Map Locations of contig_1563217 (9040 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_1563217

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_12403 2 1259 bp MLOC_12403.1 Available Available LOC_Os03g16870.1, FRAME:-2, EVALUE:2e-154, 13103.m02007 protein expressed protein





CDS Structure of MLOC_12403






Contig Sequence (9040 bp)

>contig_1563217 9040 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCGCCACCACCTCAACAACTCCCACTACCACCACCACTACGAGTTACCCCATCATGAGGT
CGAGGTTTCCCTAGCCTCCCCTAACCCTCTAGAATCAAACTATAGTGGAAAATGGGAAAG
AAATTGGCCCAAATTTGCTGTGAAATTTGAGCCATTTTGGGGTGGAGAGAGAAGGGAAGA
AGGAAAGAAGAGAAAGGAAGGAGGAAGAAGGGGTGCGGCGCGGCCGTGCCTATGCGGCCT
CTTGTTGGCTTCGCCAGGGCCGACTGGAAGCCACCCAGGCCGAGAGACATGTTCCGGCCA
CTTATGGGCAGCCACGTGGCCGAGGGGCCACTAATCGGCCCACTCGTGGACAACACGTCC
CTGATGGCTTTGGCAAAGCCGATTGGATCCACTCGGCTTCTGGGAAGCCGACGTTGTATT
ATTTCTACAAAAATTCAAACCGGCGTAATATTTTGCAAATATAAGAAAAAAATGTATTAT
TAAAAAAACTAATATAAGAGCGTTTCTCACACTACTATAGTGTCAGAAACGCTCTTATAT
TATGGGACTGAGGGAGTAATATGGAGCATTATAAATTTCTTACATTCCCCACTTCCTACT
TTTGATTTAATAGGATTGTGGCTGCATCTCTGTGTTAGTGCCATAACCCATCCTTAGTTT
TTGAATATATTTTTTGAATGCTTAGTTTTTTAATTCTGAATTAACAACCTGGGACAGTAA
TGGATGTACCATACCTTTTTCTGAACACGTTTCAGGTCGGATTCTCTTGATTTGATCCTC
CACTTTATGGAGAATTACGTCAGCTATACACACTATTTGAGAGGCAATGCCATCTGAGTA
ACCGGCTGATTAAAGTGCTACAGAGTAGTTAGCATGATCAAGCACCTGATAAACATTTTG
GGCATGAACTAAGGAGCAAGTGTCGTGATCTGAATGCGTAGTAGCAGCAAGACAAGGAAG
CGGGCTGTGCTGGCAGCATCCTCTGAAAATATATTGAGCAGACATTAATAAAAAAAAAAC
TAAACTTGCAATTCGTAAGTTGCCTGAATTCTCATCATGAAGAAGGCGAGATATAGACGG
GATCAAGTGACCTTTTTTCAAGGCTTCATGTGTTACTGCACAGAAATAGAACAATAATAT
GGATCGAGTGCAATTCACTAACTGCACACAAATAAAAACATGGTTTTTGTATCAACCAAT
ATGCAGAAAAGTTTCCTTTCTGATATGTAAAAAAGTACAAAACACAGGCTGAAAATGATG
GTGACATACAAACCTAACTGTTGATTCTCAATCGAATGATGTCATTTTACAATGCAAACC
ATCTACAAAATCGAATTCAAGTTATATTCTTTAGATGATCTATTATCATAACTGAAGATC
TGAATCTTGTGCCCTTTGGTTTGAGAAAGGTATCTCTTTCAACCTAATCCGCTATAGCTC
TTTACGCTGTGCAGAGCTTCTTCTTCTAGCTCGACCAACATGCGGCAGAATTCCTCAACA
TCCTTAACTGCTTCCTTGAATGTGAACCTGAACTCTTTCCAGTGGTATTGCTGAGGGACA
TCAGGTGCGGTAGCTCTTTCAGGAACCCTGGCGAGCACCTCAAATCCATGGTGATCAATG
GAGACCAAGAGTGCATCCTTCAAACAAGAACAAATATGATAGTCAACAGTACTGTGACAA
TACTAGGGCTTGGCTAATTTGGCCAAAAGGAAAGCTTCAGAAATGAGAAACTAATAATAC
ACTTATCCTACATTGCACTTAGTCCAGATATACAAGACACTTACTCTGGCAGTCACATCA
AAATACTCAAAACAGAAAAGTATAAGTGCTCTCCGCCTTGGGTCACTCCTGTTGATACCA
TCAATAAGCTTTGCAGAGAATGGCACTACAAAAGATAATATATGCATTTAGAAACTGAAC
TATTACAGTAAAATTAGAAGGTGCAAGAAGATAAGTAGTGCATCTGTTTTAGCAGTCGAC
TAGCATCTAAATGACATTTCTAACATAAAATGATGCCAGTCAATAAAGTTATTGAAGGGT
ACATAAGTAAAGATGCATAGCTGAAATATTTTTTTTTATAAATGGAGTTTTATTACTCAA
TTGTCACATCAAGGTATACAATCGCGTCAAGTACAAAACCCGGAAAGCTGAAATCAATTA
AGTAGAAACTCACATAGCAGGTCAGCTTTTGGTGGTTCAAAAGTATCCAACTCAATATTA
TGGCTGCTCCCAAGTGAATCTATGAAGACACATGAGCTGCAATATAGATATCTCCGCAAT
CACAAATAGCTCCTTTAAACTAATTACACAGATGACCAACAGATATTAACTGCACCAATG
GTAAACCTAAAGAATAGATAATGAATATTAGAAAACAGTAAGACATTTTACCCACCCAAT
TTCAAACTTCAAGATATTGTAAGAGCTCTCCTCATTGAGCAAGCTGAGGAGACCTTCGCT
GCGTGACCTACAACTAGCACTTGCGGAAGACAATACCGTTGAAACCCCATAAGTAGCTTC
ACTAGCAGCTTTATGTTCCTTCAGAATAGCTTTCTTAAGGCTTTCAGCTATAACCGGGAC
CTTAAAAAGAGCGTATGAAGCACAATCAGTACTGCTCTGCTGACTACTACTGGGCAATCA
AACATGTTCACCCATGTTGGGAGTCTTCAAAACAGGTTTACCTTTGTCTCCTTCATGCGC
AGGACATCACCGGTCATAGCAACCCGGGGAGGCAACTGCACCAGGCAACAATATCACCAC
CCACGATGACACAACTCATACTAGAGAAGGCAATCAAGCAACCATGCAGCAAATTGTGCT
GCATTTGAGTTTATAGAAAAAGGACCGACCTTGTTGAGTGACTTGAGCAAGCTGGCAAGG
CGGCCTGGGACTGGACTGGACACCGAGAGAGAACCCCGCTCATCGATTATAATGTTCTAC
ACAACAGCCGTTTCATACAATCAATCCATCAGAACATAACAGCAACCACTACTACAAATC
AATCAGCCATCGTAAGAAAAATACAGAGCAATACAATGTTGTGCATGTCGTTCTCGGGGA
CAATCAAGTAGGGCATGCCCTTTTGGACCATGTAGTGCACCCTCGACGTGTAAACCTCCC
CCTTGCTGCTCACAGCCCCGAGCAAGATCAATCAAGAACAAGAAAATTTAGTATTTTAGC
TGCTACTCGCACAAGCATATGGATCAAGATGTTGAGGATGTAGGAACCGGTGTGCGCACC
TTCCCTTGGCGTCGGCTTTGATCGTGTTGAGGTGGGCTTCCCAACTGGCGCCCAGGATGT
TCTGAGAAAGACGAGAGGGAGTGAGCGACAGAGCCTAAAATAAGAGGAGCGAATCGCAGA
GGATGCTCGCGAGAAGTACCCGGCACTTTTCGGCGGCGGAGAGGGCGGTGGATTTGGCCT
TCGCCATCGCCATGGCCTCCGCTCCGCGCGCGCACCAGCTGCTCGAGGAAATGCTTCGGG
GAGCGAAGGGGCGCCGCCAGGGGCGAACGGGTGTGTGCGGGTCTGGGGGATCGACCAAGG
CGCGCCACCGAGGCACACCAGTGGAGAGGTGCAGAGCCCTGGGCTAGGGGTTCGCGCGGC
CTAGTGGGTCTTTCTCGTGGGCCAGTGGTTTAGTTCAAGGATGCTGGGCTTCGCTAAGGC
TGCATTGGCGGGCGTTTCCTATTTAACGCTGCGCGCACGTTTGTATGCATGGAAAACCCT
ATTTGACGCTCTTTGCGTCAAATAGTCGGGCAAACGCACAGGGGCGCGACAAACTAGACT
CCCATCTCCCTCTGCTGAAGGCTGTTCCGGTTTCTGCTTCATTTTTTTTGTCCTTTTTTC
TGTTTGGTTTTTTCCTTTTATTCCTTTTTTCGTTTCTCGGCTTCTATTTTTTTTTCTTTT
TTCCTATGATTATTTTTTAACCTAAGTTCATGTTTTAAAAATTTCTTCAAATTGAGAAAA
TGCTCTTGATTTTATAAAAATGTTCTAACTTTCAAATATTTGCCGTTTTTCAAAAACATT
CCTAGCTTCAAAAAATGTTCGGGATTTTAGAAAGATGTCCGAACTTTCCAAAAAATGTTC
GCCATTTTTAAAAAATGTCCTTTTTTCAAAATATGTTATTGTTTCCTTTTAAATTTTATC
ATTCAGTTTTGTTCCTTTTCCTTTTCCTATTTTTCTGTTTGACATTTTATAGTTTTTGTT
TAGAATTTCAAAAAATGTTCTTGCATTCACAGTTTATATTTAAATGTCCGTGCTTCCAAA
ATGTGTTCATCTTTTGAAAAATGGTTGTATTTCAAAAATTGTTCTCATGTTCAAAAAACT
GCATGATATTTGATTTTTTTTCATAAATAGTTCATAGTTTTAAAAAGAATGTTCTTCTTT
TCACATTTTTTTAAAAAATGTTCCTGTTTTACGAAAAATGTTTCTCTTTTTTCAAAATTT
GTTCACAAATTGAAAACTTGTTCAAATTTTGTTCATCAATTCTAAAATTATTCATGATTT
TAAAATGTTTGAGAAGTTCAAAAAATATTCTTCATTTTCTAAAAAATATTTGCCATTTCA
AAAAATGTACGTAAGTTCAAAAAATGTTCCTGCTTTAAAAAGTGTACATAAATTCAAAAA
ACGTTCCCGTTTCAAGAATTGTTCACAAATTTCAAAAAATATCCTTTCCTACAAAAAAAT
GTTCTATGTTCGTAACATGCTCCTGTTTTCAAATTTGTTTATAGATTAAGAAATTGTTTA
TGTTTTCCAAAACATTTTTGTATTTCAAAAATTGTTCGCGCTTACAAATTCGTTCATGTT
TTCTTAAATTGTTTTCGGTTTCAAAATTCGTTCACAAAATTAAAAAAAATCGTTTTAAGA
AATTCTTCGCTATTTCCAATTTGTTTGGGTTTTTCAAAATTTTGTTCTCCAGGTTTAAGA
AATGTTCGTGTATCTAAAAAATTGTTCGTGCTTCCAAAAATTTTCACGTTATTTAAATTG
TTCTCGCTTTCAAAATTCGTTCTCAAAATGCAAAAAATGATCGTGCTTTAAAAATTTGTT
CGCGCTTTCATATTTGTTCGGAGTTTTTCAAAATTGTTCTCCTTTTCAAGTTTTTCTTCT
CAAGATTCAAAAAATGTTCATGCTTTAAAAATTTGTTAGCGCTTTAAAATTTGTTCACTT
TTTTAAAAATTGTACTCTGTTTCAAAAAAATCTCAAAATTCTAAAAATGTTCGTGCTTTT
AAAAATGTGTCCGCACTTTCAAATTTGTTCTCCTTTTCCAAATTTTGTCCTCAAGATTCC
AAAAACGTTCGTGCTTTAAAAAATTGTTCCCGCTTCCATTTTTTGTCATGTTTTTAAAAA
TTGTTTTCAATTTCAAAATTTGTTCTCCAGATTCAAAAAATGTTCGTGCTTGAAAAAGTT
GTTCGCGTTTCAAATATGTTCAAGGTCTTTAAAAATTGTTCTCCTTATAAAAAATTTGTT
TCAAGATTTAAAAAATGTTCATACTCTAAAAAATTGTTGACGCTTCCATATTTATTCATG
ATTTTTTAAAATTGTTATTCAAATTCGAAAAATATTTTTTTCTTCAAATAAAAAACGAAA
AGGAAAAAAGGAAATAAAAAAAACAAATTAGAAAATAATCAGAGAAGGCAAAAAGTAATA
GAAAAATGGACCGGCCCAGTTGGGGCGCCCCCTGTGCGGCGCAGGGTTGCGTGCCGTAGT
AAGCGGCAGGTAGAGGACCTCCTATTCGGCGTCCTCAGCGCCAGTTAGGGAAACCGGCGC
GTGCAACGCTCCTCCTCATGGGCCGGCCCATGTAAAAATGCGTTGGTCATTAAAATTTTT
AAAAAAAGTTCAGAGAATTTCAAAAAGTTCAGATTTGCAAAAAAAAGTTCAATTATTATG
AACAAAAGTTCACCGAGTTTTGAAATATTTCATGGATTTTCAAAAAGTTCACATAATTAG
AAAAAAATATCATCGATTTTGAAAAAGTTCATCAATTTTTAAAAACAGTTCACAGATCTT
GTAAAAAGTTCATGAATTTTAAATTATGTTCATCGATTTTCAGAAATGTCCACGAATTTC
TAAAAAAAGTCGATTTGCAAGAAAGTTCACCGATTTCTAAAGAAATTCACGGCTAAGAAA
AGTTCATGAAGGATCACTATATGGGCCATCCCATTGCGGAGCGCTCCAGGCGCCGGTTAG
CAAATTTTGCGTGTAACCGGCGCCTGTAGGAGCTCCCTGTATGCATTTCGCAAACTAGCA
TCCGCAGCGCCCCGTACAGGGCCGCCCCGTTACTGTGTATTTGCGCTCTCTCAAAATCGA
ACCAGCAACCTTACTAGTCGAATTTCCTTTGTATAACCAACACACCAAGAAGCAATTTCT
GCAAAGAAACAACTTTTGTTCTGTTGTATTCTTTTGTTCTCTTTTTTCATTTTTCTTTTC
CTTTTTCGTTTTCTCTGTTTTCTTTTTTCCTTCTTCCTGGTTTCTTCACTCATCAATTTT
TATTTTTTACTTTCCTAAATGCTTGAAGATTTTCCACGTCGATAGTGTTTTTCTACAATT
TGATGAAATTTTATTTTCAAAATCATTGAACATATTTAAAAAAATTGTGAGCTATTTTCA
AAAGTTGATCATTTGTTCATCACATTCGATGATTTTTTCAATTTGATACACTTTTTAAAA
AAAATGATGAACTTTTTTCAAATTGGATGAACTTCTTTCAAAACATTAGATGAACTTTTT
TCCAAAATTAATGAACTTTTTCAGTTTTGTGAACTTTTTCAAAATTGATGAACTTTTTTT
CAAACATTTGATGATTTTTTTTCAATATATTGTGAAGTATTTTTCTAAATTGATTATTGT
TTCGAAATCATTGAACTTTTCTTGAATATGGGCAAGTTTTTTGCATGTTTATGACCTGTT
TTCCGAAATCTGAGAAGTTTATTTTTTAAAAAGAAAAATATTTATGAGTAGCTAAGATAG
TTTTTAAAGATTTAGCGCTGTATTATGTCACTTGCAGCGGTACGCCATGGTGGTTATGTG
GAGACATGAAATGTAGTGTAGTTCGCAAGTTCAATTCTCCGATCGAGCAAAAAAATTGAT
TTTTTTGTGCATCTTCTATGGTGCCCTGTCGTGGGCTAGCCCATTTTCACACTGTAGCTA
GTGCCGCTTCTCCTAATGGGCGCCAAAGGTGCTAACTAGGGACTCCTGCGTTGGTGTGGT
GTGCAGATAGTGCGTTTCTCACCCCCAAAATAAATTGTCAAATTTTTTTGATGTAGTATG
TTTCTTCCTAATTACCTTGCTTATAAATGCAACTGCACTAGTTTTGCTGAAATAAGCGCG
CTGCTGTCTAATCTGGTACATGTGTCACTAGTGAGACATCATGATATTAGTTGTGGTAGG
CCTTGAAGGACACCCTAAGGGTGAGCTACATACATGTGTTGATGCCATCTCAGTTTATCC
TATTTTATTTTTTAAAACTACAACTTTTGAGGTGTGTATCATAATAAAGATTCATTTTCA
GCGTTAGGTTCCATGATGAGCTCATTAAAACTATATCTCATGTGTATATATTTTAATGTT
TTATCAAAAGCAAGTGTGATGCTAGATGAGGCAACTTTAGTGCTAAACAGAAAAAACTTT
CCTTGGCTAGCGTGTACTAATGAATTCACCTAGCAAGTATATCGCACACAATTTATAAAA
CATGGCAAACTTGTTTCATCATATTTAGAAAACTAAGCATTATTGATGGGCAACTTTGTG
TTATGAAGGTGCGTACATTTTATATTATGCATACACGGTCCTATAATCGACTATCAATAT
TTTGTAAAGAGGATAAAACATTTCTCATAAGTTGTCTATCATGGTTATGAAGTTATCTAC
AACATAATATGTGGACTAAGTTATGACTAAGTTTAGAAAACAAATAACATAGCCAACTTC
ACTCTATAAAAAGCAACTAGTTAGCAACGACAGGAAACTAGTTAGCACGAGTGAACGATT
TCAAAACCAAGGTAGGTAACATAACATCACTTTCAGAAGCAATTTTCGTTCTTTGAGAGG
CAACTTTAGTATTTCAAATAGGTAACTTCACCACATTTCGTGTTCTAGTAAATTTTGGTT
AACATTCTCCTAACTTGCTAACTGCTACTTCTGGGTTATGTACTATTACTGCTTGTATGT
CATTGTTTCTAAGCCCCCTATAATACTATGAAGTTGTTTACCATAGATGCCGAGTTGTCT
GTCATTACTAGTTAGTTGCCTATCATGGGTGATATAGGTTACTCGTTATTGCTAATTAGT
TGCTTATCAATGATGCACAACTGCATATCTTCGCTAATCAATTGCCTACAATACTATAAA
AGTTGTCCACAACCATTTCTCACATTGCCTATAATCTAAACACATGGTATTACAATGCTT
ACTAGTTATGGTAGACAACTTAGAGGTGAATCTAGTTAACTTGATAGTTTTTGGAGATAT
TCCCTAGAGAATCATCTGATGGTGATATTTCCTTATGTATTCACGAGTCTTTTGTATTGT
CCTTGAATATCATCAGTTATATGTATCAATAAGTATGTGACTTGTTTGTGAAACTATATA
TTGTCTGATGATCATTTTAATAGTCCCTAGTTGATAAGGGTACGCGGACACATATCCTTT
GACTACTATACGATTCGGTTGATGACTATGTTTCACAAGTCATGGGCATAGGGATGCTAA
ACCGATAGTGTGGAGTCAGAGATGGAGATCACCGAGTCGGACAACCCCACTTTGAGACGC
CGCGAGACCGTCATCAGTTAGTCTGAAGAACAATGTATATGCCATGTACTAGACCCGAGT
GTGACAGCCCAAATGCAATCTCCCCTCCCCTTTTGTATCCTCCTTGTATGGCAACCTTGG
AATGTTGGTGTGATGTCTGGTGAGCCCAACTTTGTGTCATCATTTCATGTGCATCATGCC
TTCTTGCATTGCATTCTTTCCCTTTTGTTGTGGTTGTGTTGATGTGGGTGTGCTTAGTGA
TTGTTTAGGTGTGGGGTCAACAAGTGCATGTCAAAACCCA