Map Locations of contig_1572820 (13674 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_1572820

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_16233 3 1441 bp MLOC_16233.2 Available Available LOC_Os03g55784.1, FRAME:+1, EVALUE:1e-172, 13103.m06077 protein tumor necrosis factor superfamily, member 5-induced protein 1, putative, expressed
MLOC_16232 1 909 bp MLOC_16232.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_16233






CDS Structure of MLOC_16232






Contig Sequence (13674 bp)

>contig_1572820 13674 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TTGTTTCCCATGCGACGCTCCCCAAGAGCGATTTCACCATGTACCATCTGTAAGTATAGA
AAGGACCGGTATTTGTCCATCATGTTTGACATACACTTATGAATAACAATTATTTGATCA
ATTTATTTATATATATATTTCTGTTCCGTGGCAACGCACGGGCACTAAACTAGCTTTTTA
TTTTGCATGTTAAATATGAATATATGATACTATGTCCCGCAGAGGTTGTTAGGGCTATGG
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ACGAGTCCTAAGATTTCTCCCGATACACGGAGGAGAGTGGGGTGAGGTGCACCCGACACC
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GAAATTTCTCCCAACCCCTCACACCCACAGATCAGGACCAACCGTCGGCTATACCATGCC
AACCACCCAGCAAAATGTGCCATGAGGACACCACCATCGTCTCACCACAACAAACACAAC
GAGTCCAGCTAGACCAAAATGAAGCCACCGTAGGCAGGGATCGATAGTACCGCAGACTTG
TGGGAGGGAACAACCTCCACCGGCTTAGGCAGTAGCATACCGGATGCACGAGCAGGAGCA
TGCTGGGCCAACTACGCAGCCGAGCCCAGACCGGACCCTCTAAGCTCCCGCTGCGGCGCT
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TACGGTTGCGGGGATCCCGGTTTTGGAAACCTTCTAGACTTACCCAACCGTTTTATTTTG
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TATGTTTCTTTTTTTCCTGTTTCTGTTTCAAAAATGTTCCGGAACTCAAAAAAATGTTCC
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GGGCTCGCCCAGTCGGGGGCGCCACCCCTATGCGGAGCGGGACTCCTTGCCGCAACGGCC
GCGAATAGGAGATCCTGCCGCCCTCATCCACCTTAGCTCGCCAGACAGGCCCCACTCTCA
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CCGACGTCTCGCGCGCCCCGTGATCGGTCATAAAACTTGGTTCGATTCTTCGATTCCCCG
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CGCGCGCGCAGCATCATGGCAACGGCATCCCTCTCCGGATCCGCCCGCGCGAGGATATCC
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TCGCGCCGCGCCGTGCGTCACACGAGAAAAACACGGCACGGCATGGGCCTGCGCCGCAAC
GGACAAAGCCGATGAGCCGTGGCCGCACTCCTCGTCCGCCACCCGGCGGCACGGCGCCGG
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GCTCGCGAGCTGTATAAGTAGAGCGCGGCAGCACCCCCAGTTAAAGGAACATCCACCCAA
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TTCCAGTCCAGCGAGTGTGTGTACGTAGCAGACCGAAGAGTTAGAGCAATGGCTGGGGCG
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GTCGGCCGGCGAAACCAGGGCGACGGCCTGCTCGAGGCGGAGGCCGCGAAGACGGTGCAG
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ATGCTCATGGACCGCTTTTCCCCGGCCTGATGCGCCGGTGAACCGGCGGTGTTCGCAGGC
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CTAGTTGAATCAACTGTATTATATCATGTGTACGACTGTATCCTTTGAATGGATTGTTTG
GTTTCTATGGCATCTCGCTGACTATGCTGCTGCCTTTCTTTTTCGAAAACGCTAAAAACC
TGACATCAAATTTTTAAGCATGGAAAAGCTGACTTTTTTCATCGCAATTTATACTGATGT
AATGATAACAAGTTTAATTTGCAAGTATAGCAATTTTTTGGCTAAAAAATGTACCAAGGC
GGATTTGCCAAGCTCACCAACTAAATTTGCCATCCTCAACAAATATAATTTGCCATAAAA
AAGAATTCGATTTGCCATAGTCAAAAATCTTTTTAATTTGGTGTTGGTCATGCTTTTGGT
GATACATTTGCTATTGTGGTTTTGCTCAATCTTCTTTCATTTCTTAAAATTGGAAGATTA
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TATGAGGATTTGGCAACGTATCGATATCATGCTCACCCCCACCTTCGATGATCATCGGAC
TCCGTATTTGCCTCTGGAGTCAACCACTCTACTTAGACTTACATCCTACTGGCTATTCTT
TGGAAGACCCGGGACGCAGGAGACGCCAAGATTTTAGGGGCGAGGACATCCATAGTGCGA
TCACTTTCAAATGCATCATCGACAACATTGATCTTTGGTTGCACCACCTCTCCAAACAAC
GCGACAAGGTGGTTGAATCGTCGTGGCAACTTTATATCTCTTGATGTGTGAATGTGCCCT
TGTAATTCAACTATGTAAATGATTTTGTATAGTGTTACCGTTTGAATAACATATTCAGGT
GGGGCTCCCCCTCCCGTTAGGATGTATTTTTCCTAAATGGTTTTGGTGAGTGATGATAAT
ATGTTTTGCGGACTAATCGTGTGCATTTAGTTTTAGAGATTATCACACGGCACGAGACCG
TTTATTTCCCCTTGGTTTTTAAGAGAGAAGACGGTTATTTTTCGACGATTTTCGTTTGGT
GGTCTTGAGTCATAGGTAATCCGTACAATCAAAAGGGGATCCGTTTTTTAAAATGTTAGG
ATGAAATCAAGACATACACAGTCACTTTACACCCCATTTTCCTTTTCCACACTTGGGGTT
TCATCCCCCTATGTTTGTGTTTTTTAGAGGCAGCTAAGTGGTAGTACCGTGCTGACCAAT
GGTAGTACCGCTCGCAGTTCAGTGCTGCTACCATCTCCGCTTATATTGTGCTCTCTCGGC
TTACAGCGGAAGTTGGATGGTAGTAGAGAGCAGTATTACCGCTCGGGCAGTTCTACAGCT
CGATCTACTATCCCACTTCCACTTCCCGGTGTAGGCGCAAGTACTAAGCGGAAGTACCGC
TCTAACCCTGCGGTAGTACCGCTTGTGTGGTACTACAAGTATCTTCTTAGCTTGGAGTAC
CGCTTACATTTTTCTCTCTCGATATCACACTCCTTTGAGTGGTAGTAGAACGGCAGTAGT
GAGAGCGGTAGTGCCGCTCTTTGTGGAAGTACCGCGCTGCCTTATTCTACTATCATAGTT
TCACCCGCACTTGCAGCACCTGGCGGTAGTATCGCTCCCGCAACACCGCCGCATCCTTGG
TCCTCTAAGTTGCACGTTGCGGTGGAATCTATCGTGCCAGTGGAAGTACCGCTCGCCCGA
ACAGTACTATCGTTTATGCATGAGCTGAAGGGGCATAACGGTTGGATCCACCCCCTTTCT
ATATACGTGAATCTTCTTCCCCAAGTTGACTTACCTCTTTCCCACAAGCTCCATTCTTGC
TCCTAAGCTCATTTTCGCCCAATCTCTCTCCCTAGCCATCAAAACTTGTTGATGCTCTAG
GGTTTGGAGGAGAAGGCCTTGATATACACTTTCACCAAGATAAATTTAATTCCACACACT
AATCCCTTGTGGATCTTGTTACTCTTGCGTATTTGAGCACCCTAGACTGGAGAGGACACC
TCGAAGTCACACTTCATTGTGGTGAAGCTTCGTGGTGCGTTGGGAGCCTCCAATTAAATT
ATGGAGATTGCCCCAATCTTGTTTGTAAATGTTCGATCGCCGCTTTCAAGAGCACCATTA
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AGGAACTTCAGTAATACATCCTTGTCTCCATTGGTTCTTTTTGTGGTTACTTGTTACCTT
TACTTTGTGCAAGTTATTATCATGTTGAATATTTGGATTGCTTGCTAGTTGTTGTTGTTA
GCATCATATAGGTTGTTCATCTAGTTGCATATCTAGACAACATATTTGTTACTTAACCTA
ATTTGTTTAAAAGAGCTAAAAATTAGTACTTGCCTATTCATCCCCTCTAGTCAACCATAT
CAATTTTTTTCATACAGTCACATCGATTGGTTCTAAAAAAAATCATGATTGACACAACTG
TTTCAAAGAGGGGCGGTGTGTCTTATAACGAGTTGGATTTCACCAAGGTAAATAGATAAA
CCAATAAGCCAAGCAAAAGTCCACAAGTAAAATAATACCACTGGCCCAACAAAACAAACA
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CTACAGTGGCATACGTAGAACCTCAGCCTGAGAGTGCCACAATTCAAATTTTATGAAAAT
TTACACTACAAAAGTACAAATAGTATAATTTGGTTTAAACATCATCATAACCTCAACAGT
CTTAAAATAGCATCAATTTATTAGATATTTAGTGTTAAATATATAGTGTAAGTCTTTTAC
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ATCTTTTGTCCCAATGCTTAGAAAGCGAACAACATCGCTGCATAAAATTCGAATGATTTG
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GCTGTGTTTCGTTCGGCTGTTGTAGTAGAATTATGCATGCTTTTGTTGTATGGTTACTCC
CTCCAGTTTCAAAATAATTGTCATGGTTTTTGTTTAAATTGTTAGAAGGATGGAGTATTT
TCTTAAGCATTAGAAACCAGACATTAGATTATGTGGCCACATGTGCAGATGTGCAGGGCA
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GGAAAATGTGTGCCCTATTTGGCCGTTAAGGTATCAAATAGTTTATTTTTCCCATACAAG
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TTTTTGTTTGTTTTGTTTTCACGCTTTCTATCAACCGGGTGTTTGGCTGTGTCCCCTTTT
TTGCTGTTCGTTTGTCTTTATTCCTTTATTTAATTATTATTCAGTACATGAACATTTCAA
AATTCATCAATATTTTTAATTTAAAAACAAAAATTTGAACAGTTCTCCAAATTCATGATA
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TTTTAATTCCTGGACATGTTTTTGTAAATTTATGACTATTTCTGAATATTTTTTTATTTT
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CAGATGGGCAAACAAAAACCAATCGACCATGTACGTTCGTGGATCGAGGCTTTCCATCTT
TTTGGATGGATGCCTCAATGTGCTTTTAAAAATCATTATTGATAATGTTCGCGCGGGTAA
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GCCGTGGACCTGCTGATACCGTCGGCGAAGGCGAGGCGGGTGGCGTACCTCGACGAGCCC
TCCGTGCTGCCCTGCGTCGGCAACGACGCCTTCGGCCCCGACGCCGTCGGCGACCTCGCG
CTCGCGCTCGAAGGTAGGGCCTCTCGAATCCCGAAAACTTTGTCCTCCTGTGCTGTGCTC
GCTGATTGTTTGATGGATTGTGTTAGTGGTGCTGCTATTTACTACTAGTTGCTTGCAACG
TTGGCCTTTGTTTTGTGCATACCATCTGTTTGTTGGAATGCGGTGCTGCGTGTGCTCTTG
TCCGCTATGCACGCTGCTGCTCGATGAAACGCGTTTACCATGTTGCGTGTGTACTCTGTC
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GTCATAAGCTTTTTCAAAATCCAGTAAAAAGGCTAACATCTGATTTTCTTCTATTAATTT
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CTGTCTGTACTGGAGCAATTATTTTCTCAGCAACTTCTACAGCCCCGTTATTCACTATTT
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GGAAGTCTTGAGTTCAAGACCCTGCCAACGCAGTACTAAAATTAAACGATTCTGCGACCT
ACATCGATCCCACGTCTAAGGACTAAAATAACCTAGATGTGAGGGGGGGTGTTGAAATAT
ATTGCCCGCCTCCCTCCATCAGTTCGGACTTTTGGATGAGTTGGTTGGAGCATGAATTCA
ATATATGTCTCTACCTAGTTAGTTGCTGAAATACGGGTATGGCATGCAGACTCACCTGCT
TTCTCATTTTTGCGTGCAGAGTATGAATCAATGTCTCATGGGCTGGCTTTCATTCAACAA
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TTGAGGAATATGATCCATCTCAGCGACTGTGGAAATGTCTTGCTAGTCTAGTTGAGGGCG
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CGACCTTGCCATTTGCAGCTCTATTCTTTGCCTGCAAGGTATCTGATTTTATTTTATCTC
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ATCTTTCCACTTAGCAGAAGCAGTATGCAAACTTCGAGGTCAAGACCCTGAACAATTCCA
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ATCACAAACATATAGTTATTTTATTCCTTTGTCTCGAAGTGCCTAACATCTCTTGCAACA
ACTGCTCTGGTTTACAGTACTTGTTTTTATGGGTTTACAATACTCTGTTAGGAATGCAAT
CCTCAGTATTCTGTGATTAAAGTGAATGGTTGGGTTTTCTGTGTAAACGAGTGGTTCTAT
GAATTTACAGGAAATGGGTCAAATGGATGGACTATTCCCTTGTCATGGAAATCAATTTAT
GGACCACCTCCCGATATGTCTATTTTCTAGACTGACTGACCTAGTAAGTCAATCTGATAT
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ATTTTTGTTGTTTTGTATGAAATGATCTTGTTATGAATTATTATATTTTCATTTTAATGA
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TATTTTTTACCCAGATATTGTACTTAACAAAGAGTCCTTGGTCATAGAATATACTCATAT
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AATACATGATCCTCCCACTTACCGCTCCACTTCAATCCAATGGACTTTGTTAATACGAAT
ACCGAACCTAGCTTGATGGAGATTGGTTGCAACCTCAGAGGCATGTCGTGAACCATTACT
GGGAGAATGATCGCTTAAATGAACCATAACGAGCATCTGTCTCACTCTAACAAGTTTGAT
GAGCTCTTGGTAGATCTGTCCCTAGTAGTATCTACAAAGCAAGCTGAGAACCATAAATTG
ATCACTCAAACCTCATAGTATTATGCCAAGTTAGTCATGTCATGGAGAAATATTTTGTAT
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AGGACATCTTTTTCTTACTTATTTCTCGAGGTCTAGTAGAATAAAACTGGTCCACAGGAG
ATTATCATCTATTTGGGCATGTACAATGGTGCTATCTTAGGAGTGCCATGTAGGATAAAT
GCTGAGGTGGAGGAGAGAGAATTCGTAAGAAAAGGCTTGTCTTCTCTTATTTAAGAGATC
ATCTCTTAGCACAATATGTCTCACCACGCTTTTAGGAACATCTAGTTATTGTAGAGGCTG
CTAAGAGATAATCCACTGTAGACATGTTTTTATTGTCATCTTTAAATTACATGCAAGCCT
TAAGATAAAACTGTCTTATCAACCATTGTACATGCCCTTAGTACCACTGGCCACGTGCAA
ATTATTTGAAGTAATGAGTCGTGCAAATTGGTAATAAGTGCTAACCAACATCAACCACCT
AGCAATAATAACTCCAATTTGTTGATGGATTTCTTTAAAGCCCTTGTTTCTTATTAATAC
TGTTGTACCATTATCAGCTGCCATGTTGCCATACCACATTATTCCCTGTGACCCATGGTA
TTAAACAAAGGCCAAAGTTGGATCTAGACAGCAAAGCTGTTGGTCCATGGTGCAATGTGA
TACACTCCCTGGGTTCCAAATTACTCGTCCTTTTTTCCTTGTGAATCACTGAAGCCTACA
GTTAAAAGAAAACTTGAGCGGTCTTGCTGAAATTGTATCCCATGGTCGGGTACCTTTACG
GTAAAACTATGCACTACTATATATTTAGTAAGCTTACGCTAAAACTTTAACCCTGACTTC
AATCAGTTGTATCTTGCATTTCCGGGCTGGTTCATGACGTTCTTTTTTTCTCGCGATTTG
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AGGTTTTTGTTTTAGCGAGAAGATATTAGCTCTAGGTTGTGTACCAGAAATCCCCAGGAT
GTTGAGTCGCCGACCCTCTTTCGTCAAGCAACAAACAGTATTCACCCGTTTAGAACTGTT
GGAGGCATCGTGGTACTTGGAACCTGGAATTTATGTGTCCTTACAAAGTCGTATCCGTCT
TGGTCATTCAACTCGCAGCAACTAATTGCCATGTTGTAACACCACCAACCTTAATAAAAT
TATGTGGGATTCCTGACTCTGATTTGCGGCTATTCCTCATGTCTAAGTGGAATAGATTTA
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TTTTTGTTTAGAAAAAATTCCAATCTATATTCATCGATTGCCATGGTAGTACAAAGAACA
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TGCACCAGAACAACAATTGTTGTCTGAAGTAAAACCATAGGTCGGAAGGGATTCATGAGC
ACTAACAAATGTATGCTAGATCTGTTAGAGTAAAACGAGATTGAATGAAAGTGAATGGAC
GAGCAGTCCTCTTTCTATTGATTCTCAAGTATATATACATCTGGAAGAGGTGCG