Contig Data
morexGenes
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Map Locations of contig_1565293 (6413 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_1565293

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_13289 3 1431 bp AK358428 Available Available None
MLOC_13290 1 1399 bp MLOC_13290.1 Available Available LOC_Os03g50740.2, FRAME:-3, EVALUE:3e-32, 13103.m05521 protein retrotransposon protein, putative, SINE subclass, expressed





CDS Structure of MLOC_13289






CDS Structure of MLOC_13290






Contig Sequence (6413 bp)

>contig_1565293 6413 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AATTCAAAGGAAAACTATGTAGCCCACACTAATATGTAGCACCGAGCTGATTATAAGCTC
ACAGTAAAGATATGGTAGTCATCGTGTAATGTTAGTTTTAGTTGGAATCACAGTGACTTG
AGTTTTATCTAACATAAGTTCGTCCAGCTTTCAGTTAGACTGTAAGTTTACTTTGTTACC
TTTGCTGCTTCCATTTCATATTAATCTGGATTTGGTTTCCTTAACAAGTCATTACTTGTG
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AATGCACTATTGGCTCTTTTGGTGTCCAATAATTTTGCCGAGATTAAAAGCAATGTATTT
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GTCTCCATAGATAAATTGTCCGCGTAGACCTTTTTACATATTGGATATTCATTAATTTTC
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AGGAAATTGTGAGTGTTGGTTGCAAACAGTGCACTGAATGCAATTTAACTGCTGTAGCAG
GAAATTGTGAGCATTGGTTGCAAACGGTTCACTGCATGCAATATAACTGCTATGTTTTAT
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TTGTCGTAATCAGAGACTTGGATGATATCAAAAGTAATATTACTTCCTTTTGTCACTGCA
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GTTCAGAGTAAATGACCCTATCAATTAAAAATGCTAAGACACATTCATGCATGCGGAATA
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GTTTGTAGTTTTCTGTCAGTGATTCTGTGGCATGTAGTTGCCTTTCACCTGATAGGGTCA
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TGATTTGACTTTCTGAGTGTCGAACAGAGATATGTCCAAGTATTGTTTTCCTGATTTTGA
TTTGCTGAGCATACCAGAACTTTGTGATAATGCTTGCTCATTTGCCAAGAATTGAACCTT
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TGGTAAGTCAACACGTCCAAATGTCATGCTCTTATACTGCCAATTTGTATGTACCAAATA
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TCAGTTCTGACCTATTTTATCCTCGCCATCTTCAAGATACTAGTGGGATTGATACTGCGT
TGCCTCGCGAGTTGGTACATAAATCTACGCCTCACAAGGAAACAACATGCGGACTGAGCA
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TGCGTGAAGTACAGCGAGCAACTGCCGCATCGGCCGTGAGTTCGGTCACCTTGCCCATAT
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TCAGCAAACCGTTTCGTCGATTCAAGGAACTAGGCGTAGTCCAATTTTGCCGTGTTTACA
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CTAGAGAAGATTCTTGTAAAGCCTTGCGGGGCTGTCTGCTTTGTACAATTCATTTAAGAA
AATATGGCAGCTTCATCGGCAGTGGCTCTCTTCTTCTAGTCTTTCTGTCTCACACAGTGA
GTCTGTAACAACGTTTGGCTAGTGTCTGCTAGGCGTGGTAGGGTTTTCCTTTTTCTAGCT
TCTATATATAGTGAAGGAGACGCTGGCCTTGCTTCAGGGGCACGTGTTTTGGCCAGGAAG
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AAGCGAGACCCTCTCCATGCTCACTTTGTCGCTAGTTTTACATAATCTAGAGGAATATAT
GGCAAATATCCTTTTTTAGCAAACCGTTTCATGGACTCATGGAACGAGATATAGACCAAT
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GTACAATCCATTGGAGAACTCTGCTATGAATTGGGATATCTGATGTGGTTAGTAAATCAT
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AACAAAAACTTGCAATAAAACAGATAGCCAAAAAATTTTAGCAACCGGAGTCAAATAAGC
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GGCCCGCGCCAAGAAGAGATCCTGCCCGCCGCACGTTCCGACGTCGCTTCCGTCGCGCGG
GGAGCAGGAGCCTCGTTTGTTTAGTCCCACATCGGCCAGCGAGGGAGAGCACGATCGGTT
TATAAGCTCGCGCGCTTCCAACCTCGTCGTCCCTTCGGGGACATCCGATAAAATTGGAAC
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TCCAAATTTTTTTGAGATTTCGCGCGCCGGTCCCTCCTCCCTGCTAATAATCCTTCCGTT
GCTGCTGTTTTACAAAGCGGTCCTCGTGGTTTTCGTTCCTGTTCTGTTAGGTCCTGCCCG
GTGCTTCCTCCATCTCTGAGCTGGGTGTGCTTTGCTGTTGCAGATACGCCCTTCTGGAAC
TTTGTTTTTTCAAGATTGCGCACTTTTTAAGATTTAACGTTCTGGACCTTGGATTTTCCA
CCTCTGACCACCCGCGGCTGACAGCTGGACTAATCCAACATAGCCGCTTCTCCAAACCTC
TCCGTCTTTGCTTCCTCAAGGCTGATCAAACATGCATTTTTGTGACCAATATGGGTAGTG
TAACTACAAATTCTTGTCAACCTCTGTGGCGGCACGACCGCGCAGCCCTCCCCTTCGGTT
GCGCCGTGCTGTCGGTTCGCTCCCTTGTTTTTTTTTTGAAATGGAGGCAAAGATTGCCTC
ACCTACTCCCTTCGTCCTAAAATAAGTGACTAAATAATGACTCAATTTTGTATTAATGCC
CAGTTAATTAGAAAAAACAGGTAAAAATCGACACTCTCTTGTTAGAATTGTCACCAAGGT
CTACCCTACCCTTTTTTTTCTTTTGTCATGGCTAAAATATTGGTCGATCCGTATTTGCAA
TTTTCCGGCATGCAAATGCTTCATCGGCAACTTGAGTCGGTTCTTCAAACCAATGTTGGC
CAACCAAATTTTCGGTACGACAAACTTGGGCACAAACCAAACACACCCTTCCTCGCAAGC
GCGTAGCTCTACCGTACTTTACACAAAGTGATGTGGTAGATCTGTATACGAATTCTGATC
GATATTTGGAAAAACACGAATCTCAATATTTACTCTTATGATTGGTACAACAAACAGCAG
GATATCACCGCCTCCACATTTACAACAGGCTTCAACAGACAAGACAGGAACACTATACGT
TATAACACATCCACTCAACTCTGTAAGCTTTCTGGACTCGAAACAAACAAGCGAACGTGC
ACGTGCACTAAATACAAGGCTCTGAAGAGAGCCCGCTAAAAGCTTTCCGAAGCAATCCAC
TCGGATCCAGTAAAGATGAACAAAAAGGGTTTTCACAAGACGGCATCGATGAAAACTTGA
CGCCACAAAACGAGGGCAGGAGATTCACCCAGAGAGCAATGCTTACAGGCAAAGCCATGG
GTTGATGACCCCGCGGATTGGATCAGGGCTTCAACACAACTTTTTCCAGGCATGATCCAG
AAAAACTGCAGCTATTGGCCAGTTCTCCCCCCGATGTTCAAACTTAAAAATCTTGGTGAT
TGACATCTGGCCTGTCAAAACACATATATGAAAAGAGGAATCTAGTTAGCACACACTCTT
GATTTATTCTAGTCTGCCATAATAGGCTGAACAAACGGCTGTATCTGGTCCGCCGTAATA
GGCAATATACGAATATGGAGTTCAAATCTATACCTGGAGTATGGTGACATCATCTACGTT
TCACAGAGTTTGCTCCTCTGCCAGCCTTAATCTGTTGTGATTCTCTAAAGCATACAAAAT
GCACCAATGTCTGTCCGTTTGGATAAATTGCAAAAGCACTGTTTGCAATGCGCTTATGAC
AAAGAGAACACATGCTATCTCCATCAATCTTCACAACAGCTTGGCGTCGTTTGTACAGAT
CCTCCTTTACCTGATATATAGATTTAAGAAAATAGAACAGATGTTCATAAATTCCACTAT
ACAACAAATCTATTTGATAGAAAAAAACTCACAGCCTAACTATTAGCTAAGCCTGTAATA
TGACTATGGCATGCATGATGAGATAGCATATTTACCAGCACTATGACAGTACACAAGATG
ATTACATACATCATTAAATTGTTTAAGACCAGGAGATGCTAAAGGCCCCAGACCATTAGT
TAAATACTATCAAGTTCTTGTTTGCCCAGTGTGGTTCAGCCGCAATTCCACTGGTTATCA
AAGAGTAAGACTACTCCTAAGTTAAAAGTTCTTGCCAGCCTTATTTTCAGGGATTGCATT
TTGATTTGGGTCCAAAGGTTCTGTGTTCCCAAGGAATACTGGAAGATCTTTTTTCATCTT
TTCAACGTTTGCTAAGCAATGCTGGGATCCCTCACTCACTTTCCCTTTGATGCTACAGCA
TGCTAAGGATGCTGGGATCCCTCACTCACTTTCCCTTTGATGTTACAGCATGCTAAGGTG
GCCTTTAGAGAGCCCTGTTTCCTGGAGATTGCCATCACGGTAATGTGGCACATTTGGAAA
GAGAGAAACGGTTTCGTTTTCCAAAATCAAGACCCCCCAACCTTTAGGAGTCAGGACTGG
CTTCTTAGATTGTAACTGTCATATCTTTCTTCTTTGCTCAACAGTCACCTAGTGGTTTGC
CCGTGTTTGACGTACATATGTAACAGTTTTTATATACACAAAATAATACTCCCTTCATCC
CAAAATAAGTGTCGTTGATCTAGTATAAAATTTGTACTAACTTAGTACAGATTTTGCGAC
ACTTATTTTGGGATGGAGGCGTACTAACTTCGTATAGACTACATTCTACGACG