Map Locations of contig_2548485 (4712 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map locationNo map locationNo map location




Predicted Genes from contig_2548485

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_37477 3 519 bp MLOC_37477.1 Available Available LOC_Os11g38870.1, FRAME:+2, EVALUE:1e-46, 13111.m03823 protein helix-loop-helix DNA-binding domain containing protein, expressed
MLOC_37478 1 245 bp MLOC_37478.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_37477






CDS Structure of MLOC_37478






Contig Sequence (4712 bp)

>contig_2548485 4712 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CACCCACACCCACCCACACACACACCAGCGGATCAAGATCCACCCAAGCGGAGATAGGGC
AAGCAAGGACTGCTTCTTTAGATGTGAATTCATTACAGGTATGGTTCTCTTTGTCGGCTA
CCGATGGCTTGCTAGGGCTGGTTATGCTCACGGTTAAGGTGGTGCGTGTTATGGAGATGA
GAGCTGGTTATATTTGTGCTTGGTTTGAGATTCACTGGGGAGGTATGGGCCTGGCTTAAC
ACCAACAGCCCGAGATGATCTTTAATTTTTCCTTGTAGGGGCTATCTCATGATGCTCGTC
GTATAGCTTTTGTTGTTGGAATGATCAAGTTGATATGTTGAGTTTGTATACCGGTTTGTT
AGAGACCATAGAGTTAATAATTAATTGGATTTAATTGGTTTTATTATGGATTTTATCAGT
GGTTGATGGTTTGAAAATGTTTTTATAAGGTAAAAAATAAATTGTAACGAATATTTCTAG
GTCCCAATGTACCAATGCCAGATTGCTGCCAAGAAAGGGGTGGGTAGGTTATTGAAGTGA
TTGATAGGATCGTTTCTGTGAAGGTACTCATTGGCATAGAATTACACCACATAGCTTTAC
TTTAGTGACTTGATCTTTCCCCAAATAAAGAGTTGGTGTCATGCTGGTATTTGGCGCAGC
TCCTATTTACTGTCTCCTGTAAATTACTTATCTGGTAAGTTATTGGGATTTAGCTGATAC
CACATAGCTGATTTAATCTTGGACATAGAGTACATCATTCTGTTCATGATATCGGTAACG
GGTACCATCTCTGTCGGGTGTTGAATAGGGATTAATCGGCAAATCGGCCATTTAGCTGAA
TTTATCAGTAACCCATTTATCTGTTGATTAACTGGACAATATCTATATATATTCTAAGAC
ACTATTGGCCATATCGACATATCCTAAGGCTACATAGGCCATACTATAGGCTGTAGATTG
CTACCAAAATGAATGCTGCCTACATGTCAGTACACATACCAATCTGCAAGCATATAAAAT
AAAAAAATACATCTATTTGTTGTTGTATATATGTCCTGCACATCTTCAAGTATGAAATAT
ATGACCTGCTCATCTATATAAGAATGCATACAGATCTACATTGCAAATAAATATATGACC
TGCTTATATCTGTATAAGAATGCATACAGATCTGCATTGCAAATAAATATATGACCTGCA
CATCTATATAGATATAGAATAGCAACAGCAGCAGCAAGTCAGCAACACAGAGCTTCAGCA
GCAAGCTAGCAACACAGCATTGGTGGGAGGACCAGCAACATACATTGCTGTTGGACGCCA
TGGACAGTGCAGCGGTGGAAGCGAAGGCGGCCTTCAGCGGCTTCGGGAGGCAGCCGCAGA
ACTGCAGCAGAGACCATATCATCCAAGGGTGAGGGGAGCCGGCGGAGACAGTGCAGCGCT
GACGGCTGCTCGGGTGGCGGCGGCGAGCTTAAGCTGCTGAAGGTTGGTGCGCTCATTAGG
GGGACAAGGATCTGGTCAGGGCCGAGTCTGTGCTCTGCTTGCCGGGGACGAGGAACTGGC
CGGCAGCTGCTCGAATCGTGAGTGGGCGAGAAGAGGAGGATGAGCGGCAGCTCCAATTTC
CTCCAAGTCTAAGACGTGGGGCGGCTGGAGATGTGCACGGGCTGGAAATTTTGGGCTTTA
GTAGGCCAAACCGGCATCCCAGTTAACAGTTGTGCCCCGGTTACCCGACAGGCCGAGTAA
CTGTCTGAGCGGGAAACACAGCGAATAGGGAGTTCTCGAGCCGGGCACCCTCCGAGTACC
GATTCTGGCCGATTAACTTCAAAGTCCGCTGATATTTTTGGAACAGTTGTCTCCTGTGAA
AAGAACTCTGTAGTTTCATGCATGTGGTCTAAGCTCAGCTCCACTTGTGGTGATACTACA
AACTCTTGATTCGTCCCTGGTATCATTTCCTGTGAAAGCCTGAAATCTATAAATGGACTA
AATTTGGAATTCCTTGCAGTACGCGTTTTACGATGGAAGATATTACTTCTTGTTACTTGG
ATTATAGTTTTATCTCTTAGTGTGCTCCAGCAGTCATTTCTGTTATGCAGGAACCAGAAT
CTTGGAATGGTGGCTGATGCGGAGAGCTCAGATTCAATGGCTGGCAGCTCAAGGTCTGCT
GCCGAAAAGCACGTTGACAGGTTGGACTTCAGTTACTTATCTTCCTCGATCCATTTTCAT
TTGCTTATTGTTCAAAAAAATATTTGTTCAATTTTTTTATTTGCTTAGCTACAGGAGTGA
CCTAGCTTTATAGCAGTAATCCATTTTGCTTTGTTGCTTTGGCCAATTAGCCTAGGATGC
ACACGATCAAATTTCTGTTATACTAGATTTTTCTGTTTTCTAATTGATGAGATGGTGGGG
CAGACATAGGGAATGATCTTAAGCTACCACATGAATGAACCTGGAAGCACTTACCACTAT
ATTTTTTCGTTGTTCACTTGCCATCTTGGGTTGTTGTCAAAGAATAATTCTAAACTCCAC
CTACCGAGCATAATCTCCTCGTTATATCCATTTGACCCAACCAGCATCAATAACAATAGT
CTCAGCGAGCATCGTTCCTCATAATTTTTTTTATAAATAAGTATTCCACAGGTTTAAGTT
GTGACTTAAACTTGCCTTATTGTTACCAGTCCCCTAGTTCACCTCTTCATGTATTGTATT
CTTTTGCTAACCATAAATCTGCATGCTGAGTGGTTTTAATGTCAAATTTAGTTGTTTGCT
AACCCGGTAAAAGACGTAGGTGCGTATTACTACCTGATGGCCAAGGAGCTCACCTGCTTC
AATAAACTCTACTGTTTCACCTGATTATTTTCATAAAGTCATTTGCATCTGCATCCATGT
CGGTGCATCCAGTTACTCTGGATTCTGTTCTCTGAACTGACAGACTTTGCTTTCAAAGAA
AAAATGCCATCATTTAAAAAGCATGAACCGAGGCATCCAAGACGCTTTTCCTATACATGT
GAACATAAAATAGAAGAAGCCGCGCAGAATTGAAGATTATTTAGGACACAGGGTTCTGCA
GTTTGACCCCTGCTCTTTTATCTTGTGATCGGCCGTATGAATGCTGGGAGCAGTACTTAC
GATATAGACTTGCAGTTAGGCACAGCCATTTTCCATGACTTAAGTTGATCATATCTGTAA
AATTTGCACCTTCATATTATTCTAAACCTAGGCATGGTCCATTATTTAACTTCTTAATTT
CCTCTAATATTCCACCCCCTCCTTTGGTATACACTTTTCTCTTATTCTGATGATTTGTGT
GCTGCAGGTGTCTTGACAAAAGAGCCCAGGAAAAGGCTCCAAAGAAAAATCATAAAGCTG
AGCGAGAGAAACTTAAGCGTGATCAGTTGAATGACCTTTTTGTTGAGCTCAGCAGTATGC
TAGGTTAGTATGATGCATCATTAATCAATGACCATTTTTAGCTGATTTAATCTTCCCTTT
TGGAAAAAATACCAGTTAAATTATTGGACATAGATTACATCATTCTGTTTCCTCAACTTG
GACGCATATGCCTTTTTAATTACTTAAAGGCAACTGGGAACCAATACACTCTATCTCATT
ATTAGGTTATATGTTTGGTAGTGTTCATATGATGCCACGACTGGAAGAGCATATGTTGAT
TCCTGTATTCAATTGTCTGTTGTTTGTTCCTGTTGCATCTTGCTGTTTTTACTTTGGGTG
AAACTCATCTCATTATTCAGTACTCCCTCCGTTCACAAATATAAGATGTTTTGAATATTT
CAATATGGACTACATACAGACTGAAATGAGTGAACAAACACACTAAAATGCGTCTATATA
CATCTGAATCAGAAGAAAGTGAGACCATCTTATAATAATGAACGGAGGGAGTATTTTATA
TTTCTTGGCAATCCTTTCTAGGATTCTAAAAGTCTAAATGGGCCCCATTTTGTTAAAATT
GCTAAATATTCCCATGTGAAAGGCTGCTTCCTGCTTTCCTCCAAGCTAACTTTTGAGCGG
TCCACCATGTGTTGTCCGAAGAACAAAGTTCTGAAGGGGAAAGTTGTCATCAGCTTGTTC
TTTAGCCCATATAGAAGGTTGCTATTAGATATTATCTAAATACCTGAAATCATTATTTGC
ATTTTCCTTTTTATGGAATAAATCATGCCAAGATGGATAACTTTTTGTATGTAACTATCA
TTTGGCGTCAATCATGCTAGCATTATCCAGTAATAAGTATTGCCATGGGGCTGTACAGTT
CTGCATGCTTATTATTATTGCTTGTACAGGTCATTCTGCTCAATATTATTTTTCTGAAAA
ACATAGTTCTGCTATTACAGATCATGATCGACAAAATAGTGGAAAAGCTACAGTATTGGG
TGATGCTGCGCGAGTACTACGAGATTTAATTACTCAAGTTGAATCTCTTAGAAAGGAGCA
ATCTACCCTTCTAACTGAGTGCCAATATGTGAGTTTTGAAATATTAAGTGCTTATATACT
TGCCTTCCAGAAAAGGTGCATATACTTGTGCTCAAAATTTAAACATTTTGCATGTTCCGT
ACTCCCTCCGTTCCTAAATATANNNCTTTTAAGAGATTTCACTAGGGATCTACATACGGA
ACAAAATGAGTGAATCTACACTCTAAGGTATGTCTATATACATCCGTATGTAGTCCACTA
GTTGAACCTTCAGAAAGACTTATATTTAGGAA