Map Locations of contig_1564050 (7916 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_1564050

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_12764 1 475 bp MLOC_12764.1 Available Available None
MLOC_12763 6 2662 bp None Available Available None





CDS Structure of MLOC_12764






CDS Structure of MLOC_12763






Contig Sequence (7916 bp)

>contig_1564050 7916 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TGCGGGCATGGATTCGTCTGGCCATCCACCGGGCTTGGCGCTCGCGCAACGGCTATGTGG
CTCGCCGTTGCCGCTCATACAGTGCGATGACTGCACACGGACAGTGCTGCGGCTTACTTC
GGTCACGTCGAACCACACCGGATGGGTGTTCTTCAAATGCGAAAACGACGGGATACGTGC
ACTATTCTAGTTTTTGGAAATGCATACTTGTGGTTCTTATTTTCTTTGGTCTTGCTATTC
TAGTAAAGATGTAGTGATGTCTTATGTATTCAAATGTGGTTGGAAAAGCAAAGAAATGCA
TTATTCTAGTAAAGATGTGGTGCAAATTTAGGTTTTCCGGACCGGGAGGAGCTGCTCCAG
ATCAGACCCCGCAAAGCCGACCGGTAAAAAAGCATATTCAACGAATATGCCTTTTTTACG
GATCCGTTATGCGGGGTCTACATCCGCGGCCGTGCGCCGGTCCGTAAAGGCGTTTTTCCG
CGAGCTGTAAACACGTTTTACGGGCCGGACCGATGCGGGTGTGCTAGAGTTGCTGTAAGG
TCCCTACACATGTGGGTTCGCTGTGCATCGCACCAGCCAGGCTGGAGAAACTGTTGATCC
AAGCATAGCTCTTGAACCAGGCTTCGGGCGCTTTAAAATTCACGCTAATACAGGTATGCA
GACAATTAATCAACCATTCTCTTTCTGTGGGGGCTGGTTGGGCAGTGGCTAGCGTGTGGA
CGGGTGCGGCTCTCGGCTCGTCACGACGGAAGACGGGATGTCGCCCCCTCACCCCCCCAC
CCAGTCGCGCCGGCGCGGCGACGCTGCTGCTCTGGCCGTGTCGGCAGTTCGAGATCGGCG
CGCGGGGCCGCCGTGAGCTGGCCGCCCTGGCCGCCGGTTTCGCCTTCTTCCGGGCCGCCA
ACGCGGCCGTCCGCGTCGCCGTCTCCCGCGATCCGCTCTTCGTCAACACCGCCGTCTCGC
TACTCCACTCCTCCCTCACTTCCGCCTCAGGTCTCGCCTCTCTTTCTCCCCCTTCTCCAA
ACCCTCACGTTTCGTCCCGTCGCTTTTCGCGTACATGTGCTTTGGGTTAATCGACTAGTA
GAAGAAAGGGTACGCCTAGTTTACTTCCAGCGATGCGCGAATTTGTGGATGGAGAGGGCG
CGGCTGATTAATCAAGCGGTTAACCTGTTGATGCTTTGACTTCGATGCAATTTGTTCGGC
CCTGGATAAAAGGGAGCAGCATGAGCTATGTTCTCTTTAGTGTGAAGTCTTGTTGGCCAC
CGCGATGCTGCTTCCTTGTGCTGTTGAGAGTTGTGTCTCCATTTGAGATTGGATTGGTTG
AAATTGCGCAAGCTTTCTCAAATCCCATACTGCTGTCTACCTTGCTGTTTAGCATGTTTG
GCTTCTAAGTTTGTATGGCTCCAACTTCCAGGTAAATGTGGCAACCATGCAATGGCCTTG
CGTGCAAATACTTCCATGTCTTTTCAGACAAAACTGCCAACCCTTCAAAGAATGGTAATA
AAGTGTGTTAAGAGGAGTTTGCTAGTTGGGCGACTAATATCTCCGTCTTGTCTGCTAGTT
GGGTGGCTAATATCTCCGTCTTGTCCGCTAGTTGGGCGGCAAATCAGCACCTAGTGCCTA
AACGCCAATTAGGCCGGCCTAGGAGGGATAAATTGGCTACCAGGAAGGGTGTCACCCAGT
GACTGGGGGGCCTCTATGTGCACTAGGCGGCTGAATTTTAGAAACGCCACCTTTCTCACA
ACATTAATTTGATGTACCACTTCTTCGCACATACTTATTACCAGTAAATCTGTCGCACAG
AATTGACAATGGCTAAGCAAAAAATGATAGAAGGAGAAATTTTATGTCCTAGATGGTCGG
ATATGTGTCATTAGAGGTGCTCTTCTCTATCTGAAGATAGTTAGGACGTTGTAGAGCCTT
CTGTCTGCAGTATGCAAAACTATTGATCCTTATTTTAAATAGAATGGCTCGTACGTGTAC
TGCATATTCTCGAAACCTTACTATATCTCTAGCTTATTGATTGACTTTATCTCACTCCTA
TCTGGATTTTCAGTTATCTTTGTTCTGTTGTGGCAGTGGCGTACTAAGAGCCTGAGAACA
TGTTTCAGCATGAAGAATTAGTTGGTAGCAGTTGGATTGCAGCATAATCTGCTCTGTGCT
TTTCAGGTGGCTACTTTGCTTATGACCAATTGGATATGCTCCGCTATCGGCTATACAGTG
GATGGATTCGTGGAATTCTCATGCACACCTTATTCTGCTCATTTGCTTTACACTGGCTCT
GTATTGGAATGTGACAATCAACTACCTGATTCTCACTCTTCTGTCCGAGGTACATATATA
TTTCCTGGCATTTAATTTTGTTGACAGAGTTGGTTTAGTTGGTCACTTCATATAGTTTTG
TCTTATCATTTGCCATGGGCTTACTGTTTACCCAGTTTTCATTTGTGGAATAAGTGTGTA
TACTCCTGAAGACAGAATCCTTTCCTTGCACTTATAAGTTGCATTGCACCTAAATTGTGA
CTAACAGACCATCTTAGTGGCCTTTGATGTAAATCGGTAAACTGACAATGCTTTCCAACT
AAGGATTGCTAGCTGCTGGCATAAGCATGTCCATAGCCGGTAGATGGCCACATTAATAAG
TTGCAGCTCAAACTTTATTGCAGTAAACCTTTGCCGGAATGATGATACAAAGAGAACGCA
GAGATTACAGAAGACCTCACACTTTATCAATTCATCACAATTTTGAACTAATAATATGGC
CAGTCCATTCAGTATGACCTTGTGAATGTTATTTTTGATTGCCTAGCTGGGCTTTGAACC
ACTCAATAGTGGCCATTGCAGTTCCTCCTTCATGTTTACTAACATTGCTAGAATACAATA
TTCGGATTTCTTCCATGGGTCGCCACATCATGTTGCTAGAATAGAATATTAATGAGGCAT
TGATGTCTCTTTTAAGAACATCGGTATCGAAATAAGTAGTTCAGTTCAGTCTCCACCGTA
ATCAATGAGGAAGGTGTACATTGGGTTGCAGCAACTCATCTGAAGTTAGTAGGTATACAC
TTTTCTTTCACATGCGAGTAATTGTACTATGGAAGATCTGGGTACATTGTACCAAGGAAA
TACGAAATGTCAGCAAAAACAGGAGTACATTCTACCCTGGAAGCACTAGTGTCAGCACAA
AAATTGTGAGTCGATATTTTACCCGAGTACTAAATTTCAGGAAAAAAATGTGACTACATG
GTACCATGGAAGTACTAAAATGCCAGTTCAAAAAGTAGGTCTCGCCGGGATTTGAACCCA
GGTCGCCAGATTCAAAGTCTGGAGTGCTAACCACTACACTACGAAACCATTTGTTGAGTG
TGGTACACGGATTGTTATATTTCTGTCATTTGGCTTACAGCCAGAATATTTTCCTTAACT
TGATGGTTCCTGTTAATTTTCCTTCCCGTTTTTGGACTTATTCCATTTGCCACTTGGCAG
CTAAATGGAGCAAGGAACACCTGACGACTACTTCTTCTTTCCAGTAAATTTTAACCGAAG
GCTCCATAGCGTGGGCATTGAGCTGCTATTAGGATTTACTAGGTGTTTAGTGTTTGTTTG
GTGTTTTCTCTCTTCTTCATCATTATGCTTCAAGGATATTTATCATGCACTTAAGAACAC
ACAACATACGAGAGGAGATGCATTGGGAGAACCATTGGATAACAAAATTTATCTAGCTCC
ATCATGATTAGTCAGTAGTGGGTTTTCCACAACTTGTTCTATGGACCGTAAAAAATAAGC
ACATGGAAAAACATTGTTACTATTAGCACCACCCTCGTCATGGTAGGGCCACCCTTCTCA
CACATCTCAGATATCTCACTTCTGTGGATCAGTGGTTCAGTTCAGTCTTCACCGTAAGCA
GTGTGGAAGGGGTACATTTGCTTGCAGCGACTATCTGAACGTAGTAATATAGGTACTGGA
TGTGCCTTTCTTGATAGTTTACTGTAAATTTTGTCAAGGTTATAGTCACAGCAATGTAAA
TCAGAAGACAGAGGTATATTTCAAGTGCTATTAGCCTCTAGACTGTGCGTATATGTACCA
TAGAAGGATTTGGTACATTGTACAAGGGAAACACTAAATGTCAGCAAAAATAAAAGTATA
TTCTACCCTGGAAACACTAAATGTCAGCAAAAAAATTGAGTACATTGTACCATGGAAATA
CTAAAATGCCAGCTAAAAAAGTAGGTCTCGCCGGGATTCGAACCCAGGTCGCCAGATTCA
AAGTCTGGAGTGCTAACCACTACACTACGAAACCATTTGTTGAGTGTGATAAACTGATGG
TTATATTTCTGTCATTAGGGTTACTGACAAAATATTGTTTCTTTACTTGATGATTCCTGT
TAAATTTCCTTCCCTTTTTTCAGACTTGCTTCTGTTTGGCATTTGGCAGCTAAATGTAGG
AAATATCCGACAAAGAGGAGAGGATCGACTAGCCAGCTAGCGTGTGGATGGGTGCGGCTC
TTGGCTCGCCACGACAGAACACGGGATGCCGCCCTGTCGCGTTGGCGCGGGCGACACGAG
CGCCATCTTTGTGGCAACGCTGGTACTGTGGGCCGTGCCGGTGGGGTTCAAGATCGGCGC
GCGGGGCACGAGCTGGCGGCCGTGGCTGCCGCAATGCCTTCATCCAGGCCGCCAACACGG
CCGTCCGTGCCGCCGTATCCTGTGGCCCGCTCTTCGTCAACACTGCCGTCCTGCTCCTCC
TCTCCTCTCACTTCCGCCTCAGGTCTGGCCCCTTTTTCTCTTTCATCCCCTCTCCGAACC
CTCACATTTCGCCCCATAGCTTTTCTCGTATATGCGCTTTCGGTTAATTGACTATAAGAT
AGCATACGCCTAGTCGACGTCAAGCATTTCGCGAATTTGAGGATAGGTAGGGTGTGACAG
ATTAATCAGATGGTAACTTGTTGATGCTCGATGGAATTTGTTCGACCCTGGAGTCCTGGA
CAAAAGGGAGCAGCATGAGTTATTTACTCAGAGTTAGTGTTGTTAGTTACTGCGATACTG
GTTTCTTGTACTGTCGAGAATTGTCTCCATTGGAGCTTTGATTGGTTGAAATTGTGCAAG
ATTTCTCAAAGTCCATATTGCTTGCCACCTTGCTGTTTATAGCATGTTCGGCTTCTAGAG
GTTGTCTGGTTCCTACTTCCAAGTAATGTGGCACCCATGCAATGGTCTTGCATGCAGACA
GTACACTTCTATGTTTTTCATACAAAATTGCCAACCCTTAAAAAGAATGGCAATGGTATA
AAGTGTGTTTAGAGTAGTTCACTAGTTGGACGGCAAATATCTCCATTTTGTCTACCAGTT
GGGCGGCAAATCAGCACCTAGTGCCTGAACGTCAATTAGGTGGGCCTAGGAGGGACAAAT
TGGCTAGCAGGAAGGGTGTCACCTAGTGCCTGGGGCCCTCTAGGTGTACTAGGCGGCTGA
CTTTTGGAACACTACCTTTCTCACAACATTACTTTTCATGTATCACTTCTTCGCAGGTAC
TTATCTAGTAAATCTATCGCACAGAATTGACAACGACTAAGCAAAAAAATAAAAAAATGA
TAGGAATGGTACAGAAATTTTGTGTCCACTTCTCACAACATTACTTTTCATCACCTCTAA
ATACATGGAAGCTCTGAGTACGTTGTACGAGGGAAATTTTGGAACATTACTTTCTCACAA
CATTACTTTTCATGTACCACTTCTTTGCAGAAATTTTGTGTCCCAGACAGTCGGATATGT
GCCATTAGATTTAGAGGTGCTGTTCTTTCTCTCAATTCCCTCTGCAGTATGTAATACTGT
CGATCCTTCTTTTAAATGGATGGCTTGTAGGTGTACTGCATATTCTCGAAAGCTTACTAT
GTCTTTTTCTGGTAAACATTTCTTTAGTTTGTTCCATCTATGCTGCCATAGCCCATATGT
TATTTAATTCTTAGGCTTGTCGATCGACTTTCTCTCACTCCTATTTGTTGATTGACTTTC
TCTCGCTCCTATCTCGTTTGCAGTTATCTTTGTTCTGCTGTGCCAAAGGCGTAGGGCCAT
GAGAACATGTTTCAGCATGAAGAATTAGTTGGTAGCAGTTGGATTGGAGCATATTCTGCT
CTGTGCTTTTCGTGTGGCTACGATGCTTATGGCCAATTGGACATGCTCTGCTACCGGCTA
TACAGTGGATGGATTCCTGGGATTCTGATGCATCACCTTATTCTGCTCATTTGCTTTACG
CTAGCTCTGTATCGGAATGTGACAATCAACTGCCTAATTCTCATTCTTCTGTGCAAGGTA
CATATGTCTCTTCTCATATTTTCTGGCATTTAATTTCGTTGACAAAGTTGGTTTATTTGG
TCACTTCAAATAGTTTTGTCTTATAATTTGCCATGGGGCTATTAATTACCCAGTTGTCAT
TTGAGGAATATGTGTGTACTTTTCAAGAGATAATCCTTTTCTTGCACTTATAAATTGTGT
TGCTCCTAAATTGTGACCAACAGACCATCTTAGTGGCCTGTGATGTAAAAAATCAGTACA
CTAGCATTGCTTTTCCAACTCAGGATTGCGAGCTGCTGTCACAAGCATCCATAGTCGGTA
TGGCCACATTAACAAGTTGCAGCCCAAACTTTATTGCAGTAAACCTGTTGCCGGAATGAT
AATACAAAGAGAACATAGAGAAGACTATTCACTTTATCATTACAATTTGGAACAAATGAC
ATGGCCGGTTTATTCAGTATGACCTTGAAGGTTAACTATTTTGATAGCCCAGCTGGGCCT
TAAACCACCCGATAATGGCCATTGCAGTTCCTTCTTCGTGTTCACTAACATTGCTAGAAT
ACAATATTTTGGGTTCTTGCACGGGTCGGTGCATCACATTGCTAGAATAGAATATTAATG
GGGCATTGATGTCTCATTTTAAGAATAACGGTATTGAAATAAGTTGTTCAGTTCAGTCTC
GTAATCAGTGGAGAAGTTCTACATTTGGTTGCAGCAACTAATCTGAAGTTAGTAGGTATA
CACTGTTCTTTCACTTGTGAGTATTTGTATGGTCTGGGTACAGTGTACCAAGGAAATACT
AAATGTCAGCAAAAATAGGAGTACATTCTACCTTGGATACACTAATTACCTGAAAAATCA
CGAGTCGATATTTTCCCCGAATACTAGTCCGGGAAAAAAATGTGAGTGCATTGTACCATG
TAAATACTAAAATGTCAGCTAAAAAAGTAGGTCTCGCCGGGATTCGAACCCAGGTCGCCA
GATTCAAAGTCTGGAGTGCTAACCACTACACTACGAAACCATTTGTTGAGTGTGGTACAC
TGATGGTTATATTTCTGTCATTTAGCATACAGCCAGAATATTTTCCTTTACTTGATGGTT
CCTGTTAGATTTCCTTCCTTTTTTTAAACTTCCATTTGCCACCTGACAGCTAAATGTAGC
AAGAAATATCCGGTAAATACCTTATTTTATTTTTTCAATTCATTTTAGCCATTGTGTGGG
TACGATAATTTTGCCTCATTGAGCTGCTATTAGGATTTACTAGGTGTTTAGTGTTTGTTT
GGTGTTTTTCCTTTCTTCTTATTAAGCTTGAATGATATATATAGCTTCAACATTATTAGC
CAGTATTGGATTTTCTACTTGTTCTATTAGCACCATCGTCGGCGTGATCGGGTCACCCTT
CTTACACGTCTCTAATATCTCACTTCTATGGTCAGTAGTTGTAACCATACCTTCCCCCGC
ACATCTTCCATCTAGCTCATCGCCTTGCCATCATCTCATCCTACCGCTCTGAGAGCAACT
CCAACGGGCCGTCCCAAACGGACGGCAATTTTGTCCGCTTTTTGTCCGTTTNGGTCGGCC
AGGCGGACACGAACGTTCGCTTCCGCGTTTGGGTCGGCGCATGGGCCCAACGCTGG