morexGenes - Barley RNA-seq Database

Contig contig_2547061
Source Contig contig_2547061
Contig Data
|Contig Location|
|Microarray Probes|
|Predicted Genes|
|CDS Structure|
|DNA Sequence|
morexGenes
Links
Map Locations of contig_2547061 (7596 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013	Oregon Wolfe POPSEQ 2013	Morex Genome Release 2012
No map location
Predicted Genes from contig_2547061

Gene ID	# CDS Predicted	Max CDS Length	Probes in Cluster	FPKM by Treatment	FPKM by Replicate	Top Rice Hit
MLOC_36620	3	1312 bp	MLOC_36620.3	Available	Available	LOC_Os01g07960.3, FRAME:+2, EVALUE:7e-138, 13101.m00823 protein acyl-protein thioesterase, putative, expressed
MLOC_36621	2	1200 bp	MLOC_36621.2	Available	Available	LOC_Os01g34620.9, FRAME:-1, EVALUE:6e-78, 13101.m15035 protein OsGrx_S15.1 - glutaredoxin subgroup II, expressed
CDS Structure of MLOC_36620

CDS Structure of MLOC_36621

Contig Sequence (7596 bp)

>contig_2547061 7596 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCCGCACTCACTCCCATAAGAGAAAAGACGCTCCCCTTTCCGCCGCCCAAATCCCTCCTT
TCTCTTCCCCATCCCTCCCTCGTACGCACGCACGCACGCACGCACTCGCGCTTCGCTTTT
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GTTATGATCGGTTCATTTACCTGGTGCATGCTTAAAATGATGTCAGATCCCCCAACAAAC
TCTCCGTTGATAAATATTTGCGGAAAGGTAGGCCAATTACTGCACAAACAGACAGTAGCT
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GCTTTGACACTCTCCTTGAGCTTCATATTAGTCAGAATATCTCTACTAGTGATAGAGACG
CCTGCAATAGACAAGATATGATATGGGGATTTCAGAGGCACAATTGACTAACAGCTGGTA
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CTGGGAGCTTGAGGATGACCCTTCATGTAAATGATGACTGGATTCTCCTTGATATCCTGG
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GAAGCTCATGTGTGCATATAAATACCTGAGCAACGATGTCTTGCAAAGACATGTCAGAAT
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GGAAAGCTGGTCGTGACACAGCCTGCTTTTCCAGTTATGATGCAAAATAAGGTCATTATA
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CAAATAAAACACATTTACAGGAGACTATCTGGTAGGGAACTATAGCATCCATAACATTCA
TTCAGACCTAATAACGGCCAGCTTATAGCACAAATTGTCATGGCAAATGCTGAAATGATC
TCAACTCTACACATAAGGATCTTTGATAAAATAAACGGGCCAACCAGATTCTCATCTCTA
GACATGATATTCATGAAAAAAAAAAGTGGAAACCAGGGGTCATCATGATAGCTCTAATCA
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GGGAGTATCACTTAGAGAGATGGCACAAATGAATATAATATTAAATTTATGTAACTGTAG
ACGAGTGAACTGAATAGCCTGCCAGGTCCCAATGAACCTGACAGCAATTTGGGGATTTTG
GGATTCGATCTGAGCGCGGATCAGTTGGGCAACAAAATGGGGAAAATTTCTGAACTATGA
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AACGAGGGCGGATCTAGATGCTGCGCCGGGCGCGCGCTCGGTGCACCCAGAAATCGTGGA
GATCGGTAGGGTTTAACTAGCCCGTGGATGAACAAGAGCTCATACCTTAAAACCGAGTGG
AGAGAGATTGCGTGCGGAGTGGAGACAGCAGGGGCGCTGTGGGCGGCGACGCTCGTGGGA
TGCGGAGGGATAGGGGGTGGCGGTGGCGGCGACGGCGGCGGCACTGCCTTCTAGGACGGT
ACGACTCCAATCTACTACGATGTGCTGTTCGGTGAGTATACCGCACGAACGTGCGGTGCA
AGCCCTTAGAGCATGGTTAAAAATATACCAACTGCCGGCTATAAACAGTCTTATAGCCCA
TCTTAATAGTCAGCTTGTGCAATAGTTAGCTATAAAAAAGTACTACTTTTATCATATATG
GTCCACGTTTCATCCTCATAAAGCACCTAGGAGCACGTGCTAGAGCTCGCTCTTCACGAA
GAGTCCGCTTCCCTTCTCTCTCCTCCAACTCAGCAA