Map Locations of contig_1579053 (4361 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_1579053

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_18047 3 1356 bp MLOC_18047.2 Available Available LOC_Os04g43150.2, FRAME:+3, EVALUE:6e-84, 13104.m04276 protein nuclear transport factor 2, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_18047






Contig Sequence (4361 bp)

>contig_1579053 4361 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AGTAAATCAACTTCATTTCGGTTCTTTCTCTATCTAAAGTTCATTTAGGTGCTGGTTCTC
TTAGATAAATATGTCTATTTTGGTCTGTTTTTCATTTACCTCCTCCTTTTCATTCTAAGT
GCTGTTACTACATAATCCTCTCTACATTTATTTCCAGTTCATCGGTGTATTCTTCTGCAT
TATCTATTGAGAAAAAGTTTGTTCCAACTGTAGCCATGGTCAAGATGATAACCATTTTTT
TTGTTGGTTGACCCCTCAGCATCTGATTATGTGTCTGAAGAACTTGAATTAAAGGGGTTT
GCAGCTCCTGCTGATTCCGACGAAAGGGGTAATGGTATTATATATGAGAATCATGAAATG
CAGCAGCAAGATCCTTTGGAATTTGAGTCTGCAATCAATGGAGAAACTCATTTTGATGAT
CCTGCTCCCTCCCTCCCTAGTTCGACAGACATTAAACAGGATGCATCTCTTGCTCCTCCC
CACCCTCCTTCCCCACCTACACCTGAAGAAGAGCCTGTGGGAGAACCGCCTAAGCAAACA
TATGCTTCAGTGGTAAGCTAACATAGTTGTAATTTTATTCATGCTGAATTCTTAGTTTTA
ACTTGATGGTAATCGGTTGCATATTTGTCAGCTGCGAGCAAATGCTGGTCATCAGGTTAT
GCACTCCACTCAGGTTAACAGGGCTATGCCAGGGACTGCAGAATCACAGCTGGTTGGACA
AACTCAGCCTGTGTCAGTGCAAGAAAAATCCAACTTGGACACTCGTCAGGATGTCAGTGT
CCCTGAGGATGAAGGTTTCTTTCTACTCTATACTTTTTTTAACTCTCGTGACTCCTTTGT
TGGCACCTGCCCTATGTTTTTTTTTGTTATTACTAAGTACTGACATTTGGCAAAACTCAT
CTACCAACTAATGATTAGCTATTCTCTGTTTGACACCCTCTGCCCTTTAGCATTGGGGAT
GAGTTTCAACTTGTTTGTTATTCAAACTTTCCTGTCTTGGATTTAAGCACAACTTCTTTG
TTAGATAGTTTGAAGCATAGTTAAAAATGCACTAGCCGTTAATAGTGCGTTTTGCCACCG
CCTTGCACTTTTCTGACCAAAGCGCCCACTTATGCACTAGGAATTTTGCTATTCTGGACG
CACTTAAGTGCCCGCCTAGGTTGTTTGGTTGGGCGTATTCTTAACTTCTGCACTTTGGCT
TAAAAGCCTAAAAACATATATTTATGGGCTTTTGGCTTTGGCTTTTGTCTTATACCATCA
TGTAACAATATTGAGTTATAAGCCAAAATCCCATAAATAGATTATTTTTTGGCTTTTAAG
CCTAAGTGCAAAAGCCAAGAATAAGCTCAACCAAACACATCTGAATATTGCACGAAAATT
CTTGAACATCGCCAAAGCCGCCCCTAAATGCCCATTTTTTATCCAGCAGTTAGGTGAATC
ATAAGTGGGGAAGCTCTTGTTTGAATATGTATACAGCCTTTGTCTTCGGTTTGTTTTAGA
ACTCATGGCACATTACCTTTTTTGTGTGTGTTTTGTATTGTAGTAACTTATGTTATTTGT
TATTGGCATTTGAGAGTGTCTGTATAATCATGAATTATGGGGGTTAACGGTACCGGTATC
TTATTGCTCGTTTGATATTTTCCCCTCCAGTGATTGTTTACTCAAACATGCTAGTCGTCC
ATCTGCTGCTGATTAGCTATGTGTTTAAGAATTTGAAATCGGGTAATGCTGTATTTTTCT
TGCTGGAAGAGCTTATTGGAAACTTAAATCTTGCATGCTCTATTAGATTCATTAATATGC
TAATAATGATTTCTGTATGCTATCTTTTTTTCACATGTAGATTTTTTGACCTGGTAGTTA
AGTGAAGTTTTATTGGGCACATGAAGTGCAGGAAACCGAGCAATATACTCCCTCCGTTCC
TAAANATAAGTCTTTTAAGCAATTTTACTAGTGGTCTACATACGAAGCAAAATGATTGAA
TGTAGACTCTAAAAGTATATCTATATACATCCGTATGTAGTCTATTAGTGAAACCTCTAA
AAANNNNNNTATTTAGGAACGGAGGGAGTACCTTTGAACTTGTGTGCCACTATGTATACT
TTTGGTCTCTTGTCCAGAGCCATTTGAACTTGTTCTGTTATATAAATTTTATATTTCTTG
CAAAAGAAAAACATTAATTTTCATCTGCAACGTGTAGGTATTACCGTATTATATTAGTGT
CTGTCTGATAATTCCTGTGGACATAATCCTTTTGGTTGTGTATTGACTGATGATGGTTTT
CTTTTCTATCAGAAGAGTTCCTATCAGTATATGTTGGTAATCTTTCTCCAGCTACTTCAG
TCTTCGATCTTGAGAAGGTCTTTCAGGCTTTTGGAAAAATTAAACCTGATGGAGTTGCTA
TACGTAGTCGCAAGGTATCTTGCCTTCTATCTAGGCTTTTCCTGTTCTTCCTTTTGTCCG
GCTTCCTAATTCTTGTACTAATATGCAGGAGGCTGGAGTTTTCTTTGGCTTTGTGGAGTA
TGAAAACATGAGTGGCATTCAGAATGCGTTGGATGTGAGTTTCTTATGCTTCTGCTTTAT
TATAGCACAACCTGTGCAGGTTACCCTGGATTCAAAATAAAAAAAAGGGGTTCTAAAGGC
CATACCGTGAATCACTTCGTTCAACTACATTGTGAATTAATTACATAAGAGTTTGGTGGC
TGAGATGCCCAAGTGCCTAACATTTATGTTTTCACATTCTACAGTAAGAAACATAACAAA
AACAAATAATTTTCTGAAAGGTCAAAATTACATAGAATAGCCATGGACTTTATAACTAGT
GTAGTGTTAAAAACGCTCTTATATCATGGGACGTAGGGAGTAGTATTAGATTGCACGATT
GGATCAAGAATCTTCATTATTTGTGTTCTAGTTTGAGCTAGTGTAGTGTTAAAAACGCTC
TTATATCATGGGATGTAGGAAGTAGTATTAGATTGCACGATTGGATCAAGAATCTTCATT
ATTTGTATTCTAGTTTGAGCTAGTGTTTGATGTCCATAAAATGTGTGAAACAGAGTGATC
TGTGCATGGCTGAAACAGGGTGGTCTGTGAATGGCTGAATGCCATCTATATGATGTCATA
TTATTACTGAACATATCTTGTTATGGTGATCTTTTGTACATCAGGCATCTCCAATCGAGT
TGAATGGGCGTCTGGTACATGTTGAGGAGAGGAGGCCTGGCAGTGGAGTCTTTCGCGGCG
GCGGAAGTAAGTATAAACTTTGATTTCCTCATGACTAGTTTAGCAGATATATTTTTCCCA
CAATCTTTGCTCCAACTGTTCATATGCCATGTCTTTCTTCTGTACTAAACCTATGCTTGA
CACATTGAATGAGGCTTCTGGAGCCTCATTATTTGGGGACAGTACTATGGTCTTCCATGC
TATCCAGTGCAATTTAATTTCCCCACTGTCAAGTACCCTATAGAACATGACTACATGGTA
AAAGTGCATCATAATTCTAAATGGCTCCATTTAAAGAAACGGGAAAAGCACCCCTCTATT
GTATTCGATCAAAATCTAGTTTAATAAACATGCCTTAATTTTTTCCTGAAACTTGCTCAC
TTTGCAGGGCGAGGGCGGGGAAGAACAGCTGATTTCTCAAGGGGGCAATATGGTGGGCGC
TACGATGGGGATTACGCTGCACGGTCAAAGGGAAATGGCTACCAACGGAGGGGCGGGCGC
CAATACGACGGCTACGAGTAGTCCAACACTCCTCTGCTGGCGAATGGTCGCATCCCGTTT
GGTGCTCTCGATCTGGTGCGGCCTGGCCATATTTTTGTCACAACAAAGCGCGATTACCTG
GAGAACTTGCGTTTTGCTTAGCTGCTATCGAGCATGACTCGTTTCTAGATGGGATTCTTT
TAGCGTATTTGCTACATGATCGTGTCGCCTATCTGGTTTGAACGAAACCCGAGCTGCCAG
TGGCATGGAAAGAAATGGATCAGTGTTATATCGTCTGATCCTTGTCCATTTGTAAAAGTA
TTCCGATTGTCAGCCCTCAGGTTTAATAATCTTCCGAGATTGTTTCCATGGGCCAGTAGT
ATCGTCGAACACATCTCTGATGGTAGGTGAAGGCTGGTTCGCACAGGTCGTGGCTTCGTA
CCGCATGGTACGTTGCCGTTGAGCTCTGTCGCTGGGTTCCGACGAGTGGTAAGCATACCC
AAGGGTCAGCTAGTTGCGCGCGCGGCCACCTTCACTTCAGCTAGTGTTAGAGCATCTCTA
GTAGAACCCTTTAAACCCTTAAATCTAAAATCAGTTTTCAGGGATGAGAATTGATAATTT
TTGACACTTTTAAAGGTTGAAAAACAGGGGCAAAGACTAGA