Map Locations of contig_160567 (8710 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_160567

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_22342 22 4469 bp MLOC_22342.15 Available Available LOC_Os04g56630.2, FRAME:+2, EVALUE:0.0, 13104.m05902 protein transposon protein, putative, unclassified, expressed
MLOC_22343 1 995 bp AK363331 Available Available None





CDS Structure of MLOC_22342






CDS Structure of MLOC_22343






Contig Sequence (8710 bp)

>contig_160567 8710 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GCCGCAGTACGCGTACCAGGCCCCTCCCCCGCCGATGCAGCAGCAGATGCAGCCGCCGCC
CCCCGCGCCAGGGAACCCCTGGCCTCCCCACCACGCCGCAGCCCAGCCCCCGCCGCAGAG
CTACCCGCCTCCGCCTCCGGGACAGGTATGTCCGCGTCACCTGGTTTCCGTCTCTGTGAC
AGAAGATTGGTGATCGGTAAACCATCAGGAAGGAGATCTGTAGCTGATTTTTTGTTAGGA
TTCGGAGCGTAGGCCCGTTGTTGGTCCTAGGGTTTAGGGGAAGCATGTTAGTATAAACTT
ATATTAGCTCTGTGATTCCACTCGATTTATCGAGGCTTGTGCTTGGTGTAGTCGGATATT
GGTATCATGTCGGAATGAGGGTGAGTTATATAAGGGGGTGGTTTTGTGACATTGTGCAAT
CTGTAGCTTAGTTGATGTCTTGCTGATAGGCGATTGGCGAGGAATTGTTTTGGCAAATTT
TGTTACCATCGATGTAACTTGTGGGCTTCATTCTATAAATTTTCTCCGGAAATCGCTCAT
GGCTTCACGAAATAGCTAAACACTATCTCCTCCGCTCTGTACAACTCGTCTCTCACAGCA
ATCTTATGATTTAGTTATCCTGGTTTCGAGTGAGGTTTCTTCACTGGCATCAAATGTTGT
GCCAAATGGTGTCATGTTTTGTTTGCTTCAAGTTTTAAGCCATAATATGGATGCAATACT
ACCCTTGGCTTATTGTTTCAGTTGCTTATTTGTTATGTTCTTCCGTTGGACATGATGTTT
TGTGACTTGACAATTCGACATTTCTTGTTTTGTAGGCATGGCCGAATCATTCTTGGGCCC
AAAACCATGGATACCCAGGTTTGTCAATATCATCCAAGCCTATGTTATTATGTATAATTT
TACAGGCAAAGAATATGGTGAAGTAATCCAAACTAGACTTCCATAGCTTGTGTTGATACT
GATGTGGAGCATCATTATGATATGTGGGTATTGTAATGCAATATTTGTATAAAAAAAATC
TTACCCTGTGAATACGGATGTTTGTCAAATAACTATGAACTGTGCATGCAAATGCAACTC
AAGTTTCAAATTACGTTTATTCAATTATTTATCCTGTGCGTCACTGTTATTTGGGTTGGT
TGATTGGTTGGTTACACTGTTTTTCTTTTGCCTGTTACTATTAATGCATGTGCCTTCGTA
CGTAGCCCTTGCTTCTGATCTTTGACTCAATACTTCTGTAAACAACCAGTCCTTCTCAAG
TTGTGCCGTGATTCTTGTTTTGTGATGTAACAAATGCATTGCCTAGTTACCTTGTTAGTT
AAACGACTTATAATGAAATTTTAGTTCGACATCCAACTTTAAAAAGGCTCATTGGAGCAG
AAAAATCACTTATAATAATAAATGGCTAGTTTGTTGTGACGATTGAATTTCTAAAAAATA
AATAAACTCGAAGGGCTTGCCAATGAGGACGATTGGGCCACAAAGGCAAAGGAATGGGCT
TCTGCTAAATCTGTTACAGAGAACCACCAGATTCAGCAGCATGCCATTCCAAGTAGAACA
GAAGTTCACCATTATGGCCACAATGATCAGTATCAGCAACCAGCTGGTCTGCCGACAGAA
CCTTTACACCCACCAATTCCACAATCAAGTAGCGACCAGTTGATGTTTCAAATGTCAGGT
CAACAAAGGGAAACAAACTATTTGCAAGGTAACATGTCTTGTTACTCTTGCTCATTATAT
GTTACAGATGGATATGTAAGTTTCAGAACAGATCTGAAGATGATATTGCAGATAGAGGTC
CAATGGCGCCACCACCGAAGAATTTTGGTCCATTTCCATCCACCTATGAGCAGGAGGTAC
CTTATAATTATTCTTCTGCTCAAGGTATGCCTTGCTTGGCAATTTAATTTGCTTGTGTGG
CCTGAGTCAGAATTAGGTGCATCCTGCTGGATATGTATTCAGTTCAATTGCAGAAAGACT
GAAAAGTCTAAAGCATCACTTATTTTAGAACAGAGGGGGTATATCACTTCATCTATCTTC
TGATAGTGTAGCTACCTTAGCTGTTTATACATCATTTCTGTTATATTTTGAGGCAATCAT
TGGATGTCACAATTGCGTTGGCCTCAAGTGGAGCAGAAAAAGGCAGTTGCCGATCCAAAT
TATTAGTTGCATGCAGCCATGCACTATGATGCTTGTGATTTTCTTTACCAATGACTTGGA
TTACATCACGTTTTTGGTGTTACCGAAATTACAACACAAATGGTGTAACATATGTAGCTT
TTCTAGCTTGTTCTTAATTCCTGTGACATGTAGTTTATCCATTGTACTTTTCACTTTGAA
GAGGTGGAATTTTTGTGTCTCTTGCAAACACTCATGTTTTTCACCCTTAATTACTAGGCG
GGTCACTGTATATAACTATATATATGGTTGATGCTGATACGTATTCTGCTCAGGGTATCA
TATTGGTAGATTCTGACTATGCCATGTAATAACAGGTAATGGGAATGCTATGCTTCAATA
TCCAAGCCCACGAGCTCAGCCATCTCTGAGTGCCTCATCAGTTCAAGATGGATTTCCTCG
CGGGCCTCCTGGTGTGCCTGGGCATGGTGTACCGTCTTATAGGATTATGGCTGATCCCAG
TGACCAACCCTTGGAGTTCAATGACAGAAAAGCTCCTGACATGGCAGTACATGAGACAAT
AAATATCAGATCTACTGCTCCAACAGCAGTGTCTGAACATGGCACAGTTCCAACATCAAC
TCAATCATGGGGTCCATCTGCTACAGTTGGATATTTTCATCCAGCCCCAGTACCACCACA
AGCATCACAGGTTTAGTACTCTGTTATAATTTCTTGCGTCATTGATACAGTGGTACTTAT
TTTTATTCTGTTACACAGATGGATCCTTCTTTGCATGGTGGACCACTCTTTGGAGCACTC
TCTGGTTCGAACTATGTTCCACCTGCAGCATTTGGTGTTGGTAGTGTAACTGAAGCATTC
CCTACAGATGCAAACACTCTTTTCAATGTTGCAGAACGGTCAAAGAAAGTAGGTTTTGTG
GTTCCATTCATTTCACTTGCTTATCATCATAGCCGTTTAATGTTAACTGATTCTTGTGCT
CGATTATGTACCAGCCTCCAGTACCTAACTGGCTTCGAGAAGAGCTTCTAAAGAAAAAGT
CCACCCCAGTGAGTGCTTCAGTGCAGCGTTCGACAAATTATGATTCCATGGAATCTGAAG
ATGCTGCAGAACCACCAAAAAGAGCTGACCAAAATGATAGTAGAAGCATTGGTTCAGCAA
AATCAATCGTAGCTGATGAAGCTGATGAGGTGCTCTTCTTTATTTTTAATCTGTAGTGCA
ATATATATTATGCTATTAATCTGCCCTAATGTGATTCACTTGCATGCAAAAATCTGCCCC
TAATGATTTATTTCAGTGCGAGTAGTAGTGTAGTACCATGTCCAAGTTAACGGGTTTAAA
GCTAATTAGTATTGTGGAGGACTTTCAATGCATAATGAGTTTTGGACAACTTTTGTAAAT
CAAAGTGAACTAATTAAATCATGAATTCATGATGGAAAGGTTGGGACTGTTAGAGTGAGT
GGAGGTTAGCGGCTTTGAAAAACTAAATAATTTACCTACTTTTGTATATACTCCCTCCGA
TCCAAATTAATTGTCGCAGCTTTAGTACAAAGTAATTTCTTAAGAACAGTGGTTTCATGA
TGATGAGAGAAATGGCACGGTATGTGTCAACTTTTTCCAGATTTGATTTGTCGGTGAAGC
ACTTGAGACTTAAGCTTGCTTGTGTTGAATCGAGGGGAGAGCCGTACCCAGTCCTGGCCG
TGTGTGTGTCGCTCCTCTCTCATGTGTGTGTGGCGGCTTGGCGAATCGGGGTGGACTGGG
TGCTCCTCTTCTAGATCAGCACCTCCACATGGGCTTGGGCCCTAAGAGACATATACAGAT
GGGCTTGGGCCCATACCGGTTCAACAGCTTATCATACTGTATTACTGTACTGACAAATCT
CCTAGTTCATATAATCAGTTTTCCAGAGCATTGTCTTTTTTCATCTGTACACATGTTCGC
TTCTTTTGGATCCGATGGAAACTTTGGATGCTAGTTACTGAAAAGTTAATTCTGTTTGTT
CCTGTTGATATTCGACTTGGATATTAACATGACCCTCATTCAAATCGATGTACTGGACTT
GAATCATTTGCAGGATGAAGTCGAAGCGGCACGGACGGCAGCTATCAACAAGGAAATTAA
ACGTGTGTTGACAGAAGTCCTTCTAAAGGTTTGTTTATTGCATTGGAGGTTATTTACTTA
TTTCATTTCCAGGTTTAGCAGAACATGTACTTCTGTTCTAAGAAATACAGCAAGATTGTC
ATTTCTTACTTTTGTACTGTTTTCGTTTCCAGGTTACTGATGATCTTTTTAATGAGATCG
CAACCAAAGTTATGAATGAAGATAATTTATCAGCTGAACGTGAGTGAATTATACTAAAAC
TTAATGTAAATAGGTAACTTACGTTGCTGATTATCACCTCTCTGTTGCAGCAAATGAGAC
CACTGGTGTCTCTAGCTCAAAGGAGCTTGGTCTGGGAGAATCAAAAGTCAAGACCACAGC
TAAAGTTGTAGTCCCTGCTAAGCCAAACAGTGTTAGCTCTACTGGTCGTTCTGATGGTAT
TGGGTTAAGTTCTCCTAAAGGTGCTCTTCTTGGTCTTGCTAGTTATGATTCAGATGACGA
GGATGATGATGGTGACGGTGATGGTAAGGGTTTAATTTCAAATTTATCATCTGAAATTAA
AGTTGGTGCAGCACTTCCTAAAGAAAGTAAGTTCATGAAAAACACAAAGAGGACTTGGTT
TCCCAGAATTTATTTTCTAAATAAAGAAGAGCTTATTATTAACTTTGATTGATACATAAT
CACATTTAGGTGAGAAGAACATTGATGGCGCACTGCACAATAATAGTAACGGAAGTATTG
CTTCACTCCAAAGTGTTTCATCAGGAGATGATCATAAATCCAGTGATGAAAGATCTCAGA
GTAGGCCAACTGCAGAATCTGAACGAGAGCCAAGTATTCATGACACACAGAATGGAGAAG
CCAAAACTTCTATTCAGCCAATTGGTGTGATTCATAAAACAAATGAGAAGGCACATGGTC
ATGCAGAGGTGGATTTCCAGAATGGGAAAACCTCTTCCGTCCATCATACTGAAAATAATA
ATAATAATGCGGAGAGCACTCACAGGCATTTTGAAAGGAAAAGTCACGAGAAAGATCTTA
AAGAGCCGAAGGTTGTCAATGGAATAGACTCTGAGCCTTCTAGAACTGATAAGTTTAGAG
ATGGTGACAAGCATAGCATGCCTGAAAATACTGATAAAAAAGGTACCTACAAAGAGGAAA
AGGGTTCTGACAGGTATGCAAAACATGGATTGGATAGATGGGATGATGCAAAAAGAGATC
GAAAGGACCTTCCAAAGGATGCAAGTGAGAGAAAGAGGGATTCTGCTGATAGAAGAGACA
TAGCAAAAGATGGGAATGACGATAGATCAAGGCAAATTACCAAGAGCTCAGCTAGCCACA
GCAGTAGAAGGTCACGGTCACCAAATGGGAGAAGCCGTACTAGAAATGAGAGTTCTTCAC
GTGTTCGAGGAAGTATTTCAAGCGACGAGCCTTCTGATAATGCAAAAAGGAGGTAGTGTG
TCAGGCTAACATTATTCTTACATTTTGATGTTTAGCCTGTCTCAGTTTATGAGTTGCCCT
TTCTCTTGTGTATTGATTAATCCATTACTCCAATTTATACTGCAGAAAGAGTCATTCTCG
TAAAAACAGCATGTCTCCGTCACCTCCAAAATCTAGGAGCAGGTATATCAATATTCCTCC
ATTCTCTGTAATACATGTTAATAGTGGGAATTTTTTGCTAGGTAGCTCGAACATGTTCAC
ATAACTATTGTAAGGTTGACATTGGTAGTTATGCTGATCATGAATGATCAGAATCATGCT
ATAGACACCAATTTCATTTCTCACCATGAAGGGGTAGGGCGTTTATGATAAGGTGGCTCT
GAAACATCAGTGGGATTTTGATGTTATGTTTAGTATAGAACTGTGTTGCAGTACATCTCT
TCATACAATGCTCTTTGTAAGCAAGTGCCTCAAAACTGAGTAGTGTAGGACCTGTTTACT
TCTATTCTTTGTCAATTTGATATGAATAAGCACTGAGCAGGACTCCTCTGAGTGAAGAAA
CATCAGGTTCATATATTACTTATCCTTAAACTTACCCATTTAGTATTATGTTTCATCTCT
AGACGAGTTTCGCGGTCTCCACCTAGCAAGCATTCTCACCGCAGGCATTCACCTTATTCA
TCTGCTGAAAGGTAAGCGCTTAATTGGTACTTTATTTGTCATTACATTGTTCCAGGTGAT
ATTTTGGTGTGAATTTTCAGCAATTTATAGATTCAAGTTGTTATCTATTCAAACTTGCTG
TAGTTGATTTCTGGGAAATGGATTAGTACAACAGGGCCAAAAAAGAGGACATATTAAGGA
TGTTCAGGATAAAAAGGGTGGTGTCATGAAAAATTGTGTTTTGGATTTTGTAAGATACCT
CTGATTAAATCCTAAATTTGCGCAGTTTGCCATAGTGTCTTGTGTTGTGTCAACTTGAGA
AATTTGAAAATAGTTTCACCTGGAACTTTGTTGAATTGTAACTTGAGAAATTAGAACAAG
CATTAAGGCCTCCATGAGGTTATCAAGTCTAGAACTTTCTGAATTGTATTTTGTTGCGGA
GTGCAATTGCAGGGTCGGCATTCCATCCATGCTTCATCCTAGACCTTTTCAGGAATGCGT
ACCCGTGTTATTGTGGAGCCCTGTGTGCGCTACAGCACCTGCACTGTAATCACACTCCAT
CTGTTAAACTATGTCTAATCATTGCAGGAAGAAGCGGTCGAGATCCAGAACTCCGGTCAA
GAGGAGGTAGAAGAAACTAGCTGGTTTTGTTTGTTTCACCTAGGGGTGCTTGCCCTTTGT
CCTTCCGATGAAGAAACAGCATTTGCACGCCCACGAAACAAGATGCTGGATCTAGCTTCC
AACAAAGAAGACGACTCGACGGCTCACGTGATGGATGTTGTTTGAAGGATGATGCATGGT
GCCCAGCGGAAGATATGTCCGGTTTGCCAATATTAGGATATGTAATGTCTTGTACAAGCA
GCAGACTTCATAATTTGTAGCGCTAGCGTCCCTTTTAACTATTTTATTACTTGTATTTTC
TCTTAAGGTCATGTATTATTAGTATGCAAGGAGACTGGTCGAGTTTCGTCGTGACATGCT
GCGATGTAATTTTGTATGGTTATATGCACTAGCCTATCCCTGAATCATAATTAGGTCTGG
AAAATGTGTTGCAGGCCTCCACATGTAATTTATCTTATCATATGGACATGCTGGAATTTA
TTCAGCATTCAGTTGCAGTAACTAAAGCATCCCATTATATTTTTTCTACCTTGGTTTACT
GTTGACGAGTTAGAAAGCAGACTGTAAATCAGGGAAAATATATTTGAGGTGTTGTGCTGG
ACATGCACGTTGTCGTGGCTTCAAATGGATGAGGAAAAGGCAGATTGGTTGCACCATGAT
GTCGTGAATATTTCTATTGAATTATGTTTTGTCCTTAATTACTAGGCGGGTCAGTAGTTG
GATGATACTGTAGATGAATGATGCTGATGTGCAAACCTGCTGAGGAATGCTACTTCAGTA
TCCGAGCACACACAAGGCCAGACATTTCCAACTGCCTCATCACTGATACCATCCATTCTT
GTTCCGTTAGAGATGGACCATGTGTCTCAGCATGATGACAGTCACCTGTTTGTGCAGTCA
ATTTTTCCTACCACAGCAGGGTATATTGCCTGAGAAATCAGTACAGATGTGATATTTTCC
TACATATACAGATAAAATGGACGCAACGCAGGGAGCATTCAATTCAGTAGCTTACAGTCC
GCCGGACTCTCAGCCGGCGGACAAGCTCCCCGGAGTCGATCTCCCTGAGGCGCAGCAGCA
GGTGCAGCACGACGCCGGCGATGAACCCCAGCGCGGCGCTGGAGCCGGTAAGCGACACCC
CGGCGCACACGAGCATCACGAACGACTCCTCCTTGCTCCCCATGTCGCGCGACGCCATGG
CCAGCTCCACGCCCGAGAAGAGCAGCATCACGCCCAGGATGCCGATGGGGAACTCCCCCA
GGATCGTCACGAACGAGTTGCCGAACACCAGCCCCAGCACCAGCTTGCCCATGGCCAGGA
ACACCACGGACGCCCCGCTCCGGCCGCCGAACCGGTACTGCCCCGCCAGCCCGCCTGCGC
CGTGGCAGCACGGCATGGCGCCGAACCAGCAGCCCACCAGGTTCATCAGCCCCACGCTGA
TGGACACCCGGGCCGGCGAGAGCTCGGCACGATCCGGGAACAGGTCCGACGACAGCTTGC
ACACGGCGATCACCGAGTTGAGCACCGACAGCGGGAGCTGCGGCACGGCCGCCTGCCAGA
ACCCGATCTTGAAGTCGTCCCATGTTATCCTCACCAGCCCCAGCGGCGCCGGCCCGAAGC
GGAGGCCGCGGAAGATGGACGGGTCACGCGCGAAGCAGAGCACCAGCCCCACCGCGAACA
CGATCAGCGCCGCCGGGACGCGGCTGCAGGGGCGGCGCCGGGGCGCGGCCTCGTGGGCCC
CGGCGGCGGG