Map Locations of contig_2548117 (4827 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map locationNo map location




Predicted Genes from contig_2548117

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_37287 7 2594 bp MLOC_37287.1 Available Available LOC_Os03g05830.1, FRAME:+2, EVALUE:8e-97, 13103.m00634 protein transposon protein, putative, CACTA, En/Spm sub-class, expressed





CDS Structure of MLOC_37287






Contig Sequence (4827 bp)

>contig_2548117 4827 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TAGGTGTTCAGGATCACTTAGTGACACGTCGGAGATGAGGAGGAGGACCCACCGCCGCAG
TCAACCGGTCGCCGGAGTTGTTGCGCCGCTTACCTCGTCGTCGAACTGGATCCGCGGCGG
AGGAAAGCTCGAGAGGGGGGAATGGTGGCGGGAGTTTTGCCGCTGCGGTCACCCTCGATA
TATAGGGCGACCGAATCGGCGGGCGATGACTCGAATTCGTCCCACCGCTTTTTCGGAGAT
GCGCCATCGCTCCCGCCATCTGTCCCCTACGCAACGCGGCGCGACGTTCCCCCTCCTGCA
TTGCTCGACTCTGGCTTGTAAAAAACGACCGATTCAACCATTCCCAACGGACGTGAGAGA
TGCTTTGAGGTTCGTGTTATGCATACCAAACAATTAATGCACACTATCAAACAGTCCATT
TTAATTCATGCGGGCCTCACTCGGCCTAATGTAGGCAATCAATCGCATCCTAAGTTTCAC
AGTCCAACAAGGAGATTTCCCGTGCTCAATCGTAAGCAGAACCGACAGGACGCGGGCTGG
GGTCCACCAGTCAGCATCTTGCTAAAATTCGTTCATCCTTTCCTTCCCGATAGAAAAGAC
GAGGGCTGGGGTTTAGCCGCGGCGCCTCTTTTTCTCCCTCCACAAATCTAGGGTTTCCAC
CTCGTCATCGCCATGGACTTCGACGAGTACGAGTACCTCGAGAAGACGGTCGAGGCCTCC
GCCCCGGCCCCGGCCAACGGATCCGAGGGGAAGGAGCGCAGCTCCCGCCGCCGGAGCAGC
GCCGGCGACGGAGAGGACCGCGACGACGGCGAGCGCAGGTCCAAGCGCTCTCGCTCCGAG
CACCGCGACCGCGACCGCGACAGGGAGCGGGACCGCGACCGTGACCCTGAGAGCCGGGAG
CGCCACCGCAGCAGCCGGGAGCGCCGGGACCGCGACCGGGACCGGGACCGGGACGTGAGG
GAGAAGGAGAGGCTGAGCAGGGAGGGCGAGCGGGAGAGGAGGAGCCGCGACCATGACCGC
GAGCGGGAGAAGGAGAAGGAGAGGGAGCGGAGGAGCCGCAGCCGGTCGGAGCGTCGCCGC
GACGACGACGAGCGTGAGCGCGAGCGCTTCCGTGAGCGTGACTACCGTGACCGCGACGTC
AGGTGCCAATTCGTGACCCTGAACTTTCGTCGAAATTGATTGATTGTTTCTTACAAGAAC
CTCTGTGTTTGTGTGTTCCGGCTCATGCATATATGATATGTCGACCTTAGGATGTGGAAA
AAAGGATGTGTTTCCTTATTTGCACACTTATATAGCATCTAATTTCCACGTAGTACTTTT
CTCCTACCAGATTGCAGCCAGCGTTGAATTTTGCTAGTATTTTAAATTTCTTATGTTGTA
TACTTTGGTTTCTTCAAAGTGATATGCAATTAAACATTTAGTATCGGAACCTGCAGATTC
AATGTGCTAGTGCAGTCTCCAGTTGGTCTTGATATTGAGCCTGACCTTGGATCTAAGGTG
ATTTATTTTTTAGCTCCTTTATATGAAGCTGGCATAACATACAGGGATAATGATCTGGAA
ATCTATAGACGATGATATCACTTTGTGGTTTTGTGTGGTACTGTGGTACCGTGTTTCGGA
GAGCAATGATGGCATCTGTGATTACAGATTTCTTGCATCCAGAGCATGAAGCTGAACTAT
ATTTCTCCTGTTGCAGAATTCTGATGAAGGGGTATATTGGGATTTTTCACTGAAGCATTG
CCTCTTACTGTAAAGAGGACTCAATGTTTGTCCCCTTGCACAAACGAACCTTTTAATTTC
TGCTCCCTCCTTGCAGGAGATATTAAAATCAAGTTACCTAAACGATGCCTGTCTTACAAT
GCAGGGCTTGCCCTTTTCTTCCGACTCGATAGCATGTCAATTTGCTGGGTGTCTATTTTT
TTCCCTTTTGTGAAACTGACTGCAGTGGTGGGCATGCTAAAATTCGTCTGTTGTAGCACT
AAAAAGAACTGTTTATTCTCTTTATCTACCTGAAGCTTCTTACTCTGTTTATATTCTCTT
TATCTACCTGAAGCTTCTTACTCTGTTTACTTCCTTAATCTGGCATAATATTGACTTGTC
TGGGCACATATCTCACTGAAAAAATTATTGGATTGTCAGATATAGAGTTTGAGGACAACA
TAATTGGTACCTACAAAATTCAGAATTTAAGCTTTTCCTGTAAACATCCATTTTTATCTC
GTCAATGGTGCATTCAGTAATGAAGATTTTATTGCTTTCGTTAGGATCTAAGTCTTAACT
CACTAGTATATCTTGATTCCCATCCTTGTCCCTATGAGATTGTGCATTTCAAGCATGGTG
GTCATTCAATTGTTTGCCTGTCTTCACTATAAGGGCGTCGTCAATGCAATTTTCCCTCTT
TGAAATTGAGTGAGGAGGCATAACTAAGCAGTGTGACTATTCATTTATCAATGGGCGAAC
AATGCCAAATCCCTGTTTCCAAGTTCCAACACCTGTCACTTTTGCCATGGTCATGTAGCT
TCTCGATTCTTGACCTGTGCGCAATATGACTGTATTTGTATTGAGAGATGGGGAGAATAT
TAGTATATTATGTATAACTGTAATTTATTTGGGCTGATGATATAATCTAGGTTCGGATTC
TTATTGGGTGCTCCTGTTTTCCTATGTATCTATGCTTACAAATTCTTCTTCTGTTTGCAG
ACGTAGGAAAGAAGACGGTGCTGAACCTGAAGCAGATCCAGAAAGAGATCAAAGAACTGT
ATTTGCCTACCAGGTTGTGTTCATTTAACAAGTTAATATCCGGCCGTTTGGTATATGAAA
TGTCGAGAACTTCTGTGTTGAAGCTAATGTTTATAAGTATAATGACAGCTATCCTTGAAA
GCGGATGAAAGAGACGTTTACGAGTTCTTCTCGAGGGCTGGGAAGGCAAGCCTCTGCTTT
TACATCCTTTTTTTCTTCTTCTAGTAATCAGTTTGTGTATCTTGTTTTGCTCCTTAGGAT
AATGGAACATGTGTGCTATGTGCACTATACATACTTTCAGTTTGCTAAACTTTCTCTTAA
ATAAGGCATATAATTAACCGGTTCTGTTAAAGAGGAATATTATTTTCTAATTAAATCAAT
CCAACTAATTGATGAATGCTTTCGGATTGTTCTTTCACCTCGACCTTAGTAACTAGTGAT
AAAATATCTTCTGTTGCTCTTCATTTATTGCTTAAATATCTTCTGTTGCTATTCATTCAT
TGCCTTTTAGTGCATTATTGATCTTTTTTTAATCTTTGCCTTGTTATTTTTTCTAGGTCC
GGGATGTCCGCTTAATAATGGATCGGAACTCACGACGTTCAAAAGGAGTTGGGTGAGTAT
TTAACATGTAATTTGAGACGGAGGGAGTATCATATATTTGCTGTCCATTGTCTTGCAGTT
CTTTTGTTATCATTGCACCCTTGCTATTCCCTATTTTTATTTTTACTGTGGTGATGGACA
GAAGATAGAACACATATACATGTTTTGACTGTATGCAGTGTTAAACATACAACACACATT
GCTATTTCTGTGCATTTTCAATTGATTCGTGTGAACAGCTATTGTTGTTGGGACAACGTC
TAAATTTGCAGCGTATTTTGGAACACACAATATTTGGCTCTAGAAATAAAGATGGCCTTG
TTTGCAGCTGATATTCTAATTTTGTGATGTTCTTGCATGGTCAGGTACATTGAATTTTAT
GACGTCATGTCGGTTCCAATGGCGATTACTCTTAATAATCAGCTGCTTCTTGGTCAACCA
GTGGCGGTTAAGCCATCGGAGGCTGAGAAGAATCTAGTTCAGTCTAATGCTTCTTCAAGT
GTAGCAGCTTCAGGGGGGGCAAGGAAGTTGTATGTTGGAAATCTTCACGCCAATATTACA
GAGGAGCAATTGAGACTGGTAAATAATCAAGCATATAGTTGATATGTACAGATCTATGAC
AACTGGTTCCACGTTAAAACAAAGCTATTATTTCTAAAGTTTATATAATTTAGAACACCT
TAACTATCAGTGTTGTTGATTTTGTTTTATAGGACCATCAATGTTGCTGTTGCTTATATA
TCCTTGGTATGTGGTCTGCATGTAATTATTTAAGGGTTCTCTTTTCCAGGTCTTCGAACC
ATTTGGACTGGTTGAGCTTGTCCAGCTGCCTGTAGACCCACTTACTGGATTATGTAAAGG
TTTTGGTTTTGTGCAGGCATGTATTTTGTCATGAAGTTCATGTCTCTTTCTGTGTAATCA
TCAGTTTCTCACTCTGTTCCATCTCATCACTTAGTTTGCACGTCTGGAAGATGCAAAAGC
TGCTCAGAGTTTAAATGGTCAACTTGACATTGCTGGAAAAGTAATCAAGGTGAGCATTTT
CTTACGGGTTACCTGCCTCCCACTCGGTTGTTTTGACTGCTTATTAAATATATGGGTTAC
ACCGCATGACAATATGCCAATCAAATATCATGACCAGGTTTCAGCTGTGACGGACCATGT
GGGAGCGCAAGCCAGTGGGGCAGCGCCAGGCGATTTGGATGATGACGAAGGTGGAGGCTT
GGTAGGTGTTATCTCTGGCAGACATTCTAGCTTACTGGGAATTTTCGTGCATATATATGT
TTTCCTGTTCTTTAAGTTGAGTTACTTGGGAGTTGGGACATGATGTATTGTATTCCTTGA
AAAAGCTTTACATTTCTTGGTATTCACGTACTTTATCATTGGGTACGTTTAGTATCCATG
CAGTACTTAACCACACGTGCATACTCTTTAGCATAAATTTTGTTTTATTCAACCGTGAGA
GACTTGGGGTAGCACCGATTGAAGAGA