| Morex x Barke POPSEQ 2013 | Oregon Wolfe POPSEQ 2013 | Morex Genome Release 2012 |
|---|
 |
 |
 |
Predicted Genes from contig_190344
| Gene ID | # CDS Predicted | Max CDS Length | Probes in Cluster | FPKM by Treatment | FPKM by Replicate | Top Rice Hit |
|---|
| MLOC_28251 |
2 |
1087 bp |
None |
Available |
Available |
LOC_Os08g02000.1, FRAME:+1, EVALUE:3e-14, 13108.m00133 protein retrotransposon protein, putative, unclassified, expressed |
CDS Structure of MLOC_28251
Contig Sequence (3688 bp)
>contig_190344 3688 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TAGAGTAGCTTATGAGTTTTTAATAATCTGGTCATCTAGTTTTTATAATCTATAGTATAA
ACTGTCCTGTTTGGAAACATAATAGCTTATAAAAACCAGATTATATAAACTGGATGAATC
CAAACAGGGCCTTAATTGATGATTTGAAGGTGACCATCTTGTAATCTTAACTATTGTTGT
TGGAACAGTCTTATGGAATGTTCATAGGTGAACCGTCCACCCAATTAGCTACAATGCGTC
CGACAGCCAATACCATGATAGCATCGGAGCCAGGGGAGCATGTGGGAACATCAAATGGCA
TTTACCCTTTTGAGATGACGTTTTTACAATTGATGTATGCTCATCTATAGATCTACATTT
ATAAAGTCTAACCAGATGCTGGGTATGTTGCTTCAAATGTGGGTCTTGGATTTACCAAAT
TACACATTGGCCATGCAGAAAACCCTACAACACCTCGAGGAACACCGAGTGGTGCTAAAG
ATATTGCCTCCAATGCAAGCATTAAACAAGTTAAATATCAACAGAGACAAAGCCGTGATA
AGGCAAGGAGAAATAGCCTAACACCCGAGCAAAGAGCAGAAATAAATGCACGTCGAAGAG
CATCTAGACAAAATAAGACTATAGAAGATAGGAATGCAAGCAAAAGGGCTGCGAGTGAAA
ATCTGACAACAAAGAAGAGGCAAGAGATGAATGCCTGTAGAAGGGAAGCAAGTAAAAATA
TATCAGCTGAGCAGAGGCAAGAGATGAACGCCCGTCGAAGAGCACGCACGCAGAGCATAC
CACCAGATGAGAGGAAGGCATTGCGGGCTCAACGAAAGGCATACCTTGCAGCTAAGCGAA
AGACCACATGCGCTGAATGCATCGCAATGCCTTGCCCAGATGCATATCTCTAATGAATCA
CCATGTTCTATTACTGAAGTTTGCATGTGTCCAATCTATATTTGTCAGTCAATTGTTAAT
CATGCTTTGCGTAATTCAGTTGTAGATTGCTATTCTACCAGTTCTCTATGAAGGTGATTA
TTAAATTAAAGTTACACACTTACTTGCAGTTAAAGTTATATGAACATTGATGAATTAATA
CCTAGGCACATGCATTTAATTACTCGTTAGAAAAACAACTCAGGCGTGACACACGCCACA
AGGGACAAACGGGAGCAAGCGAATGAACCAAACCGAAAAGTCTGAAGAAAACCTTGACTT
CATAGAGTCGGTCCGAATCGAAGTTCTCAATCCCTGGAATTGGCACCGTACCTGTCAATC
CTGGTCAATCCCGTCTTTAGACCAGTTTGTCACACCGGGAAACAGGTCAATCACTAACGG
GGTGCTCACGTGTCATCTACATCTTCTTCCTCACTCTCCCTATTGCACGCCCGTGCAAAC
CCAAGAATATGCTAACGACATTGCTAATTTGTCGCGGATAATAACTATGTTACTTTGTAG
TGTGGTTGCCTCTCCATGGGCATGGTGGAGGAAGAGATTAACATATGCTTTATGTTGTGA
ATATTCATGCTCTATAGGTATGTGCTCTTCAAGTGGGAGAAGATGTGTGATAAGTTGACC
CATTTAGTTAGCGAGAGAAGTTATGGTCCCACTACACTAGCAAAGTGGCTCGTGTAAATG
CGTGGACGACATCTTTAGTGGCTTAAAATTGTATAACATTTTCTCTTAAAATATTTATGT
TGAGAATTTTATCTTTGTGGAATTATTTTAATTGTATAAATATAATGTTACTGCTAAATA
TCATTGGATTTGTAATGAAAATTGCGATCTTATATAAAACTCGTAATTGTCAATTAACTA
CAACATACAAAAGGTAACTCTCACAAATTTCAAAACCAGAATAAAATGCATTCACACTTG
CTCACATGGGTGTTTTTTTTAAACAAAATCATTTTACATGGTATTTTTGTAATATGGATT
ATAATTTTCCTTATATGGATTAGGTGGGACAAACTATTTCCTTTTACAGCTTAGGGATAA
AAAAATCCATTTTTAGACTGTTACTCGGGAGCGCTAGGGAGCAGTCCACCGCTCCCTAGA
CGCATCCATATTGAAATAGCTTTGTGTTTCAAATTGTTTTGTGGGCTTCAGTTTCCAATT
TGAGCAGGCGCCTCCTCTTCTTAAGAAAAGAACTTACGTTCCTCCGCCTTCTGTTGGCGC
TGTCGATGATCCGTTTAGTCTCTGGTGGCCCTAGGGCTATGGAGTTTTGCCTGACCCTTG
CTACCTTGCCACCAGGAGGGTATCATGCTTCTTTTTAGTGTTTTCGTAAGTTTGTTTATG
TTTTGTCTCCTATTCAGGAAGACAAGATGGTGACGACTTTTTAAAGATAAAATAAGGTTA
TCTATGTTTGGGCTCCGTTTCAATGACGTATTTATCATCGGAGGGCGTGTGAAGGTGTCT
CTTCATCGGATCTCGTGGGATTCGATCAATGCTGGTCTTCGATGGATCCGTTTGGATCCG
GTCTTTGCTCATCTTATAATTTTTTAATTTTATTTTATTTTTGGTGATTAAAGAGTTTTA
AATTTGAGGAACATATAATGTTGTTTACAGCCGAGAGATGTGTACAACGCCAAGCGCCCA
CGTATTTTGTTAATCTGATGAAAATGTAAGAATTCTTAAGCGTGTACGTATTACAATAGA
TTCGGATTTCTTGATGGACTTGGTCATGTATTTCAGGACAAGGACATCGATCTTCTCGTA
ACATTGTCCGTCTCGACGTGGTCCTTTTCAGGTTCCTGTAAAGATCGTATTTCCTTTCCC
TATACCTATATTTATACTGCCAACACAGCTTTTATCGCTAGCTGCGGTTTATAGATCGAA
GGAAACAAATCGAACAGCCGTCGGCGCTGCGGCGCAACAGATCGACTATTGGAGCGATGG
CGTCAACTCGGTAGGCTTTCCATGAGTGGGCCGACCTCCCGCCGGACCTCCTTGGATCGC
TCATCAGCCGCCTCCCCCTCCCCGACGAGCACGCCCGCTTCAGTGATGTGTGCCGTTTGT
TGCACTCGGCTGTGCGCGAGCACGCGAGGCCAGACCTGCCCTGGATCATCCACGCGGACG
GTACTTTTGTGAACTACGGCCTCGGTTTTCACCAACGTGTACCTTTCCCCGACGATACAG
GGTTTGTAGGCGTTAGCGGTAGTTGGCTGGCGCTCTACCACACCGGCCGCAATGGCCGGC
GTAGCTACCTTTTGCATAACCCTTTCACCAAGGCTAGCTTGCTGCTCCCCGGGCTGGACT
CTTTCATTGGGAAAATGGTTTCCAGCCTCTTCAAGGTCCGAAAGGTGCTTATGCGGTCTG
ACCAAGACAATCTGGTCGTCGTGACGACCAACAATACCAATTGCCCGGTCATCTTGTACC
GTCCCGGAAAGCCTGGTGCATGGTTTCCCCAACGGGGAGAGATGCCCTATGGATCTATAT
TTGACGTCGTGTTTCACGGCAACCATCTCTATGGGATCACTGTCCAACTAGATCTTGTCG
CCTTGGGGAGATATGCCCTATGGACACTATAGATGGTAATGATGAGGCAATATTGCAACC
CGTGGAAGGCGAGGACAAATATTACGAAGATGGTTATTTGATGCCAGACTACTGGGAGGA
CGAGGATTGCGAGTGCGGCATGATCCTTCTTCATTCATCTAGCTTTATTCGGTTAAAAAG
ACGTGTGTGTGGTCGTCGTATCTGCTCG
