Map Locations of contig_1573848 (7048 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_1573848

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_16581 1 3436 bp MLOC_16581.1 Available Available LOC_Os11g11960.1, FRAME:-2, EVALUE:0.0, 13111.m01266 protein disease resistance protein RPM1, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_16581






Contig Sequence (7048 bp)

>contig_1573848 7048 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AATTTATGCTACGTTCCCCAACAGCAGCTTCACTACATAAGTAAATAACATGTCCGTCAA
TATTATCAACCAAGAGATCTTTAACTACAACAATATTAGGCTCCATATTTATTTGTTCGG
AAGGTTTGTGTGTTCTAACATAACTTTTATTAACCATAGTTGTAGCTTTAGCATGTTTCC
TAATCCTAACAGGAAAACATGGTTTCTCGATATAATCAATAGGTACAACTGGATCGATAT
GATAAACAATTGTTTCCTTCTTAACTTTAATGGGTTCCTCTAATAATTTTTCAATAGATG
GATGATATTTAAACCACTTCTCCCTAGGGGAGATCGACATGAGTAGAAAATGATTCACAG
AAAGTAGCTACTATCTCAGAGTCAAGCCCGTATTTATTGCTAAGCTTTTGAAAAGTATTG
ATTTCCATAAAAGATTTAACACAATCAAACTTAAGCCTTATACCTGGCTCTTTACCTTTG
TCGAATTCTCAGTCTTCATAGTTGCATTTAATTCTTTCTAGAAGATCCCATTTGAATTTA
ATAGTCTTCTTCATATAAGAAGAGTCGAGTTGTATTTGATCATCATGAGAAAGCCGAGGA
TAAAAAATTTGTATAATCATTTCTCTCGAGAGCTCATGATTGGGAAAGGTGTGCATCATA
GATTTAATCCTCCCACAAGCTTGAGCAATGCTTTCTTCATCACGAGGCCAACAATTATAA
ATAAAATTCCGATCACGATGAATAAGATGCATAAGATAAACCTTATGATGAAATTTCAAC
TTCAAGCGATTCGAGTCCCGTGATCCAATATTATCCAATAACCTCTACCACATCAATGCT
TTTTCCTCCAAAGATAAAGGGAAAACTTTCTTCTTAACTTTGTCTCCAGGCAAACCTACA
AGCTTAAATAATTGATACGTCTCCAACGTANNNATAATTTTTTATTGTTCCATACTATTT
TATTATCATTTTAGGATACTTTTTGAGTATTTATACACTAATTTATATTATTTTTAAGCA
TTAACCTATTGACCTAGTGCCGAATACCAGTTGTCGTTTTATGCGTGTTTTTAGCTTTTC
AGGTTTACAGTACCAAACGAAGTCCTAATATATTTCTACAAAAATGTGGTTAAACTTAAA
GAGGGTTGAATTTTCAAAAAATATATTTTAAGATGAATTGAGTATAAAAAATATGAAAAT
CCAAAAACATCAACAACGCAGCAAAGCGAGTTCAACCCTTTTAGTATACTAACTCCGGGT
CTTGTCAATCTGAAATTTGGGCGCCTAATCAAGAAATCACACAAATACACGAGCTGTTGC
AATGACAATGTAATACCTCTTGGTGAATCAGGTCATAGGGCCTTACAGTGCCAAGATCAA
GATATATCCACATATAAGATGAAATGTTTGACAGGATTATTCACAGAAGGTGTTCCATAA
GAATGATACACATCATTACATAAAATCAGTACTAGCACATGTCTTAAACAACATAAAACC
AGACTGGGACCGCTGGAAGGCAATGGATACCAAACTTTGAAGAGTAAATATGTTGCACAT
ACAAGTGCCGACAAATGCTGATGACGACATCAATATATAATCACAAATTTGCTGAAACGA
TTAAAAGTACTACACAACTGCAACTGACAGATGCACCATACAAGACCGACACCGCAGGGA
GAACTGAGCCGCCACATCTAGATATAAACCTCTGGAACATGCAGGGTCTTCTGATGCATT
TCGTTAGTGTCCCAATGACTTCTGAAATCCTTGTGCAAATACTTCAGTGTAAGCTTCTTA
AGGGAGCGGAGGGATTCAATGCCTTGAGGGACCTTACCAAGCTTCGGCAACGAGATAATA
TACAGACCTTCAACGCATGGAAGAGCCCCCTCAGTGATGTCTAGTTCACTGACACCAGGC
ATGCGCATTAAGATAAGTGTCTTCAGGTTTGGAAAGGAATCTGCAGAAAGAGCCAGAGTA
TTTGCACCATGTATGTTGTTAAGTTTCAGATACGCGAGGTTTGGCATGTGCCGCGCAAGC
ACCTCTAGCGGATCTTCCACAAGGTGACACCAGCTTAGAGCTAGATATTTGAGATGTATC
CCATGCTTCAGAAATATCGGGCAATTTAGTGTCCCCTTGGCCCATTTCCCTCTGATAATC
AACTTGTGTAGATCTGTGGACCTTGGCTGGAGAGCCTCAAAGCAAAGTGCCTCATTCTCA
TCCCTTGCACAAAGAAGCAAGCTTGAAAGAAGTGGCATATTTGAAAGGGTAGCAAACAGA
TTTGCACACTCAGCGACACTAATATTATCAATCCACAGACTTCTTAGTTGCATCAGTTTC
TTCAGCTGCTCAGGCAAGTCATTACTGGATTCCACGGTCTCAAGAGTTTGCAGTTCGTCC
AAGTTGGACAACTCTTTGGGTGCTTGCATTCCATTGAAGTACCGAAACTCCACCTGCTTC
TCATCAACATATCTATCGGCTAAAAGATGTTGCAGCTTCTTGATCTTGACGAGCCCTCGT
GGTAGCTTCTCTATTTTGGTTTGCTTGATGTCGAGGGTGTGGAGGCGAGACAAATGCTCA
ACAGAGTCCGGAAGTGACTTGACCTTGGTGCGTCTTAACCCAATATAACGTAGATTGAAC
TGAGACCCAATCGATTTTGGCACTTCAGTGATTTCAGAGTCTTGCAGCTCAAGAACAGTA
AGGTAGTTGGATACCGACAAAATTGATGATAGCATGTCAGGCGAGGATGGAATTACTCCT
AGGGACACTACTGTACGAAGATGTGAAAGCTTAGCTTTCAGTGCAATGTCCTCTTTCCAT
TCACATGACGACAGACGGCGAATATCCACCATTGCGCCGTAATCATCTGTTGAAGCAAAT
CTCTCTTCTTTAGCAACAGAACTAGCCAGTTCCCGCATAATATCATGCATCTTACAGATG
TTGACCCTACCAAGCTCATCATACTCCACCACCTCAAGCATGTTGCGGTGGATCAGCTCC
ATGAGATTTCCCTCAGCTACCATCTCTGGCGTGTTCTTTCCCTTGCTCAGCACAAAGCCT
TCTGCAACCCACAGCCTCACAAGGCTGTCACGTGACATGGGGTAATCTTCAGGGAAGAGA
CTGCAATATAAGAAGCAGTTTCTCAGATCGTCTGAAAGGTCATGGTAGCTCAGATTTAAA
ATTGCTCGGACATGATCATTGTTTGACAACTCGTGTCCAAGCTGATTGTACGTTTGCTTA
TAAACATCTAAATTTTGCCTTGAAGACAACATGCTGCCAATGGTAACAATTGCTAGAGGC
AGGCCATGACACTTTTCAACAATAGAAGTAGCAATTGTCTCAAGATCCTTGGGGCATGTA
TGGTCCTTCCTGTTGTAAAAAGCCCTTCTACAGAAGAGCTTAAATGCATCAGGATTACTC
AATGGCAGGAGCTCAAGGTGACGTGTGGGAGAAGAAATTCCGGCAACATGGTCCTTCCGT
GTTGTAATGATGATGCGGCTTCCTTGGAGATTCTGGAAAGCATCACATATTTTGAAGTAT
ACCTCTTGCTCCCAGACATCATCCAGCACAATCAGATATCTTCTATTTTCAAGTATCTTC
TCTATTTCCCTTTTCAAGTCATATATGTCCATTTTGTCCATGCCTGCTGACAATGGTTTT
TCGGTGTATCCAATCTTCCATAGTATCTTCCTCAACAGAGCATCAACAGTGTAAATTTGT
GACACAACGATCCATGCATGTGCAGGGAACTTGATCTTTTCACATTCATAAACATTTGAA
ACCAGGGTAGATTTTCCCAACCCGCCCATGCCTGATACTGTTATCACATTGTTCTCCGTC
TCTTTGGTGTGCAGCCATTTGGTCAGCAATATCCTGTTTTCTTCAATTCCTACTAGATCT
TGATCTTTGACAAATTCAGGGAAGCTGTCCTGGGACCACCGTCTTTCCATCTCAGTAAGT
GGGTCCGGGAAAAGCTGGAAGGGCTGCAACCATCGTTCTTTCAACTTTATAACTTGCTCA
ATCTCCTCCTCTACCACAACTACCTCATCCGCAATTTGACTGAAAACTACATAATCATTT
CCATTCCATAGTTTCTTCAGGCGACTTTGTTCCTTATGTTTAAGCACATGGTATGAATAT
TTATCCATTACATCTTCAACATGGTAGGCCACGTTTCGGACTTCCCCAATCCAATTCTTG
ACACCTTTGTCAATGAGGTATACAGTATCTATCTGCATTATTACATTACTCATCATAGTC
AGTTGCTTTCTTATTTGGTCAACCTTTACCGGCAGTTCCTTCAGATTAGTAACTTTTAAG
GAGAGCTCAGATATGATGGCCTTGATGGCTTCATCTCCTAAAATGGAACCAATCTTCGTT
ACAGCAATAAGTACAGCCTCGGCCATTTGAGCTGTTCAGCAAAGAGAGTGCATGTTACAT
GATAGAGTAGAAAAAATCATCTAGAAGTAACCGAATTAGCTCATGCATGAATAAGTAGTA
CTAGCTTATAACCCTTGGCCCATGTCATTCCATTTTTTTCTCAACTAAGTTTATCGATTA
TAGCATATCTAAAACCAAACTATGATCTATCATGTGTGAAGATACCAGGTATCACCACAT
CAGAGTATCCTTTTTGCCCACTGAAATCACCCCATGGGTCAGAGTTAACGGCAAACAAAC
AGATGGAATTCCCAAGTGAACTTCACCCGGCAGAATTTGGAAAAGATACGAGGATTTTCG
CTCACGTTCTAGAATAGTTAATCTTTGGAAAAGGCAGCTTTTGATACCGGTGGTTCACAT
CATCAGCTAGTACTGCTCACCTTCTAGACACTTGTAGCAGGTGGCCTATGGAGCAGGACA
GCACTCACATGCCGAATGAACGACCAGTGTGATCAATTCTGCAGCATAAGAAAAGAGAAA
CCGGACATCAGAGTATGTAGCCAAGGACACAGTCACAGAGATGAGCAATTAAGACTTGAC
ATACACAATATTTAGTTATTTACTTATTTAATACTCCTACTACAATTAGAAGAAATAAAA
ATTGGCAACAGGTTTCGGCCTCTAGGTCGTGGTTGGGACATTCTGGCGAACACATGGCAG
GCGAAAACTTTTCTCTAGTAAAACTGCAGACAATAATCTAGAATTTTATCTGGAACACAT
GCATGAAGCCGTTGGATTACAACGCTCCCAACTCCCAACCGTACTATGCTCCCAACATAG
TAGTCCGCCAATCACCCGAGAAGCCGCGCGTGATGAAACTATGTACTACCACAGACTAAT
AATACATGTATGAAGAGTACCTGATGGGCTCTGCAGCAGAGCCGAGGGGAAAGAAGGGGG
CTGCTGGATCTGCAGTGGGCGAGAGCAAGGCTAACTAAATCGGCTCGGCTTGTGAGAGTG
ATTCATGCGAGGGGGGGCGTTGTGCACGGCATACATACTGGGCGAGCTTCATCAGTGGAG
GCGGCTGGAGAAGGACATAAGAGGAACAAGATGCAAGTGCAATCAATCAGTGAGCGATGG
CGAGTTTGGCGACCTGCTTAATTTTCTGCCGTCTCTCTCCTTTTCAAGATCACTTTGTTT
TTTTTATTGTTTTTTTGAGGGGATCACTTGTTCTTTTCTTAATAGAGCAGGTCAAGTCGT
GCCTCTAAAGCTTTCATTTCATTAGTTGAAGCTGGTAGGGCAAGAACTCTTTTGTCCAAA
AGTATCGCGACTTCACTGTGCAAGTCTCCATTTGATGTTATCTTTTCCTATCTCCCTTTT
TTTTTAAGATCCAGCTCGAAGGCTGGCTTGGATTGATTCATAGCAGAGAGCAAGTAGGAA
TACAAAGGGTGGTTTCGATCATGAGACCAAAGACGTAAAAAAAAAGACAAAATAAAACTA
ACACGCTATCTCACGGAGGGTCCCCTTTTCTAAAAAAAAAAAAATCTCACGGAGGGTCCA
AAAAGGGTGCTTCAAAAATGCTGCTTCCGTTTGGCGCCAAGACTCAAGAGTTCTCTTGAT
AGTCGTGTTGATACTTATCAGCGATGGTACCTTGTTTCTGTAAAGTACAATCTTTTCTCT
CCTTCGAGAGCTCGGAAAGAATTAGGATGATTGTGGTTTTGATGGCCTTCTTGTGTTGAG
AGCTTGCTCCACTGATCATTTCAGCTATGATGACTGCTGGCTTAGTCTTGTTTTGCCACT
TGCTTGGATGGAGCGAGCTGCAGCCGTTTCCACCCGCCGGCGCAGCCCACACCACACTCG
ACATCGGGCACTGCCAGAACAGATGTTTAGAGGATTCCAAACTTCGGATGCACAGCTGAC
ATAATTATTCGTTTGACCATCCCCTTCTTTGCAGACGATCATTGCACCATAGTCTGTTAT
TGAGAAGCAGCCATGTGAAAACCTTCAGCCAAGCAGGTGCCCAAGTGCTCCGAATTATTT
TTGTGAAATCTGATTTCATGAAACCTTGAAATTGGGCCTTGTATGCAGAGCTAGCAGGGT
ACATTCCTGATGCCTCATGTGTTCACTTGATGGTGTCTCTTGCATGGTCTTGGGGCTGCA
GACCTCTTGTTTGAATCCACATGTGCATCCTGATCGTCTCTGCCCAAAGGTGTCGGGTGT
CTCCGTGCGCTAGATCTTTTATCCACATATTGTTTGCCACGGCTTCTTTGACCGATTTGT
TCTTTCGGGTAGAGTGCTTAAAAAGTGTGGGGAAAGCCTTCTTCAGGTTGCCTGAGCCGG
TCCACCAGCAGTGGGAAAGACCTTTTCCTATCTTACATTACACATACGCATACAAGGCTC
TTCGGATGAAGACAGTAGCTTCGGTTTTTCCGTAGTGGGCGACGGCGAAATCTACGTCCT
TATCTTTTTGGAGGCCTTGCTTTGTAGAGGCAATTTATTATGCTCTCACTTAATCTAGGT
AGTGATAGATCCCGTGGATCTTAGGCTAGATGTGTTTGGTATGATGTCGTAGATTATTAC
CTCATGGTGTACTCAATGAGTTCCCTCCGGCGACCGTCATGAGGTGGTGACGACGGTGGG
GAAGGAGAGAGAGATCCGGTAGTGGCGG