Map Locations of contig_1565406 (10080 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_1565406

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_13341 3 1243 bp AK356136 Available Available None





CDS Structure of MLOC_13341






Contig Sequence (10080 bp)

>contig_1565406 10080 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
ATTGCTTCGTGTCATATCCATTTGCTTCTAAGCATAATCTGCGTCAGGAGCAGTTGTCTA
AGCATCGATCATCAGTTAATCATTTTCAGCTATTTTGGTTGTAGAAAATCATTTTTTTGT
ATGAAGGACCAATTAGCAACCTGGGTAATTTGTCGTCGATGTCCACGTGTCCACCTGTGT
GCTAACACTTCGAGAGTAATTTTAGTACTACCCATATGCATAAGACACACACGTAGTGCT
CTAAACTCACTAGATTGAAAGCAACGAATCTAGTAGCTAGCTCTAGAAATCCATCCAGTT
GCTTGCTTGCTGTTCTAGAAATCTATCCAGCTGCTTATTTGTTTGTTGCTCTAGAAATCC
ATCCAGCTGATTGCTTGCTTGCTTGTTTGCTGCTTTAGAAATCCATCCAACTGATTGCTT
GCTTGGGTGTTGGATTAGCTTCTTGCACATACACTCCTCACTGAATCGATGTAACTACGG
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CTGAAAGATTGTTTGCTTCAGAGTTTCACAGAAAAACAAGGGAGATCGATAGGCACTAGT
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CAAGTCCTGGACATGTATACAATATTCATTTAACTTATCACTTCCTGAAGCTTCTAAGAT
ATTTTTAGACAAAAGGCATATGCCCGACTTTATAGATAAAGCCACTAGGCAGAGTAACAG
CGCACATAACAGAGAGAGGTTCAAAAGGCACCAGGCCAAAAGGGGAGTAGATAGTTTAAG
GGGTACATGGCACGCAGGCCCCAACCACGACACGCAGGCCGACCCATAAGCAGCATCAAG
TGAAAGGTGGCACATCCTCCAAGTATGCGGTCACCAAGAGGCTAGGTAGCGGGCTCCTGC
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GTTACTAAAGTCCGTAGGTCAGAGATAGAAGCAGGGGCCCAAGAAACATGAAGCCACGAT
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CCAACTCCTCACACAGGGCGCAACGATCCAAACCGGGGCCATTCATTTTCAGATCTGATC
CGCCGCGGGAAGCCGGCCCCTGAAGGCTTGCCACAAGAAGATTTTAATCTTAGGGCGGAT
ACGAGAACGCCAAATCTGGTTGAACTTATTCGTTGGTGAACCCGCAATAGGCTTAGAGTA
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CTCCGAGAGCGTGGGGCAAAAGGCAGCAAGACGATGCCATTGAACCAATATTTGAGGCAT
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ATGTTTCGTTTGACCATCCGATATTTGCGTTTATTATCAGCCGAGTTCCAACAGAAAGCA
CCTCTATGCTTGTCGAAACCGTCGTGCGTGCCCGCAGAGAGAAGGTAGAAGCCCATCGTG
AACATGAGCAGGAAAGATAGGCAAGAGTTAATCAAGGCAACTTTTCCAGCATTCGAGTTG
TACCTACCCCTCCAAGGTAGCACCCGATTACCAACCTTGGTAACAATGGGAGCAAACTCC
TTGGCACATAAGATATTCATAGCAATCGGGAGGCCTAGGTATTTAAAAGGGAAAGAACCG
AGGCTGCAGTGTAGGAGATGCACCACTCGCAAGGCCTTCAAATTATCAACATCAGTGGCA
ATGACCTTGCTCTTAGCGAAGTTAATTTTAAGCCCTCACAAGGCTTCAAAGCAGAGCATG
ATGAGCTCTACCATGCTTGAGATGGACGAGGCAGCTTCTAAGATATTAATTCATTTGATG
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TTGGCTACGCCGCGGTCGATAGGTTCCAGTCGGCTACGTAGTGGACGAGGTGTATTATTC
CTATATAAATAATTCAAAGGCATATTATTTGTCAAATTTAATAAAAAACGTACGTATTAT
TAAAAAAAAGATTAGCCATGGGTGATGGGTGTGGATGGATCCGTTGTCACTTGTCCGTGA
TGATCTTTGCTTGGAAAATATGGCTCCACCTGTCGCGCCTTTCCCTCATCCACACCAACC
GGTCGTCCGAAGCTCGAGCGCCACCCATGGCCTCCTCCGCCTTGTCCGGCACCCACCATC
GCCTCCTTCTCCCCTGTTTCCTGCGCCGCCTCCCTCAGCCCGGTTCGCGCTCGTGCTCCC
GCCTCCGCCTCGCCGCCTGCCACGCCGACACCCTCCTTTCCTCCTCCGGGGCCCAGGGGC
CGCCCTCCCCCGCGGCGTGCTTGTCCGCATCCTCCGCTGGCGGGTTCTCTGACTGGCTAC
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GCGGGGGCAGAGACCGGCCATTACACTTCGTCGCTGCTGGGCAGGACCTCGAGGTACTGA
GCAATCAGGGTTAGTTGGTGATTCGGTGGTGAACTTGCGATCCTGATGCGGCTTTCTGGT
TGCTTGCGTAGGCGGGGGATGTGGCTTTCGAGGTGCCCATGTCGCTCGTTGTCACGCTGG
AGCGGGTTCTCGGCGACGAGTCCGTCGGTGAGTTGGCCTCTGGCTCTAAACCGGCTGAGT
TCTGTCATTTGGTCGGTTTATGGCGGAGGAAGTGGGCAATTTTCATTCCTTTGATGCAAA
TTTGGTAATCTAAATGAATTTGGCATTTGAATGGTATTATGCCGAAAGGGTTCCTGCCCT
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TGTTCTTTCCACTTCCATGTGTTGCAATACCACGGAGTTTCTTGGTAGTCTTGTGACCAG
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TTTCTTATAATTCCTCATAATTCCATTGTTAGCCCTTCAAAAAAGGAAAATATCTCTCCC
GTGATTGCATGCATCCGTTCTTGTAAAGAGAAAAAGGAAAGTATCTCCTTAGTGATTGCA
TGTATGTCTTATTTTCCTAGCCTAAATGATTTAGTTGCCGTGAATCAATGATTTAGCCAA
GGTTAATTTCGTCTTAACATGTGTATAATTATATGTCTTGGTCACCGTGATAAAAATAAT
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GTCCATAGTGTATCTCTAGAAAGACTTATATTTAGAAACGGAGGCAATAGTAACTATGCT
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CATGCTTACACATTTTTCCGGTTAAGCTCATCTATGTTAAAGAAAGAGCAACAGTTATCT
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AAATTTGTGTTCCAACTTTCAACCTTAACATGGGTGTTGATTATAAAGCCAAAAGATCAT
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ATGAAAAACCAATGTGCCAAAATAGCACTCAGTTGAAAATTTTCATGCCAAGATACCACT
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GCGGCTAGACAAGGAAAAGGGACCGGCGCAGCCATCCTCCTCTAGCTCAGTCGGCACTGG
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GTATCCGGCAAGATCCAGCGACCACGAGTGGGGCCATGCTCCACGCGCTGTTCCGGAGAA
AGGAGGCGACACGGCATCATCCACAGTGGCCGGGTGGAGATGGGTTGGATGCAGGGAGGA
GTTGGGCGGGCATGGCTGCACACACTGCATAGTGGGCGGTGCTGCGACACGCAACTGCTG
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GCCGCATACAGCAGCCGTGGATAGAGCTCGGGTCGACGAAACAATCTCCGGCCACTTTGA
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AGGGTACTTTTGGCAAGGTAGAAAAAACTACAGCTCCATCCACCATTGACTAACAGAATC
TGTTTGACAATAGACGGTAGTGCTATTTTGGTATGAAAAAACTGAACTTGAGTGCTATTT
TGGCACTTTGGTTTTTTATAGTGATGTTTTGGCACATGTGGTTTCCACCGGTGGTATTAT
GGCTATTCTCTCCATATTTATCTGTAGCATTCATTTTTATGTTTATTTGTTCTATGATTT
TAACGAGTTTTTAGCTTTTAGACATTAATTACATGATACTAGTATCAGAGAAAGGAGCAG
TATAAGTACAGTTTGGCTGGAAGTAGTTTAACCATGAAACACTTGGAAACTGATATAATA
TTTCATCTATTCAAGTTACATATTTTGCATATGTGATATGCACAGTCTTCCCATCATCTG
TAACAACTACAGCTCCCAATGGCATAGTGCTCTCATGTAGACACCAAGAGAAGAACATGC
AAGCGATTTGATGCTATGATATTTATTTTGTTTTTCTACCATGCAGCTGAATTGTTAACG
ACAAACAAATTGTCTGAGCTGGCATGCTTGGCATTGTATCTCATGTATGAGAAGAAGCAA
GGAAGAGATTCACTTTGGTACCCGTATATTAAAGAACTTGATCGTCAGCGAGGCAGGGGG
CAGCTAGCTGTTGAATCACCTCTTTTATGGACTGAAAGTGAATTGGATTACCTGAATGGC
AGCCCCATGAGGGTCAGTGTTTTTATCTACTAATGTCAACTTATCATCTAATTTCTTCAA
TTTGAGATTAATTAATTTTTAGAAGAAATAAATATCCCAGCTTTGATTTTCTCATGATTC
AGGATGAAGTTGTTGTCAGAGATGAGGGAATAAAAAAAGAGTATAATGAGCTTGACACAT
TGTGGTTCATGGCAGGTTCATTGTTTAAGGTATTTTCTTGATCCTCCTTATATTTTTTCC
ATGAGAGTTTGTTGTGCTGGCTCTTTATTCTCATGTGAATTTTATGCAGCAATACCCTTT
TGATGTGCCTACTGAGGCATTTCCGTTTGAGATCTTCAAGCAGGCATTTGTTGCGGTACA
GTCTTGCGTGGTTCATTTGCAGGTAATATGCCGAGCATTTATTTGTAGTTCTCCAACATG
GCACCTGAGCCAATTGATTTAGTTCCATTTGTTTTGAAGTCAGGGTTTAATATTTGTTTC
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TCATACAGACCTAGCCTAATATACACAAACCAAATGAAGCTCTCGTTAATATTCTTCTAG
ACGTGAAGGATGTGAGGAATAAATAAGCAAGAGAGTGAGAAGAAAAATATAATAGATTCA
TACCATATGTCCATTTAATCTTGTGATTAAACGGATATTGCATGAACCAGGGCTGTCCAG
GACTCCAGGTCGAGGAACTGGGCTGTTTGTGTCCGACGAGGTCAGGAGTGTTGCACAAAG
ATTTTCCCTTCTTTTTATTGGTCGGAATTTAGATTACTTAATTTGAACAATAAGGAGTTG
GAGGTGGAAAGCATGAAGTATAAAGAACATGTACCTTTACTTTCCCACGGGTATAGATAG
TCGAATGCAGACCAGCACATGTCGTAAATAATTTAAGGATGCTCAGATATGTAAATTCTC
GTGATGCATTTCAAGTCACATATTACATATTTTTTTGAAAAAAAAACAATTACAATGGTC
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ACCCTTACTCGTAGGATGTAGGATCTGGTTGGCCACACAGTCACAGGCTAGTAGTAGAGC
TTTTAGCAATCGGTCATGTTCGACGCATGACGGAGACGACCGAGAAGAGCGAAGAATGGA
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GTTTTACCCAAGCATGACGGGGCTCCAATGCTCACAACTTAACCACTACACGTTCTTAAA
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GCTTCTTCTAGTTTTACTATCGTGAGCCAAAGACAATGGGACAACAAGCAACAGACCTGA
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AGTACCTCTGCAATTGCGTCGGCACGACGCAAGGCGCGTCCATCGGCCTCCTTGTCGGGT
GCACGATGGCCATGGTGGTCAAGTAGGCGGTGGCGGCGTTTGATCTGCGGCCGTTCGGGC
GGTCGAGTTAGGGCAAATGTGGAGGACGTTTGGGATGGGCCTATAAGGCGCACCCAACAT
CCTCTTCATCGGGTGCACAGTGGCCCTGGTGGTCAAGCAGGCAGTGGCGGCGTTTGATCT
GCGGCGGCTTGGACGGTTGAGTTACGGTGAATGTGGAGGATGTATTGGATGTGGATTTTC
TTCGAGTGTTGCGCTCCATAGGTAAAAAAGACCGCACCACCAACAACTTGTTGGCATCAA
CGTCCGAGTCGAGGTCGAGTGTTGGCTACTTTTTAAGAAAAAAGAAATGAATCGTTTTTT
CACTTGCCGGTGGCAAGGTAGTAATATGTAATTTGGTGGAGGGATAAAATCGTCATGTGG
ATATTGTCGATCACCTCCCTTTATTAGTCGGTATAGATGGTATCGTATGAATTAAAAACA
ATTTAGCTGTAAATATTTTTCATTTTAATTAGATCACATGTGATACGGGGCAAGCCGTTA
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GAAATCACGAGGAAAACTAGCACAAATCGACACACAAGTTGCAACAAAAGGTGGATAAAT
AGTTGATCCAAATCATCCACAAGAGAGAGATGGAACAAGCTAGGGTTCTTCCCCAAGTCC
TAAGACATGGAGGTCTTGAATTCCATGGAGGAATCTTCCCACAAGTGGAGGTCTTGTTAC
TCCTACGAAGTCTTACCCTCAAGAGGAGGCCTTGATCTCCACTAAGGGAGCAATCTACAT
GTAAGAGTAATCCCACAAGGGGAGGTACATAAGGTAAGCTCTAATGTCCAGTCCTTTCTT
TGCTAACCCTAGATCTAAGGCGGGGGAGAGGTATATATAGGCCCCCCTGACAAAGGGTAA
GCAGGAAAGGGAAGATACATGGGATGGGCCCATCTTAGTGCATGCAGGCAAAGTCCGATA
GTCCAACTTAAGCTTGATAGTCTGACATGTTGGAGGTTCTAAACCCATGTCCGACTCGAA
GTCTGACATGGTCTAGAGAGCAAGGTCAAGTTGGACCATCCGACATGTCAGGCATATGGT
TGGGACTGTCTGGCCTGGTTGGCCTTTGGGGACCGTCTTCACGCTCTGGGTCGTCGTATT
TGTGGTTCCTTTGCCTCCATGCTTCCCTCGCGGATGGTGTAGGCGTTTTCTTGTGCTTGA
TCTCCTCCATTGCGTGCTCTCATTGGGCTCAAACCTATAGGTGCACAACATAGGAGAGTC
AAGTAGTATACCATCCGTGAGAGATCCAAGTAGACATGTGTAAAGGAGAAGAAATGGGAT
CTTGTTCCCCTTCCAAAAGGAAAAGTCTGCCTGCAAATGGGTGTACACCGTCAAGCAAAC
CCTAAACCCTGGAATTGAACGTAGAATCTTGGAAGGGAAAGCGAATGGTACAAGGCGAGA
CTAGTGGCAAGGGCGTTACAGTTAAACCTATGGGATTGACTATGACGAGATCTCTACACC
CGCTGCAAAGGCGAGTACAACAAGAAATCGTATTTCTTGTGTTGCTAACTTTGGTTGGCT
ACTGCATGAGTCGGATGTCAAGAATGGATTCTTGCATGGAGATCTTCAAGAAGAGGTTTA
TATGGAGATTCAATCTGGCTTAAGTAGCCCAAAATGATGTAGGGCAAAGCCTCAATTGTG
CCAGGTCTTCACAATTTGGAGAGATCAAGAGGAAGAGCATGCAAGAACTCAACAAACACA
AGGGAAATTCACTAGAAGAACAAGATCCACATCACACATGTGCTCTCCAAGCATCCAAGG
AAAGAGTAACTAGTAGATCCACAATCAACAAAAGGAAACAAGTAGCTAGGTAAAGTGATA
TAGGGTGAAACCCTAGGTGGTGATCTTCACACTTGGAGGTGGGGAGGATAGGAATCAAAC
ACAAACACCAGAAAAGAGGAACACTCAAGACAAGGTGCAGTCACACATCCACTGAATCTG
TTAGACCTTTCAGCCTGAGCATTGATAGTTGTAGATGACACTAGGAGAGTTGGGACAATT