Map Locations of contig_1575857 (5157 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map locationNo map location




Predicted Genes from contig_1575857

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_17179 1 422 bp MLOC_17179.1 Available Available None
MLOC_17178 2 1893 bp AK369327 Available Available None





CDS Structure of MLOC_17179






CDS Structure of MLOC_17178






Contig Sequence (5157 bp)

>contig_1575857 5157 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GGAGGGAGTAGTAAACAGTAATTTTACCAAATTATGGAAGCAATAGTTGCTATATCAAGA
GTATGACGATTCAATTGTCCTAGATACATGCTGACCCCTACTCGTGATGCGGATTATTCT
AGTGTTCAACAATCACCTTCTTTTGTTACTTTGAGCTTATTTAAGTCTCCATGACCTCTC
AGTAAAGTTATGCCTGCTACTCCACAATTTATATATGCTGTATCACTGGAGTAGGGCGTT
TTGGTGACCGAGCTCCATGGAGCCCTTTATTTTTTTTTAAATTCAAAATTCAAACTTTTT
GACTTCAAAAAATTCTGAAAAAAATATATGCAACTATCCAAGGATGAAATGTATATGTGT
GATAATTCAGGACGAAATACCTTTAAATGCGACCTGTACAAAAAAGAAAAATTTCTAGAC
TTTGAGGATGAATAGTATCATGTGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGCACAGCCC
TCATTTCAACGTATTTCGTCCTAAAAATGCACACATGTGTGTTATGCCTCCATGTATATC
TGTATTTTTTCCAGATTTTTTTGAATTGTAAAAATATGAATTTTGATGAATTTTGGGTTT
TTCAAAAACCGAAAAGGCATTTTCGGTATCATTGTATGATTGTAACGCTGTCTGAAAATA
CCTACTGAGAATACCTAAGAAAAAGAAAGAAAATAATTACGTAGTTAATTTATTTGCATG
AATATTAGTTTTTATCATGTATGCAGACGAATTATCAAACTGAATTGTTTCAAAATTCTG
CCCTTCAAAATAATACTGCTAATTCTACTGCAAGGAAATACAAAAAACTAATCTGGTTTA
TTTTATTGTCATACAGCTGTTCCTGGTTTACCTCTTATTGGAAATCTGCACCAGTTAAAA
GAGAAGAAGCCCCATAAGACCTTTGCAAAATGGTCTGATATTTATGGGCCAATATACACC
ATAAAGACTGGGGCTTCATCTGTAGCTGTGCTCAACTCTTCTGAAGTAGCCAAGGAGGTA
ATACGGAAATTTTCATTTCTTTTTTCTTTTCTTAATTCACTTGTTAATGTACTTTTAGGT
TCTACTACAAAATATATTCTCTTACACTTTTGGGTAATTGTGGCAACTTGGGATTTTACT
CTTCTGATTGATTTTTTCATTTACTCTGTATGCTTATGTTGGCATTATCTTAGCGAATTT
TCTTTTAAATGGAAGTATAATAATTCAAACCTAGATAAAAGAGTTCATTTTCATCCCATA
AATTGAACTTCAGAGCTTATATAATCAGTATTCTAACGAGTTTTCTACAAAAACAGAGGA
CTTAAACAAGTTATGAACTGACCTCTTTCCCCCATGAACTACCCAGAAAAATATATTACG
CTACAAGGCAGCCCAGATTAATACACTAAATATGCATACAGTTCTTGATGTATGCTGTGA
TGCAAAATTGAGAAATGATAGAATCATAGAAGCATCGCACAAATGTGTCGCACTTGACCA
TAACATCTATTCTTTTCTCAATATGCAGGCTATGGTTGCGAAATACTCATCCATATCTAC
TCGAAAGCTACCTAAAGCATTGTCAGTGCTGACTCGTGATAAAACAATGGTTGCTACAAG
TGACTACGGCGACTTCCACAAAATGGTGAAGCGTTTAGTTATGTCGGGCATGTTGGGTTC
TTCTGCTCAGGTACAAGTCTTAACACTTGGGAAATTATACAAGTGACTATGGTGAAGCGT
TTAATTAATGTATCATGATGAAATGGTTGGAAAATGTGTAGAGACAATTTAGGGACACAA
GAGACATGATGATGGACAACATGTTAAGCACTTTCCATACATTGGTGACTGACGACCCAC
ATTCTCCTCTGAACTTCAGAGAAGTTTTCAAGGACGAGTTATTCCGCCTGTCCTTGATCC
AGGTAAGTCTACAAGCTTCATAATAGCGTGCTCATCCATTGTGACACTATTATATCACTA
TCTTGATTTGAATCAATCTTCAGATGCTTTGTTTATTTATATGCGATAATGACAGTGCAC
ACAAAAATTACAGAGTTTAGGCGAGGATGTGGATTCAGTTTATGTGAAGGAGTTTGGGAG
GGAGATATCAAAGGATGAAATCTACCAGATCACTGTGGTAGACATGATGATGTGTGCAAT
CGATGTTGATTGGAGGGATTTCTTCCCATACCTCAGCTGGATCCCAAACAAGAGCTTCGA
AACAAGAGTTCATACCGCAGAATCCAGGCGAACCGCGGTGATGCAAGCCTTGATCCGTCA
ACAGAAAAAGAGAATTGCGAATGGCGAGGTAGCACCAATGCACATAGCTTGTAAACTGTT
TTATTCTGATGCAGTTCCCCTATGTGTTAATTTGGTCATCTTGAAGCAATAAAATTATGA
TATACAGGCCAGGGCATCCTATCTGGACTTCTTGCTGGCAGAGAAGGCACTGACAGACGA
ACAATTGATGATGCTGGTGTGGGAGGCAGTCATCGAGGCTGCGGATACTACTTTGGTGAC
TACCGAGTGGGCAATGTATGAGCTTGCTAAAAACCCAGAAAAGCAGGCGAGTTTCCTACA
CTGCTCTGGTTTAGTCCAGTGTTCTCTTCTCTTGTCGGAACAAAATTGTTAACAGAAATA
TTCTGGGCAACATCAGGATCGGCTCTACCAGGAGATCCGGGAGGTGTGCGGTGACGAGAC
GGTCACTGAGGATCATGTGCCACGGCTGCCTTACCTCAGCGCCGTGTTCCATGAGACGCT
CAGGCTCCATTCTCCTGTCCCATTGGTGCCTCCAAGGTTTGTCCATGAGACCACCAAACT
GGCCGGCTACGACGTCCCAGCCGGCACTGAGGCAAGTGACAACACTAATAATTGATGGCG
CAAGAAGTTTTGGCTGCTGGCCCGGCCATCGGTCTCTGAAAAAAACTACTCAATTGTTTC
AGATAGTCATCAACCTGTACGGGTGTAACATGAACAAGAAGGACTGGGAGGAGCCGGAGG
AGTGGAGGCCGGAGAGGTTCATGGACGGGAGGTTCGAGGCCGCGGACATGTACAAGACCA
TGGCGTTCGGCGCCGGGAGGAGGTCCTGCGCCGGGAGCCTCCAGGCGACGAGCATCTCCT
GCGCTGCCATTGCGCGCTTCGTGCAGGACTTCGCGTGGAGGCTCAAGGAGGGCGACGAGG
ACAATGTGGACACCGTGCAGCTCACCAGCTACAAGCTACACCCGCTGTACGTGTATCTCT
TGCCGAGGGGGAGGAAGTGAACTAAAGGCAGGTTTGGTTCGGTAATGAGGTGCTGGATTT
GCTCTTTACATACTTGGCCAAACAAGATGGCAGCATGATTACCTGAACAATTCGTTCGTG
TCTTGAGTTCGCCTGTCCTTGGTTATTTAAAAGAAAATGTGATGATGAAGATAGATCTCT
CTCTGCCTTGGCGTTTGAAGATGCACCCAACAGAAATTGTTACTTTCATTGCAATATTCG
CGGTGTAAGGCGACAAAGATAGTGACGAACTACATGATCATAGAAAGAAACCAGACACTG
CATGGCCGTTAGCTCTTGTGTTCTGAGATTTGCCGGTGCAGTAAAGACCACGACTGCATC
TAGTTGATAAATAAAAAAGATAACTGTCATTTCTAAGTAATTAAATCGAAAATTAATACT
CGTGACATGAAAGAACATGGTCTAAACGTCTTCATTATAATCCATCTTACCATATTAAGC
AGATAACAACAGCAAAAAAATTTTGGCTTCAGTTTTTTTATCACTTAAATTATAAATCCA
CTTAAAAATTTGTTTACATCATTAAATTTATTTCGACGAGATCTTTAAAACTAGATACCA
TATTGATATGTTTCGACGACTTATATTTAGGTCAAAAGTTGCCACGAAGTTTACACTACA
ATTGCCATAGTGTTTATGATAAAGTTGTCATGATATGTTTTATCTGTTTTTTTTCTAGAT
TTACAGTTAGCATTGTATTTCAGTTACTTTTCACAATTTTTTTTATTAATTGACCATAGA
AATTTTTAGTAATTAGCCATGGAAAGTTAATTTATGGATCAAGGCAACTTTTATTTATTC
ATCATGCAAAATTTAGTTTAGAAATCATGACAATTTAAATATTTTGACCATGGCTATTTT
AGTATTTTGAGCACACACAAATATTTTTTATATGGACCATGGCAAGTTTTAGTTCATATA
TCATGATAAATTTAAGTAATTCACCATGGTAATTTTAGTTTAGGGTTTATAGAAAAAATT
GAGTCATTGACCATGCATTTTAAAAGTAATTGACGAATTTTTTCAATTATGAACCATGTC
AAAATTATTTCATGAATCATGGCAAATTTTAGTAATTCACCATGGCAAGTTTAGTTTCTT
ATTTATTTTTATAACATGCCAAAATTTACTTTAAACTTAGAAGAAAAAATAGTTGAAACA
TATCATGACAACTTCACTGTAAACATCATGACAATTTATGTACAATAGAAATGACAACTT
TTAACCAGAAAAAAGTAATCAAAACATATCGATATGGATCTAGTTTTGAAAATCTCTTCA
CGACAGATTTAATGATGAAAATGGTTTTTCAATCAAAATTTTCATCTAGAAGATAAAACA
TTCTAAAAACTGAAGAAAAGATTTTCGCTGACATCATCAGTTTTGTCATTTATGTATACA
TGCGATATGATGGGGCAAGAATTGGTTAAACATTATGAGTTAAAATATTTGTCAAACTAA
CAACTTATCTTGGATGAACAAACGTGCTTCGAAAAAGAAAGCCCCAAGGAAGAAGTGGAG
AATGCCCATCTCCCACTTTCAAGAGTAATCTTTTGCACACATTCAATAAGTTCTTTGACG
AGACAACTCTTAACAAGAGCATAAATTGTATGGATACATAGAACTGCTAAAGATGTTAAA
CATATGCGTATATATGCAATGTTCTTTGTATCAAGTTTCTTGTACATATTGCTGGTCTTC
GATACATCTTGACTTCAAAGGTTCTTCACGCCCCCTCGAGCTCGCAGGGACATTGTTTAA
TATATCCACACATGCATCTATGTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGGATAATAAACGA
TTATTTTAAAACAGGAAACATAATAATAACTATTTTTATCATTGCCTCTAGGGCATA