATCCA
TCATGGTTGGGTTCATGAACACGGTAGCACATTCTTTGGTCTTCTTCTCTCTCACAAGCC
TCTCCTCCTCGAGGGAAAGATGACACTCATCCGCCTTCACCTTCCTCTCTTCGATCACCA
ATTTAGAAGTCCATTTATCGTCCTCCAAGGAACTGAGCTCATTCCACCTTGCCGCCTTTT
CTTCTTTGTGTTCAGCCGCCAATGTTTTTCTTGGTCTCATTAATAGCTAAAATCTCTTCC
TTTTAAGCATTGAAACCTCCTCTCTTCTTCCTCTCTTTTTGCAATCTTGTTGCCATCCAG
ACTCTTGTTACAATTTTATCCTCCTCGACATCGGCTTCAAGGATATGTTAATCCTTGACC
TCGTAAGTGTGGCCTGAAAGTTCCTCCTAATCCACTTCTCATTGTTGCAAGTTCTTTGTG
GCAACCATGCAATGTGAAGCCGTTGCCACCGTGCTTCTTGTTGTGTTGCTTGTATAGCTC
TTGGATTATAGGCCCATACGTCATGATTTGCACCCCACTCGGTGATGAATGGTTGACTTT
ACCAATACAACGGGACCAAAAATCCATTTGTTCTAGGATGGTGCCCCAACGGTGACTTAG
AGAGTTTCGTGTGTGGATTGATGGGATGCCGACGATGTTGCTATAGTATTGTTCCATCCT
CCCCCAAAACTTGTCCTATGATTGATTTGGGCCATCGACGCATCAAGCGATACGTTCATC
CAAGGATGGCACAAAGCAACTTCTTGGGTACAGTTGTGTGTCCATGAACTCTTCATGCTT
CTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCCATGGAATAATTGACCTCCTCGGCCTCCTCCTC
TACTTAGAGATCATCCTCCTACTCCGTCACTTCTTGTTGAGCAAACATCGACTCTTCGTA
GTGTACATCATCATGGGCAAGCATGTGTGACTCCTCCAACTAAGACAAGAACTCAATCGC
ATTCAACTCCTCCACACTAGCTACAATCAACAACAACAACAACTAGCTCATCACCCTACG
GTTGCAAGAAATCACCAATGTATCAGCCGAAAAGAAAAGGCACAAAATTTTACACCACTC
CGATATTTCATCGACCACTTGGTGGCCGCGGTCTTTGATGATTACCGCGGTGGGCAGACA
CACCGGACGGGGTGGCCAAAGACATGGTACGAGCCGCCAGATGAGGATCAGAAGCCCGAT
TCGCCTTGTTCTTAGTCTGAGCCTCCTCATCGACGAGCGCCTTCATAGCCATTGTTGGTT
ACCTCGTTGTCTTGCCGCCGACTGGAGCAGGGGGAGGGCAACCTACCGTTATTGAGGACT
TTGTGGCCTTGCCAATGCCCTTGTTGTTGGCCTTGGTTGACCGTGCGGCGACCGAAAGTA
AGTTTTTTGTCCCCAACCTTTTCCTCGTGCCACTTATGCGGTGGTCGGCTAGGTAGCGGT
GGGGTCTTGTGGTTCCATGCCGGCCAGAATCAAAGGCGGCGAGAATGGATGATGATAAGT
GGCGACGACTCGGGCATGAGAGGGAGGTGGACGAAATTTTACTCTAGAAGGCGCCGATCG
AATATATTTCATAGAGTTGGACTGCTTTTAAAGGGCAGCTCTTATAATTTGACTCCGCCA
ATGATTTGAGCAATTGATTAGGTGTGGTTACCTCCTTAAAAGAAGAAGTTAAAGGTTTTT
AAGGGATCGGTAGAGATGCTCTAATACGAGAGCATTGTGCGTGTTGTTTTCCCACAAAAT
TTCATGACACATGTTGGTCCGCCTTATAAAAAGACCGCAATCTACTAAAACTATTTCGAG
TTTGAACCATTAATCTATTGAAACTATTTTGATTTTGAACCATTAATCTATTGAAATTAC
TTTGATTTTGAACCATTAATCTACTGAAACAATTAGTCAGCTTCAGGAACTTCTTTAAAG
GGGATGTGAACTTGCCTTTATGAAATAAATGAACGTGATTCATCTATATACACAAAAACG
TGTAATGCAGCAAAATATAAGTCGCTCATAAAAAACTAGCACATGCTGCAAAAAATGGCG
ACAACACACTCCATCCTTTAGAAAAAGAAAGTGAAAGAAGCTCCCCTAGTGTATTTTTAA
CACAGAACCTCCCCTAGTTTGTTGTGCACACTGTATTCTTTAGCAAAAAGTGAAATAAAG
CCTTCATGCTAACCAGATCAAGCAAACACGCCAACCAACCTATGGTTAGATGATCAAAGG
GACAATTATATCATCAACCTATCTGGATTTAAGTCATGGTGGTCGCATTATCTCTGAATT
TATTTTATAATTTCTAGCGATGCGTATTTAGTGAAAGCAAACGTTCCCGTTGACGACGAG
GTCCCTGGAGTGACTTCGTACATCTCAAGATAATGTGTCGGTTCAATCTCTCGTAGGTGT
TCATAGGAATAGGATGTGCGTCTAGGCTTTCATAGTGATGAGTGTATACATGTTCATATG
AAGGTTCGTGTCTTTACTATGTTAAAAAGAACAGATCAAACAAACAGAAAGTACATCACA
TCGCTCAAAGACGTTATTCAGACCAAAAGCAACCGGACGATCCATTTCGTCCACGCACAT
TCTTTTGGGTCATCGCGAACAGAAAACACGACCCAACGCACAGAGCCAAACGAACGCGCG
TGGATGAAATATGTCACACGGTTTGTCGTTTGTGACCCATTCTAGGCTTAAATTTGGGTC
GGATTTGCATCGACGTGGACACAGGACGGACGTCTGCATCGCCCGCCCTTCTCTTCCCCC
TGGCCTGCCAGTTGGTGCCACATACTCTATTATCCTCTTTCCCTTCCCCTCCAACGCTTC
CGGCCGCCCCGCCTCCCACTCCCGCCATCGACTTTCGCCGTCATCACCAGCGAACCACCC
GTAGACTCACCCTCCCAGCAGCCTCATCTCCTGCTGTAGCTGTCATCGCCGCCCAACTCT
GCTACATTGTCTCGGTGGGGCGCGAGGCTCCTTACCGGCTCCAAGACGCCCGCAAGTTGT
TTGACGCTTTACTCGCAAGGTACTAATGGACTCCGTCGATGAGTTTTTTTCTACAACGTT
CTTTGTTTTTCGAATGATTCTTCATCCGACAATGAGAAGATCGTGGTAGCTGCGTTAGTC
GTCCATGACCACCTTAGTATGGAGTGAACATAGTTTAGGGGCTTCATACCGGGGCACACA
CCGACACTTAGTCACAACCGGGAGATGTCCATTTCCTAATGCTACTTCGAGACACCAAAC
TTCAAACATCACATGTTTCGACGCTGTTTTTCGTATGGCTAGGCATGTATCCAACCGCAT
TCGGGAGGGGGTGGTCGCGTACGATAACTATTTAGAGTGCAAGAGGGACGCCGTTGGAAA
GATTTGCTTCTCCTCTTATCAGAAATGGAGTGCTGCCATTCAGATGCTTTCATACGGAGT
TCTCAATGATCTCATTGATGAGTATGTCCGAATGAATGACTCCACATGCCTTGAGTCCAT
GTATAGTTTTGCAAAGATGTCATAGCGGTGTTTGTGACAGACTACTTGAGAGAGCCAACT
GCTGCTGATACAACACGATTAATGCTAGCAGGGGGTTTCCGGGGATGCTTGATAGCATAG
ACTGTACGCGCTGGAAGTGGAAAAAATGCCCTTGTGCTTGGCAGGGCCAGTATAAGGGCC
ATGTCCGAGCTTGCACTATCATACTTGAGACCGTGGCTTCCGAACATCTCTGGATTTGGC
ACTCTTTCTTCGGCATGGCCGGATCTCACAATAATATCAATGTGGTCAAGCATTCTTTGG
TGTTTGCTAGGATGGCAGAAGGCAATTGACCGGAGGAGAATAATAAGATCAATGGCCACC
AATACACGAATGGATACTATCTAGCTAACGATATCTATCCACAGTGATCTACTCTTGTGA
AGACAATTTCCAACCCTGAAAGAGAGAATAGAAAAAGATTTTCCCAACAGCAAGAGAGTG
TTCGCAAAAATTTAGAGTGTGCTTTTGGCGTTCTTCAATCTTGATGGGGCATCGTTTAGT
ATCCCGCTAGAACTTAGAGCATCAAAATGTTGTGGGAGGTGATGGCAGCTTGTGTGGATG
TGCGACTAGAACGTCTGTGTGATCAAGGTTTTCAGTTTTAGGATGAAAATGTTGTGCATG
AGCATGTAGAAAGGACAACATTTGCACAGTTCGTCAAGTTTTATCATAAGATGCGTGGTT
AAAAAACTCACATGTAACTGCAAAATGATTTGGTTGACCATATATGGACTCATGCCGACA
ACCAATATATGTATCGGCAACCTCCCCTTTTAAATGTGTTTGAGACAATTTAATGTGGAT
TTCCTCTGTCTCAAAAAAAGTGTCGCAAGCAATATTTATATTTTTATTGATCTTTTAAAT
GTATTTAAGATAATTTAATGTGTATTTGTATTTTTATTTAAACATATGTAACAAAAAAAT
TAAAAAATAACCACAAATCTGTCGTCCAGATGAAAAATCAATTGACACGCTGTACGTACG
ATCAATCCAAACAAAAAATAAAGCAAATTTGTCAATCTAAATAAATAAAACACGGACAAA
ATGCGTCGCACGGTTGGAGTTTTAGTGGGCTTGGTTTCATCGGCCCTGTTTGACCCCGGT
GCTAGAGCTAGTTTGAGCTAGTTGGAGCTGAACTAACCCTCAAAGCATCCAAACACATGT
GCTAGTTTGGGTTAGATGGAAACTAACCCACCTAAAAAA