Map Locations of contig_1566254 (9400 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_1566254

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_13689 2 1336 bp AK251267.1 Available Available None
MLOC_13690 1 1075 bp MLOC_13690.1 Available Available LOC_Os07g31300.1, FRAME:+1, EVALUE:2e-99, 13107.m03163 protein ATP synthase delta chain, mitochondrial precursor, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_13689






CDS Structure of MLOC_13690






Contig Sequence (9400 bp)

>contig_1566254 9400 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GCTCCAAAGTGGATTTGGTGGAGCAGGACTGAATTTTATGAAGTAGAGTAGTCCCGGCCG
CCTTTAGTGGGGCTACTACTGCGGTTTCTTTGACATTTTGTTCTAATAAATAACTACATC
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CTTCATGTTGCAGGGGAGTCAGAGTCGGACAGTGAAGCATCAGATGTTGGTGGCTCTGAT
GGAGAAGATACCTCATGGATTTCATGGTATTGCAACCTAAGAGGGAATGAGTTCTTCTGT
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TCTCAATATTTACTCTTTTAAATTATCGACCAGTTAATCGGCATCTCGGTCAGTTAATTG
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AAGCCATTATTAGCAGTGATGTTAACACTTACTGGTTGTTTGGGCTCTGTTTCTAAATAC
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ATGAAAGGTTTTATCTGCCACACTAAATAACATCAATCCTTTGCATGGGCTTTGATTGGT
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TTACATTGCCTACTGCTATTGCTGATGTTCTTGATTATTTGAATATGTAGGTGATATTTT
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GCTTTGCTAGTACTTACCCATATTTGTTTCCGAAAGGTTGAAATTCGCTCATGTCGGTGA
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CTGTCTCAAATTGGTGCGTTTTTATTCTTGGGAAAAAGAGTGTCATCTACAAAGAAATAT
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TCTGCTGTTTTCTTGACCATGTTCAGATATTGACGGAGCCTACTATGGGACAACATTTCC
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TGCGGTGATGCTGCCCACCCATATTGTGTGCCCTGCCAAGTCTACTCATCAACATTGAAA
TGTTGGTATAAAAGAAGACATGAGACGATGTTGTAACCTTATTCCAGCTCTACTGGCTAT
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AAAATTAAATCAGATAGACAACTCTTTATTCATTTAAAAACGATTCATTTTTATGACTTT
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ATAAGCGTATGTCAAGCATTGCAAATATAGCTTTGAAAAAAAAAAGATTGCTCCAATTCC
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TGCCGGCAGCGGCTCCATCAGCCGCAGGGCCCTCGCGACGGCCCATGCGCCCGCGGAGGC
GGGTGAGGACCCCGCCTTCGTGGAGGCGTGGAAGAAGGTGACCGCAATCATCGAGCCCCC
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GTCTCTGGGTAAGCTCGATCATCCCAAACCTGACGTTTTGGAGTGCCATGCACCAGCACC
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CTTCAGATTTTTGCTAGCATCTTCACGCCTTTAAATTTTCAGTGGCGTCCTGGTAGACTT
CTATTATTTTCTTTTTCAATTTGTTCTGTGAGGATTTGGACATGCTTCCTTGTGGGTATC
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GCTGCTTCTGTAGTTTGACCAATATTAATGTTTAACTACATTTGCCCTCGCTAATATTAA
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TTTTGCATGAATAGTCTGTCTGGAACAATCATAACATTCTCTCATGATATATTTTCTTGA
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ATTCTTAATTTATCAAAGATATGCCACGAGTTGCTTAAATACTTCCATCTTTGATTGCGT
TGAGTCGTTTTCTTAAAATAGAAGTAGAACTCTGTGTGGTTAGTTAGTGTATATTGGAAC
ATGCTCTAATCTGTCAGATGATGAAATAATTGTTTGAATTCTTAAATATTATCAGGTGGT
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TTTTTTCGGACTTACATATTACATTGTCTAGTCCTCAAATTTACCTTTTTTTTTTAGATT
TCCAATTTTGTTATTAGCTATCAGTTTCCTATTTGTCTGATAAGTAATTTTGGTGTTTGA
GGTAAGTTCGTCTTGTGATGATGCATTTTTGGTGGGAGAATGTCGAAGAATGATTTTCAA
ATTGTGTACATTGATTTCCTGTGTGCTTATGCATGCTTAAAGTGGTATTGATCATGTATA
CTTTGATTAATTCCATTGGCATTGTCTTGTGTTTTTGTCATGACTTGATCTCATTTTGTT
CGGCTATTTTCAGGTTGATATGGTAATGGTACCGGCTACAACTGGCCTGATGGGTATTTT
GCCAGGCCATGTTTCCACAATTGCAGAGCTCAAGCCTGGTGTTATGTCTGTACACGAGGG
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TACTGATGTTGTGGCTGTTGAGGCTGTCCCCCTTGATCAGATTGACCAAAGCTTGGTCCA
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GGAAGCTCAGATCGGAGTGGATGTTCACAGTGCGCTCAATGCTGCATTGACTGGTTGATG
ACAGACATCTTACATTTTGATGTTCTTTTCATCTACATCTTTAGAATGTGAGTTGAAGCC
TGCAAACTCAATGAATGAGGATGGAGGGAATGATCTTAAATAAATTATACTCCATCTCAA
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TGCAACCCACTATAACATGATGTTGGCATGTTCTGTGTGTCTGATATGTACTTATGAAAT
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CTTCTTCAAGACGTGTTGGGACATCATCAAACACGACCTCATGCGTGTATTCCAACGCTT
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GAAGAAGGATGGGGTGGAGAGCATCATAGACTTCAGACCCATAAGTCTCATCCATGCGAT
TGCCAAGATTATCGCTAAGGTGCTCTCCATCAGGCTTGCCCCATATATGACTGCCTCATC
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AGAAACCTAGCATGACGTCTCCACAAGAGCAAGACTCCCTCCCTTTTATTCAAGCTGGAC
ATTCGAAAGGCTTTTGACTCTGTCAGATGGGAGCACTTGCTTGACCTCCTACAGAGGTGA
GGTTTCCCAAGCAAATTTTGTGAGTGGATTGTGGCCCTCCTTTGCTCGTCATCTTCGAGG
GTCCTCTTGAATGGGGTCGCGGGCAAGCCCATCAAGCATGGCCAGGGACTTCGATAGGGG
GACCCAATCTCCACCCTCGTCTTTGTCATTGCTATCGACTCTCTGAAGCATATCCTCGAC
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TCTATCTCTATGCGGATGATGCGTCTGTGTTCATCACGCAAATAATAGCGGATGTGGACA
ACCTCACGACTATTTTGAGAGGTTTTGTGGATGCCACCGGCTTATGCACAAACTTTAGCA
AGAGCTTAATGGTGCCCATTCGGTGTGCCAACCTAGATTTGGACCGCATCACCCAGGGGT
TACCGGCTATCAGAGCTTCTTTTCAGCTGCGATATCTCGGGCTCCCTCTCTCGGTGTGGA
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CGCAAGTGATATACTTCATTACACCCCTGGTCGTCCAAACTACCATCCTGCAGAATATCG
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CCTATACCACCATTACAGTCGGAAATAGTACGCAAACTCCTTTTTGAGACTCCCGTAGCT
TCTTGGACGCAAGACAATGGATATCGCTCCACTCATTTACGAGTCCTCCTCCCGGAAGCG
CTGGAAGGTTCGTGAGGCCCTTCAGCAAAATGCATGGATCCTTAAGATCAGACCGCCTGC
ATCGATTTCCGTCGAGCATATCACGCAATTCTTCGACCTTTGGATGCTCCTGTAGGAGGT
GCAGCTTGATGAGCTCGCTGAAGATGATATTATTTGGAAGCTTACAGATTTAGGGCAATA
CTCGGCTACCTCTACCTACATGGCGCATTTCTTGGGGTTGGTCCTATCTCCCATGGACCA
AATGGTTTGGAAGGTTTCGGCAACGCCGAAGGTCAAGTTCTTTGCATGGCTTGCGCTCCA
AAATAGAATCTGGACGGCTAACAGGCTGGAGAAGCGAGGATGGCCAAATTGTGGCCCCTG
CCGCCTTTGTAGGGGCGTTCAGGAAAGCGGTCCGCACCTCTTTCACTATCAAGCTTTGGA
ACTTGGTGATCTAGAAATTTCCATCCATGACTTCGACACATCCGCCTGGCACATGCTCGA
CTCCGTTGAGGCATGGTGGGCGAGCACGAACGCCATGGGCATTGCCAACTGAAAAGCGAA
GGCCTCGATCACCATGTTGGTGTCATGGGTCATAAGAAACGAGCGCAACCCGAGGGTGTT
CAGGCAAAAGAGCGCTCCTGCGCACATCTTGCTCAACCTCATCATCGACGAGGCCAACCT
TTGGATCAAAGCAGGGGCTAAGAAGGTAAGGTCTTTCTTATTGCGAGAATAATTATCATG
CCGTAACTTAGGTGTGTTGTAACAAATTCTTGCTCTTCTTTATTTAATACATAAGACAAA
ACTTTTGCCTCCGTTTCAAAAAGAAAAATACATATCATAGGTGCCCTTTAAACTATTGCA
GGCTGAGAGGAAAAACAAGCTAAAGTAGCCAATATTCGTTTGGCTCTCACTTCATGTCCT
GATCTCTGAGCAGCTGGGTTGTATTGAGATTCACACAACTTGTTGTATTCTCATCGGTAC
ACAGACATGGACCATTGCGAGTCTTGGACCGGCAGATATTCCTAACCCTGTGCATTCTGT
CTATATGGGTTGGTTTATATGGTTTTCTGTTTGTATGGTATTTTAATACTTCTCTGTTTC
TAAATATAAGTTTTTTTTAAATTTTATTATAAACTACATACGAATATATATAGATTTACT
TTAGAATATTGTCGGGGGGATAACCCCGGGGTAGGCCGCTCATCAAGCCTATTCCTTCAT
TTCCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTCCCAAGGCCCAAGTCTTCTTGGCGGCT
AGGCATCACCTGCCGGCTGGACGACGAGGCAGCCACCTTTCTGGCCGGCCAGGCAACCCC
TGCCGTCTAGAATCCAGGCGGCCTCCCCTTCAGAACCGGC