Map Locations of contig_2548421 (10801 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_2548421

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_37451 1 1168 bp MLOC_37451.1 Available Available None
MLOC_37449 2 1739 bp AK250598.1 Available Available None
MLOC_37450 2 1600 bp MLOC_37450.1 Available Available LOC_Os01g67134.1, FRAME:+2, EVALUE:1e-163, 13101.m07281 protein ribosomal L18p/L5e family protein, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_37451






CDS Structure of MLOC_37449






CDS Structure of MLOC_37450






Contig Sequence (10801 bp)

>contig_2548421 10801 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCCCCCCTTCCTCCTCCCCTCCCCTCGCCCCGGCGCGATCGTCGCATCTTAGCTGCTACT
TTTTGGGTCGTTCCGGCGCGATCTGGTGATCTGATCTGCCCTGATAAAGGTAGATAGATC
GAGGGCACAGAGTTTGCCTGGTGCAGGGAGTCGTCTACGTAGGAGCATCTGTGATGTGGT
CGAGCTGCTAATTTTCTGTCGATTCGCGATCTGGTTTTGCTGGGGGTTGTAGTTCCCGTC
GCAGCTGATTTGCCCCGTCTAGTCAGGGAGTGCTCGTGTGGTTTGATGTGAGCTTGTGAA
TCGGTCATGATCGCGATCTTGGGGGATAGGTATTGCCTTCTGCCAAGGGCTGGCTATTGA
TAGGTGTAGGAAGGTATTCCTGAGCGTAAATTTGGCAGTATCTTGTGTTATAGGTGCAGG
AAAGTTTCCCATGTTAGTTTGGCTAGTTTCAGGTTAGTGAAGTTATTTGCATGTTTTTGC
AGGGCCAGTTATTTTGCATCTTCATGGGTAAGTACACCCTCTGTAAACAAATGACCTAAA
ACGTCTTGCATTTGTTTGCAGAGGGAGTAAGATTTAGCAGCCTAAAAAATGCTCATGTTT
GAGTACTCATTTGGTGATTCATCTCAGGATAATGCGAATTTTCTAGACGTCTTTTCTAGT
TATAAGGTGGCAACCGTTTTCTTAGTGTCATGGGAAGACATCTGATGCTTCTTCTTGTTT
CTCTGATGTCCCCATGAGTCATATATGAGTACCAACAATGTCCACATGACACCTCGTACG
CAACCATTCTACCACCCATTACAGTGACTGTGCCCAGTTGCTACTTCTTAGGAGTGCAGC
AATAGGGCAGCATTGTGGGACATGCAACATTCCCATACCGTGCAAGCCTTATCACATGGG
GTGGCTATACATTTCACTGGTCATGCTTGATGTCCCTGCTGATAATTGTGTGTGTGAGTG
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ACATCTATGCAGAACTTATGATTTGCTACAGCTCTGGAGCAGATTCCCTTACTAAGTGTG
GCCAGTTTGTTTGGACAATCGTCTACTCCCTCTGTTAACAAATATAAGAGTGTTTAGATC
ACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATATTTCTTTACGGAGGGAGTATTAGTTAAATGT
TGTGATTGATCCGGGTATTTTTATCTGCTGGACAGTTCTTAGATCTGTATGATGCCGGTT
TATTTATTATGCTTCTTGCTTATCTGTGATATATTGGGTAGTTGATCTGCTTGACAACTC
TAATCACTTTATTCTGCTACTTTGCTGTAGTGGAGTGATGCAAAATATGCTTTTTTGTCT
TGCTTATGTTGTGTAATATGATATTTCTTGCTCTGATGTAAATTTAACTGTTTGAACTGT
GAAAGAACTTATCAAACATAATGGGATTCTTCCTGGAAAGGATATATCTAGCGTGCGAAA
ATATATCATTGCTGTTTTTTATGTACTGTTTTTATTTCTTGTGCTAAATTTATTTGCTGA
TTTACCATGATCTGCAGAATGAATGGCTTATTTCGGGTGTATCTGTTGTTTAAATTTTAT
TTCAGTTCAAGGAGCTGGCACAAGCCTATGAGGTTTTGAGTGACCCTGAGAAGCGTGAGA
TCTATGATAAGTATGGCGAAGATGCTCTCAAGGAAGGAATGGGTGGAGGAGGAGGTGGTG
GAGTTGATCCATTTGACATATTCTCATCATTTTTCGGGCCCTCTTTTGGAGGTATTGTTT
GAAGGCAACATATTTTTCTTGTTTGACCGTCAAACTCTGTTATACAGTGCATGCCGTCTT
GATGTAATAAATTGCATATGTATATTTTGTGCACAGGTGGTGGTGGTGGCAGCAGCAGGG
GCAGAAGGCAAAGGAGGGGAGAGGATGTTGTCCATCCACTTAAAGCTTCTCTAGAAGATC
TTTACAATGGTACCTCAAAGAAGCTCTCTCTTTCCCGTAGTGTCCTCTGCTCCAAGTGCA
AGGGGTAAGTCTGGTTTGTTCCTTCACAGTAACCGGTTGATCATGTGTTTCCTGCAGTGC
TGTTCTTGAACATAGTTCCTTGTTTATTTCAGCAAGGGCTCCAAGTCTGGTGCTTCCATG
AGGTGCCCAGGTTGCCAGGGTTCAGGCATGAAGGTGACTATTCGTCAGCTGGGGCCTTCC
ATGATACAGCAGGTGCAGCATGCCTGCAATGATTGCAAGGGCACCGGGGAGAGTATTAAC
GACAAAGATCGCTGCCCAGGCTGCAAGGGTGAGAAGGTTCTTCAGGAGAAGAAAGTTTTG
GAGGTTCATGTTGAGAAGGGGATGCAACACAACCAGAAGATCACCTTCCCTGGGGAAGCT
GATGAGGCGGTATGCTTATTCAGTCTTTATGATAATTCTTTACTCTTTTCTATAGCTTTG
CTTTGATGTCCACAAAGTAACAGTGTGTTTTGTTTTCAGCCTGACACTGTTACTGGAGAC
ATTGTATTTGTCGTCCAGCAGAAGGAACACCCGAAGTTCAAGCGAAAGGGTGATGATCTC
TTCTATGAGCACACCATATCTCTCACTGAAGCTCTTTGTGGGTTCCAACTCGTTTTGACC
CATCTGGACAACAGGCAGCTGCTCATTAAATCAAACCCTGGTGAAGTTGTCAAGCCTGGT
AAGGCCTCATAGACCTCAGCGTCCAATCTGTACTTGTGCAAAAATGCACCTGTTGATAAC
CTTTGGTTTCAAAATTTGATCAGATTCATTCAAGGCAATCAGCGACGAGGGAATGCCGAT
GTACCAGAGGCCTTTCATGAAGGGCAAGCTCTACATCCATTTCACAGTGGAGTTCCCCGA
CTCTCTGGCACCGGATCAGTGCAAGGCTCTCGAGGCCGTTCTTCCACCAAAGCCTGCATC
CAAGCTGACTGACATGGAGCTTGACGAATGCGAGGAGACGACGATGCATGATGTCAACAT
GGAGGAGGAGATGCGTCGGAAAGCCCATGCTGCTGCTCAGGAGGCGTACGACGAGGACGA
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CATGATTGCTAGGTTTGGGCGGCAAGCTTTTTTGGGATCCAAGATGAAGATGCCTGCCCG
CTTCTGGGGTTTTGTTGGTGGTGTTATCGATGAAGGTGATTTTTGCCCCTATGGCGCCGG
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TTTGTCTACTTATTAGAACCGTCGGCAATTTTGCAAAGTATGTTTGTGGTTTTTAAACAT
AAACATGTGTTCTGGCTGTCATCATCGTACACATTGTTCATATCAATTTCCATTATTGTA
CTAGAATCTAAGCCCGAGTTCATTATTGGAATAACATACTAGGACATGGTAGCAGCAGTT
GAAAGGGAGGTTATTACTGCACACGTTGCAGAGCCGAGAGGTTTTGTGGTCGGCTTCACT
GGACGATGACGTACATCTTGACGCCGAGGGAGCAGTAGTTGCCGATGGTGCAGACGTAAT
ATTTCACGTCGGCGAAGTCGATGTGGAACACGGCGGGGCTGCTCTTCAAGGTGTCGGTGT
AGGGGTCCTCCGCCGAGCAGCGGTCGTACTCCCACCGCCCCACCTCCACCACGTCGTACA
TCCCCACGTCGAACATGAACACTGCACGCACCCACGCATTCTCGTCATCAGAGAACAAAC
ACGAACATCGTCTTTTTGATGCCTGGCTCACCGAGGTTGTCGCCGGAGACGATGGTACTG
TTGCCCGCCCAATTTCGGTAGTGGTCGCTGCTCGTGGGGATGGACCAGATCGAGCCCCCG
ACGACGTGGTCCGCCGCCGTCACGGCCCACCGCTGCGCCGGCACGGCGAGGAGGACGCAG
CCGGTCAGGAGCGCCGCGAGCAGGGACGCCATTGCCATTGGTGATCTGTCGGAGGGAGAC
AAAGAAATGAGCAACTGCTCTCTCGCTCTGCAACAGGATCCGTTATACGCTCTCCTGTCG
AAGGAAAAAGAAACGGAAAATAATATACGGGCCTTAGGTTAGAATGGAAACTGGCCGAAA
GAAGCCCAACGGCGGGCACCCTTCCCCAGCCCACTCGTACCGCAGCCCAGCAAGGAGCCA
GGCCCGCGCCCCCGCATATATAACCACCACCACGCTGCCTCGCATCCCCAGCCCTTCCGC
TTGCCCGCCCTCCCGCGCCGCCGCCGCCGCCTCCATCCGCAGGAGCCCCCTCCTCGCAGG
CGAGATGGTACGTCCGATCTCCTCCCCTTCCTCCATGGCCGCCGCTACGGTCCGCGCGCG
CGTCGCTGCCTGTGGCGTGTGGCTTTCGTTCAGTCGCCGGAGGAGTGGTCGCCTAGGTTT
TCGATTTATCTTCATAGCTTGTGACTCGGGGCTTAAGGGTTTAGCCCTTCCTAGTCAGAT
CTGCGGTGGATTTGCTCTGTTTCGCGGGGGGATCGTCCTAACAGCTCGTAGAGTCTGCTA
GATCTGGATTTCTGCTGCTTCATCAGATTTGTATTGCTCGCTTATCATGCTTTAGTGGTA
TTTCCCTGCTCTGTTTGTTATACGACTGATGCGAAAAGAGGTTCCCATTTCTGAGACCAG
ATGCATCATTGTTGTGGATTGACGAGAGATGACAGTAGTCTTAGGTATATTTAGGAAATA
ATTGAGTTTACTCCTAAGCGTGGGATGTTCCATGAGGTTCCTCGTTATTGAATAGAACTA
TCTAACACTCGATATCTATACTAGAAAATGTTTGTGTGTGCCACCTGATTGATTACTAGT
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GGAAGACCGACTACAGGGCAAGGCTGAGGCTCACGAACCAGGACAAGAACAAGTACAATA
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ATTTCTGTACTTGTCAATCATCTATATGCTGCTGCTTATGAGTACCATGGAGGCATGTTG
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ACCATTGCTGGTGATATCGTGATGGCTGCTGCCTACTCCCATGAGTTGCCTCGCTATGGT
CTTGACGTTGGACTCACCAACTATGCTGCAGGTTGATTTTGTCTTCTGATTGAAAGGCAA
ATGCTTGCTGTGATCTTGATGCAGTCCTCCTTATCTGATTTATTTTTCTGAATGCATCAT
GTAGCCTACTGCACTGGTCTGCTTTTGGCTCGTCGTGTGCTCAAGTCCCGTGATCTGGAT
GAGGAGTATGAAGGCAATGTTGAGGTATAATTTGGTTGCTACATTGTTTTAGTGTAATAT
GCTGAGTTGCTGATTCTGATGAACACACATTATCTATGTCTTATCAGGCCACTGGTGAGG
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ATGCAGTTTGTTCTCAACTTTAATTTGTATGAAGCGATACATCGTTTCCCATTCTGTAGC
ATGTCGAACTTATTTTGTTGCTGAATGCACTGGTATGTCTTTTGAGCTTTTGTGCCTCTG
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GGAACCCGAGAAGTACCAAACTCACTTCAGTGAGTACATCAAGAAGGGAATCTCAGCTGA
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CAAATCAACCAAGCCAGCTCCCAAGACTCACAAGAGGTATTGTCGGCAAACATTTCATAA
TATTTTATTGAGTACATGTATACTGGTGTCTACTTTTTTGTTTCAACCTTGTTGTTAGCT
GCGTTGTGAACTTTTGTCTGTTGGATGCAGGTACAACCCCAAGAAGCTCACCTACGAGGA
AAGGAAGGCCAGCCTCGTCGAGAGGCTCAACGCCCTCAACAACTCTGCTGGTGCCGCCGA
CGATGATGAGGATGACGAGTGAAGAGCGTTCGTGTCCATCTCCCCAGTGTAGTCTTGCAA
CGTGCGTTTTTGTTAAAGTCTGGCACTATGCACAACGGACCTGTTCCTTTCTGTCTTGGG
TATCTTGCCGGAGTTATAGATTGTTATCTGGATTATGTGCCGTGCTGGCATTTGGATCTT
AATCTTAATTCGTTTGTCTGGCACCCTTTCTTGTTTTTAAAGCGTATTATTTTCATCATT
ATTTTTTCATTACAGCGTATTCCTAACCTATATAGGAATTGATATTACTGTGGCTGCTAT
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ACAAGCAGGTGCCGAGCGGTTCCAATCCAACAAACTTGTCATAGGCATCGGTCAAAAGCC
TGCATCGCTCCCGTAGCAGATGTGGAATCCAGATTGGCATAAAAAAGGATATCGAAAGGT
GATGCCAGCGCTAGCTCGTCTTAGTTAGAAGTGAGGTGAAAGATTTCTTTGATTTCGCGA
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ACGAACAGCGCGTTGGCAACTATGAGGGGCAACCTCAACCGGCAGTACACTGCAGCCAAA
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TGAAGTTATGTTGACACATCAATGTGTAAAGAAAAAAATAATGATTACGCATCTAGATCT
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ACTGAACAATTGACTTGGTAACCATTCTAATCTTCAAAGTACAAGGCGATGCTATTTGAT
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ATTCTTTTGTTTGAAATCCTGATGTGTGCAGAACTAATTCAGCGGTGAGCTGGAGCGCGT
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ACAAGACTTGGGTGACGTCCTATGGACACACTGTGATGGGGAAATGATAAAGTCACGCGG
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GGAGTGATTCGAACCTTGGAAACATAACCTGGTACTTCCCTCGCCTCGAGGAACTGGGTA
ATAAGTTACAGTTTTCGTTTCCAATTTTATTGCTGATTGATTAGTCATTACTCACGTATG
TTATACTGATAGTTAAGGATTGCTGCAATTACATAACTAAGAAATTAGGTTTCAGAATAC
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ACCTTTTCTTATGAAGAAACTCTGATGTTTAAACTGGTTCTGGAACTAGAATTCTATAAA
ACAATGTACTTATATATGACTTATATGCATGAATGAGCCATATGTTCATTGTAAGATATT
GTCGGTTTCTTCCTTTCCTAACTAATGTGTATATGATATGCAAAAGTAAACTGTTATATA
TCTCGTCTGTTCATGTTTATCAGGACCCATCAAGTTGTCGTATCCAAATTCCGAGGATAG
ATTTAAATAAATCAGAATAATAACTCTGAAGGCTTGAACGATCCTTTTCACAAACAGATT
GAGATGACATTGCGTGCTTTATCTGATAGGTTCCTCTCTTTTTAATTATTATCAATGTGT
GTTGATTATATGAGGTGTTAGCTTTTCCTGGACCTCTCATCATTTCACCTATAGCTAATG
AAGTTTAGTGGGAAGCACCAATAAATAATATATTTTATAATTTTAGATAGTTGCTGAGGT
AGACATGCTGGTTCTCAGGTTAAAATATATGTTTGCCTGATCTTCGTATCGGTGGTATGA
CTATAACTGAACCATGTATTCTTTTATATATACATGAAAGGAAGTGTGTTCGTTGATGAT
GGTTATTGTTGTTGAATCCATATCCTGGTTCAGACTCATATTTTGTTATTCTTAGGTGGC
GGGCTTGTATGAAGTTGCAAATGACAACCCGCGGTCCCTGTGCATTGCCTTGGCTCGTCA
GACAATATTAGTCCAATATGGGTCTTACCATAGCAGTGCTACGAGGCCTATGTATTGCCT
CACCCTTTTCCACCACTTACACAATCATCTACTCCACAAGGTACAAAGAATAGGCTTCAG
TTTGTTGTTACTCACAACTCACATGCAGATGACCATCTTTCTTTTCAGCGAATACTTTAG
CTTTTAATTCTTTTTCATTATCCCTTGATAATTGGCATGAGCGCAGCCTCAAGGATGTAA
GATTATTTGTTCTTCCTTGTAGCTCGTGATGATACGCATGCTATTTGTACATGGATGCTA
ATACATGTCTCTCTTTATACATAAATATTCTCGCTCTACCCCATCATTGTAATGTAGGAG
TATGTGCAGATGAATAACATGTTTGTAGAGGGGGCGGGGAGAAAGATGTCACTTTGTTTT
ATTTTTTATTTTTCTTTGCAATGAGAGGTTGGTTATGAGACAAAACGTCTTTCAAGGACT
AAACTAGTTCGAGCGAAAATAAGTGTTAGTACATATTTCTTTTTCACTTAGTGGTAATGC
ACGGGCATTCGACTAGTTACTATAAAAGTTGTCTATAAACGTTAGCACCACCGCAAGAAC
GGCCAACACAACATGGGGGTATATCTCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGACTCATCTCC
A