morexGenes - Barley RNA-seq Database

Contig contig_1572945
Source Contig contig_1572945
Contig Data
|Contig Location|
|Microarray Probes|
|Predicted Genes|
|CDS Structure|
|DNA Sequence|
morexGenes
Links
Map Locations of contig_1572945 (7968 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013	Oregon Wolfe POPSEQ 2013	Morex Genome Release 2012
		No map location
Predicted Genes from contig_1572945

Gene ID	# CDS Predicted	Max CDS Length	Probes in Cluster	FPKM by Treatment	FPKM by Replicate	Top Rice Hit
MLOC_16279	2	3519 bp	MLOC_16279.1	Available	Available	LOC_Os08g12820.1, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13108.m01368 protein proteasome/cyclosome repeat containing protein, expressed
CDS Structure of MLOC_16279

Contig Sequence (7968 bp)

>contig_1572945 7968 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TCATGTTTTAGTATTTAGATACATCCATTTCTAGATAAACCTAAGACAAGAATTTTGGGA
CGGAGGGAGTATTAAATTTCTTGTCTTCTAGGATGTGTTTGGTTGGTGCCTAGTCTAGAC
CTACCAAACATTTCTGGCCCAAAAATCTGGCAAGCCAATGATAATCATAGGCTTCCAATT
TTTGGCACCAACCAAACATATCCATAATTTCATATGGCTGTTTCGCTTGCATTAGACTAA
AGTGTCTGTTTAAGTTATTTTAATTTTAACATTGCTTTTCATATGCAATTGTTGTGCGTC
TAGTTGTTATTTTTGTGGAACAATGAGGCTCTAATTTTTAATTGGTTTTGATTTGGGAGC
TTTATTCATTGGATAATAATGTCGAGCAAGAATTCTCTAGAATACCTGGTTGTTAAAGTT
TGTATTTCCAATGAAGCAAGCTATTAATTTGTTTCCATCGTATCCTTTTGCCTGCAGTGA
GAGCTTGTATGAAGATGAGGAGTTTGACCAGAGACAGCTAGCTGCACTAGTTGTTTCTAA
GGTAGGACCTCATTTTATTTCATACCTTGTCTGGAAGCGTCATATATTGTATTGCTTATA
TTGATGATTGCTGCATATCATGTAGGTATTTTACTACTTGGGCGAGTTAAATGATGCACT
GTTGTATGCACTTGGTGCTGGGCCTCTGTTTGACGTTTCTGAGGATTCAGACTATGCCCA
TGCTCTTCTAGGTTAGGAGTTGTCTTAAGTTCTCAATCATTCTGGATGTTATTTCACATG
AATTTCTTTTGCTCATTGTGTTGAATTGGTGCTTCTTTTCTTTCAGCCAAAGCATTAGAT
GAATATGCGAGTTTCAAGACAAAAGCTTCTAAAGCTACAGAGGAAGAAGAAAATGTGGAT
CCGAGATTGGAAACCATAGTGGAGAGGATGTTGGAGAAGTATGATAATATCCTACCGTTT
GCACATATCTTCTTATTTCTCAGATGGAGTGTTCAGCTAAAGGTTACTCTTTGCTGTAGG
TGCGTTCTTGATGGGAAATACCAACAGGCCATGGGTATGGCTGTTGAATGCAGGAGACTG
GATAAACTGGAGGAAGCAATTGTTCGGTGTGATAATATTCACGGGGCTCTTTCATATTGC
ATCAACCTTTCTCATCAATATGTTAGTCACCGTGAATATCGCTGTGAGGTAGGGGCATGT
TAAAAATTATTTGGCACTATGGTTGGTTTATTAATTCCAAAAAAAAGTATTTGTGTAGAG
TAAGCAAAAATAACATTCTGACCAAGTAATTCATTTTATTGCCAGGTTCTTCGCTGTCTT
GTTAAAATATATCAGACTTTGCCGCATCCAGATTTTCTGAGCATCTGCCAGTGTCTTATG
TTTCTGGGTGAGCCTGAAACTGTTGCTAATATATTGGACACACTACTTTCTGGAAGCAAG
GTATATGTTTGTTCTTTACTCTGCACATTACATTACTTACCGTTGTAGTCTCTGTTGCTT
ACTCAAGATATTGCATCATGCAGGATGATGCTCTCCTTGCATACCAAATTGCCTTTGATC
TGGTGGAAAATGAAAATCAGGCCTTCCTTTTGAACGTGAGGAATCGCCTGGACTCACAGA
CTCCTGGTCAGTCTAATCCTGATAGTGGTTCGGCTTTACCGGCCGATCAGACTGTTAATG
CGGGTGCAACTAGCACAGAACCAGCGGGTGATGTTCAGATGGGAGATGACACTACTACAG
CAAATGGAAATGCTCACCCAGTGGATCCAAATGAGGCAGCTCATGCTGATAAGCTTGCGA
AACTTAAAGGAATACTGTCAGGGGAGAAGTCTATTCAGCTTACGCTGCAATTTTTGTATA
GCCACAACAGGTAATACTTGTTATGTCCTAAACATTGAACCTTCGTCTCTTGCACCTTTT
ATATATCTGACAACACCTTGATGGGTTGTTTGTTTGATAGGTCTGATCTTCTAATTCTGA
AGACAATAAAGCAGGCTGTGGAAATGAGGAACAGTGTTTGCCATAGTGCAACTATTTGTT
CGAATGCGATCATGCATGCAGGAACAACTGTAGATACCTTTCTAAGAGAGAATCTGGTAA
AAAAAAATATCTGGTTGCTTTGTTGTCATGCAGTATACTTTTCCCCCTCTGTAATATCTC
ATTTTGGTATTGTCTTGCAGGAGTGGTTAAGCAGGGCAACTAATTGGGCTAAATTCAGTG
CAACAGCTGGGCTAGGTGTGATTCATAGAGGCCACCTTCAGCAAGGTCGGGCTTTGATGG
CCCCATACCTACCTCAAAGTGGTGCAGTTGGTGGTGGCAGTCCATACTCGGAAGGTGGTG
CCCTCTATGCTTTAGGTTTGATTCATGCCAACCATGGTGAAGGAATCAAACAATTCCTCC
GTGAAAGCCTTCGCAACACCAGTGCAGAGGTGACATTCCGTTCCTTGTTTGTCCTAGATA
TGTAATGCTATTTATATTGTGTATATTTTTCTTACTTAAAAACCGTATTATGCAGGTCAT
CCAGCATGGTGCCTGTTTGGGACTTGGGCTTGCATCTCTGGGGACAGCAGATGAAGAAGT
GTTTGAAGACATAAAGAATGTCCTTTACACAGACAGTGCTGTGGCTGGTGAAGCAGCTGG
TATTGGCATGGGTTTGCTCATGGTTGGGACAGCCAGCGAGAAGGCCACTGAGATGCTCGC
TTATGCACATGATACACAACATGAAAAGATTATCAGGTCAGTGCTGTTTAATTATTGTTG
CGGTATTTCTGAAGATGTATCCAGCTCTTGTTTCTGACATCTCTCTCTCTCTCCTTTTCT
CTCTAGGGGTTTGGCACTTGGCATTGCATTGACGGTGTATGGCAGGGAGGAGGAAGCTGA
CACCTTGATCGAACAAATGACTAGAGATCAAGATCCCATACTACGATATGGTGGTATGTA
TGCATTGGCTCTAGCCTACAGAGGAACTGCAAATAACAAAGCTATCCATCAGTTGCTGCA
TTTTGCTGTATCGGATGTCAGTGATGATGTTCGTAGGACTGCAGTTATGGGTCTTGGATT
TGTTCTATACAACGAACCGGAGCAGGTTTGTAGCATCAAAACACCTTCGTATTTAAATAT
ATGCCCGCTATTCAATAATTCCAAGGAACAATATAGAAGAAAATGCATCCTTACAAATTA
GAATTTTATTTCCATTTTACTCATTATGAATTTATATGCGGCATCTCTTTGCCATCTAAT
AGAATAAAATGCTAATAAAATAAAATCATCAATAGCTTTGATCCACACGTTATTACATCT
TCTCAATAGCTTTGATCCACAACTTCTTCTGTTCTGATCATGCAGACTCCAAGAATTGTG
TCCCTGCTCTCTGAATCGTACAACCCGCATGTTCGCTATGGTGCTGCTTTAGCTGTTGGG
ATATCCTGTGCCGGAACAGGGTTAAGTGATGCCATTTCCTTGTTGGAGCCTCTCACATCA
GACGTTGTTGACTTTGTGCGCCAGGGGGCTCTAATTGCTATGGCAATGGTCATGATCCAG
ACGAATGAATCCTTTGATTCTCGTGTTGGAACATTCAGGCGTCAGTTGGAGAAGATCATT
CTTGACAAGCATGAGGACACCATGAGCAAAATGGGTGCCATACTTGCTTCTGGTATTCTG
GATGCTGGTGGTAGGAATGTCACAATCAAACTTCTCTCGAGGAACAAGCATGACAAGCTC
ACTGCTGTGATTGGCCTTGCTGTTTTCACCCAGTTCTGGTACTGGTATCCACTCCTATAC
TTCATCAGTTTGGCCTTCTCGCCAACAGCCATCATTGGTCTCAACTCAAACCTGGAAGTG
CCGAAGTTTGAATTTCTGTCACATGCTAAACCGTCCCTCTTTGAGTATCCCAAACCGACC
ACTCAGCAGACTACAACTTCAGCTGTCAAGCTGCCCACAGCCATTTTGTCGACCTATGCC
AAGGCAAAATCTAGGGCGAAGAAGGATGCAGAAAGCAAAGCTGCTAACCAGGAGAAGACA
GCTGAAGCAGAGAGCAAAGCTAACCAGGAGAAGTCAACAGCAGAAAGCAAACCTAGCCAG
GAGAAATCAACGGAGGCAGAAAGCAAAGCCAAGACGACGGAGGATGCTTCTGGTTCTACT
GCAGGCGAGGCATCTAAAACACAGGAGAAGGACGGTGATGCAATGCAGGTAAGAATAAGA
CTTCACTGCATCTCCTTTGCTTCACATTTTTTTACTTCATGGGTTCACTCACATCCAAGA
ACTTTACCAACATTTACCAACTATTGTAGTTCATAATTGAACCATGCTAGTTACTTGTCT
TGCTTCACAACCATGCTAGTTACTGTATCTGCTTGCTGTAAAAAACCCTAATAAATTAGA
TGTCACAGCTCAGCTCAGTATATCACTGTTTTTAGATGTAAGCCTGTTAATAGAGTTCTT
AGTATGGAACCTTGTGTCCAGCACTGAACTTGTGATTCATATCTAGCTGAAATTCCTCTT
CGGGCATCAGCTCCATAGAACATGCTCATATCATTTGATTGAACCAACCCCAGACTCTGT
CCGTTTTTGAATTTACCCGTCTCAATTTTTGTTCCCAGGTTGACGGCGCAGCAGAGAAGA
AGGCCCCGGAGCCAGAACCTGCCTTCCAGATCCTGGCGAACCCAGCCCGCGTTGTTCCCG
CGCAGGAGAAGTTCATCAAGTTCATCGAGGGCAGCCGATACGTCCCTGTGAGGCCCGCAC
CCTGCGGGTTCATCCTCCTCCGAGACACGCAGCCCAGCGAGGCGGAGGAGCTCGTGCTCA
CCGACGCCCCCGCGACTGTGGCCACGGCCGCCGGCAACAACGCAGCAGCCGCTGCTGCGG
GGCCAGGCTCGGCCGCCATGGCCGTGGACGACGAGCCCCAGCCACCCCAACCTTTTGAGT
ACTCGGCCTAGGCTGTCGTGATAGGAGGGAACGTTGTCTGTACTCACTGACTAGCTATAC
GTTGTTGCTTATTCCTTTTTCGATTGCGGGAATTTGTTGTTTGTTGGAAACTGTGTAGAA
TCATCATGAGTAGAGAACTCAAACTCTGAACGGGAGTTACAGGACATGTGCTCAACGATG
TTTGCGTCAAGGAAGACGATTTGATTTATATTCTCTACGGCATATAAGGATAATATGTTG
CAATGATAATTCAGAACTGTGAGGAGCGCTAGAAAGACCTTGGATATTTGCCAGGACTAC
AGTTCTTGGGTTACCAAGTTTCACTCCCTTTTGCTGTTAATTTCGTATGTTGTTTGTATG
AATTCTGAAGCCTAGTCAGGCGAAATGAACATAGGAACCATACAATATGCATGTTTGTTG
ATCTGAAGAAAACAAATACTAGCCACGCCCAATACTTAATGTTACAGAAAATATATCTTC
AGTTTTACACTTCCGAAATTTTGCTGACCAAAAGTTTGTGCTTCGCCTAGCAGCAAAATG
TATCAAGAACGTCGCCAACTATAAGGCAATGATATCGCTCATGATGCTCATTTAGAATAA
AGGAAATGACCGAGTTTTCAGACACAAGTGCGAGCCGCCACCTTTTTGTTTAATGTTATC
AAGGATGAGATCAAGCTTTGGGCCAACAAGGGCGCAAAAAAGGTTGGGTTCCATTATCCT
GTGAATAGTTGCTCCGTGTATTTGTAGGGCCTTAGGGCATCTAACAAAACTATTCTCTTC
TTTTTAATTTATTATTATTAATAGATGAGTCAAAAGGCAAAAAAAAATATACCAACGATT
GACAACACTATTGAAACATCAGCGTAAATCCTTTCACGCCGGCCTTAGGAAAATATGGCG
TGATACCGACGTTACCATTACTGATGCTACTGTTATCACCGCTATCAAAACTACCATATT
ACTGTGTTACTAATCACTCTGATGGAGATACTAATTTTTCAAGTGTGGTTGAATTGACAA
CTCAGCTCCTAATACGTGTAAATATACTTTGGCTCCTCTTGTGTCGAATCTATAAATTTG
GGTTGAATACTCTACACTTAAAAACTATCATGATTCCATATACTTGTGGGTTATCATGGA
GCTCCTAGGATGGCCTCCTAGAAGGCCTTCCTAGGAGGCAAAATGTCCCAAGCGGTCTTT
CTAAACCTGTTTTGTCACTATATTAGCTCCTTTTCACCGAGCACCTCCGTAGAATCGCTC
AGTCGTCCAGTCCTGGATACCCCGTAATCCATTGGTCCGACATATACCAATTGAAAAATG
GCAACCTTGTGGCCTGTCACATGCATGCATTCTCTGTCACCATAGAAAAATCAAAATTAA
GCCAGGCAAATAGGCTACCAATTTGATCCAATCAAGCGCGATAACTGAACTGCCTGGATT
ATGTACTTAGCTTTTGGTTTGTTGTTAGCTAAGTTACAGATTACTCACAATTTTTTTTAT
ATTAGCTCAGAGTTGTTGGTCCTCGGGGTGGTCCTCCGGAAGGAAGGGAGCGAGAGCTGT
GGGGCTCGTCGAAGTTGCTCAGATGGTGGAGCTTTCATGCGATAATGTGGGGGGGGTTGA
TTGGTTTCTCATTTGAACAAGAAAATGGGCCAGGGAGATGCATGTGAGCAAGGGGAACGT
GCTGGACGGGTGAGGGGATACAGGATAGGCTCACCTCCTCGGAATCCATGGTAGGGTGGC
AGAGTGGTTTGCCGCTCGGTGAAATCGGTGTTCGGGGGAGCTCAGGTACGTAGAGGTGGC
CATCATCCCACAGATGCACACGGCCATGGGGAGTGCAAAGGTGCCAGCAGGGGAGGGGGT
TGACGGCTCCTCTGTCGTGCCGGAAATTCGCGTGAGACGATGATGGGAGCAAGCGGAAAT
TTTTCGGAGACGACGGCGGGAGCAGAAACAATGGAGACGTTGATTCGCCACAACCTGGGG
GCTTCGTCAGGGGAAAAAGAGGAAAGAGGGAGTGGGTCGGGGCGGATTTAAGGTACACGG
CCGCGAGGGATGGCGTGTACTGGAGGTGGAGATCATGGCGTCGTGGCCATGGTCGTGCGC
CGAACGTCGGGGCATGTGTGTGTGCGGGTGCTCGGTTAGGGATGACCCTAACATGCGGGA
CCCGCATGTCAGTGGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGTGGGGTGGATGGGCTGCG
GGGCTACCTAGGCCGGTTAGGTTAGTGGGCATTTTCCTTTTTCTTATTTTATTGTTTATT
GTTTTCTGTTGTTCTTCTTTCTTTTTTTCTGTTTTATTTCTAATTTTGAAACCATTTTGA
ATTTCAACTTTATTTGAAAAGAGAATAGTTTGTAAATTCCAAATGAAATATATGTGAGAT
GTTTCACATTTCATTTAGGAAATTTGGAGAATTAATTCCTGCACTTATCTTCCCTATATG
AATTTGAATATGGTTTCATAACCAAAAGTGTTTCAAATTCGTTTTAGAAAATTAGCAGTG
GGTCTAGGTCATTAAAAGTAGGAATATTACTAGTAGCGCTCGAATATTAACAGTAGCGTT
GGCTTAGCAGTAGCGCTCTATTTATTCCAGCGCTACTGCCAACATAGATACGAGTAGCGC
TTACAATCCAACGCTACTACTAAAAGTTAGCTGTAGCGCGTTAGCAGTAGCGCTGGCGCC
AACGCTACTAGTAAGGGTAAAACCATCACTACTACTAGGGAAAACCCTAGTAGTGCGATA
TTTATGTTCATGGTGTTTATATCCTACTCATGCTAGTATGCAACGATGATTATTAATAAA
TCATGTTCATGACCGCCTTCGCTCTCTAGATGGTCGCTTGCCAATCTATTTGCTAGCCTT
CGCCTGTACTAAGCGGGAATATTGCTTGTACTTCAAAATCCTTGAAACAAAGTTATTCCA
CATGAGTCCATGATACCTTCCTATATGCAGTATTACCCTGCCGTTCCAAGTAANNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATGAACTTCTGTTTTGTGTGCCTGGA