Map Locations of contig_156684 (11470 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_156684

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_13931 2 2500 bp MLOC_13931.2 Available Available LOC_Os05g05300.1, FRAME:-3, EVALUE:2e-165, 13105.m00549 protein CRS1/YhbY domain containing protein, putative, expressed
MLOC_13930 3 6028 bp MLOC_13930.1 Available Available LOC_Os05g05310.2, FRAME:+1, EVALUE:0.0, 13105.m00551 protein Fibronectin type III domain containing protein, expressed





CDS Structure of MLOC_13931






CDS Structure of MLOC_13930






Contig Sequence (11470 bp)

>contig_156684 11470 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AAACCCTAGCCGCCGCCAGGGGAGGCTCGCGTCGCGGCAGCAGGATCCAACGGTACGGAA
CCGGCGCACCCACTCCCGTTCTCCTCTGCTCCTCGCTGTGCGCGGCGCGATTCTCCTCGC
GCGTTTCGGTTCGAGCTAGAACGAGCCGGGGAAACGCTGCTGCCCGTTTGCGTCGGCTGG
CGACGGCGCCCGCGGATTGTACGGTGCTGCGTGCTAGGGGATTACCTTATCTTAGCCATG
CTGCAAATCGATTGAATCCCTTGCCGCGCTATGGTGTGCTGCCACCGCCTTTTCTTCTTC
TTCTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTTGCCTTGGTGCGAGTTTAGCTGGTTGCGTGAGTAC
GCTTACGCTGTTAGGCGTCGAGAAATTAACGAGGGTAGCACCAGGCACAACACTCCTTTG
CGGGAATCCACGTGGCATTTTATTTGGCGATACATTAATGCATCGTGAAGATAGTTCAAT
AAGGTATCTAGCCTCTGCATTAGATCGGGGCATGCCCTGCACATATGGTAGTTGAAGTAA
ATATCAGTTCATCATTTTCCTGGGCAGGAACGTTTATGTCGGTTTGATTATGACTTTAGT
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GTTTCCTTCTACTTTTGTGTTGATGAATCCCTGGGTAGTCACATAAGTTTTTCCATACGA
ACATTGCCAACTTCACGGATTTACAGTTCAATGCGGGTTTCCTTCTACTTTTGTGTTGAT
GAAATCCCTGGGTAGTCACATAAATGTTTCCATACGAACATTGCCAACTTCATGGATATA
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ATCGTTCCCTACAAACATTACCAACTTCATGGATTTACAGTTCTTTGTGGGTTTCCTTCT
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GGGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGGCATTAGCTCCCAAAACTGCTTAGCCTAAAACTTTTC
TTGCATGGATACTTCCATGAATCAGGCATTCCCAAACGGCATGTGGGGATGTTCCCAAAC
GACATATGTCTGGATGTTCCCTAACGGCATATGTGGTGCTAGAGGACTGCTAGTTTTTCC
TTCTTTATCTTTTTAAAATATGGGGGTACTTGGGGGTATTTTTGGATAAAGACATTCCAA
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TGTGTTAGAGCATATCTGTTCGGAGCTTGCCGCCGCCACCGCCTCCAGTTGTCGCCACGG
CTCCACGAGCCGTCATTTGCCTCTTCTAGACACCTCCCACGCTGCTTCTTCCGGTGCTAT
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GCTCGTTATATGGTCGATCCCCGATCTCGGTCAATAGATCTACATCAGGGTTTGAATTCG
GCGTGATTCCTTCCCAAGTCGACTCTCGATTCATGATCTTCATGGACCCAAGTCGATCGT
TATGTCAATAGTTCGTGCTGCTGCCATCACTGCCTGGATCTGCCGCTTCCTTGCCGCTTT
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GAGGAGAAGCAAAGGTGGATGCCACGATGGGTAGGAGTAGCAGGGAGGCATCATGGGCGA
GAGAGGTCGGCAAAGAGCAGGGGATCCAAAGGAGCATGTGTCTGCGGGTCAATAGCTCGG
TGCCTTAAAGCTGATGAGAGCGCTTGTTTGCGAGTACCTGGTGACTTTCGTAGCTGGGTC
GGCCCAATTAACACATGATGACATTTTCCTCCTCCATTTTAGTCTGTCATGAAACCGATG
GAAGTTTTCTTGGTGCTTGTGAGTCCATGTGCTCCAGCTCCGATTCGCAGATCCAATCCT
TAATTCGTGAACCGTAGATGTATACCTTCTGATGCACATGCTATTTGGTCTTAAGTAAGA
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TGGAACATCAAACACAATTCACACTGTAGTTGAGGAAAAACACATCTGAAGTAGAGTCAG
GTGCATTTTTGCAGGAACCAAACACAACCACATTATATCTACTCATGAGTCGTGAACTCC
TTACCGCTGTGGGTCTTCAACATGGCCATATCAATCCTTAGTCCTGAATGAGGAGATCTG
CATGCTCCATTTTCACTGCTAAACGACATCCAATTGGATCCTGATGTGTTGTCTTTGTAA
CTGGCTTTTCAGGTTCTTTGTTAGTTTCTAGTACATTGTTCTGTTTTTTAAGAATTATAG
CCTTGCTATTTGTTAGTTGTTTTGGTATGTTTGAAATGTTTAGAAGGGAAACATGTAACA
GCTTGCTGATCTCTTTCCATTAGGGGTGAATAAGATGTTTTCTTTTAACTCTATGCCAAT
TTTTCTTTCTTTCTTTCTGTTATCTGCTACACGAAAGGTGATACTTAATTATTTGAGTTG
TTTAATAATCCCATGGTCCCTACATAAGGTCTTTTTTGCCTTCTCATGTTCTCCAAAAGA
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TTTGTTCAGTTTAGCTGTTAATCTGTAGCAGATAGCATCCCTCTCTTCAGGTGGATTGTT
TCATTTCTTTCTATTATTAATAAATTGACCTGGAAGTCCCTTGATAAATGATCCAATTCT
TTGGATATTGTATTCTTCTGTATAATCAATGAGATATTTTCTTGAACATAAGAAAGGGAA
GTTTGGTAGTAGCAGTCATTCTAAAGGTCTTTTGTATTCTGAACCCATTGTTTATGACGT
GGACAGCTATATCTTTGGTTGCCTTTTGGATTCATATTGTATAGTTATGCATCAATTTTA
TTTCCTGGCGTTAATATCATTTCTGTATTTCTTTTTCTTATGTATTCCTTGCGGGGATCC
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ATTCTTGCTGATAAAAAGTATACCATGTTACATTTCAGTTACCGGACATTGTTTATGCTT
GGTGGATGAGGATACCACAATAAAGAGGGTGTGGGGGTTTCGATAAGGTTCTTGAATCTG
TCCAGTGAGGGTTTAGAGTTGTTGCCCTAGAAGACTATAACCCATGCTAGTGAATAATTT
GAAAAGGGAAGGTGGCTTGGTGAACTGAAGTTAAGACATGTCAAAGTCTACTCCTGTTAA
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TGCTTGTAAGAAGGATGCAACTGGTAGAGAACGTCCTGTCCATGACATCAAGGGCACTGG
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GTTGGTTTGTGCATCTGAGAATGATGACAAGCAGTACTGTGGTTCTTCTTGCCACATCGA
GTGTGCCCTCAAACAAAAGCGGGTGGGATGCTTTGATCTTCAAAAAATTATTCATCTTGA
TGGGAGTTATTCATGTGCTTCATGTGGGAAGATATCTGGGGTACTAGGGTAAGTACACGT
TCATTCTCTTCTGCAAATCTCGTTGTCTCCATCACACTTCTCATTTGCTTCTTGTCCTTG
CTTCATTATTGCATCGTTAGTCCCTTATACTAAAATGAAGTTGCTTCGGGATATATAGCC
ATATTATTTTCAGTTAAATTATCTCAATATCATAGTGCCGTTCAAAATAGGCAGTAGCTA
ATTTGGAATAGTTATATGCGGGTCTTATATAGTATTGACGAGTCGCAGGTCGTATTGTTA
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TATCATTATTTATAGTCAGCATGCACCATTCTTTTTTTTCCGGACGGTATTAACAGGCAC
CATTCAACTCAACTAATAATTAGGAACATGCGAGTCATCTTTGCGTTGACCCTATGTAAC
ATCCTTTTACTCTAGAAGCAATCGTCTCCTGTTAGTACAAATGATAAAATGATTGGGCTT
GCCAAATAAACACGAAGCTGTCTTTCCATATCATGTAAATCAGTTAGAGCAGGAAAGTTG
GACAAGTTGTAGCATGCATTATACTCTCTATACCCAGCATATTTCCTTTTACAAAGTTAC
ATATCTCAGTGTTACTTTCTTGACCACGAATTCTAGTTCGTACCAATACATGCATGTATT
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TCTATGATTATTGATCAATTTGTAAAGTTGACAATCATGTTACTATCTGGCAGTTATTGG
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CAAGAGGCAAAAGCAAAACTTGAATGCGAGGTCGGTCCACTTGATGGAATGTCGGCAAAG
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CTAGCGATTCAAAAAGTTGATGAGTTGTTGAGTTCTCCATCTCCAGGCTTGCTTCGAGGT
AATGACCTTCCTTGAATAAACACAAGGTAATAATTGTCATGGTCATTCTGCATAATTGTC
ATGGTTCTAGACTTGTTTGTTTGCAGGTTCATTACCAGCTGCGTGCAAATTCAAATTCGT
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CACCATCAAAGGTTATAAGCTGTGGTACTGGAAGAGCAGAGAGCAACCAAGCATGGATGA
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AGAATATTCCTTCAGAATCATATCATTCACAGATGCTGAGGCGGCCATTGGGCATTCCGA
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GGGAACATGCCCGCAGACGCAGACAGCGGATAGGAGCCAGGCTTGTATGTCCACTGGATT
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GGATATGTACGCAGGTTCATGTGACATAAGTGCCACAGAAGCAAATCAGGCAGGGAACAG
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CAGGAGTGCGGAACCGGCTGCTGTTGAATCTCGACCAGGGGGCAAGGCAAAGCAGCCCAA
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CAAAGAACCAAGCAGCCTGGCTGAGCAGCTTGTTGATTCTTTCGGAGAGATGGTAAACTG
CAAGAGACCAAAAGTAGGTTTCGGCAGCGGGCTATGGCATTTGGACAAACAATAACAATT
CAGGAGTTCGCTAACTCATTGGTATTCTATAGTTTTTCCAATCAAGTGCAGTGAATTCCG
GTTTGTTTCTATTGCCCAGAATGAGAATGAGGGGGTTAGGTTCATAAACTTAATAATCAT
CGCATCGACCCAGCTGTCAGATTATTACCATACCTTATAAGTTCAGATCAGATCGTGCAT
AATTTTATTGAGAGCTGCCATTTCGACCATTACCATACCATAAGTTCAGATCGGAACATG
CACAATTTTCTTGAGAGTCGTCATTCGAGCCTATGGGAACAGTATATTTGATTTACTTAG
AAATTCCTATCTTCTTAATTCTACATAGGGAAATTATTTTTAGGCGGAAAATAGATTGCA
TTGAAAGATTCCTGTTCCACCTGGAAGTAGTGGAAATAATTTTATATTCTCATTGCTAAA
CCACTCTCTGTATTCTGTCAGAGCCCTGGAAAAATCTTATATGATGTCATGTATGGCTTA
CATCTCCTTGGTGCCGAACTGTGGATGATTTTTTGGTACTAGATGGCGGCTAGGATATAT
TTGGCTGGTATAAAATGTCTGACATGCTCCAAAAACCCTAGCCTAGCGCTTGCAATGGCT
GCGGTGTGATGTGGTTTTGGATAGTGGGGTGTTCTGGCGCCACTTTTGCTGCAGGCGTTG
CGTTATGCGCCTGCCGGCATGGCTGGCTGTATCATCCATTGTGTTTTTTTTTAAACGTAA
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AATGAATCTACGTTCTAAAATATGTCTATGTACATTCGTATGTAGTCCTTTAATGAAATC
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GCTTATTTTTTCTTCACTTTCTCTCGCTTTTCACCCCGAAGAGACCGGCTCCTCTGCAAG
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AGTTAAAGGTTGCAGAGCTCAAGTATGGCACGCAAAAAGTCACATGGTTTGAGTTTAAAT
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GCTGCAACCTTTTGAGGATCTGCCACTGCTCTGTTGCAACCAAGCAGTAGGCTGTGCGAG
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CGCGGAGCAAGTCATGATCAAATGCTGCATCGGCACGTCTTCCTGTCCCTGCCCACAAGC
CGGGCATTGAGGCTCTTTGTTCTATGGCGAGATGCAGTGGCCATTGGCTCGTGTGGGACT
AATCGTTAGAATACTAAGATCCCGTAACGATTTTTGAAGTATATATGGTGGATCAGACAA
GCTCATCACAGGTATGATAAACACGGAGAAAACAAAATGGTCATTGCTTTATGGTGAGCA
TCCCAATGAATGAATTGAGTTAGTAAACCTATCTATGTCTGGAGGCAAGGGGACACAGCA
AGCAGGGCCGTCAAATATTCGTATGTGCAAGCCTGGCAAATCCGTTCTTATGAATGATCT
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AACTTTAGGCCAAGGACAATAGATTCAACACTTTAACCTCCTGCTATCATGGCATGTGTG
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ACTCTTTTCCTGCAGCAACACGTTGGAGGAAATGCGGCAACAGTAACCGTGGAGGATGCA
GGCTTGACTCTTCTTTTTTTACTTTGTCAGTCACTGTCCCAGTCCTCATCGGTATTCTTC
TTTGTCTGGCCGGTTCTGCCGCCGTGCATCCAGTTGTCGCCGGCATCCTCCTCCTCGCTG
CTGCTCTTGTAATTGGGGAAATTCACCTTCGGGGCACTCGGGCTCGTCTCTTCCTTGTAA
TCTGCTCCCCACACTGAGTTCGTCTCTTCCTTGTAATCTGATCCCCACACCTCATCATCT
TCACTGTCTGAAACGTCATCCTCACTGACATCAGAAACGCTAACTGCATTTTTCTTTGGG
GTCCGGCTGGGACTTCTGGAGGCCCCAGGCATATAATTCTGCCTGTGACTGGAACTACTC
CTCTCATGTCTCGTGCTTTCAAATTGCCTAGGATGTTCATCAGGTACATGCCTCTCCTTG
TTGAAGCCAGCTATACTATCCCTGCCATCATCAGAGTCCCAGTCCTCGCCCGATGCCTCA
GTATCATCATCCAGCCTCCTCGAACCTGTTGTTTTCCTGTTGTTTTTGTTCTCTCTCCTG
GATCTTCCAGGGCTTATATCCTCAGCATCTGAGTTATTATGGCCTCTACCGAAACCCCTG
CGCTCATCCACATCCTCACCTGACGCCTCTACCTCACTGTCATCATCCCATCTCCTTGTA
TCCTTTGTCCATTTATTGTTGTCGTTATCTCTCCTGTATCTTCCCTGGGTTCTATCATCG
GCATCTGAGTTGTCATAGCTTCTATTGAAACCCCTCCGCTCACCCATCATCTCTTCTCTG
TAGCGATACTGCAGCCTTGAAGTTTCTTCTTTCTCTGCTGCCTCCTCTTCCTCCCATTGC
TTCTCTGCTGCATCCTCTATTTCTGCAATGAAGTTGTCAAGCTCCTCCTGGTCGCTATCC
TCGGCTGGCTCCTCATGTGGTTCTTTTAATTCTGTAGTCCCGGTAGCAGGTTGATTATCC
CCATGGAAGACATAGGGAGTGCCTTGCTGCTCGTCTATGGCTCGGAAGAATGTCGAGGCA
ACTCGCTGGATGCTGGCCATGGCAACTGGGTCCTCTGGGTTAATACCTTTGCGACGAAGT
TGTGTCTCTATTTTCTTGATATTTAGTTTCTGCGACTCAAGAGCCTGCTCATATCTAGCC
TTGAATAAAGCCTGCAATAAGGATAAGGATAGCAAACTCCATTATCCATAGCACAAGCCA
ACAATATACCCAAAATTAACAGAAATCGACATAACCCAAAACATTAAAAAACAATACTAA
ATTCTGGTTGAACTATCAACAGAAAAGGTCAGAGAAAACCATAGGAGTTTCAAAATTCCA
TACATATAGGGTGTATGACTCTATGAGCCAAAGCATCAGGAAAGTTGGGCAGAAGTACTA
TAAAAATGCTAAATGAGAACTACAAACATTTTAACTGTAAGGGACTGACCTTCCGTTTGG
TAAGTGTGTTAAAAGGTATGAGGTTCTTTGGTTGACGGTAATTCCTGCCACGAAACATGA
TAATTGTTTTGGTATTGTGAATGTTAACCACTATACCACCACTCAATCTTGTCAGCATTG
ATGCCATTTCCTTAATTTTTTCCTTCGGGAAATTGTCACAGCAAACTTGTACTGTCTCAT
GGAATTTCCAGTGCATGTGCATGTTTTGAACAACACCTCCAAAGACTCCACGAACTCCAA
CAGGGACATAGTTTCTGTTTCGGAATCCAATCTTCTTGTAAGCCTGTAGCTGCTCAGCTG
TTAACAGCTCTGGATCATGACGAGGAGCTGGTAGGTCTGGTAGCTCATACTTCTTGAGTT
TTTGTAGAAGTAGAGCAACTTTTTTCTTGGCCTGGATAAAATTAACCAAATAACTAGGTA
AGCCAGTGAATTCACTCTATTATAAATGACCATCTGATTCTAATAAAATCAAGATTAGAA
CACAAGTCGAGTAAGGAGAAATATGCTGAGTAACATATATTTTACTTAGCCAGATCCCCA
TAGAGAAGGAATGGATGAGTTGAGTAATACCTAATTCAGATAGGACTGTGCAGATCAAGC
ACGAGAAAGGGGAAAGGTGTGCAAATTAGATTTCCTGATAGATCTGGAAAATGTAATTTC
TTTTCATTATGTGCTTCTATGCAGCAACTATATAATTGTTTTCTTTAAATTCTGAGAATA
ATCCGTTTATGCCCAAGATTTAAAAAAGAACGTAAGCATTACATAAGTTCTGATATGACT
TCTTTTCCATCGGGAGCAGGAATGCCCCAATGGACTTATAATATCACTACATCAGGCCTA
GTGTATCAATGTATTATATGAGAACCAAACTGTACAGAATAATTGGCATAATCAATAAGT
CATTTTAGCTTTTTTACTTGTGAAACCATACAGGCGGTGGTAACCATTTATGTGCATACA
TTAGGAGTGACATGGGAAGCCACAGGACTTAATTTTCTAATGGAGTTAGCTGATGCGTTT
TGGTGAGAGCTAGCCTTTACTATCAATATCAAAATTTCTAGTTTGCAGACATACAGTTGG
ATTTGACAATCATTTACAGGTCGTGGTAACCATATGTGCATACATCGGGAATGACATGGG
AAGCGACAGGACTTAATTTTCTAGCGGAGTTAGCTGATGTGTTTTAAATGAGAACTAGCC
TTTATCATCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGACCTTTTAGAAATTGTACTATAAACT
ACATACGGAT