Map Locations of contig_157796 (10033 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_157796

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_17764 7 3749 bp MLOC_17764.1 Available Available LOC_Os11g08660.1, FRAME:+2, EVALUE:0.0, 13111.m00912 protein TOPBP1A - Similar to DNA replication protein TOPBP1 from, expressed
MLOC_17765 1 514 bp MLOC_17765.1 Available Available None
MLOC_17766 1 339 bp None Available Available None





CDS Structure of MLOC_17764






CDS Structure of MLOC_17765






CDS Structure of MLOC_17766






Contig Sequence (10033 bp)

>contig_157796 10033 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGAGCCCCCGTTCCCCCGCCCCCCCCCCCGCCGCGCC
GGCCGCCTCATCCGGCGGCGGGCGGAGGACCGCGACGTTCGCGGGCGCGAGCGTGTTCCT
CTCGCGGAATCTGGTGGCCCCCGAGGTGTTCGACGCCGTGCACGACGCGCTCCGCCTCAA
CGGCGCCGATGTCCTCCTCTGCGCCGACCCCGCCCACACCGGGCCCCTCGACTACCACGT
CATCTCCTCCTCCTCCCACGTAAGCTCCCCCTCCCTCCTCCTCCGTCCCCGCGCGGCGCG
GCCGCCGGCTCTCCGCGGTCACCGAATCCCTAACCTCCCCCCCTTCCCTTTCTGCAGGAG
AGGTTCGCGGATCTGAAGGACAAAGGCTGCAATCTGCTTGGTAAAGTGCGCTGCTGCTTT
CGTTCGTTTCGGCGGTGCTAGTGTTAATTTCCTTGTGCAATTGTAAGCTGTGACTGTGAA
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CCTGGATGCCTTGCGATTGGGGAGCATGTTGCTTTGATTTTGGAGTTTCTGCATCCTTAA
TCCATAGGCAGATGGTTTACAAAGTTTGTACACTAAGCTAGAACCTGAGGAAGGTGGATT
AATCAGTAACTAGCCTGGTGCCTTGATGTTTCAATGTTGCACATGTCCTAGTAATCTGGT
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TTCCTGTGCCAAGGAGCATCGTTCCCTGCCTAAACAAGGTTATACTTGTTGTCTTGCAAT
GGATGGGGTAACTGTACTCTGTTCAGGCTTCGAGAAAGATGAGAGGGTATGTGTATCACA
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GTTTGTTCTTCTTCTTCCAGGCCAGGATTGAACAATTAGTGACAGCAATGGGAGGTCTTT
TGCAGACTAAAGTGTCCATGGATGTTGACTTTGTAGTTGCAAAGGATGTCATGGCTGCCA
AGTATAAAGTAAGTTACGCTGAAAGCTGTTAATATGGGATGGAAATCATTTGTTAATTGC
CGTTGTAGTCAGTTTGGTAGGCGAACTTAAAAATGCTTACCAAACAGGTAATATGGACTA
CTAGTTTGCTGTGTAGCCTATCTAGTTGTGAAGTCTTTGAAGTTCAAAAGTAGTTCTTTC
ATAATGTTATCATAGAGATGGCCAATAGATTACACACTACACGTAAAATATCCTCATTTT
TTGGCTAGGGTTCTAAGTACTGCTTAGTGGTGTACTTAGTTGTAGTTTAGTTTCTCGACG
CTCGTGGTGCTTCCAAAACTAATACTCATTTGAGGTGTCCTTTTGCTGTCATCATTCTGG
TGTCCTACTCCCCTGTTTGGCTTTGTTATTTTCCTTGCACGTTTCTCCTTTTGTATCCTC
TTAGGTCTTCTAGCCTAAGAATTACTCTGGCTTATTAAAAGGAACCTGATGCAAACTGTA
TTTTTTTGTCCAAGTAATCCAAGTTTGAAAACTATAAACTGGCAACCCCAAAGTTCATCT
TCTGAACAGCCCACATCAGAGAATGCTGATAATACAGAGGTATCAAACCAATCCAGGGGA
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AATCTCAAGTCAGCCATCTTTCCATGTAGTCGTCTTCAGTCTTTTGTGCTACACCCACAG
CTTTGTACATTCTTTATGGATCTTAAAATCTTTGCTCACACATGTTCTTTCATCTCCATT
TGAGCCTCTAAGGATTTCTTTTGTATGTATTTGTAGCATGTGCTATCACTAGTTTGGAAC
TGCTTTTGCAGCCGAATGTATTTAGGTCAAAAAAATTCAGTGTTTTTATGGGACATTTAT
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ATGCTGCTACCATGCCAAACTAAGCTGTAAATCTGAGGTCATTTTATTTGAATTCTAGCT
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TGTTTCAAACCGTCGATGAAAATACTGTTTGTTTTAACTGCTCATTTTAAGGTTGACATT
TTCAATGCTTATCAGAGCTGTTTCGTTCGACTCGTTCAGGCTGGTCGTTATGCTTTTGCT
TTTTCCCTCTTTTCATGGTAGGTTTGTATAGCTTCCCTATTATAAGTTCACCTATAGGGT
TTCTTTATGTTTGGAGGCTCTTTTGCTGTAAAGCTGGCAACACTAATTACTGCTGTGTTT
GGTTTCTGTTACCTTCTTTAACCTTAGCCTGGAAGCAAGAATCGTTTTGTGGTGTAGGGG
CTGTTTGGATCATTGCCCTCACCCGCCCTGCCAAAAAATTGGTCGTTTGACCCAGCTTTG
GTGGTCATTTGGATGGAGACCAAATAATTGGCACGCCCACACTTCTATAGCACCCCTAGT
TTCATTCCCAGCCAAATTTTTGGCAACACATGGGCTGCAGAATCCTGCGCCAATTATTTG
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GAGGATCGATACTGTTGGGCTGACTAATGAGGACTTCAATATTTTTGTGTACTGCAGTGG
GCCGTGAATAACCTGAAGAAGCCTATTGTCAATAGGAACTGGTTGGAGCAATGCTGGATC
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TGCATCACAAAACTAGATGCAGGTAGGTGCCTAACAAATCTTGAATGGTTCTTTCTTTTA
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CTATTAAAAATTTGCAGCTGTTAACTGTGGGCACAGTTTTACCAAATGAAATATGATAAT
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TTAGTCCAATCATGTCCTAGGTGCTCTGTGCTTTCTTTCAGTCTTTAAGTAAATTCTGAA
AACCATCACTAATCATCGGTGAATTGGCCAGTTTTCATTTTTGACTTGGAACCGCACGAA
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AGAAATAGGTGCTTGAAATTTTGCCGCAGCAATTGCACTGGAAACCAACAAGAATCTGCT
AACAGCTAGTATGAACCGGTCCTGATTTTGTTAATGAACTGCTTGCCAGTCGCCATAGCA
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CATCTGGCAATACATGCCTTATCCTGTTAGATGCTTGTTTTCTTCATTTGTCTTATCCCG
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GGCCAGTATTCAGCAAATCTTACAAAGAAGTGCACTCATTTAGTTGCGAATATATCCTTT
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TATTGACCAATGACGTGATCCTCCACCCCGCATTTGTTTCCCACATTGCTATAGAACAGG
GAATAACCAATTAATTTCAATGCTGCTCATGCCTCAGTCACTTTAAGCAGTTAAGCTCTG
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GTTGCCTCGCATTCTATGAATGTTCTCCAATTCCCGTACAACTTTCTCAAAAATAGCGCA
CTGGTTTGCTACATATATCTCTGTTATTTACCAGAAAACTGAATCTCGAGGGAATTTTTC
TTAACATGTTATTACGAACCTGGCGGTGACAAATATCTTGTAGCTAAAAGATGGGGTAAT
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GTGTAGCACTGATATTGTTGGTGCACCTTGTGTCCAAGAGACAAACGAGATGCTGGTTGA
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TGGTGGTGGATCCCGGCATGTTATGTTAAGCGAGAGGCTTACTCATATTATTCTAGGTGC
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TAAAACAAAAACGGAAATCAAAGTATCCACAGCTCATTTGGCTAGCGAGTTACTTGTGAA
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TGTTCCCCTGTCTGACTTTGTTTTATATTCATTTTCTACCTTCTGAACTCAGAATTTCCG
TTTGTGGGCATGGAAAAATCTGCTGCTACACGTGAAACAAAGGCAGCCAAAAGTTCACAT
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TCATCTGAAAGAAATCCAGCCAAGGGCAAACATGAAAACATGAATAATACCCGGGCAGCA
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TCTGCAGTGAAGTCACAGAGTAGCACTTCTTCAAATATTTTCAAAGGGAAAACATTTTGT
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CTAGGTGTAGTACACCAGAGTTAAAAAATGCCTAATCATATTCATTGATGCAGTGCCTTG
TTTTTCCACCACTTGCCTTGTTTGCCACTTTATTTGATTTCCTGTTGATGAAGTGCCTAT
GTCCATATTAATCAGAGAGCTGAGGTTATCGATTGGGTCAGAGAAGGGGGAGGCACTATG
GTGGCGGATGATGCACAAGAAACTGCTGTGGATTTCATAATTGAGTGCCATGGACAGAAC
AGCATGCAATGCGACTACTCTCATTCAACCGTTGTTTCAACTCAATGGATAGCCTCATGT
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GGTCTATCATTACCCTGCACTTATACTCGCAAATTTCTATAAGCTTCCAGTTCTTACCTA
CAAATTCTTGTACAGTTGGGTTACTTGCAAGATGTTGGAAGTCATCCTATCTTCTCTCCT
TTGCGGTGTCGCATCCCATTCCCGGGGTTTGAAGACTTCCGTTTCTGTGTTTCACAGTAT
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GAGGCATACCATAATAAGAGAATTCCAACCATTACCATAGAGTGGCTCTTCGAATGTGTG
AGACAGGTATCCCTTTTCATGCATAGTTTTCAGCATATCCAAATTTTGCCTGCCAAATAT
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GGATGCCGGTATGTGCACTGTTAGTCAATTTCCTACACAAGCCGCCAATACGACCTCTAG
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CCAGACTCCACCCGGGTCGCTGTCCCAACTCCCTATCTACCTTTCAGCGAAACGCAGACA
GATTCCCAGGTGTGCATTGTACCTTACACCAACACTTTCCCACTTGGCACTTGGCAGGTC
ACGATTGTCATGACTGCTCAGCTCATGTAACCTCTGGTTTGTCGTGCAGATCATTGGGTA
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TACATTTTTTTAGTCCAATTTTTAAAAACACTCAGGTGGCATTTGTTTCGTTTTCTGGGT
TATATCACGACTAGTATTAATAATTTCCAAATGCTAACGATCTGATGTTAACTTTTTGCC
ATTCCAAGCGAAAACTCTTAGACATGTTTGCTCGTGCACGAATCCTAAAATGTTTGCTTC
CAAACACCTCTCTGAGCAAACTGTGAGGACATTATACGGATCGCTTACGATAACAATCTG
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TCATTGTTTTCTTTTCTTGGCTAGCAATTATTCATCAAGGCAAATGCATGAAAATACATG
GCAATTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAATCTTTCTAGATATTTTAATATGAACTATAT
ACGGATGTATACAAACATATTTTAGAGTGTAGATTCACTTATTTTGCTTTGTATGTAGTT
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ACATGTCATCATGTCATCATCCCTCACAAGGTCCCTAGGTCCCATTTTTTTGCAGGTCTG
GAACAACTGCAAAACGGGCTTGGAGCACTCTAAATGCGCTCTCCGCATCCTTTCTAACTC
CTTGTCTTAGGTCAAAGTGAACTCTTTTCTAACCAAATGGGCCAGAGATAGTCGGGATGA
AGGTTGCCTAGAGAGGATAGATATCATTAACCAGATAGTAGCTCATGTTATTGTCATGAC
CATTGGTGGTATAGTTGCATGGAGGAGCTTGTCCTTTAGTAAACCTAGCAAATGGTGAAG
AACGCAACAACACGTTGATATTATTGTGTGACCCGAACATGCCAAAGAAAGTGTGCCAAA
TCCAAAGATCTTGTGCTGCAACTGCTGATTGTGAGTTTCTTAACATGACCTCCATATTGC
CCTTGTAGGGAATTGTTGGGGAATGTCGCATGGGAAACAAAATTTTTTCAACGCGCACGA
AGACCTATCATGG