Map Locations of contig_157173 (11517 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_157173

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_15858 4 2493 bp MLOC_15858.1 Available Available LOC_Os03g59680.1, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13103.m06550 protein PAPA-1-like conserved region family protein, expressed





CDS Structure of MLOC_15858






Contig Sequence (11517 bp)

>contig_157173 11517 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCTCCCGTCCGAGGTAACGACACGCTCCATCTAGGGTTACTGCCCGCTTCTGCGGCGGCG
GCTGCCGGCGATTTCGGTCCATTTGGTTTCCTTTCCGCCCGCCGCACGCTTGCTCGTCCG
AGGGTTTTCGGGGGTTTTTGGGGTGCACGCGCGGGTTTCGAATCCGTCCGAGCTGCTCGC
CGGCGCCCTCGTGGGTGCTCAGGGCTCGTCCTGGGGCGGGGATTCGGGGTCCCAGCCTGC
CATCGCCGCTGTTTTCATCGGTATATGCATATGATCTTGCTGCGCTATCCTGTTTGCCGA
GGTTCGGGGATGGGGCTCTCGCCGTTTATGGTGGCCTGATAGCTGTTTTTTTTTTTTTTT
GAGCGTACTCGCTTGATTGATGCATCTGCTGGCGAGCTATCCTGTTTGACGGTGGCCTGG
CTACTCTGTTGATTGATGATTTTTTTTTTTTGAGCGGACTCGGTTGATTGATGTATCCGC
TGGCTGGCTGCAATTACTGTTTATATGGTACCATGATTGTGATGTGGCATTTCATTTCGG
TGCACGCAGGTACACCAGCGCGCCCTTGGTCCGGGGATAGGCGCGCTCCGTGATGGACGG
GCTCGGCAACTCTGCGCTGAACGGCGCGGAGGCGGTGATGAAGAGGCGTAGGAGCGTCGC
GTCCAGGAGGCCGAGGCCCAAGGAGCAGCTCGCTTCCGAGTACAAGGACATATCATGTGC
GCCGTCGTCGCGGAACATTTCCCCCGAAGACGAGTCCGCCGCCGAGGCCAGTGGGCACCG
GCGGAAGGAGCTGTACCTCAATGGCCCTGAAGGCAGGGGCTCCATGCAACATAGGAATGC
CCTGTCCAAGAAGATAAAGAGAGAGGAGGGTTCTGCAGGGGAGAATGATATTGGCCACAG
TCGAAGCAGCAAGCCCAACGCTCAAGGTGTTCTTGCACTGGGCTGCTCAAGAAACCCTGG
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GAGAAAAGTTAAGCTCAAGGTTAGCGGACTTAACCGAATCATACCGAAGCAAGAGCCTGT
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GATGCTTTTACTTTTCAATTTAATAGTAGTACAATGTACTTATTTTAGAGCTCAAATGAA
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GTTTTGCTGTTGGTTCAACTCTCTTGTCTATGCCTTTGCAAAATGCCCTGTTATGATTTG
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CATAGCTTTCTTTTTATTTTTGTGTTGGGTGACCCAATTTTAATGGTCCCTACTATACAG
GCTGAAGCAATGAGGAAAATACTGGGGATTGACACCGAGAAGAAGAAGGAAGAGAAGAAG
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GGAACAGTTGTTACATTCCCTGATACCATGGGCCTTCCTAGCATATTTAGCTCCAAACCT
ATCAGGTTAAATGCATATGCAATGCCTTCTGGCTATTTCACATGCATCATTTTGGAGTGA
CTAGTTCATTTTGATTCTCATTGTGGTATTGTGTGCTTACATTCGACACCTCCGTGGCTT
GGCTTTCATTTCCCCAGCTATCCACCTCCAAGGGAGAAGTGCGCGGGCCCCTCGTGCCCA
AACCCTTACAAGTACCGTGACTCCAAGACGAAGCTTCCCCTATGCAGCCTGGAGTGCTAC
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TGCTGGTTTTCCTTTTTTGGCTCTCGTGGATGTATGTAGTTGCTGGGCCGTGCAAAAGAG
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GGTCGGGCTTGACGCTAAGGCTTAAGCCAGGATGGGATGAGTTGAGTTGTCGGGCTTGAC
GCTAAAGCATATGCGATGAGTTGAGTTCGGTTGTCGTCGAGCACTATTTTCTTGTTGTAG
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GTTGTGCAGATTGTGGTGGAACCTTTTTATAGATGAATTGTGCTGGAGCCTGGTAATCAT
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ATAGGTTCAAGCCAGGGAAAGGGCACTACAACACCAAGCTAAGCCAGGAGTCAAACAAGT
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GCAGACAATTATCCCAAGTGCTGCGACAAGTGCAACTCCTCGGCTGGTCTCCAATTCTGA
GAACTGATAGTTGTGTTTATGTTATGCGTGTTGTTGGCGTGTGATTTTTGTTTATCTTTT
TTGTGTGTGTCCCTCGTACTTCTGATTCGCTTGAACCTATCTTATAAAGCTGTAAAGACT
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TGCCCTCCCCGTAACTTTGAAAAAAAAAACTGATCGCTCGAGCTCAAACAATGAGATCGA
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CGTTGTGGTTGTACATGCACGTGGGCTCACGTCCAACGTTCTCTTTCCTTTTGAGAGAGA
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GCTCAATCAAATAAAAAATCAGTTTATTTGTGTGATATATTTGTACTGTTCACTACACCG
GTGAAAGGATTCTTCTCTATGCTCAAGCATATATGTACAGTTATCACACTCCTTCAAAAA
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TCTGTCCAGTGAAGCAATGAACAGATCCATCTTGGTGAAGGACGATTCGTGGCACACAAG
GGCTAGGACACACGGATATTGGGCCACATCGATTGCGTCGTGATCCGTAAAGTGGATTGG
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AGAGGCAACATTGTTCACCCACCGCACCTCTCATGATCTTTTTCTTGACATCAAACTTTT
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AACAACCGGATTTGCATCAAAAGATACACAACTGTATATTATTAATTTAAAGAGAATACC
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GATGGAAGTGGTTGGGCAGAACTGAGGTTTTTTTGAAACTAGGACCAAAACAGCCGAGTG
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ACCCTAGAAGTGTTGATCAGTCAATCCCACCCACAATTCGTGCAAGGATTTGAGCACATC
CAAATGCTGATGCTTTGCACATGGGACAGGTTATGCATGCCGCCAAACTTCGTGATATCA
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ATTTTATTCAAAATCTCATAAAACAAGAGTATCTTTGGGTAGTAACAGTCACAAAGTCGC
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GGCTGCCGAAACACCTATTGAGGATAATGACCCTCAAGGGATTTGATTCCCTATATTCAT
AGTAAGTGTGAGGACCTGAATGCAAAGGAGCATGTTTACTAGAAAACCATATTGATATTT
AGGAGACACCCGACAAGGTCAAAATACCTCGCAAGAGCACAAAGAAGGTGTTTAAACTTT
CTGAGGATGGGACATAGTTCATGTCTAAAGTTAAAAAATAAATTTCACGAAGAATGAGAT
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CGTCACCATTATTTAGCTTCCGGTGTTGAGGCCTAGATATTGCTTGGTATTGCCCACCAC
CGAGGGGTAGGTCTGACGATATTTCTTGGTGTGTACAAATTGACAATTGAGGTTCTTAAT
ATGGAGACTGGTGATTTTTTCATAAAATTCCATATGCTCTCGAAAGGTGATGATTTTGCA
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GCTTGATATGGCCTCTAGGCATCTTTATGAGTGGTTTCTATCAATCTTGCAAATTTTTGT
TGACATAGTTTTGTGGTCCAAAAAATTCAGAAATTTGTTCTTTGGAAAATGAACATCTTT
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TTCTCGAGAAAAATTGGAATTATCTGTGTAAAGTATAAAGGTCAAAAATAATATTAAGTC
AAAATTTGTTGAAAGAAATGTGCTAATGGGCTTGACTACATTAAATTGTGCCTAAACTCG
TGACAGTTTTTGTGATGCAAATAGTATCCATGTAGGCAGCCATGTCATTCCAATTGCTTG
GTCCAGAATCCTACATGGCATAAGGCTATGATAGTTTGTTCCGTCAAAATGGCTCGGGCC
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TGCCCCCGTGTTTTGCTGCCATGGCAGCGGTTTTCCTGTTGTCGTGGCAACGACTATATA
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TGCATGTATGATCGCCATGAGGTATAATGGGAGTGTTGCCTTTGCTCCACATGCTTTTAT
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ATAAAAATGTTCATAGATACAGAAAATGTTCCTGAGTTTTAAAATTGATTGTGCATTTGA
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TAAAATAAAAAAATAAAGAAAAACCCGAAGAAAAAAAGAAGACCAACGGAAAAACGGGTC
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GCTGTTCCCGAGTGGAAAAACAAGAAATCTCAAGTTTGAAATCGGGCCGAGCCAAGAGGA
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GAGTGAGAAAACTGCTGACCCGAAAAACAAGATGGTGTTTGCTAAAAAAAAACACAACAA
AATGGTGGGGAAGTTGTCATGAGTAAGAAAAAAATGGCTATCAGATACTCCATCTGTACC
TAAATACTTGTAACTGGAGAGTTCTCAATTAAACAGTTTTCTCAATTACAAGTATTTAGG
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ATCTTTGAAGTCCCTGGCGAGACGACCTTGACAGACAGACCAAGGCCAAGAGACACCCTA
TCTCTGAAACTCGGCTGAGGAAGAAGAGGAAGCCCATCGACCACAGACCCACGAAAGGGT
TCGTGCTACAAGTCGCTACCACGACGGATACATTCCTCTGAGAAGCAGAGCTGTCGTTGG
AAAGGAGAAGCCCGTTCCGGATCGAAAAGGAACAAAGGAATAAAGTTAGACCGCGAGTGA
GCCGATAGCTGATACTCACAGCCAGTGCTAACCAGAACTAGCGTGCGAGTGCTGTGTACA
GGCCACACGAAAGAGAGACCATTGCAAATAAAGCCGTCCGTCTCCCGTGTTGGATCGGAT
ACGATATGATGTGTGTGTGTGCGGCGTGCATGCATGTTGACTTACTCTCCCTCCTCCTCC
TCGTTCACAATCGCCTTTGGCTAGCTTTGCTTTTCCGCCAAAAGCGACGCCATGGCAGTA
GTAGTAGTAGCAGTACGTTTCAGTGCGAGCTGCCCGAAACTCCCAACCGCAACGGGCCGG
TTGACCTCAAACCTCACCATCTTACTTACTCTCTCCATGGCTTTCGGTGCGCATGAACTG
TGCTTGGAAAAGCGTGCATGGGCAACACAGTCACAGAGACCACCCCTGCCCTAAAACAGC
AGGGGGCTGTCGTGCAAAAGCCGTGACAACTCCAATCCGAAAAGAATGGCATCTTTCTTT
CATCAACATGCTACATGCTGCTAGCACGGGGCACTGTTCGGGCTGGATCTCATCATACAA
ATTGTTTCCATCTCTCTCTCACACACTTTCTCCCTTCTCTTTTGGCGCAAACCAGGAGCC
GTCGCTGTCTCGCACAGGGGCGCGGCGCCCGATGCCTAATTGCTTGCTTCTGTAGTGGTA
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ATCTGTCGCCTGCAGTGACCATCGGTCACCATACTGTTCGTTACCACAGTGTTAGTGTTA
GCATGATGCATGCAGACGGCCGGTCTACATTTTCGGGCGGCCCCCCCCCCCCCCCCC