Contig Data
morexGenes
Links



Map Locations of contig_172098 (3074 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_172098

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_25907 1 801 bp MLOC_25907.1 Not available Available None
MLOC_25908 1 1846 bp MLOC_25908.1 Available Available LOC_Os08g28410.1, FRAME:-3, EVALUE:5e-94, 13108.m02934 protein retinal pigment epithelial membrane protein, expressed





CDS Structure of MLOC_25907






CDS Structure of MLOC_25908






Contig Sequence (3074 bp)

>contig_172098 3074 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TTGATGCTGCAAAGTTTCAGGTTTTTCTTATTTTTTTCTATTTTTTTTATTTTACTGTTC
ATAGAGGGTGCCTGGGCACCCGGGAGCTGAAAATCCTGCTGGAGTTACCTGTTCCACAAC
CACCAGCCATACTCCCTTCCACGTTCACCACCTGTGCGTATGCGTACCTGTGATGCAAGC
CAACATACTTGTCATTGATAACCGGGAATTCCATAGCGACATCTGTCCCGGTTAGCCATT
CTCCTGCAACTGCCTTGGATTTCAAGTTCAGTCTCCACTCGTACAAGCGAGAGAAGTATT
CCTCATTCATTTCTTGATCACCAGACACTTTGTTGTGCTGAAGCATTGGACCCATGATGA
TAGAAGCTGGCACACGAAATCCCCTGACAACAACCTAAGAGAACATAAATGAAGGTAAAT
TAGGAGTTTTTATTGAGAAAATGCAATTTCTAATCCATGTAGGCCTCTAGGTTCCTATGA
CTAACTATCGGTACTGTACTCTATATGATGTAGTCTTTCGCCCGTTGCAGATTATAACTG
TACACAATGAAAACAAATTCTATACTGTGATCATTTATGATATTATACCTCATCACCTTC
CTCGAAGCAGTTGACAAGATGCATTGTGCAGAATGGTTCTACATCAAACCATATTACTGA
CTCTGCATCTCCGTTACGGGGCATGACCCCGATTCTTGCATAGCTTTCCTTCTCGTATTC
CATCAAACTGCATGAGGGTACAAGATGAACAAATTAGCAACTTGAGAAAAATTATTTTTG
TTCCAAAAATTAGTTCAGTAAGTAGTAGTACTTACGGGGCTGCTCGTAGAATCCTACTTG
CGCTTAGGGTAAGTGGCATATCCATGATAATGTTGTACCTATATTTGTACAAATTGAAAT
ACTTTTGAGTCCGTAGCCACTGCCGACACATTCCTTTTCTTCAGATTAAATAAGAGTCAT
TTTGGTCATACATACGCAACTAGCTAGAAGCAGGAACAAACTTACATTTTAGTTATCCCT
ATTTCATGGCAAAATGTGCATCTGTCTAGCTTAAGATCAACCATTTGCTCGAGCTTCATT
CCATCCTCTGCAGTAGATATGTGGAATCAAATCTTCAGTATATTATTTTTTGCTAAGGAT
ATATATACGACACAAAAACTGTGAAATCAGGAAACCTGAGACAAGTCCAATCGTTAGGTA
GGGTTTCATAATGTTGATCCCTGAGATTACCAACTCTCCTGACTCAGGAACAACCTGCTG
ACAAATATGTTAGATGCAACTAACATTAATAGAATTCCTGAAAATAGGGAGGTAACAAAT
TAGGGATTCGACACATCGATCGAATCCCAGTTTTTGCAAACTTACTTTTTAATGTTATTT
CAAGTTTAATTAGAAAAATAAAGTAGTTCCACGGAGAACTGGTGTGTTGATCCTGCGAAC
TTCAGAACGTAGAGAAGACTTGGTAGCCATTTCGACAGGCCGATCGCCGTGTTTAAACAT
GGCTTAGACATATTATGCTGAATATACCAAAATTTTGAACTCAAAATTCATTTGAAACTT
TCAGACGAAAAAAATCCAAAAGTTCCGAGATTTTCCGAAAACCGGTTTTCCCGGGCCCTA
CCGAAAAAAATCAGAATCGAGAAAAGAAAAACCTTGGATGCAGCTAACATTAATAGAATT
CTTGAAATTAGGGAGGTAACAAAATGTGTTTACGAACATTAATTGGGTCAGATATCCAAG
CTGTAAAAGTCCAGATGACTATACAATATTGATTAGGAACCTAGGTGTTGTCATTGTCAC
ACTGGTTGTCAAGATTATGTCTTGTCTGTTGTACAGGGTGATCGATGTGTGCTGGCTGCT
TAGTGCTGATACTACTGACTTTTTTTGCGATTGAATCATTTCAAGATATTTTGAAAGTCT
GACGAAGGTGACAAATCTTGTCAGGCAGGTGTGAATTTTTTTTTGAAATTGCTAATTTTC
ATCCGGATGAAAATTGTTAGCTTTCATCCGAATTTGTGACCGTCCGATCTTTTCCCGAGA
TTCCTTCTGACTTGAGCCGACCACACTCGCTTATCCGGTGTGCAGGTACACCCGTTCTCA
CTTACTACCCGGTGTGCTTTTTCTTTTTTGGTTTTTTCTTTTCATTTTTACCTCTGTAGC
CGCCGGTCCCCTTCCCCTCCCTCCGCTACGGTGGTAGTGAGGCGTCCGGTGTTCTTCCTT
CGGGTGACTTGATGTGGTTTATTCTGTTAGATGTAAGGGGTCCTTATGTGAGATTTACAG
TGAGGGTGCTTTGATGTTCATCTTCAAGAATAGTAAGGGGTCTTTATGTGAGATTGCTGT
AATTGTCTTCCCTGCGCGTTTCTTTAGTGTAATTCCTAGTGGATTTACATTTTTTTCTCA
GTGGATTTACACTGTAATCCTTAGAGGATTTACAGTGGATTTTTCTTATTAGATCTTACA
TTGTAATTATATCTGGATTTACACTGTAATTCTTAGTGGATTTATAGTGTACTTTTCTTA
GTTGATTTTACACTGTAATTATATTTGGATTTACATTGTAATCCTCACCAAAATTTTAGA
GTAGTTTCTTAGTGGTTTTATTATAATTCTATTTCGATCATGCAATGTAATTCTTAGTGG
TTCAATGTATTCGTCTGATTTGGTATTTTCCCTTGCTTTTGTTTTGTTCCTTAGTTATGT
ATGTTTGTGCATAGGGTTTTCTCGGTCGAATCTGTTGCTTGTGTTAATCTCCCATGGCCT
CTGGTGTAAATGTGTGAGATTGCACCATTTTTGGGATTGAACCTTGTGTGTTGATTGATC
TTTATCTGGTTAATTAATTTCTATTGGTTGTTTGTACGTGGGCTTGATTAGTTGTTAATA
TGTGGTACTGAGTAATTCAAACATACTGTATTATGTTCAATTCCCTGCTCTCCAGTGTTG
TTAGTTAGTGGAACTATGTGTTATTTACCCCTAGGCCGTTTTGTTGTCACTGTGTGGATG
TAGGGTTAGTTCCCTGGTTAAATTGGGATTCTCACATTTTAGTGGTGTGTTTCAGTGGGA
GTTTGCTCGGTGGA