Map Locations of contig_1567764 (10838 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_1567764

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_14313 1 176 bp None Available Available None
MLOC_14312 16 6597 bp MLOC_14312.4 Available Available LOC_Os10g02930.2, FRAME:+1, EVALUE:9e-104, 13110.m00202 protein helicase SEN1, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_14313






CDS Structure of MLOC_14312






Contig Sequence (10838 bp)

>contig_1567764 10838 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GATTCATTTGCTTTGTTCAAATAGTGGATTGTTCATCTAATTTGAACACTTGCTACGTTG
TAGTTCATTGTCAACCTAGTTTTTGACTTTTTGGTGAGTAGAATTGGCAGCTTTGTTACA
CTGCTGCCTTAACATCATGTTTTGTTGTTTGTTTGTTAGAACCCATTGCTTTTCAGACGA
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GATAAGAGGAACTGGGGAATAGTGAGGACTGCCAGAGGGTGGGGGAGAATAGAAGGCAAC
TGGAGGCAGCGCTGCCAGAGGCTGAAATAATTTTAGGTGGCGGTGAAGCAGGAGGGAGGA
GATGGTGGTGGAGAATAAGAGGAACAAGAAGCAATGATGGTGCCAGTATAGCTTTGGTAA
CTATTTTATAATTCAATTGTAATGTGTATACACTAAATTTGGGATTAGGGTGGAAATTAT
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TTGTTGCTAAGCTTTCTTCATTTAGTGAGTTGTAGACAGTAAATTGTGTTTTTGTCTAGG
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ACCTTGCCACATCAGATTTTTTGCGTACCTGGGCAGCCTTAGCACTAGGAAGGGCCTCGA
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GAGTGGACCTCTTATTGTTAAATCTAGTGATGTGGTTAAATATGACATTGCTGCTGAACC
TAGTGACACTGAAATGGCTGATGTGTCTAAAGTTCCAGCGCTTCGTGGTCCGACAGGAGT
TGAGAGCATGAAACTTTTTGAATCTAAAGGAAATCAACCTGGGGATGATATGGACCAGTG
CAATAAGTCAAAGGATGTCCGAGGAGTAGAAGCCAGTTATGCATTGAAGTGCACGAACAA
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CAGGCAGACTGTGTTCATCAATGTTGAGGATGCAAAACAAGCTGGCACAATGAAGACAAT
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TACTCGTGGTGTTGGTGAAAGAGCTGCAGACAAGCAGAGTCAGCCAGTCATCAGGGATCA
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TGGAGAATCTAATGGTGATATTGAGTTGGGATCTCATGGCAGGTCAAAGAAAATGAATGC
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GCCCACAGATTCCAAGCAGTTCAAGGGCAGACCAGTCTCTTCTCAGAGAGCAGTTCTAAC
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AGCTTCAGTTAATAACACACAGTATAATGACACATCTGTTGAGCGACTTATACGGGAAGT
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TGGATATCTTTGGTACTGACGCCATTGTTTAATCTGGAAAATTCTGTACTGTGCTGAGGC
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TCTAGACATATATGGTCTATTTTACAAAAATAATAAACTTTGTACTATTTTTTATGTCTG
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TGGTACAGTTGCACTGATTTTTCTGGGTGAATGCATGCTGAGTGTCTAATGATTGCATTG
TCAGTGTTTGCTTGATTTCGTTCTATTGTAAAACCACTGTGTGTGTGCATGAGCACTCTT
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AGGAATGCAGAGCTCAGCTATATAGTTCCTATGAGGAGAGTCTTGAGGCTGTATCAAGGG
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CATTTTTATTGCCCCCTTTTTTGTAGAACAATCATAACAAATGATGTTACCCATTGTAAT
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AATGAATATAAATGGACTTTCAAAGAAGGTGAAGTTGCAATTTTGTCTTCCCCCCGGCCT
GGTTCAGGTAGCCATGCTGAAAATATCCCTTATTTTTATCAAGATTTTCTTTTGCTTTAA
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ATCAAGTAGATCTAATAGGAAGGCCGCTGCTTCAAATGAAGATGCTGAAGCTGACTGTGG
ACGGCTTGTAGGTACAGTCAGACGCCATATGCCTATTGATACGCGTGATCCCATTGGCGC
AATTATCCATTTTTATGCTGGGGATTCATTTGATTGTAGCAGGTAATCCAGTGTTAGTGA
TATCATTGTTTTTTAGTTGTCCCACACTATGTTTTGGTAAGACCACGTTTTTGTGCTGAG
TTCAGTATGACTTTGTCCACTTTGTTCCCTTCATACTATATCAACTGTTATTGGAAGTTC
TCTTAGTTCTTTTTATCACCGGCATATGATTGTTTGCTTCACAGTTCACACAAATATGAT
AGAAGTTGCATGCCAAATTTATTTTAGTCAACTGTACTTTGGAATGTATCGTACTTGAGA
TGATGAATTCTGCACTGCATGATAAGGTTTACCTTGGAGTGAGCAGATGAATTTTGCACT
GCATGATAAGGTTTACCTTGGAGTGAGCAGTACTCACTGATACAGCAGCTTGTCTAACTT
GTCAGTTTGCCTTTTGCTTTTAAGGTCGTTGGGTTTTTCACACGCAGTTACATTGAACAT
TACACATGCGCACCATCTGCAATGTAATTTTCTCCTAGTTCTGGTTTGTTTAGTGCTGAG
AACATCACCATCTTATGAATTAAGCTATACTCAAAAAGCGAAAATCCCCTATCCTAACAG
GACCTGCTATGAGGTTCATAGGCACAATTTTCTGAGAATATTACCTACTAGACTGTTAGG
TTTAGTTTAGTTTGTTAAGTTGACTCGATTCATAAACTTTTTTAGTGCTATGAGGTTCAT
AGGCACAATTTTCTGAGAATATTACCTACCAGACTGTTAGGTTTAGTTTAGTTTGTTAAG
TTGACTCGATTCATAAACACTATGGTTGACCTTTTTTTATTGTTTATACTGAATCCTTTT
GGTTGTCTTTTTTTGTGATGCACTAGTGAGACTAGTGTTCTGAGGAAACTGCAACCTCGA
AGCACATGGTACCTAACGGGTCTTGGTTCTCTTGCAACAACACAAAGGGAATATGTAGCA
TTGCATGCATTCCGCCGTCTTAATGTGCAGGTAATGCATATTACACCTGGTTCTTATCTG
TCCTTCTTGGTTAACATTTTTGCTTGATGCTGATAAAAGTCTTCCCATCAGATGCAAAAC
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GCTCTGCTAAAGAAACTTGCTCCTGAAAGTTACAAGCAAGTTGGTAGTACCACTAACAGC
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CTGTTCCGCACTCTTCCCAAGCTTTGTCCCAAACCACGGATGCTTGTGTGTGCCCCGTCA
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ATGAAGGTTTACCGCCCTGATGTTGCTCGTGTTGGAGTTGACACACAGTCTCGTGCTGCC
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ATAGGGTGGTTGCAGCAGCTAAAAGGCCGCGAGCAGCAGTTATCACATGAGATAGGGCTT
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GATCCTGATGTGCTTGCTCACAGGGATCGTAACCGTGACATTCTGCTTCAAAAACTTGCT
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AGTTTTGCCAACGAAGCAGAAATTGTTTTTACAACAGTGTCAAGCAGTGGGCGCAAGTTA
TTTTCTCGCCTTAGTCATGGTTTTGATATGGTTGTTATCGATGAGGCAGCTCAGGCCAGT
GAAGTAGGAGTCCTCCCTCCACTTGCACTTGGTGCCGCTAGATGTGTCTTGGTAGGTGAT
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AGCCTTTTTGAGAGGTTTCAGCAGGCTGGTTGCCCTACCATTTTGTTGTCAGTGCAATAT
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GACAGTGAAAGCGTTGTCAAACTGCCTGATGAGGTGTATTACAAAGATGCATTAATGGCA
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GTCCGTGCTTCAAATCATGGTGTGGGTTTTGTTGCAGATATACGGCGCATGAATGTTGCT
CTTACTCGAGCTAGGAGAGCTCTATGGGTATGGTCTGTCCTCCTTAAAAAAATGCATCAG
GACCACTGTACTACTACTTCAAACATGCTCTGATCAAATGCTACTGTACTAATAGTTATT
CGTCGTTTTCTAGGTTGTTGGTAATGCCAGTGCTCTCATGCAGTCAGAGGACTGGGCGGC
GCTGGTAGCAGACGCAAAGGCCAGGAAATGCTTCATGGACTTGGATAGCATCCCCAAGGA
CTTTCTGGCCATGAAGATCTCTTCCAACACTCCAGGAAGGAATTCTTCAAACAACATTAG
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TGGCATGAAGGCCGATGAGGAAGAGCGTGCTAACTCTGTTCCAAGAAATGCCAGTTACCG
GAATTTGGATGACCTGGGACGCTCTGGTGATAGATCTAGAGAAAGTTTACAGTTTGGAGT
GGCCAGGAGGCCGAATTCATCTAATGGTTCTAGGCGAGAAGTCTGAAGACAATGCATTGC
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TGGATGGCATGTTGCAACAATAGGCCATTGACGGCAGGCCAATCAGATCATCAGATGGCG
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GCAATTGTGCAGAACACATTCGGTCTGATTATATAACTAGACTTCCACAAGGCTGCAGCT
GGATGGTTTCTTTCTGGGATTGCAATACTTGCTTTAGTGCTTAACAGGATACTGTCTTTC
TCATAGATATAAATACATGCGCATGGGCATTTCCATTTTGAGACATGCCAGTAGAGATAA
ATCTCACTGGCCCTAGAGCAGGTTAGGTTTCAAGCTTTACCGCAAGATTGCTGCTAGCTG
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TTTTTTCATTCAGTTGCTTTGTTATCTGTCAGTTATTTTGAGATTGTTGAATGATTTTTT
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TGATTATTGTACTTCTATGTTGATCTGTGGTATAGCTTGTGCTCTTTGAAATGATCTGGT
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TGTTTTTCTTTTTTGAATCAGATTTGCTGGTTCTTGAGTTTACAGGCATGTACTTATCTT
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CCGGATGCTGCTGGACGGTGGTGGTCAATGAAGATCTCAGGTATGCTCAAAATGTTCTTT
TGTTTCTTGGGTTATCAGATTTGCTGGTTCTCCATTTAATTCCTCTTTTCATTCAGGGTG
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ATGCATGAATGCCCCCAGGAATACCTTACGTCCAAGCTGGAGTGCTTTTCTTGTACTTGA
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TTTTTTTGACGAAAGGATCTGATACTAGAATGAGCTGTTGACACGTCGGTGCCGCCGCTT
CTATACCCCGGAGCTGTAGTAGTTGCTGTTGAATCAATCTGAAAAATATGTCACCAAATA
TCGTGTAGCCGACGGTGGTGGCTTCTATACCCCGGAGCTGTAGTAGTTGCTGTTGAATCA
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GAGGGGGCGGATCTGTGTGGAGAGGAGGGAACGACCCCTTCGTCGAAATTATGTGGTCAT
GGGTCAAAATTATGTGGTCATGTAGGATAAATGATGAGGTGGAGAAGAGAGAATTCATAA
GAAAATATTTGTCTTCTCTTATTTAAGAGAGAACTAAGATGTGATCTTTTAACATGTCTC
ATCATGTTTTTTAGGAATAACTAGATATTGAAGTTAAGGCTAAGAGGTGACCCATTATAA
GACATTTTTTTGTCATCTTTAAATTACATGCAGGACTTAAGATATGGCTATCTTATCAAC
TATTGTACATATCCTTACCCTTCGGAAGGGATGTGACTCTTGCCTCTCTCTCTTTACAAC
CAACCGATGTCCAGTTGTGTCTCTTTGAAACAACACATCCCTACTAGATGTACATATATG
TATCGGACTGATAAAAAAGAGATGGTTTTCCATTATTTGTCCTCTCGTTTTTCTTCAACA
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TGCGTGCCGCACGGGGGTGCAGGACTACCGCTGGCATATGGTCACGCAACGCGTTGCCTT
GAACTCCAACACCAGTCCATGGCGGCTTGGTTCTGGCATGGCCCTCGCGACAACGACAAA
CGTCATCCCAACACATTTTCTTCGCACATGTGGAGAGCAATCCTGAAATTGAGACAAAAA
ACCATGATGGATGCACATCAAAGAACAAGAATAGGAGGATTGGCAAGAACATGAACTAGG
GAAGCAAGACGAACAAGGAACGGGAAGCACGACACATACATAGTCGTAAATATTCCTTCC
GTTCCAAAATTATTGTCTTGGATTTGTCTAGATATGAATGTATCTAGTCACATTTGAATA
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GACCTCTAGCCAAATGCATTTGTCGAAAAGGACCACATGTGGATGAAATCTACGGAAAAG
ACCCCCACCCGTCCGTGGCGGCAGGCGCGCCAGGCGAC