Map Locations of contig_1566094 (6052 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_1566094

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_13620 1 361 bp MLOC_13620.1 Available Available None
MLOC_13621 1 977 bp MLOC_13621.1 Available Available None
MLOC_13619 3 1150 bp AK372094 Available Available None





CDS Structure of MLOC_13620






CDS Structure of MLOC_13621






CDS Structure of MLOC_13619






Contig Sequence (6052 bp)

>contig_1566094 6052 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GTGGGAGAAGTCATGAGGGTTTTTGGTCGCTAACTCTAGGCACTTGAGCAACCACATCAT
CATGGATACCTCATCCCCTTTTAANNNNNNTGGCTTTCCTATGGACTCAAATGCGATTTC
TCACAAAATGCAAAATGTAGAGTCTTGAAGCTTGTAGATTGGACAATCCTATCCCTCTCC
TTTCTTGGGCGTTCTCTTCATGTTTGAGCCAATTCTCTCCCTGAACTTCATCTAAAATAA
CCTAGATAAAACTATTAGTCAAAGAGATAATATATGTTGTCATGAATTATCAAAACTATC
AAGGGAGCATATGTGCTTTCATCCTGTCAGTTCCTCAAAATAAATAGCATGTATATCACA
AAATTCATCTTCTTTTAAAAGTTACTATACATTTTAATAAAGGGAAACATTTGCGGCGAG
GACGTCGGCCGAAGCGTTGCGCCGGACGCACGCAGGACCGGCGATCGCTTGATCGTCCGG
TGGGATCGCCCTAAAAAAGCAACGGGGCCACTTCTTTTCCAATCATTTTTCCTTATCTCC
TTCGTCCCCACGACGTGGACGCCAGGATACCCACACCACTAGGCACCAGGAACCAGCCCG
CATGCGTCCAGCCAGCACGCATGCCTCTGGCCGCGACCACGACACCCTCCGCCATGCGCG
CCCCCTCACCCCCATTCGTAGTTCCCATCTGTCTCCTGCTGGAAGCAACTCATGTTTCTG
ACGGTTGAAGTTGTTTCCATCAAGGTTGAAGCTGTTTTTCGCGATGTTTGCAACATCTAC
GTGATGGATCACGCCTGTTGCAACGTCCGTCGTGGAGGTCACAGCTCCTTGTCACCGCAT
CGCTTTTAGCACGCGGTCACTGCAGTGGTAGCAAAAAAGCGCATCAGTGGTAGCAAATCC
TAGGCGCGATGGTCACCCATGTCGTCGCTCGTCGCACCACCGCACACCTGTTATAGCAAA
TTCGGTCGCTCGTGGTAGCTTTTTCCATCGTCGGTTGCAACAAATTTGCAACCCGACGTC
GTCGGCCACACTTTGTTGTCTTCCTGGTTGTAGCAAAAAAGGCCACTGTCTGTAGCTGTT
CTCATGCCGTTTGCAGCAAAAATTGTGGATAAAAGCTTCAACCGCGAAAAATGCCTTCGA
GGGATGCAAAAAAAACTTCAACTGATCACTGAAAAAGCTTCAATCGGTGTGTAAAAAAGC
TTCAACCTTAAAAAAAGACTTCAATGGCCATGGAAAAAAGCTTCAACTAAGCATGACGAT
GCTGCATCGCCATCGAGCTACGACCATCGCTACATGGAGCTGCAACGAGAGGGTGCAACT
GTTGCATGGGGGAGCCGGGGCCGACGGTGGCGACCTACGACGAGGACGGCTGGCGAGGGC
GTCAACCGACGACGAGGACGCCGCGATGGTGCTTCAAGCTCCATTTTTCTCGCTAAGGTA
TGGCACGGTGCCAATGACGCTCGAGGGAGTTGTAATTTTTATTATGGAAGGAAGAAGATG
ATGGGTGTGGAAAACGATTGTAAGGAGGATGAAGCGGGGGTCAGATGTGGCAGTCTTAAT
CGCGGCTGGGGCTTGACCGGTCCAACTGTTGCCTATTAGCCCCCTTTTTGGCGGCTGCTA
CCAGTTAGCGGGCTGATTTTAGACAGAGTTAAACCGCCTTCAGAGCCGTCCGATTCAGCC
ACAGGATCAAGCGGCAGCACGCAACAGTCCATGGTAGCGCCACACAGCACCGACGGTGCT
CGACTGTGCTCCATTGCAGCGTCGACGACGCTTCAATTCAACCCGACGAAGCTTCAACGG
TCACGGAGAAGCTTGAGTGCAACTCCGACGACGTCGTGACGCTTTATTCCAGCTTCGACG
CCGCCGGCGATGCTCCACCACAGCAAGCAGGGACTGGCACCAACGGTCGCTGGTCTGTAG
CAACACTGGTCGCCTTGTAGCAGCTCGCGCACCGTGTTGCTTTGCAGCAGATAACGCCGG
TGAGAGGACGTCCCACTTCCTCGCAGCAACGACGGATGCAACCTGCTGTCGTTGCAGCAT
CGACGGGTGTTGCTGTAGCATAATTGACAAGGCCGATGAATGGTGCTTAGAAGCACCGGT
GTTGGGCGTTGCGCTCATGGCGAAGGGAGCTTACTAGTAGATTGAGATGAAGAAAGGGGA
TACAGGAAGGAGAAATGGGTGAATCACAATCATCGAAAGAGAAGAAGATAAGGTTGTGCG
GTTAGTTGGGACCATGAAAACGCGACAACACTCATGAGTGTGCGCGCGAGAAGAACGGCG
TCCGATCAAGCCACGAGGCGGTTGACGCAGCCAGAAAATCAGCCGGTTTAGAATAACCTT
TTCCTTTAATAAACGTCGGATGTTTCTCAAAAAAATAAAATAAAGAATAAACGTTGGATG
ACGTCTATCCCAGGCGTGAAAATCAGTTAGCATCCGCAAAAATGCCCCCCTCTATCACGG
TATCACCGTCGGATTCATAATCGAACACTGGATGGAACAGCTCCAAAATAAAGACACCCA
ACAGCAGTCCATACTCCTATTCCCCCCATCTCGCCTGTTCTTCTTCCCCTCTTCCCCTCC
TCCAAGCAAACGCGAAGGATCAATGGCCGCTCGGATCACGAGGCTGCTCCACCACCACAA
CCGCCGCCTACTCGCCACCGCGGCGGAGGCCTCCGCTCGTCGCCTGCCGCGCGCTCCCCT
TGGCGGCGCCATCTACAAGGTAAACCAGTGACGGGAGTATACAGCCCTATACCCCACTCA
AGGTGTTCGACGCAATGCCGACGTCGGTATCGACGCCATTGTCGTTGCTTCCTGATTTCT
TCGGTTTAACTGGGGCTTGTTCTATACCGTGGTGTCTTCTTTGGTCTCCTAAGACAATCC
AATGGATGACTCGTGTCAGATTTTAAGTAGCAATCCGTCCTCAGTGTCGTGCTCTCTGTA
GTACTTGAGTGCAGTCTGTTTTGCCAATCTAGAACGTTCTTGCTGCTCACACCACCCGCT
TGTAGTATTGAACAATGCATGTGCTTGTAATTTATCTAATAAGTTGATGATTCATGCCAA
ATTTTGTTTGTAAACTGCCAGCACTCCTCTCTTACCTCCCGTTTCCAAATAAAAAATAAA
AAATCATCTAAGTGCATATATTCTTCAGGAATTTATAGCATTTTTTACATACCATAGTTG
TTTCTGAGTTAGTTTAGGATTTCTTCTTTGGCAATGTACACAAAGACTGATTTTGTTTTT
ACTCTTTCCTGCATTTTCCAGCAGGATGTTGCAAAGGCTGAAGGTTCTCACCTCTGATCT
TGAAGCTTATTATATGATGTTGTATTATGAAAATTCAATTATTCTTTTGTGCCTGCATTC
CATTTCTTTTGGTCTTCTGGCTGCCGCTGCATCTGTGAATTTTTGTTGTTCCTGGTGGTC
GGTGCTGTGTGAGAAGGACTTTAAGATGCTGTCATGATTTTAGTTCAAATTTGAACTAAA
ACCACGACAAGAATTATAGGACGAAGGAAGTACAAGAGAAGAGTATCGTGGACAGTCAAA
TGTCCGCAGCATACTCCATAAGGCTATAACTTATATTGTTTCTCAGCATTATCTAGTATC
GGTTCTAGCTGTAGAACTATTGTTACCGAAATATACCAGATTAGCATAATTCATATGTGC
ACATGTTAAATACTATCAGTAATTAGACCCCAGATACAGGTAATGGTGTTACAAAGCATA
GCTGTCCAGTAGTTTCCTTGTTCAGGATTCTACTCGGTGTCCCAATGGGCTTGAACACCT
GCACATGCACCGGGATGCTCTAAATGCACTACTTACATGGTGGCTGATGTAGTAGTCACC
CGGAAATATCATCAGATAGTGCTACTCAGGAATTTGTTTATTTTCTGTTAACATCTTTTA
TTTTTATAAGGGATTGCTTGGATAGAATTGTGTGCGCTGCTATTATATCCACTTCTTGCC
AAGAACTATCCCACTTTTATAAGTCCTGTCAGGATTTGTTTTGGTAACATCTCTTATCTA
TATTCAAGGATAGAATTACATATCCTGCCATTATATCTACTGTCATAATCTTAGTTTTAC
TAGAAAATGTACTAAAAAAACTTCCTTGAACTTCTTTACGAGATCTTTCTCTGAGAGTAT
TCTGCCATTGCTATAATACAAATCTGAGACACCCTTTTGTACGTAAAACTTATTTGATCA
AATTCATCATATGTTCGGTACCCAATAAAGTTATTAAATAACTATCTGACTCTTGCTTTC
TCTGTTGTCGAATCTGGACCAAGAATCATTTACAGTACCATGCCCACTTTTGTTATGGAC
CCTATTTAACGCAGACATGGTTTTCTTTTGGCAAATATTCCAGCATCCTCTTTAAAAAAT
TCAAGGTGGTACATGACCAAGTCAAGCCCTTCTAGTCCTCTCACAATGCAGGAGTACCGC
AAAACATTTCCTTCGTTAATAAGGTCATCTGCATCTTACTCCTCACAAGCTTCAGACAAA
AATCCCAAGGTACATGATGCTAGCTAGTTCTGTTCATGTTTGATTATTAACATTATTCAA
TGTCGTGTTGTACATTTTCCTTCCTGTTTTAGTCTTCTATTGGTATAGTTTTGAGCAGTG
GTGTCCATATTTTGAACATGCTACTATAAACTGTAAAAGGACAATATAGGAAATTATTAG
TTGTGTCACCTTGTGACCATCTGTGCTACTGACTAAGCACTTGTGCCTACATCCATCAGC
TTCTGTTAGCCTCTTTCCATTTTCACAAGATTAAATTATGTAAGTGTCAGTGCATCAGGA
AGTGGTTGCTTCACTATTGAATATTGATGAATGTTGTATACATTAGCTTCTATAATGGGT
TTGTTTTAAACAATATTTGAAGAATGATATGTTAAATGCTATATCGGAACGGGATGATGT
TGCACACGCTGAAAAGGTTCTGCTTCATTGGTTGTCAATATAGATAAACTAGATAAATTC
CCCACGCGTTGCGGCGGGATTTCTAGTTGTATCATTATTCGGATAATAAAAAGGACAAAA
GAAGCACACATGTATTTAAAGCAAATGTAAACAAATTAGAATATATATTTTCAAGCCAAA
AAGCTTTAAGGCATAAATTTTCATCTTAGGCAATATGATTTTTTTTCCGTTGAAGAATTG
CTTAATGAAATAGTATCTTTTAGATATGTTTTTGAGAATATGGGAGTAGGTGGGAAGTTA
TGATAACCAATGTTCCTTGAACGGACAAAGCATACCACTGAAGTTGTGATAAAATAAAAG
TTTGGTTTTTATGTCATGCCATACAAACTAAATACGAAGTGCCACATAACGGTTACACTT
GGTTGTTGAAATGGGCTTTTCTTGAGTTGGTTGTTGAAATAGTTGATATGACTATATTAC
ATCGAAAACCAAAAGTGCATCTCAACAATAATGGTTCATGCTCAGTTCCACACAAAAAAA
AGTGCCTGGGGTTTAATGGTAGCCACAACAATATATGTCACTTATCCTCCGATACATGCG
GCTGGTTACAGTGAAAGATGGGCATCATAACGTGAGTTGGATTGAGTTATACACCTTTTT
GACCCAAAGGAATGGATTTGAGTTAGTCATATCTGGAGCAGATCAAACGGACAGAGGAAA
TTTAGGTGACGTGGAAGACTATGGGAAGAGAAAAATAGCATCAAATGATGGTTAGCGTGG
ACTGTCTTTATAAGATATATAGATTTCTACGTGCTTCATTGGTCTTGAATTCTTGATGTT
CTCGCATGAGATAACCCAATTAGGATCTTCATTTTAGCTAACCCAGATTCCATGGCTGAT
GACTAGGCGGGACTTATAATGGTCTAATTGGACAAACCAATTCTGTTGTTTAGAGTTTCT
TTATTGAAAGAGTTGATTATATCTGTTCTCTTCTTGTGTATTTAGCTTACCTTCATAATC
TTTACCTAATAATAAAGANNNNNTCGCTTCCGTCGGAAAACCCACCGAGCTGATTTTACA
AAAAAACCCTTACTGTTTATGACATTAAACTCGTAGTATATATTAAATATTT