morexGenes - Barley RNA-seq Database

Contig contig_1566692

Source Contig contig_1566692

Contig Data

|Contig Location|
|Microarray Probes|
|Predicted Genes|
|CDS Structure|
|DNA Sequence|

morexGenes

Links

Map Locations of contig_1566692 (8096 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013	Oregon Wolfe POPSEQ 2013	Morex Genome Release 2012
		No map location

Predicted Genes from contig_1566692

Gene ID	# CDS Predicted	Max CDS Length	Probes in Cluster	FPKM by Treatment	FPKM by Replicate	Top Rice Hit
MLOC_13870	1	173 bp	None	Available	Available	None
MLOC_13869	2	3286 bp	MLOC_13869.1	Available	Available	LOC_Os06g51270.1, FRAME:+2, EVALUE:0.0, 13106.m05531 protein 1,3-beta-glucan synthase component domain containing protein, expressed
MLOC_13868	1	531 bp	MLOC_13868.1	Available	Available	LOC_Os01g34890.1, FRAME:+1, EVALUE:5e-85, 13101.m03524 protein GLUCAN SYNTHASE-LIKE protein, putative

CDS Structure of MLOC_13870

CDS Structure of MLOC_13869

CDS Structure of MLOC_13868

Contig Sequence (8096 bp)

>contig_1566692 8096 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAAATACCAGGCTGATAATTTTAACTTTTCCTATAGGTATA
CTTCATGGATACACAAATATGGTATGCTATTTTTTCTACAGTATGTGGCGGAGTAAACGG
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TCTTGAAGAGAGCATACGTAACCGGTCACTTGTGAGAGATTTCCGATTGAATGAACTTCA
TCTGCTAAGTGAAAAATTCAATAAGCTGCTAACTCTACTATTGGTACTGATAAGTAACGT
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TTTTGTTTCTTCTGACGCTTTGATCATATTGCTCTACAATTATTTTTTGCTGGAGAATAT
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GTATGATGAGGTACTTACTGAATATAAAGATAAATATTTTCACTTAACATCATTTGCACA
AAATCTTTACCGCCTTTTCTAATTAAAGGCAATACTTCATTTTTATGTTCCTTTTCTAGA
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AGTTTCCATTTTCACATTGTGTGTGTTCAATTCCATGTGTCAACCAGTTTATCAGCTTTG
TTTGTCAAAGAAGGCCCAACCAGGCCAACAATGTAGGCTTATGTATGCAGCTGTGACTTG
GTTCACTCCTATGAGTCCTTGGCATGTTCACTCGGATCCATCAGCCATTTGTGAATTTTG
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GAGACCAGCTTTGTTACAATTGGACAGCGAGTTCTAGCAAATCCTCTCAAGTATGTAACA
TTGTTTTCATTTTCGTATAAAACTATTAATCCAAGCTTTTTAATAGTTTTTTTCGAGTTG
GCTGTCAGTTCCACTGTCGTTTTGGTCAACCCATGTGTCCATGACAATGGGAGTATTTGT
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CTTGAAGTCTTAAACATTTATAAAGTATAATAAATTATGTACATGCTCTACATTACATTT
CTAATCTGTCAAATATAGTTGTAGTCTAGTAAGAATAGTATAATTCAAGTTCCAGGCACT
TTGTAGCTAATATGTACTTTTGCTCTAACCAAGAATTGCAACTTTGCTGAAATTTATAAT
AAAACCATGTTTTCATAAAGTGACACTTGTATGTCGCCAGAGATACTCTAGAATCTTGAT
TTACTTGTAGTTGCTAAGATGGTCCACCCAGTCTTGACAATTTCCTGGGAAGCCTGGTAA
CCAAATAGTAAATCAGTAGATCTCATCTACTTATATCAACTAGACTATTATCAATTCAGT
GGGTGGTAAAAGAAAGCAATTCAAGGTAACTAACAGTATTACAAGATGAAAGCAAGGATC
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ATTATGAGGCTTTGTGTCCCTCTAACTAATTGTACCACTGCAGAGTTCGATTCCATTACG
GCCATCCTGACATTTTTGATAGACTCTTCCATATTACAAGGGGTGGCATAAGTAAAGCTT
CCAAGACTATAAACTTAAGCGAAGATATATTTTCAGGTAAGTCTACATCTCTTACAAACA
TTTTACAGTTATCCCTGACTGAAAATGCATTTACTGAATTTGATGTTTCTTAGGTTTTAA
TTCAACAATGAGAGGAGGAAATATCACACATCACGAGTACATGCAAGTTGGTAAAGGACG
TGATGTGGGAATGAACCAAATTTCAAGCTTTGAAGCTAAGGTTGCTAATGGCAATGGTGA
ACAAACATTGAGTCGTGACATCTATCGTCTTGGACGCAGATTTGACTTCTATCGAATGCT
ATCTTTCTACTTCACTACAGTTGGCTTTTATTTCAGTAGCATGGTAAGAATACATTAACT
TGAGATATCAAGGAGGATCAGTTTCTCTAAATAATGCCTACACTATCTCCTTTCTGATGC
CTTTATGATTGGACCATAGGTATCTAGGAGAGAACCGTGGTGGATATTTATTTAAAATCC
AAATTATGAGAGTTGTTTATAGATTAAAAAATCCCATGAAACAAAATGGGAGAATTAGGT
GGAGATGATCGAAGTTCAAGACATTTATATCATCATGCACCAGTATGTTAAAATAGTTAA
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TTAAAATGGTCGCTCTCAGGATTTCAGTTATTATCCATGAACTTAACTTATAATATAGCC
ATGGTCTCAACAGGACAACACGTATTATGTGTTCATTCTGCATATATGTATTTTGGGATA
CTGACACCATAGTTCCTCCTTTCAGGTTACGGTACTTACAGTCTATGTATTTTTGTATGG
GAGGTTATATCTCGTCTTGAGTGGTCTGGAAAAGTCTATTTTGCTGGATCCACGTATTCA
GGACAATATCGAGCCTCTTCAAAATGTACTCGCTTCACAGTCAGTTTTCCAGCTTGGTTT
GCTGCTTGTCCTCCCAATGGTCATGGAAGTGGGCTTAGAGAAGGGATTTCGCACAGCATT
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AAAGTCGTACCGCACCAGCTCGAGCTTGTACCTCTTTGTCACCTTCTCCATATGGTTCAT
GGTGGCATCTTGGCTGTTTGCACCATTTATCTTCAATCCGTCATGCTTTGAGTGGCAGAA
GACAGTTGATGACTGGACAGATTGGAGGAAGTGGATGGGTAACCGCGGGGGTATCGGTAT
GTCTGGGGATCAAAGCTGGGAGGCTTGGTGGAGAGGTGAGCAGGCGCACCTCAGGAAAAC
CAGCGTTCGTGCTCTCATCTTGGAAATCCTCATGTCCCTTCGTTTCTTGATCTACCAGTA
TGGTATTGTGTATCATCTCAAAATTGCACGCCACAGCACAAGCATTCTGGTACTTTCTCT
ACATAATTAAGATGTGCTTCAATTAATTTGTACTAGTTCATACAGCCTGGTTGCAGTGTA
TCCTAACGAATGTACTTTACGTTTCCTGTCAATCCACCTCTAGGTGTATGGGTTGTCATG
GCTGGTTATGCTGACGGTTCTAGTAGTATTGAAGGTAAGGCTTTGGCATTTCGTTTAATT
TTGACCAGTTACCTGCCTCCGATGGATGCTTAATATCTGGATCTGGATGTTGTACCTCGA
TTATCTTCAGATGGTTTCAATAGGACGGCAGAAATTTGGGACAGACCTTCAGCTTATGTT
CCGCATCCTCAAGGGCCTTCTCTTTCTTGGCTTTGTCTCTGTGATGGCAGTCCTATTTGT
TATAGGTGGCCTCACAATTACGGATGTCTTGGCTTGTCTTCTCGGGTTCCTACCAACTGG
TTGGTGTATTCTTCTGGTGAGTAAAACCCTCTATTTATCTACTTATTAATTTTGAGCTTT
AATTTGTATGTATATATGCAACAAAAAGGTCTACCTTCTCATGAGCAAGCGAACAAGCAC
GGAACCAGGAAACACTGAGCCGGCCTGTTAATTAATTAATTAATTCTCTACTAGTTAATG
GACTAAAAAACTTATTATTGATCAGAAGCAAAACTCTAGTAGCATGCATGCATACTTATG
TTTGACGTTGTGAGAGCCTTCATTCCTTCTTCGCAGATTGGACAAGCATGTGCTCCATTG
ATTGAGAAGACTACACTATGGGACTCCATCATGGAGCTAGGGAGGGCATACGACAACATC
ATGGGTCTCGTCCTCTTCCTTCCCATCGGCTTCTTGTCGTGGTTTCCCTTTGTCTCAGAG
TTCCAGACACGGTTGCTCTTCAACCAAGCCTTCAGCCGGGGCCTCCAGATCTCAAGGATC
CTTGCCGGCCAGAAGGACTTTGGGGAGTTCGAATGAATGACCAGTTCATCTTTAATTTCC
CTCCCTAGCTAGTTTCTCAGCGATGTGGTCGGCCTTTAAAGAATATATGGCATAGTAGGC
ATGGTATATAATGACCTCGCTCCCATGTATATTTTGTTATTCTGTGCTGCCATGTTACAT
ACTCCCTCCGTCCCAAAATTCTTGTCTTAACTTTGTTTAGAAATGGATGTATCTAA