Map Locations of contig_2547062 (11547 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_2547062

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_36622 1 312 bp AK251055.1 Not available Available None
MLOC_36623 3 2013 bp MLOC_36623.1 Available Available LOC_Os02g01230.2, FRAME:-3, EVALUE:0.0, 13102.m12347 protein ribosomal protein, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_36622






CDS Structure of MLOC_36623






Contig Sequence (11547 bp)

>contig_2547062 11547 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCCCCCCCCCCCCCCCCTCACTTTGGCTTCGCACTAGCAAGCCCACGCACACATGTGCAT
CACACATGGCGTACTCTTGCATTGCCCGGAGCGTCACTGGCATGCACGCTCACTCTCTGC
GGTTTAAACTTGCCGAAGAGCCACTGACCGGCAGATTACTATGGCGGTGGAAGGTTACAC
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CCAGTGCATTTAACTCATGTATCTATGCTAGAATGCTAGTTGTCCTCACTTACACCACTG
TATGCTTTCACTGCCTTAAAATTGAATAACCTGAGTGAAACTATATTTGTATCGTTGTAC
ATGATCTTCAAGTGAGATCAGGATTAAGATGAAGGCATAGATTTATTTAGCAAAAGCAAT
CTTGTATTGTTGATTCCAGTGAACACTCATTTTTCCATCGTTATACTATATCTGAACTAA
AGCAGCATTTCCTAGTATTAACGTTGATATCTCTGAATTCTGAAGATGGCATATTCTTGC
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TATTGATACTGTCATGTAATCTAAGATTTCAATAAATCATTCGTGTAGATGGTTTAATAG
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ACACTCTGTTAAATCACGTTCTGTATTTTTGTTGAAGTCACTGAGAAGATATAAATGCAC
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TAAAATATGTTGACCTATTGTTTCGATTGTCATGTCCAGTGCTTTTGTTGTAGCCTCCAA
AAACATGTGTCCAGTGAAAATTATAAATTATTTATCATTGTTGGATATGCACACTCTTAG
CTTGTCTAGATAACTTTTTGGGTTATATACATACTACATGGTCGAAATTTCTGCATCCTT
TGCCCAGAGAAATTATTTACTTTAGACCTTGATATCACTTTTAGAAAAGAGAGAGAAAGA
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CTTCTTTTCCCTCCTCTTTCATTCCATCATAATGGGACGTTATGAATGGAAGTACTGAGC
ATTTGGTTACTAGTGGATCTTTACATGATGATTGTACACACTAATCTTATGCGGAACAAC
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TGGGCATACTACTCTGTCTGTCACATGTATCTTTCCTTCTCTTATTAAGTTAACCAAATC
ATTTTCCTTTGTAAGCAGTTAGTTGAAATAAATGTCTGAAAACTGCCCTTAAGTTTTCTC
TTGTTTAACTAACGCTTATTGGTATTTAGCTTTAAATAATATCTTATTTCAGGGGCATAT
TAATTGTAAAGCTGCGTTGTGGGCAAGAGCTGCGTCTTCGAGCAATTGCTAGGAAGGGAA
TTGGAAAGGACCATGCCAAATGGTCTCCAGCTGCTACTGTGACCTTCATGTATGAGCCTG
ATATATGTATTAATGAAGAACTCATGGAGATACTTACACTTGAGGAAAAACAAAGCTGGG
TGGAGAGCAGCCCTACAAAAGTATTTGACATTGATCCTGTCACCCAACAGGTCAGCTTGT
TCTCTGCTAGTGCTTCTCCATCACTTGTTTCAATAACACCAACAACGAATCCCTAGTTTT
AGGAATTTTTCATATGGTATGCTAAACTATTGCTAGATTCATTGTGTGTTTGTGTGTGTG
TGCGCGCGCGCAAGGGCCTGTGGGCGAACTATTCCTAGTTTCATCAGTCATCTTACAGTA
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AGATGAGCCATCAATATTTGCTGTTGCTGCATCTATCACTACAGTGTTGTAGGCACTTCA
TTGTAAAACAGAACCTGCTATCGTAAGTGGTGCATGTATTTCCATTCATTGCTTGTGTAC
ATGTATCTGCTATCTATTTTTCTGGCTGTTGGAAATAAATAATTGTCAAATACCTGACTT
TGTCTTTTGGTCTGGTTGCCAACTTGACATATCAGTACACATAGCACTGATACTTCATAG
TAGAGATTTTATCATAGTTTTAAATAGCCCGCTATAGGCTCGCTATAGCCTTTTAAGCAG
GATGCCGCTAAATGGTATCATGTATAAATATGCCGCTATAGCCCGTTATAGCTCCGTTGT
AGCTGATTTGAAGGCTCGCCGCTATTTGCCGTAGCCCGCTATTTAAAACATGTGACTGTA
CAACTGTGTTTAGTGTTACCAAATTTACGTTTCCATTCCTGATGATACCGCAAATTACGC
TGTTTTGTTTACTGAACTCTTGGGTAGGCACTTCTCATGAGTCAAGGAGAACAAACCCCT
AAATAAGTGTCTGTTCAGACTCAATTGATTCTCCAAAGTGCGAGAGCAAAAAATTACGGC
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AACTCTCAGAGCTACTAGCTAAAGTTAACATTTCATGAATGCCTTCTTCTAGCATGTCCT
TGTTGGGGTGAACTATCCCATCACCATCCAAATCACGTGCCCTGTTTGCAGCCACTAAGT
GAAGGTGGATCTACTAGCATCATGTAAGGCCTCCTTTGGCTCACAGGATTCTAAAAACGC
AGGAACAGAAGAAATACAGGAATTGAATATGAATGGGTGTGTATATTCAGCCTGAATGCA
GCTATCATTTCTAACGAATTGTTTTTTATGGATTATTTAAAATCAATCCACACCTTGGGA
GTGGATTTATACTTAGTCACCTCCTGAATTGGCCTTTTAAGAGTTCATTCCACCTGACCT
CCTCATTCCCTTACTGGGTCTTGTTTTTCTCTAAACGATGTCATGCTTTGGGCAAAATCA
AATGTCTCAGGACTTGCGGTACATGTCTTTTATTTAAGCATATCTTGAGGAACTTCTGTC
ACTTTGTGCCTTGTAAACATTTAGTTATATTCTCTTCGATCACCTTATGTAGCTAGCCTA
GCTCATTCTAAAAGAATGATCAAAACAGTAAATGTCATCGTCTGTCAGACTTGAGTTGTT
TTTGTACATGAAACAGTAAATGATACCAAATGCCTATCGGTTTAAGATGGGTTTGTAATT
TCTTTTCATATCTGCTAGTGTAAATTACGCGATGGAGCTGTTTGTTTCCAAATAATATGC
TAGAATGATATTTGCATGCTTACTAGTTGTGTGCCATTTGTCTTATTTATTGCATATAAC
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AGAGGCATACACGTATGACGATGAGGTGATCAAGAAAGCAGAGGCCATGGGGAAGCCAGG
ACTGGTGGAGATCAACGCCAAGGAGGACAGCTTTGTGTTCACCGTGGAAACGACCGGCGC
CATCACAGACTACGAGCTGATCATGAATGCTATCACCATCCTGAGGCAGAAGCTGGACGC
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GTGTGTGACTAGCGTGTTTGTGGCAAGAGGTAATGGATCATGCCTCCTTTGATATCCAGT
ACCAAAACTCTATTGTGATCATCTTTGTATCCTTCTGTTTATGCACTGAAGCTTAGCTGC
ACTGTGAAAAAAGAGAAGCAACGAGCCAACGACTACTTGGGATGCCCTTTGCTTCTCAAG
TTTATATACACATTATATGGGATTTCTTTCTTAAATTAGTTATGAAAACGCTCCAAAAAA
TTAGAACTTTTTTTTGGAAATAACTTGACTTTATTTTGCACTAGTATATAAATTTGCATG
AAGAAAAAAAACCATGACTACAGGGTGAAAACAAAATTTATTGCCATATACCAGTTACTA
TTCACACCTATTTGACCTTAAAAAAATTCCTGAAGTCAACGGGGTTTTTCCTTCGTAAAT
TCTCTTATATACAAGTACAATAGAAGGTCAACTTTATTTCAATAATATTTTCAGAACTTT
TTGTACTTGCTAAAAAAATGCACATAGACTGTATATATACTCAGGAACTAAACGTATGTA
TCCTGTCTACTTGTATACTAGTGGAACACACGTGCTACGCAGTGTAGGATCTTGGTTAAA
CTGCAAAAATGGTATGTGAGCCTGGTTGGTTTACTGCCAATAATTGGTTATTAGCTAGCC
AACATTTGGCAATGGCAACTTTTAAAAGGTTTTATTTTCGCTGGGGTATGTTGAAGGCCA
ACCAATTGCTAGCCGATTTTTTGGCGTGCCAATAGGTTGGTATGCCAATTTGGGAGCAAA
CTAACCAGATTTAGAAATCCACGGTTAAGAAGTTTTCAATGTGGGCCGGTGACAAGACCA
AGCCAGGATAGCAGTGTGTGATATATATATCCATCAGTCAACTCCAGCAAAATTGATTAC
TTCTCCACAAACTTGAGAATATATGAATGATGGAATCAGCAAACCAAAGGGGAGCAAAGC
AGAAGAACAAGAGAGAAAGGGTTTTTATTCTTTCTACCAATTTAGGATCCATCTAACATC
TAACCTCCCAAGCAACCAGGCAGGCCGCCTCGACAGAATCGCAGAATATCTGCTGACAAA
ACCAAAAAAAAAATATAAAAAAATTGCGACCAGACGTGGCCTTCATTCTATTTGCCAAGT
ACATATCATCACCTCCTATCTGGTTACAGTATGCATTGATCGATTTGAAATATTACAGTA
CCCGGTTAACAGGGGAACGGTCGCAGGACAAACAAATACTAGTTGGAATTACGGATGCAA
ACAGAGGTCTCACGGACGGATCTGCCACCGGCTCCTCTTTTCGGTCTTCCCTTGCCACTC
CAGCAGGGCCGACGCGATCTCCACAAACACAAACAGATGACTACCTCCCTACAACAAGTA
CGACTCCACAACAGTCCGTCCAAACTTCTGCTCCACATCCTTGGGCGTTTCAATCTGCAA
AACAAACAAAATACAGATAGCATATCGCTGAGGAAAGCGGGAGAGGACACACAAGCACTG
TAAGTAAATATCCTGAGTAATAGTGCACGTACAGCATTTAGTGCTATGAAGAGAGCCTTG
ATAACGTTGAGCGGGCTCCTCGATCCAATAATCTGCAAGACAATAATAAATACATAAGAT
TACCACTTTGCAAATTCAGAGTGATAAGTGGTCTTGTCTAGTGACAAGGAGTACAGAGGA
AGCACACCTTTGACTTGACGTTGCTAAACCCGGCTAGATACATCACAGTTTCGACAGTCC
TGCCAGCGGCACACATCCCACTCCTCATTGGTCCAGGCCAGAGGTAGATCTTAAGATGCA
ACACAGGGATATATCACATCCAGAAAAGATGCTATACAGCAGCTGATCAAGAAGAGTGAT
TTGATGCTCAGATGTGTGTATCTTACCTTTGTTTTCTCGTATTTGGCCTGAATCGCATGA
GCAATTGTGTGTTCCTCATACCGCTCCATGTAATGTAGGTTCTGGAAGCATTTCTCATAG
GCCTGGAAAGTGGAAACAGAACAAGACACTTCATGTAAGAGCTGAACTTTTTAGTTGACG
TATCCATACCCAACTGAAGCTTAGAAAGGTAATAACTCAGTATTTACTATTTTGCATATC
TGCATACTAAAATAAGCATAATCCAGATGAACATACTAAGCAACTAACAATTCAGTATGA
CTATATTTTGAAGGAACTCCACTATACATAATATCCTATGGGCCATACTGGACCAACAAC
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TGACAATTCAGTATGACTAGATTTACAGGAATCTCACTAAATCCACTATAACACTAAGCT
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TTTGACCAGGTCAACAATTTCTCAAGGAGATGGAAATGGGTCACTGATCTATCTATGTAA
TACATTATGCTCCCTAAGTTTAGAGGTCTCTTAATCAATTGAGGTCTTCAATTTAAAATG
CGTCCATTCCATTTTGATCAGGTCAACAATTTCTTAATGAGCCCTCTCATTCAGTTTTTT
ATTTAGCTACACTCTTTAATTTTGAAACTCTCCCATTTGATTGAGGTACTCAATTTTGGA
TTTAGTTCATATTTAGACCGGATCACGGTTTTTACAAATTAATTGACAACATCCGGCATA
TAAAAAGCATATCAACTCCATGTGCCCTCTCAGCACCTTGGGAAAAAAACAGACATGTGA
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ACAGCTCAGTCACCATCCCGTGAGACTCGCATGTACATACCACATAAACCCCAAAAGGGA
AAAGAAAATGAGCTGATAGTGGAATGGATGATTCACTAACAAGTAGTAATTCTGCACTAC
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GACCTTTAGCTTTTGCAAAACCTACAACACCATGGTAGTTTCCAGTTGCCAACAACGCTG
TGTATTTTGCTATTTGGCCTCCCTGAGAAGAGAAATGCAGAATTAATCATAGGGATATTC
TATAATTAGTATTTATGAACATCCAGAAAAAGAACATTCACCTTTGTAACTTTGCATGTC
CGATTAACGTCAATGACCTTCACATCAAAACCCTGTCAAAGGCATAACGGCCAAATGTGT
TAGTAGAAGCAACAATGCAGTAGGCACAGTGGAGTTACAAATGTAAAATTAAGAACAACA
ATGAAGGGCACGCCCAGCCATAAGGTGGTTGCTGTAACAATTCAATGAACTCCAGTGATA
AACCATCACTTACTTTTCTGTACATAGGCCTCCTCTTTTTGTCCGTCAGGGAGTTCCTCT
CCTCCACCAGATCCTTTATTTCCTCTTCCAAAACCCTACCCTTCTTACCAAACGTATGAT
CCAGATCCGCCAACTTCTCCTCGATCTTCTTCTCAATAGCATTTAGTTTCTCGATGAGCA
TATCATCCTTCTCCTTGACTTCATTGAACTCCTCCTCATCGTCATCGAGGCTCTCCCCCT
GGATCATCTGCTTCTCCTTGTCGAAGCCAGCGTTGTCAATCACATCGTCCGGAGAGTCGA
CCTGCTGGTGCTGGATAACCCCGAAGTTTGCGGGGTTGCTGGGGTCATACGCCTCCTTGC
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TGGCATCCTTGAGGCGGTTCATCATGTCCCCGATGACCCTGTACTCCAGTGGCAGGCTCA
GATGGCGCTGCTCGAACTTGTCAATCTTCGTCATGAACTTGTGAGCATCATCAAGGGTCT
CTGTTCGGCAACATCAACATCAACGCAGAAGGAGTTTCATTCAGGAACATGGCAGCATTC
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GATCTTGCGCCTGTGGTCAAGCAGAGCAAAACATAGATGGGCATGACACATGGGGGCGAA
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CGGCGAAGGAGCGGAGGAGCTCGGACTGGCGCTGGCACTTGCGCTCGAACTCGTCGACGC
GGCGTTGGATGGAGTCGTCGGAGAAGCGCTCGTCGTCCTCGTCGGACTCGGAGTCGGTGG
GCTCCATGAAGGACTCGTCGGGGAGTCTGGCCTCCTTGGCGTTCCGCCGCTCCAGCTTCT
CGATCAGCGGCTTCACGCCCAGGAAGTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTGC
CGCCGCCGGCCCCGGCTTTGCGCCGATCCTCGCGGTCCTTCTGCCGCTCCCGCTCCAGCT
GGGCCAGCAGGTCGTGGATGACCCTCTCGTTCGCCATCGGATCCTCGCCCCCTCCCTCGC
CGGCGCCGGCACCGGGGGAGGCAGAGGAGAAGGCGAGGTGGCGGCGCTGGGGCGCGATCC
GCGGGCCTGCTAGGTGGGGCAGCGAGCTGGATGCGGATGCGGCGGCGACGTGGTGGTGGG
AGATCAGGCGAGCCCACGCGGCGGTGGCGGCGCGCGACCTCGCGGCGAGGGTGGCGGCGG
CCATGGCCATGGGTTCTTCCGTTCCGTTCGCTCCGCGAAGGGAGAGGAAGATGAGGGTTT
TGGAGCGGCCTTGCATGGGCCCTTGATGGGCCTCCAGAGGAAAGGAGCTTGGAGGCGAGG
CACCGCAGCGGGCCGCTCAGGTAAGTGTAACTACCGCTCAAAAAACAAATGCTGCTTGTC
TAAAAAAAAACAATTGCTGCACTTTAATGATGTATAAATACAGTGTAACTTTTTTTTTTT
CAAAACCACTCTGTGTACAGATACTTCACGTGGCCGACTACTACACAACGCCGAATCAGA
GTGGTCTTCTGCAATTTCAATTTTACTAGTAAATATGTTCGGCCGTTGCAACATATAAAA
AAAAATACCTCTCATAGACAAACACTCGACATTGGTAAATCTCTTGAAATCTTTCTTCAT
GATGGAACATAACAAGGAAAATTGTAAATCGTGTTGTGCAAAAACATAAAGGTAGAATGA
TTTTTGAAGTGTACTCAAGGTGTTTTTAATTCATTATACAATATAAATATCTACCTAGTT
GCCCGTATATGCTTACGCCTTTGTTATCGTCCTCCTCGGTGATGCCCAACAAATATTGCA
TTATAATGAAAATATCAACTGTATTTCAGTATTCAGTGATAAACATGTGCATGCGAGCAT
TGTTTTTGTCAAATTGATACGTGTGTTTGGAACTGTAATCCAAGTCAAGACTTGATTTGG
TTGCAAAATATTAGACAACTCCATCGAAAACAATCAATCTGTAAGGACATGCATACCAAA
TGTTCACCGTTGCATATCAGCATCGATATTCTTAAAAAACAAATTATTGGCACAATTTCA
AGCAATATGGAAATTAACATTAAGCCACTTGTTTATATAAAGCTTGTATCAATAGTTTCA
TGTACATCATCATATATAGGATTATTATTGTGCATGGTGTGAAATAGATATGATGATTAT
GTACTTATTGTAACCTTTAGCACATAATCTTGTAGGAATCAACATTCCCTATGATGTCAA
TAATAGCTTTTGTGAGAGAATCAAACTAACCTATTTACTTCATTTAAATGGGTAGGAAAC
ATATATAACAAACATTTCCAAAAAACCAAATAAAGAAGGTATTGAACCATTAATTAAGAT
GGCACCCTAAACATGATTTTTTAAATGATTAACATGTAAAATAATTTCATATTGGGAATC
TACACATTTTTCAGGGTATTTACATATATAATATGTTAGATTTGAAGTTAGGGTTTGAAA
GATATGAATATTTTAAAAAACATTGAAATATGCAATAAGAAAAAAAAGAAAAAGGTTAAA
CTAAGAGTAGCTAGGTCAAAAAGTGCAGCCCATTAGGCCGCGTTTGCAATCGGTGTACTT
GAATACACATGTATTCTTCTTGTAAGTGTAATTTACAAAGGAAGAACTATTTCCAGCCGG
AAATCAAAACGATGGGCGGCGGTCTGTAAGTTTTACGCATGTATTTGGAATGGAAACGCT
AATCCAAACATGGTCTTAGAGCGAGCAGCTATATCCCACATCCATAGAAAATTTCTGAGA
GAAAACGGGAAAAAGAAGAGAGATGGAAATGAAGGGCGCATGTGATCAAATCCAGACCCC
CTGGATGGAAGAGTGAGACTCTAACCAGCGGGGTGCCCATGGAGTTGGGATATATTTGGG
GATCGCTACATCCTAACCAATGATAACGGCCGATGTGAAAAAATAAATTATTATCCTACT
TACCATTGGCAAGGGTAATTATGGGCAAGTTCAAGGCAAGCTATGGCGGACGCGCAAAAG
TTATGGTGTCTTTATTAGTAGATACTAGTACAAATGCCCGTGCGTTGCACCGGGCTAGAA
AAAAATGCAAAACCTACTTGCTTTGCCATTATACGATATTAATTTTAATAAATGTCAATT
ATAATGTTAAATGTAAGACATCTATTTTTGGACGGAAGGAGTTTCTTTTAAAGTTTTAAA
ATATAATGTAATGCTTACATAAAAATT