Map Locations of contig_1576243 (11919 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_1576243

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_17300 9 3239 bp MLOC_17300.1 Available Available LOC_Os08g04120.1, FRAME:-2, EVALUE:0.0, 13108.m00382 protein expressed protein





CDS Structure of MLOC_17300






Contig Sequence (11919 bp)

>contig_1576243 11919 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAACTCACACAAGTATCTGTAATGTTTCATTAATTCTCGC
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ACTACCTCAAATGGGCTGAACATCTTTGTCTAGTGACAAGATCCCGGTCTCTTACGAACA
AGTCATTCTACCCTAGCACGTAACGTGCACTATCGTGTCCTCAGTGGAATAGAAATGGCT
ACTCTAAAGATATACTGATCTCAAGACTAGACTCGGTGCTGATGGTCTCCTTGTTGGTGG
TTCCAGCAGGGTGATCGGCGCACTCCATCCTCAGCCTTATATGGACCGGCTTCATGATGA
CCAGATCCCTCGCGTCTCTGTGGTTCTCTGTCAGGAGCTCGACGCCTGCGTGCTCCTCAT
GCCCCTGGCACTGGAGGATCCTCTTGATCACTGTTTTCTGGTCCTTGTGGTCCGCTTTCA
TTCGGTCAACCTTCAGGTACAACGCAGCAGAGGCCACCAGCTGCAGCAGCAATAACAGTG
TTACATGGTCTTTGATTCTTTTTTTCAAGTGATTTTGCTCCATATAACACAGGAAGAATG
TTTTGTTTTAAGAATCACACCTCGCATGTCCCAGGGCTGACGTTAACTGCGCAGGTGAAA
TGCACGCATTTCTGGTCTTGGTGACTTTCATCTGCGGGTTTATCATCACCTTTATGCACA
GCAGGTTCCTCAGCAGCTTCAGAAAAGGCTAGGTTGTCTATTTCATCGTACCATTGCTGT
GCTATACCAACCTGATAGCTTGTGCATTAGTAATTCAGCCTCAAGGGCTAGCATATCGCG
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TCTCAGACGTTGTTTCTTGTGCATCAGATTCAGAAATCTCAGCACCAGATCCCCTTACTT
GGCGCCAAATACAGCTCTCAACCAAAGGTGTGGCAAGCTCAGTATCAACCGGGATGTCTA
CAGAGATCTTGATGTTGCATCTTCCTGTTAAGTTGAATACCCCCAGTTAAACAGCTATCC
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CCACATGATATCTGAACAGTCAAGTTAATTTCAAAGTTGGAGCTTATGTATTGTGCAGAT
GCACTACAGGATTAAACACCCCTTTTTTTAACCTGTGTTATCACCTCAAAATCATTTAAA
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ATACCCTTCTTCTGCGGTAATAATTTTTATTTCCTGCAGTATTGAAGACCACACGATATC
ATAGTTACCCAGTGCAAAAAGTGGGGGAAACGGTAGCGCCATGCAGCAAACTAAGCTATA
ACTTTCAATTAAAGGTTTCAAAATTGCAGGGAAGTCACCCATGGTTATCTGGCACAAATG
CAAAAACTACTATCATGACAAAACGGCTTCTGTTAAATATATCTATTACCAGGGAGCACA
TTTACTTTACGGCTATGCTCTTGAAATTGTCCAGCTGAATGTCCCCTGCCAATTCATTAC
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TAAAATGAATAATCGAGGTTTCTTTGGTATCCAAGTCATGCTTCTGAACCCTTTGACCAT
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TGACACAACTCCATTGCTTCAGCTCTACCTTCACATCACTTTAACTCCTCAGTGAGCTGT
AAATAGATAACTCCAACATGTGTAAAAAAAGAATATGTACTAACCTCTTAAAATATTCTG
TTTTTCGCCAGTTGACATGCTGAGGATCCATGATGTTTCAAAGCTGGGAAGCAGCAACAG
TGCCAAACAGCTAGTTAGGTCTGTAATGTCCCTAACTAAAGCCAGCCACACTTGACCTAC
GGTACTTATGTGTATGCCGCATCAATAACAGAACATAGGATGGGATTAAGCAATATACAT
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CATGCATCAAATTGACAGTTAAGCACACAATGACATGTAATTAGGCAAGTGTTTGAGAGA
AAATGATAGTTAAAGTTTACATAAATATCATTGAGCTTCAATGTCAAAATCAAACTAAAC
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AAATAGAGGCACATACTTGCGAGCTGCTACTAACAAATCGTCCTCGGAAATTTGAAGCAA
ATGCCATGGAAACACTACTGAGTCAGCATCGAAATCTTGAATGTTTAAAGCCTCGTCTTT
CTTTGAAGCGTCTTCCTTTGTCAAACCAAGCTTATCAATTATCCAACTCCAGACACCACT
TCCTTTTTTATTGAAGACCGGATAAACTGTCTCCAGAAACCTTCTTCCGAAATCTGCTTT
TCTAACTGCATGATTCTGCAAAAGAATAAGAAAAGCTAGTCAGAAATCTTTGATACATGA
TTGACGATTCATGATTGTTTTGGCCAGTCATAAATTTTTGCATGTAGAAGACAAAGAAAC
AGAAAAACTTTTATTGAAACCTAAAACTTGTGACAACCACCTTACGAGTTATTATAGCTC
TACTACTTGTGTGAAATCTCAGTAGCCAGTGAAAAGGACATACTTGTCAAACCGAGTAAA
CAGAGGCAAGCCATTATGGATAATTACCTCCGAATCCACAATATATAGACAATCTTCAGC
AGCATGGTAAAATGATGCAGCAGGGTGCATTAACTTGGCAGATTCAAATTCACCATCCTC
AAAACCTGGGGAAGATCCAATCTGTAAAGTAAATATCAATTCATTACACTGAATTTTGCA
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AGTCTAAAATCACACCATCACCGTTGCTAATGATTATTCTATGGTGGTTACTATCAGAGA
TAAAAATGCGATCACCGTCCTCATCAACTGATAGGCCACCTGCAGAACATTAAATTTTAC
AAAACCTTGTATTAGTTCCTATGTTAGATTTTGTGGTTGTGCTGCAAAATTGATGTTTAG
TAAAATAAGTTGCACCAGAGAAGAAGCTGCAACCAAGTACCTGGATGATAAAGTAACAAG
TTTCTGAGAGAACCTACATATGGCTCTTTGACAACCTCTTCTTTCTGCCACGGAACTCCT
GATTCTAGAACATTTTCAGAAGGTTCTGCAGTCAATGCACTAAATCCTTCCATGCCTGCA
TTTAATAACAAATAGGAGGTTTTAGAAAATTAGCACATGTGAGGAACATCCAACTTGCCG
AGCAACATTCTAGAGAATCTTAAGTGAAAAAATGTGCACAGGCAAGCTAACAATAATAGC
ATAAAAAGTTGTTACTGCTGTCTAGAGCTTACCCCTGATCATGGGCTCAGGGTCCCCATC
CAATTTTGCGAAGAGTATATCATCCTTAGAACCTTCAAATAGCAAGTAGCAAGCACCATT
TGTCATCTGAATACTCATCAAACAGACAGACCATGTTTTAATCAAGCATGCATTAATCTG
ATCCATATAGATCTACAAAATTTATTTGACACATATTCCATTGTGCTTGGCATTGCACTG
TATTCCCATTGTATGAAGTCGTGTTTCGCTTCTTTAATAAATTAAACCTGTCTAACGATA
TCAAAATGGATCATCGCAAGGTATATCCATATCATATCTGAGATACTGGTACTTGGATTC
TCCCAGTGAAGACAGAATAAAACAGTGTATGCATCGTATATATAAAAATGCATGGTCAAT
GATCACAAAACATTTCTGAACTTCTTTAGTGGCGTGACAATTACAAGGATATTTGCCTCA
CATTGGTAAATTCTTTGTCTGACAACAAGATAGGAAACGTAATGTATTCCTCCATTATTG
TACGAACTGCTTGGCTTTGAGTGGCTAGGGAACTAATACCACTGCCATATTGCATAGCAA
AAACATTTAGGTGTGGGTACCTACAATGAACAGATAATAAGACAATAAAGAAATTTGAGA
CTTTTGCCAAATCACAAAGCAGCCAGATTTTACACAACTACCTCTGATGAAGATATTTCA
ATTTTCTAAAAGCATCTGAATGTTTACTGTCCCCGTCTAATGTTTCATGTGACTGATACA
ACAGAACAAGATATATTCCTTCTTGATTAAATGTTTTCCAAATGCCCTCCACGGCATTCA
ACCAACAATGATTTTTTCCTGCATCACAACAGTTAAGCAAGAATTAACAGATAGCAAATA
ACCCCTGAAGAAAAGGACCGTGCATTACATATTTACATTCATTCTTACATCTAGGAATAG
CCAAAATTGTCTTTGTTATGTCATTTGTATCAAATGCAAGTCCATGTCATCTTTCAGAAG
AAATTCAAAAAATATCAGTGCAATCATATCCTTGGAAACTATTTGTAATTGTGTACAGTA
CTTCTTGTGGCTTTCGTCCTATTTAGTTTTATCACACCAGTGCTATGAACAAATGATGAA
ATACCACAAGACTCCTGGAGTGTTGCACAATGAAAACTGAAGAGCATCATTCTCATCAAG
CATTGCGAAATTTACTGAAAATTTTGTTGGTTTGTAAATGGCAGATGAAAATTAAGAAGA
GCATACTTCTCCACCATAACCAGCAAAGCTGTGTGGGCAGACACAACAACGAGAGTACCC
AAACTATCAACAAGAACATATAGTTCCACAAAATGGCACGGCATGGGATATGATATTGCA
GTATGTTATGACTTGCGATTCAAACGGGTGATATTACCTTTGAGTGTCCCAAATGTGGAT
TTGATGAAATGTAAGAGTTGAGACTGCGAGGTGGGTGCAGTCTCACTTGAGACGGTGGCC
ACAGAGCCGTCAGAGCTTCGAGACAGAAGGGGTTGGCTTTGTTAGGACACTCAATGGCTA
AGTGAAAACTAGAGAGGCGCGTGACGCGAAAACTTCTACCTCGGAGCGTGGTGCAGGGCT
CTCGTCGTAGTCGTAGCCGCAGCAGACTGCCGCCCGTGGGAGTCGAACCAACTGCACGTG
CTCCTGCAACTGCTGATGGGAGAGCCGGCCCCGGCGGGCGGCTTCGTCCCGTGCGGCGCT
CCCGGAGAGTACGCGGAGGCAGATGAGAGGAGGCAAGAATGTAAGAGCGAGGAGAGAAAT
GCCGCGGAGGGATCGCGGGGACGCCTCAAGCGGCGCAGCGCCGCCGCGGCCCAAGCCTGC
GCCATCATACCTTGATGGCGTTTAGCAGTGGGGTTCAGGTATTCAGGACGTCCCACTCGG
TGCTCGCCGGCAGAAATGAACAAGACGGCAAGACTGCTCGTGCTCGGAGGGCGCTAAGCT
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AAGGGGAGGCGTACTGGCGAGGAAGGGCAGGCTGACGGCGCCGGGGGACTCGTGGAGGCG
GGGCGCCGGGAGGCTAGGCCAGTAGTGGAGGCAGCGGCCGGCGGCGGCGTTTGATTCAGT
CGATGCCACGATGTGAAGGCGAACAGGGCCGGGACCGATGCCTACGCGGTGGGCTGGGCC
CAATAAGTTCAGGACACCCTTTTCTCGAATCTCGAAAATGACAAACGTACAGAACCCTAT
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AACAAGACTGTGTGGTGTCCCTGGTTTGGGATGGGAGTACTCTCAGACTCACTTTTAGAA
GATGTATGGACCAGGGGATGATGAATATTTGGAAGGATCTCATTGAACATATTAAGAACT
TTCCCTTAACTAATAACCATGATGTGCCTATTTGGGTGTTAGAGCATAATGGCACTTACT
CAGTTAGATCATTATACAAATGCATCAATTTTGGTGGGGCGAGTTCTCCTTTTGGAGATA
TCTTATGGAAGATTCTATGCCCCCAGAACATCCATGTATTTTTATGGCTGTGTTTATATA
ACAAATTTTTGACTAGAGACAATGTGGCTAAGAGAAAGAATGTAGATAACTTAACTTGTC
TGTTTTGTAGTGAAGTGGGAACTGTACAACACTTATTTTTTGATTGTATTAATGCTAGCT
ATATTTGGTCTATTATCTCTGAGTTTTTTGTGATTAAAAAGATTCAATGTTTTGATGATA
TATCTTCCACGTGGAAAGTAAAAAAGAAGAGAATTATGCTTAATATGGTCACTGTTGCCT
CCTTGTGGAGTATTTGGACATTGAAAATGATTTTTGCTTTCAGGGACGTACATGGAGGGG
TTTAGGCTGCGGCCTTGCCAAGCTAAGAGGGACTTTACAAAAATGGTTGGTGCTCTACGA
CGCTGCACAAGCGAGGGTGTTAAGAAGATTTATCCTGTTGATGGACAAACATCAAGGCGA
GCTGCTTCGGATAGCATGGACGCCGGTTTCTGATTGATGTTCTAGCTTGTAATGTGTGGC
GGGATTGCTAAGTACTGATTGCAGGTCTATCCCTGATAGTAAGTTTAGTCTTTTTGTGTT
AGTTGCTTGCCATCTCAGGGCATTACCCGTGTGTTGTGCCTGGTGTGGTGGAACCTAGCT
TTGCCGAGTGATGGTAGTTGTGGATTCTGTTGTGTGTTGCTGCTTCGTTTAATAAAATGG
GGCACGGGGCAACCCCTTTCATTCAAAAAAACCTATGAAACTCTATGCGTGGCTCACTGC
GTCGTGACAGCAACTACTTAGCAATCACTTTTTTAAAAGCCTCCTAACAAACACTTCCAC
GCATCACTACCTAACGCGTTTTCAACCACCGCCACGTCTTACGTTCTGAACATATTTTTT
GGATTTTTTAATTTTTTAATTTCTCCACACGTGCTTTCGGCTTTTTAGATTGATTTTTTC
AGATTGATTTTTTGGTTTTTCGCCGTTCTTTTTTAGCTTTTTGATAAAAAAAATCATTTT
TTCCGATGACAAAACAATTCTTTATATTTTTTGCGAGAGGCATGGTTTTACCTTCGCGAG
AGGCACGACCGTGACTCTCGGAAATGAAAAAACATGTTTTCTCTCAGAGGCATGGTTTTG
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AGACATTGTTTTGCTTTCACGGAAGGTGCGGTTTTGCTTTCACGAGAGGCACGGTCGTGC
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AGTGTGCCGACCCAATTGCTAACAAAGCTTTTTTTCTATACAATATTCTACTAGTTTTGA
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TCTCTTCCTTTTTTTTTCGTTTTTCATGTTTCTTTTATCTTTTGGGTTTCTTTTCTTCGT
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TTTTTCAAAATTTGTACATATTTCCCAAAAATGTTGAGGAATTTGAAAAAAATTATAATT
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AAATGTTTGCATTTCCTTTCTTTCAGAAGTTTTGAAAAATTGTTTCAATTTCAAAAATTG
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GTTCCTGTTTCCAAAAGTATTCCTCATATCATAAAAGAAATCACATTTTTTAAGAAATGT
TTTGATTTTTTCCAAAAATGTTTTCATATGTGAACAAGGCTTTGAGTTCTTATAAATCAC
TTAGATCTGTCTGGTCTAGTGGTCCAACGCACTTACCTCGAATCCAAGGTTGTGAGCTTG
AATCCTTACGTCCTCTCCTTTTTAACATATTTTTAAAGTGATGCGCACGTGGTCTGCTGA
TGGGCCGGCACAGTTAAGGCTCTGTGTGGGTCGTTCCAACTATTTGCCGCAGGATGCGGT
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GTCGGTAAAAATCCGTAATGGTCCGTTGATGTAGCATTACTGCTCTTCTCTCTAGTTTTG
TTTCTCTTTCCGAATTTCCTTTTTCTTTTATGTTTTTTGTGTTTTTCATGTATTTTTTTC
ATTTTTGTGTTTTTGAGCAATATACATAACCCTTCTTTTAAAAACCTTACTAGGCAAATA
TTCTAACACATGTGGAAACATATTATCACGTGTGGTGGAACCAACCCCAGAAGTTCTAAA
CCGGGATTGGACGCCGTATTTTTCTGAATTTATTTTAGCCCTTCAGGCGATGTGAAAACA
ACTATTATGAAATGCAAAAACTTTTAAAATAAATATGCATCTGGTGAACAGTTTTAAAAA
TTACATTAACATTTTCTAAATATATGAACGTATATTTTAGGTACATAATAATTTTAATTG
TACATATATGTACGAAAATGTGTTATTATATTGTTTATTTGAAAATACTTTCAAAAATTA
TTAACTAAACACATGTTCTTGGAAATAAACACATACCCATCATAGCATTATTGCTACAAA
TGTTAACCAACTCATAGACGAGAATTCAAGTCAAAACTCACGAATATCGTTCAGAGTGTA
GGTTGTCAATATTTGTATTGAACGTATGCCTTAGCATATATACATGGGTAAGAATATCTT
AACCGTATCCGGTATACAAGGAAATAATCGGAAGATATCTGTAAAACTAGGAAATAACAA
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AGTCAAAGCGTCACCAGTGACACATAGACTAGACCGGAACTCCTCGAAAGAAGACATCGG
TACCCCCTTGGTCATAACATCAGCAAACTGTTGCAAAGTGGGCACATGTAGGACGCAGAT
GCGTTCGAGAGCCACCTGCTCACATACAAAGTGGATGTCCAGTTCGATGTGCTTCGTGCG
ACGATGATGAACGGGGTTAGCGGAGAGGTAGACGCCAGAGACGTTGTCACAGTACACAAA
TGTAGCCTGTGATACGTTGTGATGAAGCTCGTGAAGAAGCTACCGCAACCAGGAGCATTC
GGCAACAATGTTAGCCACTGCCCTATACTCTGCCTCGGCACTAGAGCGGGACACCGTCGA
TTGTCGTTTCGACGGCCAAGAGATGTGGAAAGGCCCCAGGTAGACGCAGTAGCCGGATGT
AGAACGACGAGTGTGAGGGCAGCCTGCCCAGTCAACGTTGGAATATGCAACCATGTCGGT
GGATGATGATGCCATCAAGGTGAGCCCTAGGGACAAGGTGTCGCGAATGTAACGAAGGAT
CCACTTTACCAAGTTCCAGTGGCTGTCGCGAGGAGCATGCGTGTGAAGGCACACCTGTTG
GACTGCATACTGTATATTGATCTGGTGAGGGTCAAGTACTGAGGAGCGCCGACGATAGAG
CGATAAAGGGAACTATCCGCCATGGGAGAGGACATGCCTACAGTTAAGCATGCCAGCGCG
CTCGAGAAGCTCATGGGCATACTTCTATTGATGAAGGAAAAAGCCATCAGAACGCCGAAT
GACTTCAATGCCGAGAAAGTAGTGGAACGGACCCAGATCCTTCAAGGCAAACTCGATGCT
TAGGCCAGCGGTGAGCTGCCTAGGAAGCTCGGTCGAGGGTGATGTGAAGATGATGTCATC
GACATAGAGGAGGAGGTATGCCATCGCGTTGCCGTGAGAGAACACGAACAGGGAGGCGTC
GGAGCGAGTATCTGGGAAGCCTGACTACTGGAGAAAGGCGGTGATGCTTTGGTACCACAC
TCGGGGTGCCTTATTCAACCCGTATAGAGAGCGAAAAAGCAGGCACACATGATCCGGATG
AGCAGCATCGACGAACCCAGTGGGTTGCTGATAGTAGACCTGCTCGGGGAGATGGTCGTG
AAGAAAGGCGTTGGAGACGTCCAGATGATGTACGGGCCTGGCATGAGAGACCACGAGCTG
AAGAACGGTGCGGATTGTGCCTGGCTTAACGACCGGGGAAAAGGCGTTGGTGAAATCCAC
TCCGTCACGTTGACAGAAGTCGCAAACCACCCAACGAGCCTTGTACCGCTTAAGGGTACC
GTCAGGGCGGTGTTTGTGACGAAACACCCACTTCCCACTAATGATATTAGCATGGCAGGG
GAGGTGGGATGAGTTGCCACGTGTGATTGTGTTGCAACGCATCGAACTCGTCCTACATGG
CGGCGAGCCAATTAGGGTCGCGAAGGGCCACCCAAACCGAGGAAGGTACCGACGATGGCG
AGAGAGTCAAAGTCGATGTCGTGCACAAGTACTACTCAATTGGATAGCGAGTGTTCGGTC
GAAGAGCGCCAATGCGTGACTGAATCATGATGCCAATCAGAGGTGCTGGAACGAGGGTCG
GCGACTGAGCGTGGGAGACCAGACCTGACGCAGTAGAGGGTGTGGTCAAAGTAGTTACCC
CTAGGGTCCAGTCATCCGAGCATGTGATGGTCCCGGGGCCCTGTTAGGCCATATTTTCTC
CCTAAGTGATTTTGGTGATTGATGACAGTACCACTATGGACTAATCGTGTGTATTGAGCA
TTTCAGATAATACATGGCAAGGCACAAGACGATTTGGCGCCCCTCGGTGTATTTCAAGCA
CGGTGGCTTCTATGGTTCTGTGTGGTGGTTTTGAGTCGT