Map Locations of contig_2548412 (6463 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_2548412

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_37443 3 1860 bp AK362770 Available Available None





CDS Structure of MLOC_37443






Contig Sequence (6463 bp)

>contig_2548412 6463 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
ACCGCGTCGTGCTCGTCAACCAGGTCTGCCCGCTGCCTGCCCATGCCATTGCAGATGCTT
TGCGCTGCGAGATTGCTAGGGATCCTCACCCGGTCCTGGCTCCCGAAGTAGAATAATGCT
TATTCAGTGCATCAGATTCGAAGGCCTGTCGTGCCAGCGTAGTCATTTATTAGCTTGGGG
GCTGAACAATGAGTGTACATGCACCTAATGATCTGCTGTTGTTTGGCGCCTCCAGAACCG
AACAATGAAGTCCCAATAAAGCTAGTCGCTCACAAATCTTAGCAAATTGCAATGGGGGGC
CGATTTCATTTCCGGGACGTGCCGGACTTTCACAACGGCTTTTAATTTTGCAGGACTCGT
TCTACCGTGGCTTAACTGCTGAGGAATCTGCAAGTGCTCAGGACTACAATTTCGATCATC
CTGGTATTTCACTTACCATGTTGATTGGAAGTCTGCTAGTACCTTTGTTAGTGATCAGAC
AACGAGTTTTCTGTTGTTTTGTGGAACGTGAAGCATATGCTTTTTTTGTTTACAGATGCA
TTTGATACGGAGCAACTTCTTGAATGCATGGGGCAGCTAAAACGTGCGTTGCCTGTAAAT
GTTCCTATATATGACTTCAAAAATCACCGAAGGTGCTCAGAAAGGTTCAGAAAGGTTGGT
GCTAATCAGTTATCCCTTATGAACTTGTTGACATGAAGAAGTCTCCCCTGTTTACAATGT
TGAGTCCAGCACATTTGACTTTTCAATAACTCTTTCCGAGAATTACTTCTCGATAATTTT
GGGTGAAGCCTTTTTTCTATCTGTGCAACTATATGACCGTCTGGTATATTGTATGGTAGA
GTGCAAGCCTATGCTTTCTATGGGAAATACTGAAAGGACAGATGATGTTATTTGCTTTCT
GTGTGAGACATTGGAAAATAATACCAGTTTGACTATGAAAAATTATTGCGTGATGCATAC
AACATTTTTGCAGCCTGACAATTTACAACCTTGCAAGGAATTCTGTTCCTTCTTATGATC
ATGTCATGGACATTTGTATGAATGGGCAAATTACTTCCAAAATTATGCACTATTTTGACT
TGTGAACTTATGCAGTCTGTATTCTTAATATTGAAGTAAACTGTATTAAGCTTGGATAAA
GAAGACAATTCCTTGAATTAGTACTACTGAATATCTTGATATATGTTTATTCTAGTCTGT
AAGTTTTAGAATGATTATATTTCAGTATTATGTTTGCTGGCTTCTATCAGTACCTGGAAG
CGTCAACCAAGATGGTTATTAGTTGAACTACTGGATAAGTAGGAAAACTGGTCTAATCAT
GAACCTTTTTGCCAACGAAATGACATGTCAAATTTAATTTTGCAAGGTCAATGCATCAGA
CGTCATTATTTTGGAGGGTATTTTAGTCTTCCATGATCAAAGGGTTCGCAATCTGATGGA
CATGAAAATTTTTGTGGACACAGGTCTGTGTTACTTGTACCATGTACTTATAAGCATTTG
ACTTGTTGTTCTATATAACTTTCGTGCTGGTAGCTGAAATTTTGTTCACTTCCTTGCATC
CATGGTGTATCCGAACAGATGCAGATATTAGGCTTGCCCGGCGAATAAGGCGTGATACAG
TTGAAAGAGGTAGAGACGTTAGCTCGGTGCTTGATCAGGTAGGTTAACTATTGTAGATTT
TCTGTTGTTGTTTTTGATTTTATCCTTGTGATCTCTAGAAGATTCTGTTTATTTGTTCTT
CCCATTTTCTTGTTATGTAAATGCCTGTGATGTAATGTGAAATTCTTTTGGCATCTCAGT
ATGGGAGGTTTGTGAAGCCAGCATTTGATGATTTTGTTCTGCCTTCAAAGAAATATGCTG
ATGTGATCATACCACGCGGAGGTGATAACCATGTTGCAATTGACCTGATCGTTCAACATA
TTCGTACAAAGCTTGGTATGCATGACTTGTGCAAAGTCTTCCGAAACGTCTTTGTAGTTC
AATCAACTTTCCAGGTAAAGTCAATCATCTTCATTGATTAAGCATCATACAGTTTTCCCT
TGTATTTTGAAGTTCTTTATGCCTTTATGATGATTTTTTCAGATCCGAGGAATGCATACT
CTGATTCGTGATAGGGATATCACTACACCTGATTTTGTCTTTTATTCAGATCGGTTAATA
CGTTTGGTACCTTTCTTGTTTTCATAGTCTTTATCTTCTTATCGACTTTATGCCGAGTTA
TCTGCAACGAGTTTTAAATTTATTTAACTGGTCTCTTGTTTGTATGAATGATGTCATGTT
AGGTAGTTGAGCATGGTCTGGGGCATTTGCCATTTACAGAAAAGCAGATTCTTACTCCAA
CAGGTAGTTTGCAAATGGCATCGCGTACCTTGTTTCAGTTAGTTTTCCACCTTTCAAGTA
TTGTCCCATCGATTATTTTTTTTTTGACTCTGGTTGACTTCCTAGAATAATTGTTGTTTG
ATCAACTAGAAGAGTTTAACCTATGAATTTGTATTGCTAAAATAGTTTACACTTCCACTT
GAACAATAATAGGAAGGAAAATACAATCGATGCAGTACTAATGTTTTGACTAAATGCAAT
CTTATTTCCCCCTGGAATTACTTTTTTTATTTATATCTTTGATATTACACAGTACTAGGT
ACAAACTGAAAATTGTTGATATGAGGAGTTTATCCCCACTAGATTTTTTTTTCATTTGTA
GCTTTGATATTTCACAGTATTAGATAGAAACTGAAGCTTGTTAATATGAAGAGTCTATTC
CCCTCAGAACTATTTTTTCTTTATAGCATTGATGTTATGCAGTACTAGGTGGAAACTGAA
GCACGTTGACGAGGAGCATTATATGCCAGTAAATTAATGCTCCTTGAAAGCAGCAATTTG
ATTTGTGCTGCGAACATTTGAATTTGAATGCTCTGATTTAATATACATGGAAAAATATTA
TCTTTTGGAAATCTGGAGCTCTCCCATTTTCATAGATTTGTTTGCTTTCAGTTGTTTTCT
GTAATGCTAGGTGCACACATGCTTCTATTTATTTATTTATGCGGTTCATTATGTGATGTT
GTACTTGTTTGTGTTCAGGATCTGTTTATACGGGAGTTGATTTCTGCAAGAAGCTCTGCG
GAGTGTCTATTGTCCGAAGGTAAACACTGGAAATAGTTATTATCAACCCAACACAATGGC
ACACACCATTGACAGAAGCTTCTTTTTTGAATGACGGGCATGCAGACCGAATTTAGTAAT
AACTATATTTGAACAGAAGCTCTTTATTTTATTAGAGATGGTTGTTAATACTGTAAAAGA
TAATTTATTATAAGTATACATTCTTTTCTGTCCTGACATTTAGGACTTTTTGTTTTCTCT
GTGCCATTGTCTTGCAAGTTGTAAGATAGTTTTATAGTTCCAGAGTCCGGGCTACAATTC
TGAACCCATGTCCCATTTAATCCTGAATCTTATTTCAACACCATGAACCGATGTCTATAA
ATACCAAATAGTTGCAGTTTGCTCTTTGCATACTAGCCATTTTACATATGTTTTTTTTCT
TGCCCATTCTGTTAATATATATTGAGACAACAACACTGTTATAAACAAATTCAGAATTGT
CACTGCAGTGGTGAAAGTATGGAGAATGCATTGCGTGCTTGCTGTAAAGGAATAAAAATT
GGTAAAATTTTGATACACCGTGTTGGAGATAATGGACAGCAAGTAAGCACTAAGATCTTG
TGATTAATGACTTGTTAATACATTTGTAAAATGTTTAAGTTTCTATGGTGCCAAATCTCA
GTAACTATAATACACTTTGTGCATCTAGCTCATATACCACAAACTGCCAATGGATATAGA
TGAACGCCATGTTCTGCTTTTGGATCCGGTGCTTGGCACAGGTCAGTTTTGCTTGCCTCT
ATTCCTGTTCATTTATTTGTTGGCGCTAAAGTTAAGTGATTTAGGCTGTGTTAGTAAAAG
TCCCTTGGCCCACCCTATAATTGTATTTCTTATTGAAAGCAATGCTTTGTATGATAATAT
ATACGAGTTTTTTTATTCGATGCAATTATACATATAGCATGCATTCATAGAAACGTATCT
GGTTGTTATGAGATATCCTGATATCAAATCTTGCCCAGTGATAATTTTTCCTTTACTAAT
GCATAAAATTAAAGATTTAATAACATTCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTT
AAAGGTTCCACTAGAAAACTACATACGGATGTANNNNNACATATTTTAAAGTATAGATTC
GTTTTTTTTTCCTTCCGTATGTAGTCCCCTAGTAAAATCCCTAAAAGACTTACATTTATG
AACGGAGGAAGTATATTGTTTGTTTAGCTGTGCCGAGTATGGATAAATAAGCGAATTTTC
CAGTTAATTGGCCAATACATCAGTTAATTGGCCGATAAACCAGTTAATTGGCTATTCAGT
GACCCACTGAGTAGCGAATAACTGACCGAAGCCGATTATACTGCACCAGTTATCACCTGA
TTTTTTCGTGACTGAAGTGTTCTACTTCTGCCTTTTTTTCCCAGGCAACTCAGCAAATCA
AGCTATAGATCTTCTTCGAAGGAAAGGCGTTGCCGAGGAGAGGATCATATTCCTCACTCT
CATTGCGGTAAACCTCTTAGCATACTGAATCTGTTTGCTCCTCATCTCTCTATTTTTTGG
TCGCTCCAGCCCGTTTTCGACTCCTTGTAGGCACCCGAAGGGATTCAATGTGTGTGTACG
CGATTTCCAAAGTTGAAACTTGTGACATCAGAGATAGATACCGGGTTGAGCGAGGAATTC
AGAGTCATCCCAGGTTTGGGAGAGTATGGTGATCGCTACTTCGGCACAGACAACTGATGA
CTCGTACTGCTATCGATGTCTGTGCGAAAGCCGACTTAATCTGAGAAGGATGGTGGTACA
ACCGGCGGTAGCACCAATTGGATTGAGAAGACATTCCGGGGAAACAGATGTTGAATCAGA
CGATACAACATGGATTTTTTTTTAGACTCCAGAGTTAGATATCCGTCCTTAGCCATTGCC
GGAGCTAGTAGTCTGGCCTTAGCCCTGAGTTGGGGGTAGTAGAAGTAATTGCAAGCTCGT
TTCGTTTGAATATCTCTGTTGCTGTGCTGCTTCAGCTGAGGCAACATGATTGAGCCTTAA
ATGTCCAGATGCGCATTACTAGCTGTTTCACTGCAATTGTGTAAAATTATATCAAACCTA
TTTGGAGAACTGTCCTTTAAGCAAGCCAAATATCTGAGGTTTTGTCAAACCTAAAAGTGG
CTCGAAGAAAAACCTTTCGCCATGTAACATCTGGCGGCGAGAGAATCCCGATTATCCATG
CCTGGGAGGTAGCCATTAAACTGGTGTTTTGGTTTCTCCTTACTGTCGTACGAGGACAAT
CTTGGTAGCAAGAAACATGCACACTCTGTATCAGGAAACAGGCTCTTGATCACATGGACT
ACCTTCATTCAGAAGAACAGGCCAGATATCTGTGGCACAAACAAAACACATAGCTATAAC
TCCCACACATCTCAACTGTACCGAAGGGTGATGACCCTGCATGGGGCATGTAGTCAGTAC
AACCTATAAAAAGACTTATATTTAAGAACGGGGGAAGTACTTGTTTGAGGATGTAATCAA
TCCATGTTCCTTTTATTAAAAACAGAAGAAATTAGCAAGGTTGAACAAAGCATATGCATT
TCGCAAAAAAACAAACAAAAAACATATGCATCACAAATTTTCCGCTCCAGGAACACATGA
TATAAGATAGTAAACAGACGTTGTTACATGCCTTCATGAAATTCTAGACGCCGAGCCTGT
CGGAGGAACGAAAATAGAAGAAACGTAGCAGTTGAATAAGAGACATGCATCAAGCCCCAA
ACACTGAGATCGAGGGTCACCCACAATCACATGGCAGGATCTTCATACACAAGTTGCGAA
AGTTGTAGGTCTGCACGAAAGATTGGTGTTGAGAGCGTCTCGAGACAAGGCTCGCGTGAC
CAACACGGCCCCTATCGTGGCAGTAATCTGCTGGGCATGAATATATATATTCGATCCTTT
TCGTCCAGCTGCAGGTAGACCTGGCCGGCCACCCCTCAACCCCATCCTTCCCTGGGTTCA
TGGAGTGTTGTGGGCCAGCCAGTACCTTGCTCGGCGAGGAAGAATGCCAACTTCTCCAAT
CACCCATCTACCAGCCTCACATACTTTGCAGGTTCAGCCGACAAGTCAAGGAGGATGGCT
CCATCCCTCGTTACCAGCAAGCAGCACAAGCATGTCGCCGTGCACCACCACTATATATAT
ACCCCGTAGAGCTTGGACGCGAATATTGCTTTTGGCTCCCGAGCTCATTGGAGGCCTTTA
AATTCAAACTTTAAATTCAGTGAAAATTTGTACTTTAATGTTTTAGAAAATTCTGAAAAA
AAATACATAGATAAATGAAGGTATAATACACAAGTGTGTAAAT