Map Locations of contig_2547576 (12114 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_2547576

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_36970 4 2947 bp MLOC_36970.2 Available Available LOC_Os03g58600.1, FRAME:+2, EVALUE:0.0, 13103.m06435 protein PAZ domain containing protein, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_36970






Contig Sequence (12114 bp)

>contig_2547576 12114 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CTTCGCCCCGCTGCTCAGTCCGCGGCAAGGGGTGGATCTCAACCGGATTCCCAGGCGCCT
CCGCCTGCGCCACCGGCAGCCGCGCCGGTGTCGAGCAAGTCGATGGCCCCACCGGCTCGT
CCGGGTTTCGGCACGGTTGGGCGGAAGATGATGGTGCGAGCGAACCACTTCCTCGCCAGC
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CTCGTCATTCCGGTTTGGAAAGATCTCGTATCTTCTGCTTGGTTTTGTTAACATAGATGA
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TTTTATGTTTTTACTGCTGATTGACTTTGTTTAACGTGATCACCATATATATATGGCTCT
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GGGTTCGTGTTGAAACCACTCACCAAGAGGGCAAAAGGAGCGCCTACAAGATAACTGGGA
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TCTGGATGATGGCAACCAAATGACTGTTGTGCAATACTTTAGGGACCGATACAAGTATGG
ATTGAGGTTCATTTCTTGGCCTTGTCTGCAGTCCGGAAATGATTCTCGCCCTATATATTT
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GAGAAGAGCATACTTAAGGTATTTGTCCAGACAATAGGTTGCAACACAACCAAAATATTA
TGAATTGAAATTATTTGAAAGTGCTTACATCATTTTTTCCATGTGATCATGTTCGTTATA
TTTGCCTCATGAGCATATTTTTAATGAATATTATGTGACTTATCTATGTATTGTATAGAT
GGTGAAACAAAACAACTATTCAGCTGATAAGCTGGCACAGGAGTTTGGAGTTGAAGTTAT
GGATAAAATGGTCAATGTGCAGGCTCGCGTGCTACCTCCCCCCATGGTGGCTATTCTATT
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GATGTAAGCTTTCTGTTCGTATTTCAGAAAATGATTAATGGAGGGAATGTTCAGAGCTGG
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TCCATACCATCATTCATGCCACACTCAATTTATTTTCAATCTTTAGGTTTTCAATCCTAG
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TCACCAGAGGACCCCTAACCTCCAGTTGCTTATTGTGATTCTCCCGGATGTTACTGGCCA
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TTATGGCATGCACATTTCCTTTTTGTACCTAGGTTATGTGATGCACATCTAATAGTGTTG
CCACATATCTCTTTCTATTACCTTGTCTCATGGTACCCATATATTTGTGCAACTCTGCAG
GGAAAGTTAAGAAGGTGTGTGAGACTGACCTTGGTATAGTATCTCAATGTCTCAAGCCGG
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TATATATTGTGATTTCTTAATTAGGTCGGAGGGAGAAATACAGCTCTTCAGCAAGCTCTT
GCATGTCGAATACCGTTAGTCAGTGAGAAGCCGACAATCTTTTTTGGTGCTGATGTAACA
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CTGACAGCAATTGTTCACTTGATAATTTTGGTTTATAGTGTGTGTGAATTTAAATGAGCT
TCCATGTATTATCTGGATATCATTGTGTTGATGCAGTTGGCATGATTTGTGATCTGCCTG
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GGCACCCCTGTACACGGTGGAATGATGAGGTAAGCCTTTTGTGTTCATTCAGAGTAGTGG
ATGGCGCGGTGGGTTTTAAAACCGAACCATTTTCTGCAGGGAGTTATTAGTGTCATTCTA
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CGAGTATGATGTTATCAATCATCGTCAGCAGCGTCTTTGTTGAATCGCTTTTGTTTTCTA
TGTAGGGACGGTGTGAGCGAAGGGCAGTTCGCCCAAGTTCTGATGTATGAAATGGATGCC
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ATATTTTGTTGTACTAAAAGTGTTCCTTTTTTTTCTGGCCAAAGGCTTGTGCATCTTTGC
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TCTTCCCTGAGGTGCACGGAAAAGAGACTGACAAAAGTGGAAACATCCTTCCTGGTAAGT
GTGTCTCACACACACGTGTGCAGTAACCGTGGTAACCGTGATGTCTCACATACACGTCAC
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ATGTTTGCAGGAACCGTGGTTGACACCAACATATGCCATCCCACCGAGTTTGATTTCTAC
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TTGGGTGGTACATTTGCTGGGAATTTGTGATGTGGTTGGAACATGAATGTACTTTGGTTT
ATGTTGTTGGTAAACATGGGAGATGTGATGCTGTCGTGGTTTTGCATCTGTTAGATTTTC
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CATCCTATTAATTGTCATACGAAATTAGTGCGGTAGTGGAATGGGCTAGTAGTGAATGCA
GATATAAAAATGTCAAAACTAGATAAAGACCTCGCCCACTAAGCCACCTTGGAAATATCT
TAGGCTGGCTACATTCTGCATGTGTCTTCACTGGTGCGTTCGAACTGTTCGATGGGTTGC
TGCTTGGAGCATCTAGAGCCGAACTTGTCAAATCTGACCCTTATACGTCTGGCGCGTCCG
GTTATGTCCTTCGATAGCGTCGGATAGTCTATCATTTGGCTTGCTAGGATTCTCAAGGAT
GTTGTTGTTTTGTTGTCCGCATTTGTGCTTCAGAGGTGAGCATATTTAAATCACAATTGT
TTGGTTGTGTGCACCTATATGTTATGCTCCTCTCTTCTAAATATGACGGTCATCACTTCA
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TCCCGAATCCATGCGCGTGGATCATAGAGAACAAATTCATCATAACTCAAAGGTCCAACA
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CTCGAGAAAGTTGCAACCTCTTCAATCTTCATCTCTCCAAATGTTTGGGCCTTCTCGAGC
TCCCATTTGATCACCGCCTCCTTACTCTCCTACTCAATCTTCTCCCTCTCAAATTGTAGT
TTCTTGCTCACCCTTTCCCAGTCCCAATCCATCCTCTCCTTTTGCGCATTGAACATGAGC
TTGTACATCTCCTCTTTCTTGTTATCCCTTAAACAAGAATGGCCATCCATGTGGTGGATA
TTTTTGTCGCCACGGCGTCATGGGAAGCCCCCCTTCTCCCACTTGTTTCCCATCACTCGT
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TTCACAAGTTGTGTGCACTTTGGTTTGCCATTCAGTAGCACCCATCAATTTCTAAAACCA
AATGACTTCCACTCCATTTCTTAACAGATAATGGCTACCACCACCATCTACCAAACAATG
TATGTATAACAATGAGAATACAACAAACAAAACAAGCAATCGAAATGATGACAAAAGTCA
AATAAATAAATTATATGTGTTGACACTCCTATACTACTTTGAGGGCGACCAAGCACTTGT
GCATAGTCGTTGACGTACTTCTTCATTTCCCCTTGAATGATCCCCATCAATGTTAGAGAG
ATGTCACATTGCGGGTGGTCACGATAGGATGCGTCTACATGTAGTGTGTGTGGTCATGAT
AGTGCTTGTGGATCTTCTTCTAATACATATTACCCCTTTTCTCTGTGCCACACATGGGGT
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GCCTCTTGCATTGGGCACTTTTGCATTTTTCTTGTTGGGGTTGGGGTTTGATGTTCCGCC
AACTTCAAATGTTGGACAATTTGGATCGCCCAACTCATGTCCATCGGTTCGGTTCTTGAT
TATCACTAATCATGTCCCACATTATATTCTCCTAAAACGATTATGATTTAGAATAAATTA
TGTTTTACGCAAATAATTGCAATGACATATGCAAAGCAATGATCATAATTGAGGGGGAAA
AAGGTACTGAGTCATGTTGTGTCATTTCGTGGAACGTGACATGGGCAAACTGGGTGCCGC
CCATGCCCATGCTTATTTGCGTACATTGGATCTACGGTGAGTGAAAGACGTCATCCTCCA
TCCTCTACGTTGGTGGATGATACGTGTCCGTCGTATCTATAATTTTNNNTTGTTCCATGC
CAATATTATACAGCTTACACATATTTTTTGGCAACATTTTATATGATTTATTGGACTAAC
ATCCAGTGCCAATTCTTGTTTGTTGCATGTTTTTTGTTTCGTGGAATATCCATATCAAAT
GAAGTCCAAACGCGATACAAATTTACGGAAAATTATTTTGAAACATACGTGATTTTTGGG
AGGTCGAATCAACGCAAACGGAGGCCCACTGCCTCCACTAGTTACCAGGATACGACCCAT
ACCCCCTCGCGCAGGGTGGTGCCTAGGGGCAACCCTGTAAGTCGGTTGGGGCTCTTCTTC
GGGCGCAAGAAAGCTAATTTATGGATAAAACCGCCTCAAAACTTCAGCTCGATTAGAGTT
ATGGATCTTTGGGAATTTAAGAAACGGTGAAGGGCCAGAAAAGAGGAACATGAAACAGAA
GAGAACGAAGAGGGAGATCCAATCTCGGAGGGGATCCCGCCACTCCGCCGCCATGGACCA
GAGGGGAAACTCTCCTCCCATCTAGGCAGGAGGCCAAGGAGGAAGAAGAAGGGGGGCTCT
CTCCNNNNNTCTCCCGGTGGTGCCGGAGTGCCGCCAGGGCAAGGAGCGTGATGTTGATCT
TGCCGCCGTCAACGCCAACTCTCTCCTCCTTTATGCATGCGTGTAACACCTCTTTTACCG
CTCCAAGTCTCTACTTAAACATGGTGCTCAACAATACATACTACTCCCTCCGTC