Map Locations of contig_1563308 (15286 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_1563308

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_12446 5 2550 bp AK248694.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_12446






Contig Sequence (15286 bp)

>contig_1563308 15286 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TTGCCGATGAGTTGCTGTAGACGTAGCCATTAATGTCAATGTCGAGGTAGCCGATCATGG
TGATGTAGCCGTGGTTGAGGTAGTCATGGTCGATGTGTGATCATCGTGGATGATGAAGCC
GCACGAAGCCGGAGGCGCAAAAAAAATGCGCTATAACGGACCTGCAGACGTGGACGATGC
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GGAAGCCCATTGACCACACATCGGTTTTGCCAGAACCGTGTGGCCGTTTAGGGTCGTCAC
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CGGGGTCGCGCCTTGCAGAAAAATCTGTCAGAGGACGCTAGTTGTCCATCTTGTGGACGA
GGGGGAGCGGCGTGTTGACGAAGATGTTGGTGAAGACCATGTTGATGAAGACCTTGGCGA
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GCAGCCGTGAGCCGTCCGTTCACGATCCAACGTCCCCGGCGCGCGCAGAATAGTCCTCCC
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GGACCCATTCACAGCGACAGAGACCACAAAGCCGTCCCGTACGGTTATACATTGATCGCG
CCGAACTCTGCCAGGCGGGCCCCACCCGAGAGTTCCTGGGCTGTGTATGGGCCACGCCAC
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CTAGCTTAGCTTAGCTTCCTTCTCGGCCGATCTAGAGCCATGGCGCCGACCAAGGGCGAG
GGGCCGGCCATCGGCATCGACCTCGGCACCACCTACTCGTGCGTCGGCGTGTGGCAGCAC
GACCGGGTCGAGATCATCGCCAACGACCAGGGCAACCGCACCACGCCCTCGTACGTCGCC
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ATCAACACCGTCTTCGGTGAGGCACCCCCCCTCTTCCACTCTCCCTCTCCGTCTTTCCAG
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CGCGCGAATTTTTTGGTAGTTAGGCTGCATCTTTCGGCCTTTAGGTGTCTGACTTGCTAG
ATCTGTGATGTGCCGTGGTCATGTATAATTGTATATGTTTGCTAACAACTTTCTTGGATC
TACTTTTGGAGCTTGTCTAACTGTTCCTCTTATTGTGATTGTTTCATGTCCCTCAGCTAT
GGTCTACTTGGATCCATATAGCTGCACGATCATTTTCTGATTTTTGTTGTATATTGTGAA
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TGTTCTCATCATAATAACGTAAACGTGCATGCTATTTTGTGTCCCGTTTTTATTTCAAAA
TTACACAACGTACGGTTTCTTGGATCTACTTTTGAATCTTGTGTCTAGTTGTTCCTTCAA
CTATGATTTTTCATGATCCTCAGCTGTGGTCCATTTAAATCCATATATATATATATATAT
AGCAGCTTCATCATTGTTTTGGCTTGATACTATATATTTATTATCATGAGTGAATTATTA
GACAAATCACACTTAAATTCTTAAATTGTTTTCTTATAGCTGGCATATAGATTGGTTCTG
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CGTCTTATTACCCATGTTATTTTATATTAACCGGATACAAGCATGTGTTATATGTGATCA
CTGGAAATGCATGCAGCTCTGTACATGCTTCCACTTACTTGCGAATCATGTTTTTGACTT
TGAAATCTATACTTGCTAGTGTACATTGAATGTAAGTGTGTCCATGGTGTTATTTCATTA
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GCTGCATGTATGTGTGAGACATGTGGTCACTGAATTCCATATGTACCTTGTGCAAGCTTC
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GGTTTAAGGGATAGATTATTCGGTTTGAGAATTTAAGCTATACTTTCCACCAAAGCTCAC
TGTTTGTCTAGACATGTTCATAAGAACTTCAAAATATAATACATGCTTGAAGTTCATAAG
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CCACAGTAATTTATTGGTCAGAAGTCATTTTAGCTGAACCATTGTTGATAAATACATGCA
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TTATTGCTGGTCTTAATGTGATGCGTATCATCAACGAGCCAACAGCAGCTGCAATTGCCT
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GTGGCGGCACTTTTGATGTCTCTCTCCTCACTATTGAGGAGGGTATCTTTGAGGTGAAGG
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GGTTTGAGGAGCTCAACATGGACCTCTTCAGGAAGTGCATGGAGCCTGTGGAGAAGTGTC
TGAGGGATGCCAAGATGGACAAGAGCACCATCCATGATGTTGTCCTTGTCGGTGGTTCCA
CCAGAATTCCCAGAGTTCAGCAGCTGCTGCAGGACTTCTTCAACGGGAAGGAGCTCTGCA
AGAGCATTAACCCTGATGAAGCTGTTGCCTATGGTGCTGCCGTCCAGGCTGCAATCCTCA
GCGGTGAGGGGAACGAGAAGGTGCAGGACCTTCTCCTCCTTGATGTCACCCCACTGTCTC
TTGGTCTTGAGACTGCCGGAGGAGTCATGACCGTGCTCATCACAAGGAACACCACCATTC
CCACCAAGAAGGAGCAGGTCTTCTCCACCTACTCTGACAACCAGCCTGGTGTGCTCATCC
AGGTGTTTGAGGGTGAGAGGACTAGGACCAGGGACAACAACCTTCTTGGCAAGTTTGAGC
TGTCCGGCATCCCGCCTGCACCCAGGGGTGTTCCTCAGATCACTGTTTGCTTTGACATTG
ATGCCAACGGTATCCTGAACGTCTCTGCTGAGGACAAGACCACCGGCCAGAAGAACAAGA
TCACCATCACCAACGACAAGGGCAGGCTGAGCAAGGACGACATCGAGAAGATGGTCCAGG
ACGCAGAGAAGTACAAGTCTGAGGACGAGGAGCACAAGAAGAAGGTTGACGCCAAGAACT
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TCGATGCCAACCAGCTCGGCGAGGTTGATGAGTTCGAGGACAAGATGAAGGAGCTGGAGG
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GCATGGACGATGATGTGCCGGCTGCCAGCGGCGGTGCTGGGCCCAAGATCGAGGAGGTCG
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TCGCAGAAAGCCGAGTTGTCAATTTTTTTTGTCATCTCTCCACCGAAGTTTTAGACTTTG
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TATTGACGTGAATTCAGAGTTGGTGGTGCCACAAATCTACTACCTCTGTTCGTTCGGGAG
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CCTGCGGTGTCGTGCCCGCCCGTAATCTCATCTCCCTCCCTATGATACGAGCTCCGGTGA
GGGAGGGAGGGAGGGACATGTCGGTCCGCCCGAGCTCCTTTTAAATCCCTCTCTCTTGGC
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GCTGCCATGATACCCTTTACTTAATCTGCCATACGTGCCAGATATAATGCTGTCCCCTTC
TGCTCAACAAGCAAAGCAAAGCAAATCAAAGCGAGCGAGCACCCGTCGTCGCCTTTTCGC
CGGCGGTTGTGAACCCCGTTCTAACGGCGCCCCAGTATTGAGTTCAGGTATAGGAATAGG
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GTCTCTCTCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTGTGGGCTTTACACTCACGGC
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AAAAACGCATCCACCAACCGTGCCCGGGTACACAAAAAAACCTAGACGTTTGTTCACATC
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CAGTTTTTTTTTGGAACCGAAATGCAGTATTAGACTGCTTTCATTCCGATTACAAGAGGT
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TTTTTTTGAAATTTAGTATGAGGGATGGATAAAAATGAATTATTTCGTGTCGATGACCGA
TTTTTTTTTGCTTTCTTTGATGCAAAAACAGTTGGTTTCATCATTGAAACTTAAAGCTTT
TGATGTATTTTTTTACTGTGTCCTTATGCGGGATTCAATAACTTTGCGAATCGTGAGGCA
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AAAATGCCAAATTCGTCATAAGAAATTAAGCAGGCAGAAAACAAGGTAGGAAAGTTGCAC
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ATATGCACCCACGTAACCTTCCCATCGCTCTGGAGCCCAATCCATTATTTGCATTGGCCT
ATTAGTCAGATGCCAAGCGCGGTAGTACCCCTCGTAACCATGGTAGTACCGCTTGCGCGG
TACTTCCAGTGGCCAGTACCACTAGTACTGCCGCTGGGAGTTTCATGTTCTGTAAACTCA
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ACCGCTTGTATTTTCGGTTCTGTAACCTTCAACCGCAGAAGGCGGTAGTACTGCTTATGC
GATACTTTATTGGCTTGTACAACTAGTATTACCGCTTGTATTTTCGGTTGTGTAACCTTC
AACTGCAGATCACGGTAGTACGAGTGGTAGCCACGTTGGACCACTCATGCGGTATGATAC
ATCTCCAACGTATCTATCATTTTTGATTGTTTCTCATGTTATTATTTTATCAATTTGTAT
GATTTATACACCATTTATTTATCATTTTTAGGAACTAACCTATTAATATAGTGTCCATTG
CCAGCTACTATATACCAAACGGAGTCCAAATGCGACGAAACTTTTTGATGATTTTTTTTT
CTAGACCAAAAGAGGACGTGTAAGCTTCGGAGGGAGTCCAGACGCCACAGGAGGAAGTGA
CAAGGGCAGAGGGCACGCCTTTCCCCCTTGTGACCTCCTGGTAGCTCCGTTCGTGTGCCT
CCGTGTGCTATAAATTCACATATCACTAGTGAAGTGACGTCCTATACAAACGGTTTTTAA
CCCCTTTCCGCGACATAGTTTTAGACCATCGTATTGCCTGTGTGGGCGATGGGGGGGTCC
ATCCCACACGACACAGAAAAATCGTCGGCAATGGTGACCAATGAACGCAAACATTTGGCA
AAACTAAGCGTAGTGGAATGTCCGCATCTATCACAAACGAGAGTCATTGGTCAACCGTTT
AAGATATGGTATATTTCTCATACGGCCCATCCTTGCTACTCGTGGATGATTACATTATCA
TCGCACACGCTATTTTGTGATGCATCATTTACGATGTGCACCGCATCATAAATAGTTCAT
AATTGTAAAGCATGTATGATAATGATACCGTCACACACATTTAGTTCTACGAGACTGTAT
GTGATAGCTTCTAAGAGTGCATACAATTATAAACGACAAAAACAAAGCCTTTAGTACCAA
ACACGTTGGGGTAGGCTAGAGGTGAAACCCACAAGATCTCGCGACCAACTCATGGTTCTC
GCACATCGATAACATGCTTCCATGCACCCGTGTCTATGGCTAGTTCTTTGATGATGCTCC
AATCCTTCAGATCTCTCTTTATGGACTCTTCCCATGTCAAGTTCGGTCCACCCTGACCTC
TTTTGACATTATCAACATGCTTTAGCCGTCTGCTATGCACCGGGCTTCTGGAGGCCTGCG
CTAAATATACCCAAACCATCTCAGACGATGTTGGACAAGCTTCACTTCAATCAGCGCTAT
CCCAACTCTATCTCGTATATCATCATTCTGGATTTGGTCCTTCCTTGTGTGGCCACACAT
CTATCTCAACATGCACATCTCCGCCACACCTAACTGTTGCACATGTTTCCTTTTAGTTGG
CCAACACTCAACGCCATATAACATTGCGGGTTGAACCGCCATCCTATAGAATTTGACTTT
TAGCTTTTGTGGCACTCTCTTGTCACAGAGAATGCAGAAGCTTGGCGCCACTTCATCCAT
CCGTATTTAATTTGATGGTTCACATCTTCATCGATATCCCCATCCTTTTGCAACATTGAC
CCCATATATCAAAAGGTGTCCTTCTCAGGCTCCACCTGCCCATCAAGGCTAACATCCTCC
TCCTCCTCGTGCGTACCAGTACTGAAAGCGCATCTCATATACTCGGTTTTAGTCCTACTA
AGTCTAAANNNNNNNNATTCCAAGGTTTGTCTCCATAACTCCAACTTCCCGTTGACCCCC
GTCCGACTACCATCGACTAGCACCACATCGTCCGCAAAGAGCATAC